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      實時PCR 技術(shù)在羊亞科肉類鑒定中的應用

      2020-07-04 10:58:48梁恒興段慶梓
      食品科學 2020年12期
      關鍵詞:肉制品肉類綿羊

      尚 柯,梁恒興,張 彪,段慶梓,王 巍,張 玉

      (成都市食品藥品檢驗研究院,四川 成都 610045)

      羊肉作為一種優(yōu)良的畜肉,屬于高蛋白、低脂肪、低膽固醇類營養(yǎng)保健食品,有著悠久的食用歷史[1]。我國的肉類生產(chǎn)以豬肉為主,隨著生活水平的提高,豬肉產(chǎn)量的比例逐年下降,而牛、羊等高價格肉類產(chǎn)量逐年上升,在2015年羊肉產(chǎn)量達到了肉類產(chǎn)量的7%[2]。目前,我國的羊肉市場以綿羊、山羊為主,同時部分地區(qū),如貴州、云南等地也生產(chǎn)與食用麻羊等[3]。羊肉中的賴氨酸、精氨酸、組氨酸含量明顯高于豬、牛、雞等肉類,且膽固醇含量僅有豬、牛的1/3甚至1/4,同時羊肉易于消化吸收,深受消費者喜愛[4-5]。

      近年來,政府及消費者對肉及肉制品的產(chǎn)品質(zhì)量和食用安全越來越重視,但不法商販在肉制品生產(chǎn)(加工)中進行肉質(zhì)摻偽、造假的現(xiàn)象仍屢有發(fā)生,這一摻假造假現(xiàn)象在羊肉制品中表現(xiàn)較為突出[6]。摻假的方式越來越多,形式越來越復雜[7]。目前,肉制品的摻假主要表現(xiàn)為原料肉摻假、組織替換等[8],鴨肉冒充羊肉事件、歐洲馬肉門事件、巴西肉類丑聞、阿膠用豬皮制作、歐洲魚肉事件層出不窮[9-10],“掛羊頭賣狗肉”的肉類摻假摻雜事件近年來屢被曝光。這些食品問題嚴重地侵害了消費者的合法利益,給肉制品食用安全帶來潛在危害,同時也對民族宗教信仰帶來較大的風險[11]。

      DNA雜交、免疫擴散和等電點聚焦等方法曾經(jīng)被用于肉類品種鑒定[12],但這些方法大都存在成本高、基質(zhì)單一、對檢測對象要求高、工作量大、無法檢測深加工肉類等缺點[13]。隨著分子生物學技術(shù)的發(fā)展,目前從基因角度檢測物種的真實屬性已經(jīng)成為主流檢測技術(shù),規(guī)避了性狀檢測、蛋白檢測、化學成分檢測所存在的諸多局限[14]。Nataliav等[15]利用雞尾酒引物實現(xiàn)了物種的通用擴增,采用條形碼技術(shù)鑒定肉類的成分;Guan Feng等[16]采用八重聚合酶鏈式反應(polymerase chain reaction,PCR)方法,可區(qū)分山羊、綿羊、鹿、水牛、牛、牦牛、豬和駱駝;馮海永等[17]采用七重PCR檢測方法,可區(qū)分豬、牛、綿羊、山羊、雞、馬和牦牛7 種動物;楊冬燕等[18]對國外現(xiàn)有方法進行優(yōu)化與完善,建立了豬、馬、牛、鴨多重實時PCR(real-time PCR)檢測體系,用于檢測羊肉制品摻假情況;熊蕊等[19]采用限制性片段長度多態(tài)性PCR技術(shù),可從牛羊肉中檢測豬源性成分。但這些方法均存在一定的局限性,普通PCR方法及DNA條形碼技術(shù)由于操作繁瑣,準確度與靈敏度不高,對樣本及實驗設備要求高,易造成污染等問題,不適于檢測技術(shù)發(fā)展的需要[20];目前已建立的實時熒光檢測技術(shù)大多僅針對某一種羊肉進行檢測,無法確定羊肉的具體種類[21]。

      為提高肉制品中羊源性成分檢測方法的可操作性,建立建全羊肉具體種類的檢測方法,本實驗針對山羊、綿羊、麻羊3 種食用羊的基因序列,分別建立綿羊、山羊、羊亞科的專屬性real-time PCR檢測方法,對羊肉制品中的羊源性成分進行檢測,以期為監(jiān)管部門提供技術(shù)手段與數(shù)據(jù)支持。

      1 材料與方法

      1.1 材料與試劑

      本實驗所用樣品包括確定基原的對照物種20 種,以及市場采購樣品20 種。樣品采自養(yǎng)殖廠、研究所、農(nóng)貿(mào)市場、電商、超市等。所有樣品通過合成引物[22-23]進行線粒體基因測序驗證,保證樣品的真實性。樣品的具體信息見表1。

      表1 樣品信息Table 1 Detailed information about the samples tested in this study

      續(xù)表1

      動物基因組提取試劑盒 上海捷瑞生物工程有限公司;實時熒光PCR擴增試劑盒:Bio-Rad SsoAdvancedTMUniversal Probes Supermix、Tiangen SuperReal PreMix(Probe)、TransStart?Probe qPCR SuperMix、TaKaRa Premix ExTaqTM(Probe qPCR)。

      1.2 儀器與設備

      Applied Biosystems Veriti II PCR儀 美國Thermo Fisher Scientific公司;CFX96 Touch實時熒光PCR儀、PowerPac電泳儀 美國Bio-Rad公司;GelDoc-It凝膠成像儀 美國UVP公司;Centrifuge 5427 R高速冷凍離心機 德國Eppendorf公司;ME2002E電子天平 瑞士Mettler Toledo公司;MK3渦旋振蕩器 德國IKA公司;P330核酸蛋白定量儀 德國Implen公司;MM400行星球磨儀 德國Retsch公司;Milli-Q Academic實驗室超純水儀美國Millipore公司;Thermo-Shaker BG-100干式恒溫器杭州瑞誠儀器有限公司;SW-CJ-FD型單人單面凈化工作臺 蘇州凈化設備有限公司。

      1.3 方法

      1.3.1 引物及探針

      將GenBank數(shù)據(jù)庫中山羊、綿羊以及其他18 種動物的cyt b基因序列運用生物軟件進行比對分析,選擇山羊(EU130780.1)、綿羊(KP228916.1)、羊亞科(MF503655.1)的基因序列進行引物和探針的設計。引物及探針由生工生物工程(上海)股份有限公司合成。探針熒光基因為FAM,淬滅基團為BHQ1,最終確定的引物組具體序列見表2。

      表2 引物信息Table 2 Sequences of PRC primers and probes

      1.3.2 real-time PCR方法建立

      按照試劑盒說明書對樣品進行基因組提取,用核酸蛋白定量儀確定DNA提取的效率與純度,進行OD260nm/OD280nm值測定,測得值均在1.7~2.0之間,表明可用于PCR實驗。real-time PCR包括10 μL 2×SsoFast Advanced Supermix real-time PCR預混液、DNA模板、可變引物和探針量以及去離子水,其體積為20 μL。通過改變引物濃度、探針濃度和退火溫度進行方法的篩選與建立。引物終濃度分別為25、50、100 nmol/L和150 nmol/L,探針終濃度分別為5、12.5、25 nmol/L和50 nmol/L,退火溫度分別為56、58、60、62 ℃和64 ℃。

      1.3.3 特異性實驗

      以20 種基原動物基因組DNA(JY-1~JY-20)為模板,用建立的real-time PCR方法進行擴增,評價特異性。陽性、陰性和空白對照在實驗中同步進行,進行質(zhì)量控制。

      1.3.4 靈敏度實驗

      對模板DNA進行倍比稀釋,質(zhì)量濃度設定為10-4、10-3、10-2、10-1、100、101ng/μL。作為反應模板進行擴增反應,確定模板DNA質(zhì)量濃度范圍與Ct值線性關系,同時根據(jù)原理,參考文獻[24]建立擴增效率計算公式:擴增效率/%=(lg稀釋倍數(shù)/lg2)/|標曲斜率|×100,并建立本方法的判定原則。

      1.3.5 檢出限實驗

      分別將山羊、綿羊肉樣品以1%、0.1%、0.01%三個水平摻入雞肉樣品中,充分混勻后,提取基因組DNA,作為檢測模板,分別使用山羊、綿羊、羊亞科檢測體系進行肉樣水平檢出限檢測。

      1.3.6 試劑一致性考察

      考察不同公司實時熒光預混液對檢測結(jié)果的一致性,分別進行常見品牌的實時熒光預混液比對實驗,確定不同試劑盒對檢測結(jié)果的影響。檢測體系僅替換real-time PCR預混液,其他條件均一致。

      1.3.7 加工肉制品Ct值變化

      確定肉制品影響DNA質(zhì)量的主要是殺菌環(huán)節(jié)。目前,國內(nèi)肉制品企業(yè)的殺菌方式主要為高溫殺菌、巴氏殺菌、輻照殺菌等。據(jù)此,采用對DNA影響最大的高溫殺菌方式對樣品進行處理,確定殺菌工藝對DNA質(zhì)量的影響,以及本方法是否適用于加工后的肉制品。聯(lián)系肉制品生產(chǎn)企業(yè)獲取加工前綿羊、山羊生肉原料及最終成品肉制品,提取DNA后,依照建立的方法分別進行檢測。

      1.3.8 方法適用性考察

      對不同產(chǎn)地、不同基質(zhì)的肉及肉制品(表1)進行檢測,確定3 種檢測方法的適用性。1.3.9 方法驗證

      為了保證方法的一致性和可重復性,起草組制定驗證工作方案,邀請了山東省食品藥品檢驗研究院、中國檢驗檢疫科學研究院、北京市食品安全監(jiān)控和風險評估中心、河北省食品檢驗研究院、國家副食品質(zhì)量監(jiān)督檢驗中心5 家檢測機構(gòu)進行方法驗證,由驗證單位獨立完成從DNA提取到結(jié)果判定的全過程驗證實驗。

      1.4 數(shù)據(jù)統(tǒng)計及圖表繪制

      使用Bio-Rad CFX Manager 3.0.1224.1015軟件制作real-time PCR結(jié)果圖譜,使用Microsoft Excel 2007軟件對real-time PCR數(shù)據(jù)進行統(tǒng)計分析,并繪制相關的數(shù)據(jù)分析圖表。

      2 結(jié)果與分析

      2.1 引物探針的設計篩選

      圖1 山羊目標序列比對分析Fig. 1 Target sequence alignment analysis of Capra

      根據(jù)引物設計原則,利用DNAStar軟件設計山羊、綿羊、羊亞科通用的引物探針,并對各物種的引物及探針進行序列高級結(jié)構(gòu)分析比對,以確保其高度的特異性,防止出現(xiàn)二聚體、莖環(huán)及發(fā)卡等影響檢測效率的結(jié)構(gòu)。具體信息見圖1~3。

      圖3 羊亞科目標序列比對分析Fig. 3 Target sequence alignment analysis of Caprinae

      2.2 real-time PCR方法建立

      表3 real-time PCR體系篩選與建立(Ct值)Table 3 Screening and establishment of real-time fluorescence PCR

      分別進行引物濃度篩選、探針濃度篩選和退火溫度篩選,具體信息見表3。最終確定的real-time PCR方法為:PCR預混液(2×)10 μL,5’端、3’端引物(10 μmol/L)各0.2 μL,探針(10 μmol/L)0.1 μL,DNA模板(1~100 ng/μL)1 μL,用無菌雙蒸水補足20 μL。PCR擴增程序為:95 ℃預變性5 min;35 個循環(huán)(95 ℃變性15 s,58 ℃退火及延伸1 min,收集熒光)。

      2.3 特異性結(jié)果

      特異性實驗結(jié)果顯示,相應動物源性成分有典型擴增曲線且Ct值均小于25,其他動物源性成分均未檢出,實驗結(jié)果理想,均能達到檢測要求,其中羊亞科源性檢測可同時檢測綿羊、山羊、麻羊。具體檢測情況見圖4。

      圖4 特異性檢測圖譜Fig. 4 Specificity evaluation

      2.4 靈敏度結(jié)果

      在Ct值小于或者等于30時,靈敏度均可達10-3ng/μL,滿足多種檢測要求,在線性范圍內(nèi)均有良好的線性關系,山羊、綿羊、羊亞科檢測方法的R2分別為0.999、0.997、0.999,擴增效率分別為99.37%、92.48%、96.32%。具體檢測情況見圖5。

      圖5 靈敏度實驗圖譜Fig. 5 Sensitivity evaluation

      2.5 檢出限結(jié)果

      圖6 檢出限實驗圖譜Fig. 6 Detection limit evaluation

      圖6 及表4顯示,在雞肉中摻入1%、0.1%的山羊、綿羊肉時,本方法檢測Ct值均小于30。而在0.01%的摻入比例實驗時,相應Ct值接近甚至超過30 個循環(huán),對其判定可能會出現(xiàn)偏差。根據(jù)以上驗證結(jié)果,本方法的檢出限為0.1%。

      表4 檢出限檢測結(jié)果Table 4 Detection limit validation

      2.6 試劑一致性分析

      選擇Bio-Rad SsoAdvancedTMUniversal Probes Supermix、Tiangen SuperReal PreMix(Probe)、TransStart?Probe qPCR SuperMix、TaKaRa Premix ExTaqTM(Probe qPCR) 4 種real-time PCR預混液對方法進行重復性考察,結(jié)果顯示,不同試劑表現(xiàn)出一致的檢測結(jié)果,表明本方法的試劑一致性較好,常用實時熒光預混液均適用于本方法的檢測。具體情況見圖7及表5。

      圖7 試劑一致性實驗圖譜Fig. 7 Reagent consistency evaluation

      表5 試劑一致性結(jié)果(Ct值)Table 5 Reagent consistency validation

      2.7 加工肉制品Ct值變化情況分析

      如圖8所示,原料肉與最終產(chǎn)品檢測結(jié)果存在一定的差異,但加工后的成品與原料肉相比Ct值差異在3以內(nèi),且Ct值均在30以下,有典型擴增曲線,不影響結(jié)果的判斷。因此,本方法適用于生鮮肉及肉制品的檢測。

      圖8 生鮮肉與加工肉制品real-time PCR結(jié)果比較Fig. 8 Comparison of real-time PCR results of raw meat and processed meat

      2.8 方法適用性分析

      山羊、綿羊、羊亞科源性成分檢測的10 個樣品3 個濃度水平Ct值均小于30,且具有典型擴增曲線,適用性實驗結(jié)果符合預期,滿足檢測要求,見圖9及表6。

      圖9 適用性實驗圖譜Fig. 9 Applicability evaluation

      表6 適用性檢測結(jié)果(Ct值)Table 6 Applicability validation

      2.9 方法驗證

      由成都市食品藥品檢驗研究院提供驗證樣品580 個,其中特異性驗證樣品100 個,適用性驗證樣品300 個,靈敏度驗證樣品90 個,檢出限驗證樣品90 個;由驗證單位獨立完成從DNA提取到結(jié)果判定的全過程驗證試驗。5 家驗證單位均獲得了滿意的驗證結(jié)果,驗證匯總結(jié)果見表7。

      表7 驗證結(jié)果匯總Table 7 Summary of validation results from five domestic authoritative institutions

      3 結(jié) 論

      鑒于肉類摻假現(xiàn)象的出現(xiàn),基于DNA的肉類鑒定方法已成為食品真實性鑒定的首選方法[25]。本研究開發(fā)并驗證了羊亞科3 種real-time PCR檢測普通肉制品的方法,分別為羊亞科通用檢測方法、山羊檢測方法及綿羊檢測方法。這些方法特異性強、靈敏度高、適用性強,可用于羊肉類原料及加工肉的鑒別,以及肉制品中羊源性成分的檢測。3 種方法的反應體系及檢測步驟一致,可在一次real-time PCR實驗中同步完成3 種方法的檢測。結(jié)果表明,該方法是一種高效、靈敏、特異、高實用性的羊亞科專屬性鑒別方法。

      本方法以real-time PCR探針法為基礎,從基因水平對肉類DNA進行檢測。real-time PCR技術(shù)利用熒光基團的淬滅與激發(fā)[26],在反應過程中可以通過熒光信號反映DNA擴增情況,在實驗過程中對反應情況進行實時監(jiān)測[27],擴增反應結(jié)束,直接獲得檢測結(jié)果。整個過程閉管操作,不需要進行酶切、染色、電泳、測序等傳統(tǒng)PCR方法所需的繁瑣步驟,縮短了檢測時間,提高了檢測效率,減少了后續(xù)實驗的污染以及染色試劑對操作人員造成的潛在危害[28]。

      本方法的成功依賴于以下3 個方面:適當?shù)陌谢蛭稽c、專屬性極強的引物和探針以及DNA真實性考察。首先,根據(jù)在動物物種中高度保守且母體遺傳的cyt b基因[29],并對20 個物種進行了目的基因序列比對,以確保該方法的有效性。其次,用DNAStar v7.1.0.44軟件[30]設計了針對目標物種特定DNA序列的引物和探針,并對高級結(jié)構(gòu)進行分析,以確保引物與探針不存在莖環(huán)及發(fā)夾等影響擴增效率的結(jié)構(gòu)[31]。通過豬、牛、綿羊、雞、鴨、鵝等20 個物種的特異性鑒定,驗證了所有引物和探針的特異性,保證了方法的特異性。最后,本實驗所用的動物肉類樣品和PCR產(chǎn)物均經(jīng)過測序驗證,以確保樣品的真實性[32],整個方法依據(jù)分子生物學標準流程進行設計、優(yōu)化與驗證[33]。

      本研究的目的是建立一種快速、高通量的real-time PCR方法,以鑒定市場上銷售的肉制品的羊源性成分。因此,在建立了羊亞科3 種檢測方法后,本實驗邀請了5 家中國權(quán)威的檢測機構(gòu)對該方法進行系統(tǒng)、科學地驗證。在驗證之前,實驗設計了方法驗證的內(nèi)容和步驟,包括方法的特異性、適用性、靈敏度、擴增效率和檢出限。聯(lián)合驗證的結(jié)果表明,該方法的特異性滿足預期,僅能擴增目標物種,不能擴增其他非目標物種;方法的擴增效率達90%以上,檢出限均可達0.1%;此外,對真實的市售產(chǎn)品進行檢測,檢測準確率達100%,方法適用性滿足檢測要求。鑒于這些方法是基于real-time PCR原理進行開發(fā),希望增加定量檢測方法,為肉制品的真實性鑒定和摻假提供了更加準確和科學的檢測方法,為監(jiān)管部門提供技術(shù)標準與檢測依據(jù)。

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