楊東升,于 卓,于肖夏,李佳奇,吳國芳,牛亞青青
(內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學農(nóng)學院,內(nèi)蒙古呼和浩特 010019)
冰草(AgropyroncristatumGaertn.)別名野麥子,是小麥族(TriticeaeDumort)密叢型多年生禾草。其根系發(fā)達,具沙套,抗旱、抗寒性強,適應性廣,蘊藏著麥類作物抗逆性遺傳改良的重要基因資源[1-2]。冰草春季返青早,秋季枯黃晚,生長期在200 d以上,是早春和晚秋放牧的重要牧草[3]。此外,冰草葉量較大,草質(zhì)好,飼用價值高,并富含蛋白質(zhì)。一般拔節(jié)期鮮草蛋白質(zhì)含量約17%,開花期約14%,是禾本科牧草中蛋白質(zhì)含量較高的草種。
近年來,有關(guān)冰草的形態(tài)學、生物學、細胞學、抗逆性、遺傳多樣性和基因工程、分子標記技術(shù)等已有廣泛研究,并在生產(chǎn)實踐中得以應用[2-6]。為創(chuàng)制抗逆性強、品質(zhì)好、產(chǎn)量高的四倍體雜交冰草新種質(zhì),本課題組前期將產(chǎn)自內(nèi)蒙古錫林郭勒草原的具優(yōu)良抗性基因的二倍體野生蒙古冰草(AgropyronmongolicumKeng,2n=2x=14)與引自美國加州的具優(yōu)質(zhì)高產(chǎn)基因的栽培品種航道冰草(Agropyroncristatumcv. Fairway,2n=2x=14)進行人工授粉雜交,成功獲得種間雜種F1植株,并通過秋水仙堿溶液誘導分蘗苗莖尖得到了遺傳穩(wěn)定的四倍體雜交冰草,其鮮草產(chǎn)量和蛋白質(zhì)含量均顯著優(yōu)于二倍體親本及其雜種F1[3-5];為構(gòu)建四倍體雜交冰草的分子遺傳連鎖圖譜,經(jīng)人工套袋自交得到了加倍植株的F2代分離單株群體,以此為材料建立了高密度的遺傳連鎖圖譜[6]。
植物重要性狀的QTL定位是基因圖位克隆、功能解析和分子標記輔助育種研究的基礎(chǔ)。目前,在小麥[7]、水稻[8]、玉米[9]、馬鈴薯[10]、大豆[11]、油菜[12]等主要農(nóng)作物的重要性狀QTL定位研究方面已有較多報道,而有關(guān)牧草的QTL定位研究報道甚少,僅見于黑麥草[13]、紫花苜蓿[14]、高丹草[15]、鴨茅[16]等草種。在雜交冰草QTL定位方面,本課題組李小雷[17]、姜志艷等[18]分別對二倍體和四倍體雜交冰草的株高、分蘗數(shù)及穗型等性狀進行了初步定位研究;Che等[19]以雜交冰草F1群體為材料,對其穗莖節(jié)長、穗寬等6個產(chǎn)量相關(guān)的性狀進行了QTL定位。但有關(guān)冰草品質(zhì)性狀,如蛋白質(zhì)、脂肪含量等性狀的QTL定位尚未見報道。
本試驗擬在課題組已構(gòu)建出的四倍體雜交冰草高密度分子遺傳連鎖圖譜(含763個SRAP和248個SSR標記,圖譜標記間平均距離2.19 cM)基礎(chǔ)上,對經(jīng)兩年一點測定的粗蛋白質(zhì)和粗脂肪含量、莖葉比和單株產(chǎn)量共4個性狀進行QTL定位分析,以期為深入開展冰草品質(zhì)、產(chǎn)量等相關(guān)性狀的基因克隆、標記輔助育種等研究奠定基礎(chǔ)。
材料為四倍體雜交冰草(蒙古冰草×航道冰草)F2代246個分離單株及其親本,均種植在呼和浩特市內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學農(nóng)場的多年生草種圃內(nèi)。種植行距為40 cm,株距為25 cm。生長期內(nèi),視生長狀況及時灌水、施肥,滿足其對水分和養(yǎng)分的需求。每個單株分蘗后均形成無性株系。試驗地土壤為沙壤土,肥力中等,具灌溉條件。
1.2.1 性狀的測定
于2017年6月和2018年6月,分別從四倍體雜交冰草F2代分離單株形成的246個無性系及親本材料中,各剪取盛花期有效分蘗株,測定粗蛋白質(zhì)含量、粗脂肪含量、莖葉比和單株產(chǎn)量4個重要性狀。具體方法如下:
(1)冰草粗蛋白質(zhì)和粗脂肪含量的測定:于盛花期田間隨機剪取四倍體雜交冰草F2單株及親本的地上部鮮樣各30株,用羊皮紙袋分裝后帶回實驗室;105 ℃殺青30 min;60 ℃烘干48 h,晾至室溫后用小型粉碎機打成粉末狀、備用。將粉碎好的樣品裝入檢測盒,用INSTALAB○R700系列近紅外品質(zhì)分析儀(USA)進行測定。
(2)單株產(chǎn)量和莖葉比的測定:于盛花期隨機剪取各供試材料50株地上部植株,稱重后迅速分離莖稈與葉片,并稱重,計算單株產(chǎn)量、莖稈與葉片的鮮重比值(莖葉比)。
1.2.2 各性狀的QTL定位
在我們已構(gòu)建出的四倍體雜交冰草高密度分子遺傳連鎖圖譜[6]上,利用Map QTL 4.0[20]提供的區(qū)間作圖法(Interval mapping,IM)對測定的各性狀數(shù)據(jù)進行全基因組QTL掃描檢測。掃描步長為1.0 cM,并將連鎖系數(shù)LOD(logarithm of odds)區(qū)間視為95%的置信區(qū)間[21]。依據(jù)檢測結(jié)果尋找各性狀確切的QTL在不同連鎖群上與其緊密連鎖的標記位置和數(shù)目,并確定其遺傳效應、貢獻率和LOD閾值。LOD閾值確定后,將各性狀檢測到的QTLs用Word 2003繪圖軟件組合繪制成定位分布圖。QTL位點命名方法為:Q+目標性狀英文名縮寫+QTL數(shù)。
利用Excel 2003對數(shù)據(jù)進行整理,用SPSS 22.0進行表現(xiàn)型及其分布分析。
從表1可看出,4個被測性狀在雙親間均存在顯著差異,其中粗蛋白質(zhì)含量(Cpc)、粗脂肪含量(Cfc)和單株產(chǎn)量(Fwsp)3個性狀在雙親間差異極顯著,且在性狀表型值上,父本航道冰草均高于母本蒙古冰草(莖葉比除外)。四倍體雜交冰草F2群體的粗蛋白質(zhì)和粗脂肪含量、莖葉比、單株產(chǎn)量均出現(xiàn)超親現(xiàn)象,表明雙親含有對這些性狀變異起調(diào)控作用的基因位點。4個性狀的平均廣義遺傳率為70.25%,其中,莖葉比的廣義遺傳率為81%;單株產(chǎn)量的廣義遺傳率為59%,表明其易受環(huán)境影響。說明4個被測性狀是既受環(huán)境影響又受微效多基因控制的數(shù)量性狀。
由圖1可知,冰草4個性狀的測定值均呈正態(tài)性分布,可用于QTL定位。
由表2、圖2可知,在連鎖系數(shù)LOD>2.0條件下,冰草粗蛋白質(zhì)含量、粗脂肪含量、莖葉比、單株產(chǎn)量4個性狀共檢測到37個QTLs,每個連鎖群上平均分布2.6個。以在連鎖群LG8和LG10上分布最多,各為5個QTL;在連鎖群LG5和LG6上分布最少,各為1個QTL。各性狀QTL的遺傳貢獻率為6.1%~37.8%,其遺傳效應、數(shù)目及作用方式有一定差異。
表1 冰草F2群體4個性狀表現(xiàn)型分析Table 1 Phenotyping analysis of the four traits in F2 population of wheatgrass
*和**分別表示雙親間差異達0.05和0.01顯著水平。
* and ** represent significant difference between parents at 0.05 and 0.01 levels, respectively.
M和F分別表示母本蒙古冰草和父本航道冰草。
M and F representA.mongolicumKeng(female) andA.cristatumcv. Fairway(male),respectively.
圖1 F2群體各性狀的頻數(shù)分布
Fig.1 Frequency distribution of each trait of F2population
2.2.1 粗蛋白質(zhì)含量的QTL
檢測到與冰草粗蛋白質(zhì)含量相關(guān)的QTL共6個,分別是Qcpc1、Qcpc2、Qcpc3、Qcpc4、Qcpc5、Qcpc6,其分布在連鎖群LG1、LG8、LG10和LG11上,遺傳貢獻率為6.1%~15.7%。貢獻率最高的Qcpc1位于LG1的102.1 cM處,與SRAP標記m7e8-154共分離;貢獻率最低的Qcpc3位于LG8的84.3 cM處,與SRAP標記m4coe9-58共分離。
2.2.2 粗脂肪含量的QTL
檢測到與粗脂肪含量相關(guān)的QTL有9個,即Qcfc1~Qcfc9。其分布在連鎖群LG1、LG3、LG4、LG7、LG8、LG10、LG11和LG13上,遺傳貢獻率為7.5%~27.2%,貢獻率較高的(>15%)分別是位于LG7和LG8上160.0 cM和32.6 cM處的Qcfc4和Qcfc5,Qcfc4與SRAP標記m5e7-56共分離,Qcfc5與SSR標記xtxp230-386和SRAP標記m3e3-539緊密連鎖。
2.2.3 莖葉比的QTL
檢測到與莖葉比相關(guān)的QTL有12個,即Qslrw1~Qslrw12,其分別位于連鎖群LG1、LG3、LG4、LG5、LG6、LG8、LG9、LG12、LG13和LG14上,遺傳貢獻率為11.6%~33.4%,超過20%的主效QTL有5個,其緊密連鎖標記分別是m7e8-154、xtxp159-89、m10be7-957、m3e8-935和m7be7-184,貢獻率最高的是位于LG1上 102.1 cM處的Qslrw1,對應標記為m7e8-154,作用方式表現(xiàn)為顯性。
表2 冰草4個重要性狀的QTL及其遺傳效應Table 2 QTLs for four important traits and its genetic effect in wheatgrass
緊密連鎖標記中,以英文字母m和bm開頭的標記為SRAP標記,其余均為SSR標記。 PD:部分顯性(|d/a|=0.20~0.80);D:顯性(|d/a|=0.81~1.20);OD:超顯性(|d/a|>1.20)。*和**:0.05和0.01水平偏分離標記。
SRAP markers are beginning with the letters of m or bm,and the rest are SSR markers. PD:Partial dominant(|d/a|=0.20- 0.80); D:Dominant(|d/a|=0.81-1.20); OD:Over dominant(|d/a|>1.20).* and **:Distorted markers of 0.05 and 0.01 levels.
(圖續(xù)轉(zhuǎn)下頁 Be continued in next page)
圖2 4個性狀的QTLs在各連鎖群上的分布
2.2.4 單株產(chǎn)量的QTL
檢測到與單株鮮草產(chǎn)量相關(guān)的QTL位點有10個,即Qfwsp1~Qfwsp10。分別位于連鎖群LG2、LG3、LG7、LG8、LG10、LG11、LG12和LG14上,遺傳貢獻率為13.8%~37.8%,超過20%的主效QTL 6個,其連鎖標記分別是m10be7-405、bm10e11-657、m3e2-408—m7be7-63、m5e7-56、m3e2-683和AH99-153—m4coe9-1524。
有研究表明,作物品質(zhì)、產(chǎn)量、抗性等重要性狀相關(guān)的QTLs存在著“一因多效”的遺傳效應[22-24]。在牧草上,石 悅等[15]對高丹草產(chǎn)量相關(guān)性狀的QTL研究發(fā)現(xiàn),在同一連鎖群上存在“一因多效”現(xiàn)象。本試驗發(fā)現(xiàn),控制冰草粗蛋白質(zhì)含量和莖葉比的個別QTL在LG1上的102.1 cM處存在共位點標記m7e8-154,控制粗脂肪含量和單株產(chǎn)量的QTL在LG7的160.0 cM處存在共位點標記m5e7-56,控制粗蛋白含量和粗脂肪含量的QTL在LG10的72.6 cM處均與標記xtxp230-386—m3e3-539緊密連鎖。進一步比較發(fā)現(xiàn),這3個共位點標記QTL的遺傳貢獻率均較高,如控制粗蛋白質(zhì)含量與莖葉比共位點標記m7e8-154的QTL遺傳貢獻率分別為15.7%和33.4%;控制粗脂肪含量和單株產(chǎn)量共位點標記m5e7-56的QTL遺傳貢獻率分別為19.2%和29.2%(表2)。這表明QTLs“一因多效”現(xiàn)象是植物的重要遺傳效應之一,對這些“一因多效”的QTL進行跟蹤和選擇,可能有利于從正向遺傳學角度開展目標性狀QTL精細定位、基因圖位克隆、功能解析和標記輔助育種的深入研究。
在植物性狀QTL定位研究中,連鎖系數(shù)LOD值的確定關(guān)系到QTLs在連鎖群上的可信度。李慧慧等[25]研究指出,為盡可能多的定位到遺傳效應較小的控制目標性狀的QTLs,確??刂朴N性狀的基因不遺漏,需適度減小QTL閾值。Tanksley等[26]研究表明,高密度、高飽和度的分子遺傳圖譜適當降低檢測QTLs時的LOD閾值,有利于提高定位的準確性。一般認為LOD閾值≥3.0時進行QTL位點檢測效果較好,而當LOD<2.0時兩位點間連鎖效應較弱或不存在連鎖;LOD>2.0時定位連鎖群上的QTLs可以保證極小概率(P<0.05)錯誤的出現(xiàn)[27-28]。趙方媛等[29]以飼草型小黑麥F2群體的184個單株為材料,對其抗條銹病進行QTL定位分析時,將LOD≥2.0設為QTL閾值,共定位到6個抗條銹病QTLs。本試驗在已構(gòu)建出的四倍體雜交冰草分子遺傳圖譜上,用246個加倍植株F2群體分離單株為材料,定位冰草粗蛋白質(zhì)含量等4個重要性狀QTLs,由于該圖譜為高密度圖譜(含1 011個標記、平均間距2.19 cM),且各標記在連鎖群上分布均勻、未出現(xiàn)聚集現(xiàn)象,因此確定LOD>2.0為閾值,使得同一性狀檢測到的QTL較多,保證了QTL檢測結(jié)果的真實性和可靠性。
在前期已構(gòu)建出的四倍體雜交冰草SRAP和SSR高密度分子遺傳連鎖圖譜上,定位了控制粗蛋白質(zhì)含量等4個重要性狀的QTLs 37個,其中控制粗蛋白質(zhì)含量性狀的有6個、粗脂肪含量的有9個,莖葉比的有12個、單株產(chǎn)量的有10個。明確了各QTL在冰草14個連鎖群上的分子標記位點和遺傳效應,各QTL的遺傳貢獻率范圍為6.1%~37.8%。