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      中國(guó)地方鵝品種體量、繁殖性能與生態(tài)特征的主成分分析

      2020-05-30 10:25:52翁愷麒霍蔚然陳國(guó)宏
      關(guān)鍵詞:體尺白鵝品種

      翁愷麒,霍蔚然,張 揚(yáng),徐 琪,陳國(guó)宏

      (江蘇省動(dòng)物遺傳繁育與分子設(shè)計(jì)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,江蘇揚(yáng)州 225009)

      中國(guó)擁有眾多優(yōu)良地方鵝品種資源,各地方品種分布在我國(guó)不同地域[1],且對(duì)當(dāng)?shù)丨h(huán)境適應(yīng)性強(qiáng)。因?yàn)槠渌幍赜驓夂蝾?lèi)型、生態(tài)環(huán)境的不同,并經(jīng)過(guò)人類(lèi)長(zhǎng)時(shí)間主動(dòng)選育,各地方品種在體型大小、外貌特征、生長(zhǎng)性能、產(chǎn)蛋性能等方面都不盡相同[2]。據(jù)國(guó)家畜禽遺傳資源委員會(huì)統(tǒng)計(jì)(2010年)資料顯示[3],中國(guó)目前已有地方鵝品種30個(gè),按體重可分為大、中、小型品種,其中大型1個(gè),中型17個(gè),小型12個(gè)。畜禽品種分類(lèi)目前主要有兩種方式,其一主要是在微觀上通過(guò)SSR分子標(biāo)記[4]、線粒體基因組測(cè)序[5]、DNA 條形碼測(cè)序[6]、全基因組測(cè)序[7]等實(shí)現(xiàn)遺傳多樣性分析、品種鑒定分類(lèi),以此來(lái)揭示畜禽品種的起源與進(jìn)化。其二則是宏觀分類(lèi),除按體型大小分類(lèi)以外,還可按產(chǎn)區(qū)分布、產(chǎn)區(qū)生態(tài)特征、形態(tài)等方面進(jìn)行劃分,此分類(lèi)方法對(duì)地方畜禽品種進(jìn)行科學(xué)的選育培育及保護(hù)具有重要的指導(dǎo)作用[8]。然而,目前尚未有關(guān)于中國(guó)鵝地方品種通過(guò)生態(tài)特征、體尺、繁殖性能進(jìn)行品種分類(lèi)的報(bào)道。本文以我國(guó)30個(gè)地方鵝品種的體尺、體重、產(chǎn)蛋性能及生態(tài)特征進(jìn)行多元統(tǒng)計(jì)分析,旨在揭示中國(guó)地方鵝品種體量與其主產(chǎn)地生態(tài)特征的關(guān)系,為開(kāi)展地方鵝遺傳資源就地(原地)保護(hù)和利用提供理論基礎(chǔ)。

      1 材料和方法

      1.1 試驗(yàn)動(dòng)物

      本試驗(yàn)所研究的30個(gè)中國(guó)地方鵝品種數(shù)據(jù)均來(lái)自國(guó)家水禽產(chǎn)業(yè)體系數(shù)據(jù)庫(kù),包括獅頭鵝、烏鬃鵝、馬崗鵝、陽(yáng)江鵝、皖西白鵝、雁鵝、溆浦鵝、浙東白鵝、四川白鵝、太湖鵝、豁眼鵝、酃縣白鵝、伊犁鵝、籽鵝(吉林農(nóng)安)、籽鵝(黑龍江)、永康灰鵝、閩北白鵝、蓮花白鵝、興國(guó)灰鵝、廣豐白翎鵝、豐城灰鵝、百子鵝、武岡銅鵝、右江鵝、鋼鵝、織金白鵝、道州灰鵝、定安鵝、云南灰鵝(紅河州)、云南白鵝(大理白族自治州)、平壩灰鵝、長(zhǎng)樂(lè)灰鵝。

      1.2 鵝品種數(shù)據(jù)來(lái)源

      地方鵝品種主產(chǎn)區(qū)6個(gè)生態(tài)資料包括海拔(x1)、緯度(x2)、年平均氣溫(x3)、年平均降水(x4)、無(wú)霜期(x5)和年日照時(shí)間(x6),通過(guò) Google Earth 軟件、中國(guó)氣象局資料及主產(chǎn)地政府官網(wǎng)報(bào)告查詢獲得,相關(guān)數(shù)據(jù)見(jiàn)表1。地方鵝品種體型外貌性狀根據(jù)《畜禽遺傳資源調(diào)查技術(shù)手冊(cè)》[9],采用6個(gè)體尺數(shù)據(jù)包括體斜長(zhǎng)(x7)、胸寬(x8)、胸深(x9)、龍骨長(zhǎng)(x10)、盆骨寬(x11)、半潛水長(zhǎng)(x12),2 個(gè)體重?cái)?shù)據(jù)包括初生重(x13)和成年體重(x14),2 個(gè)繁殖性狀數(shù)據(jù)包括年平均產(chǎn)蛋數(shù)(x15)和平均蛋重(x16)。所有數(shù)據(jù)均來(lái)自國(guó)家水禽產(chǎn)業(yè)體系數(shù)據(jù)庫(kù)。

      1.3 統(tǒng)計(jì)處理

      1.3.1 主成分分析[10]

      原始數(shù)據(jù)首先進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化轉(zhuǎn)換,計(jì)算相關(guān)系數(shù)(r),并建立相關(guān)矩陣(R)

      1.3.2 聚類(lèi)分析

      用構(gòu)造的各品種主成分值計(jì)算品種間的相似系數(shù),采用歐式距離、最短距離法進(jìn)行系統(tǒng)聚類(lèi)。全部資料在SPSS18.0統(tǒng)計(jì)軟件上運(yùn)行。

      表1 30個(gè)鵝地方品種主產(chǎn)區(qū)的生態(tài)特征Table 1 The ecological characteristics of distribution area on 30 Chinese indigenous goose breeds

      2 結(jié)果與分析

      2.1 鵝品種體尺、體重和繁殖性狀結(jié)果

      30個(gè)地方品種成年鵝的體斜長(zhǎng)、胸寬、胸深、龍骨長(zhǎng)、盆骨寬、半潛水長(zhǎng)、初生重、成年體重、年平均產(chǎn)蛋數(shù)和平均蛋重見(jiàn)表2。

      2.2 主成分分析

      對(duì)30個(gè)地方鵝品種6項(xiàng)生態(tài)特征、6項(xiàng)體尺、2項(xiàng)體重和2項(xiàng)繁殖性能指標(biāo)共計(jì)16項(xiàng)指標(biāo)進(jìn)行主成分分析,相關(guān)矩陣特征值和累積貢獻(xiàn)率見(jiàn)表3。

      各生態(tài)因子與鵝體重體尺的KMO值為0.579>0.5,且Bartlett球形檢驗(yàn)結(jié)果 P<0.01,證明 16個(gè)指標(biāo)間并不是完全相互獨(dú)立的,可進(jìn)行降維運(yùn)算,運(yùn)行主成分分析。由表3可知,第一、第二、第三、第四主成分特征值λ>1,特征值比例分別為41.040%、19.823%、12.206%、7.435%,累積貢獻(xiàn)率大于80%達(dá)到了80.504%,基本上反映了原所有指標(biāo)包含的全部信息。因此提取4個(gè)主成分作為地方品種鵝分類(lèi)指標(biāo)較為合適。且根據(jù)主成分得分協(xié)方差矩陣,各主成分間相關(guān)為0.000,證明各主成分之間相互獨(dú)立。

      表3 相關(guān)矩陣特征值和累積貢獻(xiàn)率Table 3 The character value and accumulate contribution rate of correlated matrix

      4個(gè)入選主成分可分別表示為:

      各主成分公式中,因子前系數(shù)表示各因子對(duì)該主成分的貢獻(xiàn)量。其絕對(duì)值越大,該因子對(duì)主成分的貢獻(xiàn)越大,而符號(hào)代表該因子對(duì)主成分貢獻(xiàn)的性質(zhì)。從公式(1)可以看出,第一主成分中生態(tài)指標(biāo)無(wú)霜期、年平均氣溫及初生重等特征向量正值較大,緯度因子、年平均產(chǎn)蛋數(shù)負(fù)值較大,表明第一主成分主要描述地方鵝主產(chǎn)地的生態(tài)特征與鵝初生重、平均產(chǎn)蛋數(shù)的關(guān)系。根據(jù)公式系數(shù),我們可以得出若某地方品種鵝第一主成分越大,則該鵝種所在主產(chǎn)地緯度較低,更靠近南方,其無(wú)霜期長(zhǎng)、氣溫較高,而鵝初生重也較大,年平均產(chǎn)蛋數(shù)較少。第一主成分占整體貢獻(xiàn)率的41.040%,覆蓋了大部分生態(tài)指標(biāo)、初生重因子和年平均產(chǎn)蛋數(shù)因子,表明主產(chǎn)地生態(tài)特征與鵝體型、繁殖性能有一定聯(lián)系。從公式(2)可以看出,第二主成分綜合了半潛水長(zhǎng)、盆骨寬、龍骨長(zhǎng)與年平均降水等方面的變異信息,占整體貢獻(xiàn)率的19.823%。該主成分主要描述了地方鵝體尺與生態(tài)因子降水的關(guān)系。從公式(3)可以看出,第三主成分成年體重、體斜長(zhǎng)、平均蛋重正值較大,胸寬負(fù)值較大。該主成分闡述了體尺體重與產(chǎn)蛋的關(guān)系,鵝體型較大產(chǎn)蛋重也較大。從公式(4)可以看出,第四主成分主要綜合了海拔、胸深、年日照時(shí)間的變異信息,不同海拔高度可能影響鵝心肺發(fā)育從而影響胸深,該主成分進(jìn)一步表明主產(chǎn)地生態(tài)特征與地方鵝品種體量有一定關(guān)系。

      2.2 聚類(lèi)分析

      分別根據(jù)公式(1)、(2)、(3)和(4)計(jì)算出 30 個(gè)地方鵝品種的樣本主成分得分,結(jié)果見(jiàn)表4,由各品種的4個(gè)主成分分值計(jì)算出相似系數(shù),并根據(jù)最短距離法進(jìn)行系統(tǒng)聚類(lèi),聚類(lèi)結(jié)果見(jiàn)圖1。

      從圖1聚類(lèi)分析結(jié)果可以看出,當(dāng)歐式距離等于10時(shí),獅頭鵝、定安鵝、平壩灰鵝各自成一類(lèi),獅頭鵝是中國(guó)地方鵝中唯一的大型肉用鵝品種,也是全世界大型鵝品種之一。原產(chǎn)地是廣東省饒平縣浮濱鎮(zhèn)溪樓村,主要分布在廣東省東部的汕頭市及潮州市一帶[11],當(dāng)?shù)貫閬啛釒Ъ撅L(fēng)氣候,夏季高溫多雨,冬季溫和少雨。定安鵝屬中等體型肉用鵝種,主產(chǎn)地海南,當(dāng)?shù)貫闊釒Ъ撅L(fēng)氣候,終年高溫。平壩灰鵝亦為中等體型肉用鵝品種,主產(chǎn)地貴州為亞熱帶季風(fēng)氣候。該3鵝種所處生態(tài)環(huán)境相似,均能適應(yīng)炎熱濕潤(rùn)的環(huán)境。而在體尺體重方面也均是中型或大型品種,年平均產(chǎn)蛋數(shù)偏少,在25~40枚之間。該聚類(lèi)結(jié)果與第一主成分揭示的信息相吻合,進(jìn)一步證明了生態(tài)因子影響了鵝品種的特征。

      當(dāng)歐式距離等于8左右時(shí),豁眼鵝、籽鵝、伊犁鵝聚成一類(lèi),這3種鵝均為中國(guó)北方品種鵝,豁眼鵝與籽鵝更為相近,均處東北地區(qū),主產(chǎn)地為溫帶大陸性季風(fēng)氣候,冬季寒冷干燥,夏季高溫多雨,無(wú)霜期短,年平均氣溫低。這兩種鵝均為小型白羽肉用鵝種,對(duì)當(dāng)?shù)睾洵h(huán)境適應(yīng)強(qiáng),產(chǎn)蛋多,無(wú)就巢性,年平均產(chǎn)蛋數(shù)在85枚以上。該結(jié)果亦與第一主成分揭示信息相符。而伊犁鵝是我國(guó)唯一起源于灰雁的鵝品種,為中小型鵝品種,可作肉用與絨用,羽色也有灰羽、花羽、白羽3種類(lèi)型。其翅長(zhǎng)超過(guò)60 cm,尾長(zhǎng)超過(guò)18 cm,體型橢圓扁平,翅、尾發(fā)達(dá),具有一定的飛翔能力[12],就巢性強(qiáng),產(chǎn)蛋少。在中國(guó)鵝品種中屬于獨(dú)特的存在。3種鵝可歸類(lèi)為耐嚴(yán)寒北方鵝種。

      表4 30個(gè)地方鵝品種的樣本主成分Table 4 The sample principal component on 30 Chinese indigenous goose breeds

      圖1 30個(gè)地方鵝品種的聚類(lèi)結(jié)果Figure 1 The results of clustering on 30 Chinese indigenous goose breeds

      當(dāng)歐式距離為5左右時(shí),百子鵝單獨(dú)為一類(lèi),產(chǎn)于山東金鄉(xiāng),為小型肉用鵝品種,繁殖產(chǎn)蛋性能出色,與北方鵝種更為相似,可將其歸于北方鵝種一類(lèi)。陽(yáng)江鵝、馬崗鵝、織金白鵝、太湖鵝、酃縣白鵝、鋼鵝、浙東白鵝聚為一類(lèi)。這7種鵝均處長(zhǎng)江以南流域,主產(chǎn)區(qū)以亞熱帶季風(fēng)氣候?yàn)橹鳎鶠橹行⌒腿庥闷贩N,且在繁殖性能方面也較為相似,除太湖鵝外均具有較強(qiáng)的就巢性,年平均產(chǎn)蛋數(shù)在30~45枚,繁殖性能較差但高于獅頭鵝等處更南方地帶的第一類(lèi)鵝種。

      剩余鵝種聚為一類(lèi),為右江鵝、皖西白鵝、廣豐白翎鵝、蓮花白鵝、道州灰鵝、雁鵝、武岡銅鵝、溆浦鵝、云南鵝、四川白鵝、永康灰鵝、烏鬃鵝、長(zhǎng)樂(lè)灰鵝、豐城灰鵝、興國(guó)灰鵝、閩北白鵝。這些鵝種產(chǎn)于中國(guó)中部、南部地帶,包括了溫帶季風(fēng)氣候、亞熱帶季風(fēng)氣候與高原山地氣候。在這些鵝種中,皖西白鵝經(jīng)過(guò)人類(lèi)長(zhǎng)時(shí)間選育,對(duì)環(huán)境適應(yīng)力強(qiáng),對(duì)寒冷炎熱氣候均有較強(qiáng)的適應(yīng)性,造就其產(chǎn)絨性能比較高的優(yōu)點(diǎn),生長(zhǎng)速度產(chǎn)肉能力強(qiáng)。溆浦鵝也與其他鵝種有較大的不同,其產(chǎn)肝性能優(yōu)良[13],是中國(guó)地方鵝品種中最適合作為肝用的鵝種。云南鵝與四川白鵝歐式距離更為接近,可見(jiàn)高原山地氣候促進(jìn)了鵝品種特征的形成。其余鵝種均為中小型肉用鵝種,羽色為灰羽或白羽。

      綜上根據(jù)主成分分析結(jié)果和最短距離法聚類(lèi)結(jié)果,并結(jié)合鵝品種具體情況,我們可以把中國(guó)地方鵝分為四類(lèi)。第一類(lèi)為獅頭鵝,定安鵝與平壩灰鵝,主要為中型偏大及大型鵝品種,對(duì)炎熱環(huán)境適應(yīng)性強(qiáng)。第二類(lèi)為豁眼鵝、籽鵝、伊犁鵝與百子鵝,主要為北方小型鵝品種,對(duì)寒冷環(huán)境適應(yīng)性強(qiáng)。第三類(lèi)為陽(yáng)江鵝、馬崗鵝、織金白鵝、太湖鵝、酃縣白鵝、鋼鵝與浙東白鵝,主要為長(zhǎng)江以南流域中小型肉用品種,處于亞熱帶季風(fēng)氣候區(qū),有較強(qiáng)的就巢性。第四類(lèi)為右江鵝、皖西白鵝、廣豐白翎鵝、蓮花白鵝、道州灰鵝、雁鵝、武岡銅鵝、溆浦鵝、云南鵝、四川白鵝、永康灰鵝、烏鬃鵝、長(zhǎng)樂(lè)灰鵝、豐城灰鵝、興國(guó)灰鵝、閩北白鵝。這一類(lèi)鵝種各有各的特色,在生態(tài)因子、體尺體重和繁殖性能方面又有相似之處。

      3 討論

      綜合評(píng)價(jià)問(wèn)題涉及動(dòng)物科學(xué)、畜牧生產(chǎn)等許多領(lǐng)域,畜牧者通常會(huì)建立綜合模型對(duì)優(yōu)良畜禽品種進(jìn)行選擇,但很多評(píng)價(jià)方法人為因素占較大部分[14]。主成分分析作為一種解決高維度多因子的統(tǒng)計(jì)方法,是一種多元分析技術(shù),它的主要原理為分析一個(gè)多變量數(shù)據(jù)表,其中的觀測(cè)數(shù)據(jù)由幾個(gè)相互關(guān)聯(lián)的定量因變量描述。它的目標(biāo)是從表中提取重要的信息,將其表示為一組稱(chēng)為主成分的新正交變量,并將觀測(cè)值和變量的相似性模式顯示為映射中的點(diǎn)。在數(shù)學(xué)上,主成分分析依賴矩陣的特征分解和矩形矩陣的奇異值分解[15]。因此主成分分析不僅能降維提取有效的信息,而且能給出客觀的變量間權(quán)重。在畜牧領(lǐng)域中,體型體尺、生長(zhǎng)性狀、屠宰性狀和繁殖性狀等是畜禽生產(chǎn)中較重要的經(jīng)濟(jì)性狀[16],在育種或品種分類(lèi)中往往會(huì)給予重點(diǎn)考慮,但生態(tài)因子常常被人們忽視。石建州等[17]研究表明生態(tài)環(huán)境因素會(huì)影響雞的體尺性狀和屠宰性狀,在雞的遺傳選育中生態(tài)因子應(yīng)該進(jìn)行考慮。徐琪等[8]研究認(rèn)為鴨品種類(lèi)型劃分時(shí),應(yīng)對(duì)生態(tài)因子作為一個(gè)特殊的方面進(jìn)行綜合考慮。而目前尚未有關(guān)于中國(guó)鵝地方品種生態(tài)特征的報(bào)道。因此本研究通過(guò)主成分分析,將30個(gè)地方鵝品種包括生態(tài)因子在內(nèi)的14項(xiàng)指標(biāo),高度概括為4個(gè)主成分。第一主成分反映了生態(tài)因子及初生重信息,第二、第三主成分反映了體尺體重信息,第四主成分反映了脛圍、年日照時(shí)間和成年體重的變異信息。這與張學(xué)余等[18]、包文斌等[19]在雞上進(jìn)行的多元統(tǒng)計(jì)結(jié)果有一定的相似之處。這對(duì)于地方鵝品種分類(lèi)、選育具有重要的參考價(jià)值。在之后的研究中,我們還可以綜合更多詳細(xì)的指標(biāo),建立評(píng)價(jià)模型,進(jìn)一步為中國(guó)鵝育種提供理論依據(jù)。

      聚類(lèi)分析則是一種研究相似性質(zhì),將相似對(duì)象放在同一個(gè)集合里,將不同性質(zhì)的對(duì)象分開(kāi)的一種算法[20]。其也是一種相對(duì)簡(jiǎn)單易懂的描述統(tǒng)計(jì)方法。本研究對(duì)主成分分析結(jié)果進(jìn)行聚類(lèi),并結(jié)合中國(guó)30個(gè)地方鵝品種的具體信息,將其分為四類(lèi)。第一類(lèi)是以廣州獅頭鵝、海南定安鵝為代表的中型偏大、大型鵝種,第二類(lèi)是以東北豁眼鵝、新疆伊犁鵝為代表的北方小型鵝種,且根據(jù)主成分公式(1),也表明中國(guó)北方氣候寒冷,降水較少,當(dāng)?shù)伫Z體型較小。而中國(guó)南方年平均溫度高,氣候濕潤(rùn),鵝體型也較大。王俊花等[21]進(jìn)行了伊犁鵝及其與豁眼鵝雜交后代屠宰性能等方面的研究,也間接印證了本研究將伊犁鵝、豁眼鵝聚為一類(lèi)的結(jié)果,表明該聚類(lèi)方式可以為中國(guó)地方鵝育種提供理論依據(jù)。第三類(lèi)鵝均為長(zhǎng)江以南流域的鵝品種,在育種中可以考慮結(jié)合鵝本身種質(zhì)特征,克服該類(lèi)鵝就巢性強(qiáng)的缺點(diǎn),加強(qiáng)其繁殖性能。第四類(lèi)鵝適應(yīng)溫帶氣候類(lèi)型,為中小型肉用鵝品種,大部分為灰羽。

      中國(guó)擁有豐富的地方鵝品種資源,這些優(yōu)良遺傳資源蘊(yùn)含巨大的經(jīng)濟(jì)效益和社會(huì)效益,結(jié)合生態(tài)特征信息使用主成分分析、聚類(lèi)分析對(duì)其進(jìn)行整理分類(lèi)為鵝遺傳育種提供了參考資料。

      4 結(jié)論

      本研究對(duì)30個(gè)地方鵝品種進(jìn)行聚類(lèi),綜合考慮鵝品種分布、羽色等因素將30個(gè)鵝品種劃分為4類(lèi)。主成分分析與聚類(lèi)分析結(jié)果與中國(guó)地方鵝實(shí)際情況相符,是綜合考慮多指標(biāo)進(jìn)行分類(lèi)時(shí)有效的方法。生態(tài)特征是鵝品種分類(lèi)時(shí)不可或缺的因子,可為發(fā)揮地方鵝品種種質(zhì)特征、開(kāi)展地方鵝遺傳資源就地(原地)保護(hù)和利用提供理論基礎(chǔ)。

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