楊寶偉
(黑龍江省哈爾濱市呼蘭區(qū)第四中學(xué),哈爾濱 150500)
自1880年,法國植物學(xué)家席姆佩爾發(fā)現(xiàn)植物葉綠體以來,人們對(duì)葉綠體的研究從未止步。自然界中植物通過葉綠體進(jìn)行光合作用,而光合作用就是將二氧化碳和水轉(zhuǎn)化為糖類,儲(chǔ)存能量釋放氧氣。因此,光合作用幾乎是植物生長(zhǎng)不可或缺自然界不可或缺的過程。分子生物學(xué)的進(jìn)步大大促進(jìn)了植物葉綠體的研究水平。1960年人們發(fā)現(xiàn)葉綠體DNA(chloroplast DNA,cpDNA)。 它們是由具有光合作用的藍(lán)細(xì)菌通過十億年前的內(nèi)分泌事件演化而來。葉綠體不僅能夠進(jìn)行光合作用,還參與完成了氨基酸、核苷酸、蛋白質(zhì)等物質(zhì)的代謝活動(dòng)。其后,科研工作者1986年首次報(bào)道了煙草中葉綠體的全基因組序列。到目前為止已經(jīng)完成了400種以上的植物葉綠體全基因組測(cè)序。開展植物葉綠體基因組分子生物學(xué)等方面的研究,前提就是分離出高質(zhì)量的葉綠體。分離植物葉綠體常用的方法有3種:蔗糖密度梯度離心法、Percoll密度梯度離心法和高鹽-低pH 法。本研究高鹽-低pH 法探究甜菜葉綠體的分離提取方法,為深入了解甘薯葉綠體基因組、分析挖掘相關(guān)基因等研究提供基礎(chǔ)。
以工大甜單1號(hào)為材料,材料種植于哈工大甜菜功能基因組實(shí)驗(yàn)室育苗中心,再4對(duì)真葉期,室溫下暗處理3-4 d,充分消耗葉片中的淀粉多糖等,減少其對(duì)葉綠體分離的影響。
取甜菜葉片20-30 g加入緩沖液 A:1.25 mol/L NaCI,20 mmol/L EDTA-Na2,50 mmol/L Tris-HCI(Ph 8.0),0.25 mol/L Vc,1 mmol/L DTT,0.1% BSA。勻漿處理,低速勻漿3~5次,高速勻漿3~5次,每次6~10 s。勻漿結(jié)束后,先用8層紗布過濾勻漿液,將濾液收集完整,分裝到50 mL離心管中,4℃條件下1 000 r/min離心4 min,將上清轉(zhuǎn)移到新的50 mL離心管中,棄沉淀,該步驟重復(fù)1次;將上清液液轉(zhuǎn)移到新的50 mL離心管中,4 000 r/min離心15 min,收集沉淀?xiàng)壣锨逡海挥?5 ml預(yù)冷的緩沖液B:20 mmol/L EDTA-Na2,50 mmol/L Tris-HCI(pH 8.0),0.1% BSA,1.25 mol/L NaCI,1 mmol/L DTT)輕輕重懸沉淀,4 000 r/min離心15 min,收集沉淀,棄上清液,重復(fù)1次該步驟;用25 mL緩沖液 C:7 mmol/L EDTA-Na2,40 mmol/L蔗糖,50 mmol/L Tris-HCI(pH 8.0),0.1% BSA)再重懸沉淀。4 000 r/min離心15 min,收集沉淀,棄上清液;再用2 ml 緩沖液C重懸沉淀,同時(shí)加入 DNaseI(8~10 μL)和10 μL 的2 mmol/L MgCI2,37℃水浴鍋孵育30 min,期間搖晃混勻8~10 次,加 入1.7 mL 的 EDTA-Na2(500 mmol/L),終止該酶解反應(yīng),室溫靜置8~10 min;加入 40 mL 緩沖液D :1.25 mmol/L NaCI,50 mmol/L EDTA-Na2,50 mmol/L Tris-HCI(pH 8.0)。50 mmol/L NaF?;靹蛞院? 000 r/min離心20 min,收集沉淀?xiàng)壣锨逡?,? mL緩沖液E:100 mmol/L NaCI,50 mmol/L EDTA-Na2,100 mmol/L Tris-HCI(pH 8.0),1 mmol/L DTT重懸沉淀,得到完整的葉綠體溶液。
葉綠體溶液中加入 0.5 ml 20%SDS 溶液破碎葉綠體,加入10 μL蛋白酶K(10 mg/ml)去除蛋白質(zhì),55℃水浴3 h;加入0.5 mL 5 mol/L KAc冰浴20 min.加入等體積的飽和酚抽,10 000 r/min離心10 min;收集上清液加入0.5 mL CTAB/NaCI溶液和0.5 mL體積比為24∶1的氯仿/異戊醇并充分混勻,以10 000 r/min離心10 min;在上清液中加入0.05 mL的3 mol/L NaAc和1 mL的無水乙醇,置于-20℃環(huán)境中過夜。以10 000 r/min離心 20 min后,棄置上清液,收集沉淀物,用70%酒精漂洗2次,自然涼干.沉淀加入100~500 μL 無菌水,得到cpDNA 溶液。
使用NanoDrop 2000微量分光光度計(jì)測(cè)定葉綠體 DNA 溶液的濃度與純度。
通過分析表明,高鹽-低pH 法操作簡(jiǎn)單,利用普通離心機(jī)多次離心即可滿足分離要求,且葉綠體產(chǎn)率較高,葉片中葉綠體約為 7.344×107個(gè)/g。在目鏡10倍和物鏡40倍的顯微鏡下可觀察到清晰完整的葉綠體。
用微量紫外分光光度計(jì)檢測(cè)葉綠體 DNA 純度與濃度,高鹽-低pH 法的 A260/A280比值為1.86,介于1.80和2.00之間,質(zhì)量濃度分別為 80.1 ng/μL,高鹽-低 pH 法分離 得到的葉綠體DNA 產(chǎn)率較高,鮮質(zhì)量分?jǐn)?shù)為269 ng/g。
本研究結(jié)果表明,使用高鹽-低pH 法均能夠分離得到質(zhì)量較好的甜菜葉片的葉綠體,高鹽-低pH法相較傳統(tǒng)方法具有操作簡(jiǎn)單,耗時(shí)短且產(chǎn)率高等優(yōu)點(diǎn)。并可用于后續(xù)的葉綠體 DNA、蛋白質(zhì)提取分離工作等。在傳統(tǒng)純化 DNA 過程中會(huì)在緩沖液中加入抗氧化劑,如β巰基乙醇等,但是其具有刺激性氣味,毒性較大。而本研究所使用 DTT作為抗氧化劑,不僅刺激氣味小,毒性也小低。在裂解葉綠體之前,使用 DNaseI消化核基因組 DNA,能夠有效地降低了核基因組的污染。在分離甜菜葉片葉綠體之前,暗處理3-4 d,可有效地降低葉片中糖分對(duì)葉綠體分離的影響,而且在提取葉綠體DNA 時(shí),加入 CTAB/NaCI可以去除多糖的污染。