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      濟(jì)南口岸輸入性蜚蠊攜帶病原體宏基因組分析

      2024-03-06 08:52:04辛國(guó)輝閆榮軍韓煥美張春新厲淑紅宗春輝通信作者
      口岸衛(wèi)生控制 2024年1期
      關(guān)鍵詞:華大磁珠文庫(kù)

      趙 輝,辛國(guó)輝,閆榮軍,韓煥美,張春新,厲淑紅,彭 健,宗春輝(通信作者)

      (1.濟(jì)南國(guó)際旅行衛(wèi)生保健中心,山東 濟(jì)南 250012;2.濟(jì)南海關(guān),山東 濟(jì)南 250012)

      蜚蠊是重要的口岸病媒生物,可以傳播多種細(xì)菌、病毒及寄生蟲,增加病原體通過(guò)口岸傳播風(fēng)險(xiǎn),給口岸衛(wèi)生檢疫工作帶來(lái)巨大的挑戰(zhàn)[1]。山東省自然環(huán)境適合蜚蠊的生長(zhǎng),輸入性蜚蠊對(duì)濟(jì)南海關(guān)轄區(qū)各口岸的公共衛(wèi)生安全造成了威脅。本研究利用宏基因組技術(shù)對(duì)2022 年至2023 年6 月間濟(jì)南海關(guān)轄區(qū)截獲送檢的623 只蜚蠊攜帶病原體進(jìn)行監(jiān)測(cè)分析,可為口岸防控蜚蠊傳播疾病提供技術(shù)支持。

      1 材料與方法

      1.1 蟲體采集與處理

      研究所采用的623 只蜚蠊為濟(jì)南海關(guān)轄區(qū)口岸入境的船舶、集裝箱檢疫截獲。截獲的蟲體使用無(wú)菌密封袋保存,加干冰運(yùn)輸至實(shí)驗(yàn)室。每批次40~50 只,每組制作成一個(gè)樣本,使用PBS 緩沖液對(duì)蜚蠊體表進(jìn)行反復(fù)沖洗,再用75%乙醇消毒5 min,最后用PBS 緩沖液反復(fù)洗滌3 次,采用液氮研磨的方法破碎勻漿,-80 ℃保存。

      1.2 主要實(shí)驗(yàn)試劑及耗材

      1.2.1 檢測(cè)試劑盒

      霍亂弧菌、沙門氏菌、志賀氏菌、諾如病毒PCR檢測(cè)試劑盒(上海之江生物科技股份有限公司生產(chǎn))。

      1.2.2 文庫(kù)構(gòu)建

      ATPOIex RNA 多重PCR 建庫(kù)試劑盒套裝V3.1(包括ATPOIex RNA 多重PCR 擴(kuò)增模塊、內(nèi)參引物池V3.1、MGIEasy DNA 純化磁珠試劑盒)(華大制造)。

      1.2.3 酶切文庫(kù)制備試劑盒

      MGIEasy Fast PCR-FREE 酶切文庫(kù)制備試劑盒套裝(包括MGIEasy Fast PCR-FREE 酶切文庫(kù)制備模塊、MGIEasy 雙端獨(dú)立標(biāo)簽PF 接頭試劑盒A、MGIEasy DNA 純化磁珠試劑盒)(華大制造)。

      1.2.4 DNB 制備

      DNBSEQ 一步法DNB 制備試劑盒V2.0(OSDB)(華大制造)。

      1.2.5 測(cè)序套裝和芯片

      DNBSEQ-G99RS 高通量測(cè)序試劑槽和DNBSEQ-G99RS 測(cè)序載片(華大制造)。

      1.3 儀器設(shè)備

      1.3.1 核酸提取儀,西安天隆,GeneRotex96

      1.3.2 PCR 儀,ABI-Q5

      1.3.3 基因測(cè)序儀,華大,DNBSEQ-G99

      1.3.4 PNB 濃度檢測(cè)儀,Thermo-Qubit4.0

      1.4 宏基因組檢測(cè)分析

      1.4.1 體表清洗液和組織液使用GeneRotex96 提取總RNA,RNA 均溶于DEPC 處理水。將檢測(cè)合格的RNA 去除rRNA,保留mRNA 以及其它的非編碼RNA,用于后續(xù)的文庫(kù)構(gòu)建。使用RNA 純化磁珠對(duì)RNA 消化產(chǎn)物進(jìn)行純化,使用NF water 洗脫RNA,制備DNB,用Qubit?ssDNA Assay Kit 和Qubit?Fluorometer 進(jìn)行濃度檢測(cè)。使用DNBSEQG99 測(cè)序儀,將已加載好的芯片放于機(jī)器運(yùn)行測(cè)序程序。

      1.4.2 測(cè)序數(shù)據(jù)拼接完成后,使用大數(shù)據(jù)、統(tǒng)計(jì)模型、分析軟件CLC 和Nextclade 在線網(wǎng)站等進(jìn)行多序列比對(duì)和分析。

      2 結(jié)果

      2.1 蜚蠊物種鑒定情況

      口岸截獲的623 只蜚蠊經(jīng)鑒定均為德國(guó)小蠊。

      2.2 病原體檢測(cè)情況

      霍亂弧菌、沙門氏菌、志賀氏菌、諾如病毒PCR檢測(cè)均為陰性。

      2.3 病毒宏基因組檢測(cè)情況

      623 只蜚蠊制作的15 組樣本中檢出蟑螂桿狀體細(xì)菌、大腸桿菌、腸球菌屬、不動(dòng)桿菌屬、魏斯氏菌屬、變形桿菌、克雷伯菌屬等多種條件致病菌。(見表1)。

      表1 輸入性蜚蠊病原體宏基因組檢測(cè)情況

      3 討論

      隨著我國(guó)經(jīng)濟(jì)發(fā)展和對(duì)外開放速度的提高,入出境人員及交通工具、集裝箱、貨物等逐年劇增,由此帶來(lái)的輸入性病媒生物及媒介傳染病傳入的風(fēng)險(xiǎn)性也進(jìn)一步加大。特別是我國(guó)許多口岸本身處于媒介傳染病的疫區(qū)或與境外疫區(qū)接壤,同時(shí)來(lái)自各種疫區(qū)的交通工具、集裝箱、貨物數(shù)量巨大,其帶來(lái)的危險(xiǎn)性更加突出。

      蜚蠊作為口岸監(jiān)測(cè)的重點(diǎn)病媒生物,具有高度適應(yīng)性,它們可能會(huì)通過(guò)交通工具、集裝箱和貨物等檢疫對(duì)象跨境轉(zhuǎn)移,很容易在入侵地定殖并形成危害。蜚蠊可以攜帶多種致病病原體,如大腸埃希菌可引起各種腸內(nèi)外的感染,是腹瀉和泌尿道感染的主要病原菌;克雷伯菌可引起肺部感染、泌尿道感染、膽道感染、敗血癥和化膿性腦膜炎等嚴(yán)重疾病,對(duì)人類造成嚴(yán)重危害[3]。本研究未檢出高致病病原體和不明病原體,條件致病菌檢出率高于高玉峰等研究[2],可能與使用的方法學(xué)以及樣本來(lái)源和數(shù)量有關(guān),本研究的樣本均為海港口岸截獲送樣,來(lái)源國(guó)家多為中東、日本、韓國(guó)等地區(qū)和國(guó)家,環(huán)境對(duì)蜚蠊的種群和攜帶病原體有一定的影響。本研究中,由于病原體豐度等因素,存在部分低辨識(shí)度或無(wú)法鑒定的RNA,可能會(huì)對(duì)病原體的檢出產(chǎn)生影響。

      宏基因組分析檢測(cè)技術(shù)為濟(jì)南口岸防控輸入性蜚蠊傳播疾病提供有效技術(shù)支持,且在檢測(cè)靈敏度方面優(yōu)于PCR 檢測(cè)技術(shù)。通過(guò)加強(qiáng)口岸蜚蠊監(jiān)控,可以及時(shí)發(fā)現(xiàn)并攔截外來(lái)物種,采取措施進(jìn)行防治,從而降低外來(lái)傳染病入侵和傳播的風(fēng)險(xiǎn)。加強(qiáng)對(duì)入境交通運(yùn)載工具的衛(wèi)生檢疫工作,通過(guò)加強(qiáng)口岸蜚蠊監(jiān)控,可以及時(shí)發(fā)現(xiàn)并處理攜帶病原體的蜚蠊,有效預(yù)防疾病的傳播和擴(kuò)散,保障人民生命健康,防止疾病通過(guò)口岸傳入和流行,對(duì)于保障國(guó)民健康和經(jīng)濟(jì)生產(chǎn)意義重大。

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