蟲媒病毒流行病學(xué)缺少及時有效疫情警報信號的監(jiān)測系統(tǒng)。我們綜合了2017—2020年巴西伊瓜爾市昆蟲學(xué)、流行病學(xué)和昆蟲病毒學(xué)數(shù)據(jù)設(shè)計了一個綜合監(jiān)測系統(tǒng)。我們在整個城市覆蓋了3 476個蚊媒容器,每2個月對容器進行檢查并計算5個指標(biāo),包括傳統(tǒng)調(diào)查幼蟲的房屋指數(shù)(HI)與布雷圖指數(shù)(BI),容器指數(shù)(TPI),以及成蚊密度(ADI)和成蚊叮咬指數(shù)(MII)。我們在容器里采集到的活體成年伊蚊中篩查到了登革熱病毒、寨卡病毒和基孔肯尼亞病毒。成蚊捕獲指標(biāo)(TPI、ADI、MII)預(yù)測暴發(fā)水平高于傳統(tǒng)的幼蟲調(diào)查指數(shù)(HI和BI),我們能夠在每一輪容器檢查后36 h內(nèi)繪制出蟲害水平的分級統(tǒng)計圖。定位自然感染的蚊媒為當(dāng)?shù)毓残l(wèi)生官員確定干預(yù)應(yīng)對領(lǐng)域的優(yōu)先次序提供了及時的參考依據(jù),防止病毒暴發(fā)。
2017—2018年印度北部烏納奧區(qū)一次HIV 暴發(fā)調(diào)查中發(fā)現(xiàn)研究對象HCV 抗體高流行率。我們對HCV 樣本的NS5B和核心基因的部分序列進行分型。我們觀察到無論HIV 合并感染狀態(tài)如何,病毒載量和HCV 序列均無關(guān)聯(lián),所有HCV 分離株均屬于3a基因型。NS5B 系統(tǒng)發(fā)育中分離株的單系聚類表明疫情是由單個分離株或其近緣后代引起的。NS5B基因核苷酸替換率為6×10-3位點/年,核心基因核苷酸替換率為2×10-3位點/年。估計分離株最近的共同祖先的時間(t MRCA)是2012年,與此次疫情的時間線一致,可能原因是在尋求醫(yī)療保健時暴露于不安全注射。HIV-HCV 合并感染表明,需要進行系統(tǒng)監(jiān)測和綜合方法,將丙型肝炎檢測和HIV 檢測結(jié)合起來,以便早期發(fā)現(xiàn)和及時干預(yù)以阻止傳播,加強醫(yī)療服務(wù)系統(tǒng),增強社區(qū)能力,將分子分析作為實用的公共衛(wèi)生工具。
在大流行時期,不同來源的數(shù)據(jù)可以反映疾病流行過程不同方面的變化。血清流行病學(xué)調(diào)查可構(gòu)成一致的流行演變。我們評估了2020年3—12月來自巴西7個城市7 837個獻(xiàn)血者的SARS-Co V-2 IgG 血清流行率。我們基于已報告的SARS-Co V-2病例數(shù)和獻(xiàn)血者血清學(xué)結(jié)果調(diào)整了模型一個輸入值,輸出了隱藏變量估計值,如SARS-Co V-2 日傳播率和已報告、未報告病例的累積發(fā)病率。我們研究可通過調(diào)查獻(xiàn)血者血清學(xué)樣本獲得城市人口累積發(fā)病率。這種方法可延伸應(yīng)用在其他傳染病。
血透患者是SARS-Co V-2 高危人群且病死率高,因此是最先接種SARS-Co V-2疫苗的人群。研究高危血液透析患者和健康捐贈者的德國隊列接種2針疫苗后3周抗體反應(yīng)的分析已經(jīng)發(fā)表,我們使用干擾素-γ釋放試驗和多重免疫球蛋白(IgG)檢測方法進一步評估該隊列接種BNT162b2 疫苗(輝瑞公司和Bio NTech共同研發(fā))4個月后血清和唾液中的細(xì)胞和體液免疫反應(yīng)。通過血管緊張素轉(zhuǎn)換酶2受體結(jié)合域競爭實驗,我們深入比較疫苗誘導(dǎo)IgG對4種SARS-Co V-2變異株(Alpha、Beta、Gamma和Delta)的中和能力。與接種2 針疫苗后3 周對比,接種2針后6周對原始SARS-Co V-2分離物和變異株的細(xì)胞和體液反應(yīng)大大減少,一些透析患者甚至未檢測到B細(xì)胞或T 細(xì)胞反應(yīng)。
由于許多COVID-19 高發(fā)國家基因組取樣有限,阻礙了對SARS-Co V-2 基因組流行病學(xué)的研究。因此,關(guān)于病毒遺傳多樣性的產(chǎn)生和全球分布的重要問題仍然存在。我們調(diào)查了印度古吉拉特邦COVID-19第一波疫情期間SARS-Co V-2傳播動力學(xué),揭示疫情最嚴(yán)重地區(qū)之一的病毒傳播情況。通過整合20個州的病例數(shù)據(jù)和434份全基因組測序樣本,我們重建了古吉拉特邦SARS-Co V-2傳播動力學(xué)和空間傳播。我們的研究表明國際區(qū)域連接、人口密度是古吉拉特邦疫情暴發(fā)的主要原因。我們檢測到上百條的病毒傳播鏈,其中大多數(shù)涉及國際旅游。在古吉拉特邦,病毒傳播主要從人口稠密區(qū)域向臨近低密度人口區(qū)域傳播,這表明中心城市不同程度地影響病毒傳播。
美國喬治亞洲報道了1例人暴露白尾鹿感染中原病毒(Heartland virus,HRTV)的死亡病例,因此2018—2019年在血清陽性白尾鹿和人類感染病例住所附近的26 個采樣點開展蜱蟲調(diào)查。我們對9 294只美洲鈍眼蜱(一種孤星蜱)分為949個混合樣本(不分性別與蜱齡,按所在地劃分),通過非洲綠猴腎細(xì)胞(Vero E6)分離病毒和病毒逆轉(zhuǎn)錄PCR 擴增,對病毒分離或PCR 陽性的樣本進行全基因組測序。有3 個樣本檢測到HRTV 陽性(最低感染率0.46/1000 蜱),未檢測到Bourbon病毒(也可由美洲鈍眼蜱傳播);細(xì)胞培養(yǎng)證實HRTV 在2個樣本中存在;全基因組測序表明樣本中分離的3 株HRTV 高度同源,但與之前分離的HRTV 基因序列不同(見表1)。從美洲鈍眼蜱分離到的HRTV病毒株及基因特征表明美國存在該病毒。臨床醫(yī)生和公共衛(wèi)生專業(yè)人員應(yīng)了解這種新發(fā)的蜱傳病原體。
表1 2019年喬治亞洲普特南縣和瓊斯縣美洲鈍眼蜱樣本HRTV陽性
多位點的單核苷酸多態(tài)性與惡性瘧原蟲耐藥性相關(guān)。我們研究了2008—2009 年、2013—2014 年和2017—2018年3個時期加拿大輸入性瘧疾病例中惡性瘧原蟲耐藥性標(biāo)志物的流行情況。我們分析了atpase6(pf ATPase6)、pfcrt(氯喹耐藥轉(zhuǎn)運蛋白)、cytb(細(xì)胞色素b)、dhfr(二氫葉酸還原酶)、dhps(二氫膦酸合成酶)、mdr1(多耐藥蛋白)和mdr1拷貝數(shù),以及kelch13(13號染色體上的kelch蛋白基因)單核苷酸多態(tài)性。隨時間的推移,我們觀察到dhfrS108N 和dhpsA613T 的突變基因型增加,而mdr1 N86Y、mdr1 D1246Y、pfcrtK76T 和pfcrt74-75的突變基因型減少,未發(fā)現(xiàn)kelch13突變。氯喹耐藥性突變隨時間推移越來越少,這反映了非洲旅行者氯喹壓力的降低,普羅胍耐藥性突變隨著時間的推移而增加。少量基因型證實了感染的異質(zhì)性,可能導(dǎo)致治療失敗或復(fù)發(fā)。
我們分析了一個藥房數(shù)據(jù)集(IQVIA),2020年新型冠狀病毒病大流行期間美國國家結(jié)核病監(jiān)測系統(tǒng)(NTSS)報告的結(jié)核病例數(shù)比2016—2019 年平均病例數(shù)減少了20%。我們檢驗了結(jié)核藥物分配數(shù)據(jù)與NTSS結(jié)核病例數(shù)之間的相關(guān)性,并使用季節(jié)性自回歸綜合移動平均模型來預(yù)測2020年的病例數(shù)。2016—2019年,結(jié)核藥物治療數(shù)據(jù)的趨勢與NTSS數(shù)據(jù)的趨勢相關(guān)。根據(jù)以往趨勢,2020年結(jié)核病處方數(shù)和病例數(shù)比預(yù)期要少,在4—5月,這一降幅尤其大。IQVIA 數(shù)據(jù)與NTSS 一致,表明2020年病例大幅下降并非發(fā)生嚴(yán)重漏報,但不排除診斷不足或?qū)嶋H下降。了解2020年結(jié)核病例數(shù)下降背后的機制將有助于為大流行后結(jié)核病例數(shù)的可能反彈做好規(guī)劃。