張偉 余方偉 李建斌 王神云
摘要:蔗糖合成酶(SUS)是植物蔗糖代謝的關(guān)鍵酶之一,它不僅影響植物的產(chǎn)量和品質(zhì),還在植物抵御逆境脅迫中起重要作用。基于已經(jīng)公布的甘藍(lán)全基因組數(shù)據(jù)信息,利用生物信息學(xué)方法對(duì)甘藍(lán)BoSUS基因家族成員進(jìn)行鑒定,分析其系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系、染色體定位、基因結(jié)構(gòu)、啟動(dòng)子順式作用元件和低溫脅迫下的表達(dá)模式。結(jié)果表明,甘藍(lán)全基因組共鑒定到7個(gè)BoSUS基因成員,系統(tǒng)進(jìn)化分析分成3個(gè)亞組(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ)。BoSUS蛋白氨基酸長(zhǎng)度范圍為805(BoSUS1a)~940(BoSUS6b)個(gè),均是親水性蛋白。在蕓薹族特異的全基因組3倍化事件后,與擬南芥AtSUS4共線性的甘藍(lán)BoSUS4基因發(fā)生了丟失,與AtSUS1、AtSUS6共線性的BoSUS1和BoSUS6基因均發(fā)生了擴(kuò)張,出現(xiàn)了雙拷貝(BoSUS1a、BoSUS1b和BoSUS6a、BoSUS6b)。表達(dá)模式分析表明,BoSUS1a、BoSUS1b和BoSUS3基因在甘藍(lán)不同器官/組織尤其在花器官的蔗糖代謝中起著重要作用,為庫(kù)器官(花)的發(fā)育提供能量和物質(zhì)。耐冷甘藍(lán)CT-923葉片中BoSUS1a和BoSUS1b基因表達(dá)水平在低溫處理6、24 h后相比對(duì)照急劇升高,BoSUS1a和BoSUS1b酶活性增強(qiáng),為甘藍(lán)產(chǎn)生保護(hù)性反饋機(jī)制提供能量,使得耐冷甘藍(lán)CT-923耐寒性增強(qiáng)。綜上所述,本研究為解析甘藍(lán)BoSUS基因響應(yīng)低溫脅迫的分子機(jī)制和指導(dǎo)甘藍(lán)耐寒種質(zhì)資源創(chuàng)新具有重要意義。
關(guān)鍵詞:甘藍(lán);低溫脅迫;蔗糖合成酶;表達(dá)模式
中圖分類號(hào): S188文獻(xiàn)標(biāo)志碼: A文章編號(hào):1002-1302(2021)02-0024-09
收稿日期:2020-09-02
基金項(xiàng)目:國(guó)家自然科學(xué)基金(編號(hào):31902009);國(guó)家大宗蔬菜產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系建設(shè)專項(xiàng)(編號(hào):CARS-23-G42);江蘇省農(nóng)業(yè)科技自主創(chuàng)新資金[編號(hào):CX(18)2006]。
作者簡(jiǎn)介:張偉(1989—),男,安徽安慶人,博士,副研究員,主要從事甘藍(lán)耐寒機(jī)理及育種研究。E-mail:zhangwei@jaas.ac.cn。
通信作者:王神云,碩士,研究員,主要從事甘藍(lán)抗病、抗逆機(jī)理及遺傳育種研究。E-mail:wangshenyun@jaas.ac.cn。
蔗糖合成酶(sucrose synthase,SUS,EC 2.4.1.13)通常被認(rèn)為是一種胞質(zhì)可溶性酶,分布在細(xì)胞質(zhì)基質(zhì)中,也廣泛存在于膜系統(tǒng)和細(xì)胞壁。在大多數(shù)植物中,蔗糖是光合作用的主要產(chǎn)物之一,儲(chǔ)存在庫(kù)器官中的蔗糖不能被直接利用,須要通過(guò)SUS或蔗糖轉(zhuǎn)化酶(invertase,INV,EC3.2.1.26)分解。SUS催化蔗糖和尿苷二磷酸(UDP)產(chǎn)生尿苷二磷酸葡萄糖(UDPG)和果糖,此反應(yīng)可逆[1],水解的六碳糖參與細(xì)胞結(jié)構(gòu)組成、物質(zhì)貯藏和細(xì)胞新陳代謝等[2-3]。SUS還參與植物生長(zhǎng)的多個(gè)代謝過(guò)程,包括蔗糖轉(zhuǎn)運(yùn)、淀粉與纖維素合成、生物及非生物逆境響應(yīng)等[4-5]。
低溫對(duì)蔬菜的危害一方面影響植物的外部形態(tài),另一方面引發(fā)植物生理生化的強(qiáng)烈變化,導(dǎo)致減產(chǎn)和品質(zhì)下降[6-7]。甘藍(lán)(Brassica oleracea var. capitata L.)屬于十字花科蕓薹屬甘藍(lán)種中頂芽能形成葉球的變種,是我國(guó)一種重要的十字花科蔬菜,其營(yíng)養(yǎng)豐富,適應(yīng)性及抗逆性均較強(qiáng),在全國(guó)各地普遍種植,在蔬菜供應(yīng)中具有舉足輕重的地位[8]。15~20 ℃為甘藍(lán)最適宜結(jié)球的溫度,但其生長(zhǎng)受溫度影響較大,早春易發(fā)生倒春寒現(xiàn)象,造成甘藍(lán)的先期抽薹,或是溫度低到超過(guò)甘藍(lán)的耐受程度,幼苗直接凍死或葉球凍傷,嚴(yán)重影響甘藍(lán)的產(chǎn)量。
在低溫脅迫下,植物可溶性糖含量明顯增加,作為滲透調(diào)節(jié)物質(zhì)的可溶性糖主要有蔗糖、葡萄糖、果糖、半乳糖等,其含量與植物抗寒性之間呈正相關(guān)。Sasaki等提出甘藍(lán)葉片中的可溶性糖含量與甘藍(lán)的耐寒性密切相關(guān)[9]。王磊等的研究表明,在感受低溫脅迫后,抗凍性強(qiáng)的甘藍(lán)品種中可溶性糖含量上升幅度高于抗凍性差的品種;感受凍害低溫后,可溶性糖含量下降,但抗凍性強(qiáng)的品種下降幅度小于抗凍性差的品種[10]。蔡青等的研究表明,在 -1 ℃ 低溫條件下處理6 h,耐寒性強(qiáng)的甘藍(lán)品種與耐寒性弱的品種葉片中可溶性糖含量存在顯著性差異,且抗寒性強(qiáng)的品種可溶性糖含量上升幅度較大[11]。由此可見(jiàn),經(jīng)過(guò)低溫鍛煉的植株體內(nèi)可溶性糖含量的增加使得作物耐寒能力增強(qiáng),且在適應(yīng)溫度范圍內(nèi)耐寒性強(qiáng)的材料比耐寒性弱的材料含量高。
隨著越來(lái)越多物種基因組測(cè)序的完成,SUS家族成員已經(jīng)在擬南芥[12]、水稻[13]、玉米[14]、楊樹(shù)[15]、大豆[16]等物種中被鑒定。不同物種的SUS家族成員存在較大差異,但蛋白序列保守性比較高,均具有蔗糖合成酶結(jié)構(gòu)域和糖基轉(zhuǎn)移酶結(jié)構(gòu)域。研究表明,在低氧脅迫下,玉米根[1]和馬鈴薯塊莖[17]中一些SUS亞型的表達(dá)被誘導(dǎo)或增強(qiáng)。抑制SUS基因的表達(dá),會(huì)導(dǎo)致玉米[1]和棉花[18]的種子萎縮,馬鈴薯塊莖[19]中淀粉積累減少。SUS家族成員間不同的表達(dá)模式表明它們?cè)谥参锷L(zhǎng)發(fā)育及脅迫響應(yīng)中具有不同的生理功能。但是BoSUS基因在甘藍(lán)中的全基因組鑒定以及如何響應(yīng)低溫脅迫均尚未可知。因此,鑒定分析甘藍(lán)BoSUS家族成員具有重要意義。本研究對(duì)甘藍(lán)進(jìn)行全基因組BoSUS基因家族的鑒定,分析甘藍(lán)BoSUS蛋白的進(jìn)化歷程、結(jié)構(gòu)特征以及表達(dá)模式,探究甘藍(lán)BoSUS基因在低溫脅迫響應(yīng)中的作用。
1材料與方法
1.1甘藍(lán)BoSUS基因家族的鑒定
根據(jù)前人的報(bào)道從擬南芥TAIR數(shù)據(jù)庫(kù)(http://www.arabidopsis.org/)下載了6條SUS蛋白序列(AtSUS1~AtSUS6)[12]。大白菜和甘藍(lán)全基因組序列分別從BRAD數(shù)據(jù)庫(kù)(http://brassicadb.org/brad/)和甘藍(lán)基因組數(shù)據(jù)庫(kù)(Bolbase,http://ocri-genomics.org/bolbase/)[20-21]下載獲得。
為了在全基因組鑒定出甘藍(lán)和白菜中的SUS基因序列,通過(guò)Pfam 31.0數(shù)據(jù)庫(kù)(http://pfam.xfam.org/)獲取蔗糖合成酶結(jié)構(gòu)域(Sucrose_synth,PF00862)和糖基轉(zhuǎn)移酶結(jié)構(gòu)域(Glycos_transf_1,PF00534)的隱馬爾科夫模型(HMM),利用hmmer(http://www.hmmer.org/)軟件在全基因組數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索含有該結(jié)構(gòu)域的序列,將僅含有PF00862和PF00534結(jié)構(gòu)域的蛋白序列作為候選SUS基因家族候選序列。利用在線Pfam 31.0數(shù)據(jù)庫(kù)、SMART數(shù)據(jù)庫(kù)(http://smart.embl-heidelberg.de/)和Conserved Domain數(shù)據(jù)庫(kù)(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi/)進(jìn)一步驗(yàn)證SUS候選序列的保守結(jié)構(gòu)域,最終確定目的SUS基因。甘藍(lán)BoSUS和大白菜BrSUS基因的命名根據(jù)其與AtSUS1~AtSUS6序列的同源性及共線性關(guān)系并添加后綴(a、b、…)來(lái)命名。
1.2甘藍(lán)BoSUS蛋白特征預(yù)測(cè)、系統(tǒng)發(fā)育和進(jìn)化樹(shù)分析
利用在線ProtParam工具(https://web.expasy.org/protparam/)對(duì)獲得的甘藍(lán)SUS蛋白質(zhì)序列分子量、理論等電點(diǎn)、不穩(wěn)定指數(shù)、脂肪族指數(shù)和親水性平均系數(shù)進(jìn)行分析。使用CELLO v2.5(http://cello.life.nctu.edu.tw/)和BaCelLo(http://gpcr2.biocomp.unibo.it/bacello/index.htm)進(jìn)行亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)。利用Gene Structure Display Server(GSDS 2.0,http://gsds.gao-lab.org/)根據(jù)每個(gè)BoSUS基因組序列和相應(yīng)的CDS序列繪制基因結(jié)構(gòu)圖[22]。利用MEGA 7.0對(duì)甘藍(lán)BoSUS、擬南芥AtSUS和大白菜BrSUS蛋白質(zhì)序列繪制系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù),采用鄰接法(neighbor-joining,NJ),設(shè)置Bootstrap值為 1 000,其他參數(shù)保持默認(rèn)值[23]。
1.3BoSUS基因的染色體定位、共線性及進(jìn)化約束值(Ka/Ks)分析
根據(jù)甘藍(lán)BoSUSs基因在染色體上的物理位置,使用MapChart 2.30[24]對(duì)BoSUSs基因進(jìn)行染色體定位。利用BRAD數(shù)據(jù)庫(kù)分析甘藍(lán)和擬南芥之間的直系和旁系同源基因關(guān)系,利用TBtools[25]繪制共線性圖。通過(guò)使用DnaSP 6計(jì)算同義替換率(Ks)、非同義替換率(Ka)和進(jìn)化約束值(Ka/Ks)。使用公式T=Ks/2r計(jì)算同源基因之間的分化時(shí)間,雙子葉植物中每個(gè)位點(diǎn)每年的同義替換率r=1.5×10-8[26]。
1.4甘藍(lán)BoSUS基因啟動(dòng)子區(qū)域的順式作用元件分析
利用在線軟件New PLACE(https://sogo.dna.affrc.go.jp/)分析BoSUS成員起始密碼子上游 1 500 bp 序列中ABRE(ABA-響應(yīng)元)、ARE(厭氧誘導(dǎo)的順式作用元件)、CGTCA-motif、GARE-motif、LTRE(低溫響應(yīng)元件)、TCA-元件和TGACG-motif等順式作用元件。
1.5甘藍(lán)BoSUS基因在不同器官/組織以及低溫脅迫下的表達(dá)模式分析
為了分析甘藍(lán)不同器官/組織中BoSUS基因的表達(dá)水平,在NCBI的GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載甘藍(lán)不同器官/組織(愈傷組織、根、莖、葉、芽、花和角果)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)(登錄號(hào)為GSE42891),以BoSUS基因的FPKM(fragments per kilobase per million mapped reads)值來(lái)表示甘藍(lán)BoSUS在不同器官/組織中的表達(dá)水平,并繪制柱形圖。
耐冷甘藍(lán)923(CT-923)和冷敏甘藍(lán)D9(CS-D9)的種子發(fā)芽后播種在無(wú)菌基質(zhì)中,放在人工氣候室中進(jìn)行生長(zhǎng),環(huán)境條件設(shè)定為:白天25 ℃/夜晚18 ℃,光照14 h/黑暗10 h。為了開(kāi)展低溫脅迫處理,將5葉1心期的幼苗轉(zhuǎn)移至春化室(4 ℃)處理,作為對(duì)照的幼苗仍處于正常條件下。在處理6、24 h后,分別對(duì)春化室和人工氣候室的幼苗同時(shí)進(jìn)行取樣。對(duì)于每個(gè)甘藍(lán)材料每個(gè)時(shí)間點(diǎn)的取樣,至少選取18株幼苗,隨機(jī)選取6株作為1個(gè)生物學(xué)重復(fù)(3個(gè)生物學(xué)重復(fù)),每株材料取頂部第3張完全展開(kāi)葉,剪碎后放進(jìn)錫箔紙?jiān)谝旱欣鋬霾?chǔ)存在-80 ℃冰箱中。利用Trizol試劑(Invitrogen,USA)提取樣品的總RNA,將獲得的高純度和完整性好的RNA用于RNA-Seq文庫(kù)構(gòu)建。構(gòu)建好的24個(gè)RNA-Seq文庫(kù)在Illumina HiSeqTM 2500平臺(tái)上進(jìn)行測(cè)序。根據(jù)RNA-Seq數(shù)據(jù)中獲取的每個(gè)BoSUS基因的FPKM值來(lái)繪制柱形圖。
2結(jié)果與分析
2.1甘藍(lán)BoSUS基因家族的鑒定、系統(tǒng)發(fā)育和蛋白特征分析
通過(guò)對(duì)全基因組蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)的鑒定和結(jié)構(gòu)域驗(yàn)證,在甘藍(lán)和大白菜基因組中分別鑒定到7個(gè)BoSUS蛋白和7個(gè)BrSUS蛋白。根據(jù)命名規(guī)則,將這些蛋白分別命名為BoSUS1~BoSUS6和BrSUS1~BrSUS6。將甘藍(lán)、大白菜和擬南芥的20個(gè)SUS蛋白序列構(gòu)建了鄰接法(NJ)無(wú)根系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù),從而來(lái)闡明它們的進(jìn)化關(guān)系(圖1)。系統(tǒng)發(fā)育分析表明,這些SUS蛋白成員根據(jù)聚類被分為3個(gè)不同的亞組(Ⅰ~Ⅲ)。亞組Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ分別包含6、6、8個(gè)SUS成員。其中亞組Ⅰ包括BoSUS1a和BoSUS1b,亞組Ⅱ包括BoSUS2和BoSUS3,亞組Ⅲ包括BoSUS5、BoSUS6a和BoSUS6b。
通過(guò)在線ProtParam工具預(yù)測(cè)了BoSUS蛋白的物理和化學(xué)特征。BoSUS蛋白的氨基酸長(zhǎng)度范圍為805(BoSUS1a)~940(BoSUS6b)個(gè),相對(duì)應(yīng)的開(kāi)放閱讀框(ORF)分布為2 418~2 823 bp(表1)。BoSUS蛋白的分子量分布為92.1(BoSUS2)~106.5(BoSUS6b) ku,理論等電點(diǎn)(pI)范圍為5.67(BoSUS1b)~7.20(BoSUS6b)(表1)。除了BoSUS6b,其余所有的BoSUS家族成員的pI均小于7,這說(shuō)明甘藍(lán)BoSUS蛋白主要是弱酸性蛋白。BoSUS蛋白的不穩(wěn)定指數(shù)范圍為34.41(BoSUS1b)~41.52(BoSUS3)。除BoSUS3外,其余的不穩(wěn)定指數(shù)均未超過(guò)臨界值(大于40被認(rèn)為不穩(wěn)定)。此外,脂肪族氨基酸指數(shù)和總平均親水性分別為8266~94.09和-0.382~-0.245(表1)。所有BoSUS蛋白的總平均親水性值均為負(fù)值,表明均是親水性蛋白。
2.2BoSUS基因的染色體分布和共線性分析
在本研究中,7個(gè)BoSUS家族基因均分布在3個(gè)亞基因組上,其中LF亞基因組中有4個(gè)BoSUS基因,MF1亞基因組中有2個(gè)BoSUS基因,MF2亞基因組中有1個(gè)BoSUS基因(表1)。此外,與擬南芥AtSUS基因相比,甘藍(lán)中除了BoSUS4基因丟失之外,其他所有的BoSUS基因在蕓薹族特異的全基因組3倍化事件[20](WGT)后均被保留了下來(lái)??偣灿?個(gè)BoSUS基因(BoSUS2、BoSUS3和BoSUS5)保留了單拷貝,2個(gè)BoSUS基因(BoSUS1和BoSUS6)保留了雙拷貝(表1)。同一BoSUS基因不同拷貝之間具有相同的共線性區(qū)塊,結(jié)果如圖2所示。此外,還分析了BoSUS基因在甘藍(lán)染色體上的物理定位。BoSUS1b定位于染色體C03上,BoSUS6a和BoSUS6b位于染色體C06上,BoSUS3和BoSUS1a位于染色體C09上,而B(niǎo)oSUS2和BoSUS5只錨定到Scaffolds上,未能錨定到甘藍(lán)的任何染色體上(圖2)。
此外,將鑒定到的直系同源和旁系同源SUS基因用于分析BoSUS和BrSUS、AtSUS基因之間的共線性關(guān)系。利用BRAD數(shù)據(jù)庫(kù)分析了甘藍(lán)和大白菜之間的直系和旁系同源SUS基因關(guān)系。共鑒定到甘藍(lán)之間2對(duì)旁系同源基因、甘藍(lán)和擬南芥之間7對(duì)直系同源基因、甘藍(lán)和大白菜之間11對(duì)直系同源基因以及大白菜之間2對(duì)旁系同源基因(圖3)。
2.3甘藍(lán)和擬南芥SUS基因的Ka、Ks分析
通過(guò)計(jì)算分析了甘藍(lán)和擬南芥中7個(gè)SUS直系同源基因?qū)Γ玫搅怂鼈兊耐x替換率(Ks)、非同義替換率(Ka)和進(jìn)化約束值(Ka/Ks)(表2)。結(jié)果表明,進(jìn)化約束值Ka/Ks均小于1,說(shuō)明甘藍(lán)和擬南芥在與共同祖先分化之后,SUS基因家族經(jīng)歷了純化(負(fù)向)選擇作用。Ks值的分布還能體現(xiàn)基因家族的分化時(shí)間。在甘藍(lán)和擬南芥的直系同源基因?qū)χ?,非同義替換率Ks值范圍為0.324 2~0529 7。雙子葉植物中每個(gè)位點(diǎn)每年的同義替換率,表明甘藍(lán)BoSUS基因與擬南芥的同源基因的分化大致發(fā)生在10.8×106~17.7×106年, 與蕓薹族特異的全基因組3倍化時(shí)間(13×106~17×106年)基本相符[20,27]。
2.4甘藍(lán)BoSUS基因結(jié)構(gòu)和亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè)分析
本研究根據(jù)甘藍(lán)BoSUS基因家族成員的CDS序列和基因組DNA序列,繪制甘藍(lán)BoSUS基因結(jié)構(gòu)圖(圖4)。結(jié)果顯示,除了BoSUS1b含有10個(gè)外顯子,BoSUS5含有13個(gè)外顯子,BoSUS2含有14個(gè)外顯子外,其余的BoSUS基因均含有12個(gè)外顯子,但是各成員外顯子的位置和長(zhǎng)度存在較大差異。其中,相比BoSUS1a,旁系同源基因BoSUS1b發(fā)生了可變剪切和內(nèi)含子插入,導(dǎo)致其丟失第6、第11位外顯子,且第2、第6位內(nèi)含子長(zhǎng)度增長(zhǎng)(圖4)。而B(niǎo)oSUS6a和BoSUS6b之間外顯子、內(nèi)含子數(shù)量以及長(zhǎng)度均沒(méi)有發(fā)生明顯變化,屬于高度保守的。
分別通過(guò)在線軟件CELLO v2.5和BaCelLo對(duì)甘藍(lán)BoSUS蛋白進(jìn)行亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè),結(jié)果如表3所示,2種軟件的預(yù)測(cè)結(jié)果均表明甘藍(lán)BoSUS蛋白位于細(xì)胞質(zhì)中。
2.5甘藍(lán)BoSUS基因啟動(dòng)子的順式作用元件分析
用PlantCARE數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)甘藍(lán)BoSUS基因家族成員的上游1 500 bp啟動(dòng)子區(qū)域進(jìn)行順式作用元件的預(yù)測(cè)(表4)。預(yù)測(cè)有7個(gè)與逆境和激素反應(yīng)相關(guān)的順式作用元件,包括ABRE(ABA響應(yīng)元件)、ARE(厭氧誘導(dǎo)調(diào)控元件)、GARE-motif(赤霉素響應(yīng)元件)、LTR(低溫響應(yīng)元件)、TCA-element(水楊酸響應(yīng)元件)、CGTCA-motif、TGACG-motif(茉莉酸甲酯響應(yīng)元件)。這些順式作用元件在5個(gè)BoSUS基因中均有分布,但是BoSUS6b基因啟動(dòng)子中沒(méi)有發(fā)現(xiàn)此類調(diào)控元件。
2.6甘藍(lán)BoSUS基因在不同器官/組織及低溫脅迫下表達(dá)模式分析
研究7個(gè)BoSUS基因在甘藍(lán)愈傷組織、根、莖、葉、芽、花和角果中的基因表達(dá)水平(圖5)。其中,BoSUS2基因在各個(gè)器官/組織中均沒(méi)有表達(dá)量(FPKM)(圖5未列出)。從整體表達(dá)水平看,BoSUS1a、BoSUS1b和BoSUS3基因在各個(gè)器官/組織中的表達(dá)水平(根和葉除外)要高于BoSUS5、BoSUS6a和BoSUS6b基因。此外,BoSUS1a、BoSUS1b和BoSUS3均在花中高水平表達(dá),BoSUS1a基因在花中的表達(dá)量FPKM值最大,為867(圖5)。
此外,還分析了BoSUS基因在低溫脅迫下不同耐寒性甘藍(lán)材料中的表達(dá)模式差異。如圖6所示,總體而言,BoSUS1a基因低溫處理下的整體表達(dá)水平遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于其他幾個(gè)BoSUS基因。耐冷甘藍(lán)CT-923葉片中BoSUS1a和BoSUS1b在低溫處理6、24 h后的表達(dá)量相比對(duì)照(Mock)急劇升高。冷敏甘藍(lán)CS-D9葉片中BoSUS1a和BoSUS1b基因的表達(dá)水平在低溫處理6 h后出現(xiàn)了緩慢的升高,而在低溫處理24 h后,處理組的表達(dá)量相比對(duì)照也是出現(xiàn)了表達(dá)量急劇升高。而B(niǎo)oSUS3基因僅僅在冷敏甘藍(lán)CS-D9葉片被低溫處理24 h后出現(xiàn)了2.5倍的上升,其他時(shí)期均沒(méi)有明顯變化(圖6)。此外,BoSUS5、BoSUS6a和BoSUS6b整體表達(dá)水平很低,這與圖5的組織表達(dá)水平相類似,且低溫處理后的表達(dá)量沒(méi)有發(fā)生明顯變化。綜上所述,BoSUS1a和BoSUS1b是響應(yīng)低溫脅迫的關(guān)鍵蔗糖合成酶基因。
3討論與結(jié)論
糖代謝不僅是植物發(fā)育的核心,也是非生物脅迫響應(yīng)的核心, 因此了解其潛在的機(jī)制對(duì)于提高植物對(duì)干旱、高溫和冷脅迫的耐受性至關(guān)重要[28]。由于蔗糖本身就是一種重要的信號(hào)分子,參與到植物的生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程,SUS參與的蔗糖代謝過(guò)程產(chǎn)生的己糖分子也可以作為感知能量和代謝物變化的信號(hào)分子[29],參與到細(xì)胞壁信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、細(xì)胞周期和激素調(diào)節(jié)等過(guò)程中,以此來(lái)調(diào)控種子的發(fā)育過(guò)程[5,30-31]。
SUS蛋白是一種胞質(zhì)可溶性酶,有助于淀粉和蛋白質(zhì)的生物合成以及能量的產(chǎn)生,在植物生長(zhǎng)發(fā)育中有重要的作用。基于甘藍(lán)基因組,鑒定出7個(gè)SUS家族成員,擬南芥、水稻和桃中也鑒定出6個(gè)SUS基因[12-13,32],葡萄中鑒定出5個(gè)SUS基因[33],楊樹(shù)中鑒定出4個(gè)SUS基因[15]。外顯子-內(nèi)含子結(jié)構(gòu)被認(rèn)為在多基因家族的進(jìn)化中發(fā)揮重要作用。本研究發(fā)現(xiàn)BoSUS基因內(nèi)含子的數(shù)目為9~13個(gè),其中包含11個(gè)內(nèi)含子的BoSUS基因數(shù)目最多,為4個(gè),這與大豆和楊樹(shù)的內(nèi)含子數(shù)目均在11~14個(gè)之間[15-16]相符合,這表明SUS家族的內(nèi)含子數(shù)目在不同物種間具有高度保守性。此外,旁系同源基因BoSUS1a、BoSUS1b之間發(fā)生了部分可變剪切和內(nèi)含子插入,導(dǎo)致BoSUS1a與BoSUS1b基因之間功能的多樣性,使得出現(xiàn)了BoSUS1a與BoSUS1b基因在不同器官/組織以及響應(yīng)低溫脅迫的基因表達(dá)水平的極大差異。通過(guò)甘藍(lán)BoSUS基因在不同器官/組織中的表達(dá)水平可以看出,BoSUS1a、BoSUS1b和BoSUS3基因在甘藍(lán)不同器官/組織中蔗糖代謝過(guò)程中起著重要作用。此外,BoSUS1a、BoSUS1b和BoSUS3基因均在花器官中表達(dá)水平最高,表明花器官作為庫(kù)器官,在生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程中需要大量的物質(zhì)和能量,需要蔗糖合成酶將庫(kù)器官里的蔗糖分解,形成從源到庫(kù)的蔗糖濃度梯度,為蔗糖由韌皮部向庫(kù)器官的運(yùn)輸提供壓力,保證蔗糖向庫(kù)中持續(xù)供應(yīng)。
耐冷甘藍(lán)CT-923葉片中BoSUS1a和BoSUS1b基因的表達(dá)水平在低溫處理6、24 h后相比對(duì)照急劇升高,而冷敏甘藍(lán)CS-D9中BoSUS1a和BoSUS1b基因表達(dá)水平雖然出現(xiàn)了升高,但表達(dá)水平遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于耐冷甘藍(lán)CT-923。表明耐冷甘藍(lán)CT-923在低溫脅迫下,葉片中BoSUS1a和BoSUS1b基因迅速響應(yīng),表達(dá)量急劇上升,使得BoSUS1a和BoSUS1b酶活性增強(qiáng),為產(chǎn)生保護(hù)性反饋機(jī)制提供能量,還增加了細(xì)胞內(nèi)的細(xì)胞液濃度,冰點(diǎn)降低,抑制了細(xì)胞內(nèi)冰核的形成,使得耐冷甘藍(lán)CT-923耐寒性增強(qiáng)。這與Fenando等的“當(dāng)植物受到脅迫時(shí),細(xì)胞內(nèi)的可溶性糖含量迅速增加,來(lái)維持細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和細(xì)胞膜穩(wěn)定”的結(jié)論[34]相一致。有研究還發(fā)現(xiàn),SUS促進(jìn)蔗糖分解所需要的能量相比其他蔗糖代謝需要的更少,所以在逆境脅迫下,植物更傾向于通過(guò)SUS促進(jìn)蔗糖分解來(lái)提供還原糖維持生長(zhǎng)[35]。Klotz等研究發(fā)現(xiàn),在低溫、干旱、高鹽和傷害脅迫下,甜菜SUS基因都會(huì)被誘導(dǎo)而表達(dá)上調(diào)[36]。同樣在小麥的研究中發(fā)現(xiàn),遭遇冷害的小麥SUS蛋白含量升高了5~6倍,這表明SUS蛋白可能參與小麥冷馴化的過(guò)程,可能是通過(guò)調(diào)節(jié)細(xì)胞內(nèi)可溶性糖的含量以及滲透壓的方式來(lái)增強(qiáng)耐寒性[37]。此外,在水稻研究中還發(fā)現(xiàn),水稻種子在受到高溫脅迫時(shí),通過(guò)過(guò)表達(dá)OsSUS3基因可使種子的堊白減少,來(lái)降低高溫對(duì)水稻產(chǎn)量和品質(zhì)的造成危害[38]。總之,SUS蛋白可以參與多個(gè)逆境脅迫響應(yīng),通過(guò)過(guò)表達(dá)SUS基因大多數(shù)都能提高植物抵抗逆境脅迫的能力[39]。本研究發(fā)現(xiàn)的耐冷甘藍(lán)CT-923葉片中BoSUS1a和BoSUS1b基因在低溫脅迫后的表達(dá)水平急劇變化,為后續(xù)進(jìn)一步開(kāi)展BoSUS1a和BoSUS1b基因的具體功能研究奠定了基礎(chǔ)。
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