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      江西部分地區(qū)豬痘病毒PCR檢測及P35基因的分析

      2013-08-14 08:01:04鄧舜洲蔣新華朱芝秀鄔向東戴益民張文波
      動物醫(yī)學(xué)進展 2013年2期
      關(guān)鍵詞:痘病毒病料核苷酸

      鄧舜洲,蔣新華,冷 闖,朱芝秀,鄔向東,戴益民,張文波

      (江西農(nóng)業(yè)大學(xué)動物科學(xué)技術(shù)學(xué)院,江西南昌330045)

      豬痘病毒(Swinepox virus,SWPV)是痘病毒科(Poxviridae)脊椎動物亞科(Chordopoxvirinae,ChPV)豬痘病毒屬(Suipoxvirus)的唯一成員[1],以引起豬的發(fā)熱,表皮損傷,形成痘疹和結(jié)痂為特征;主要危害4月齡以內(nèi)的仔豬,發(fā)病率可達100%,成年豬呈溫和性感染,而且其發(fā)病率與飼養(yǎng)環(huán)境有關(guān)[2]。SWPV具有嚴(yán)格的宿主特異性,豬是該病毒的唯一自然感染宿主。1842年Spinola首次在歐洲發(fā)現(xiàn)本病并報道,1960年Kasza L等[3]利用PK-15細(xì)胞分離到豬痘病毒;2011年Maria M L等[4]報道巴西某豬場的保育豬暴發(fā)豬痘。目前,豬痘呈世界性分布[2]。

      由于豬痘對養(yǎng)豬業(yè)造成的直接損失較小,雖然也有豬痘病毒感染引起流產(chǎn)或死胎等繁殖障礙的報道[5],但豬痘臨床上主要表現(xiàn)部分豬皮膚出現(xiàn)不同程度的損傷(如水皰、痘痂、局部潰爛等),大部分感染豬能自行康復(fù),因此,豬痘防控工作常被畜牧獸醫(yī)工作者忽視。豬痘病毒的研究主要集中于豬痘病毒作為表達載體[6-8]。國內(nèi)也有豬痘病例報道,但僅限于臨床診斷[9-11],未見從分子生物學(xué)角度進行豬痘流行病學(xué)調(diào)查的報道。

      本研究根據(jù)NCBI登錄的SWPV(AF410153.1)P35保守基因序列,設(shè)計并合成一對引物,從江西省36個規(guī)模化豬場采集疑似豬痘病豬的皮膚痘痂,提取DNA后進行PCR檢測,了解江西省豬群中豬痘病毒的感染情況。在此基礎(chǔ)上,對江西省部分地區(qū)豬痘病毒陽性病料的P35保守基因進行測序,通過對P35基因比對分析,了解江西株之間及其與參考毒株間的親緣關(guān)系,為今后進行豬痘病毒的相關(guān)研究積累資料。

      1 材料與方法

      1.1 材料

      1.1.1 主要試劑 Taq DNA聚合酶、dNTPs、DNA Marker DL 2 000、pEASY-T3Cloning Kit均購自北京全式金生物技術(shù)有限公司;PCR產(chǎn)物膠回收試劑盒購自天根生化科技(北京)有限公司;JM109工程菌由江西農(nóng)業(yè)大學(xué)預(yù)防獸醫(yī)學(xué)實驗室保存。

      1.1.2 病料 55份豬皮膚痘痂為2011年-2012年采集自江西省7個地區(qū)(市)共36個規(guī)?;i場中發(fā)生明顯皮膚痘斑的保育豬(30日齡~70日齡)或母豬,用于測序分析的豬痘病毒陽性病料的背景資料見表1。

      1.1.3 引物設(shè)計與合成 根據(jù)GenBank登錄的豬痘病毒(AF410153.1)基因序列,采用Primer5.0軟件設(shè)計一對擴增豬痘病毒P35基因的引物:

      擴增目的片段大小為975bp,上、下游引物分別引入EcoRⅠ和XhoⅠ酶切位點,引物由Invitrogen (上海)有限公司合成。

      表1 豬痘病毒陽性皮膚痘痂來源背景Table 1 The background of swinepox virus positive skin variolar crust in Jiangxi province

      1.2 方法

      1.2.1 病料中豬痘病毒P35基因的PCR檢測 分別取疑似豬痘的皮膚痘痂0.5g剪碎,加入800μL生理鹽水勻漿,12 000r/min離心10min,取上清液600μL,按奧斯伯等[12]介紹的方法,以提取的DNA為模板進行PCR擴增。PCR反應(yīng)體系為50μL,其中含10×EasyTaqbuffer 5μL,5U/μL的DNA聚 合 酶 0.5 μL,2.5mmol/L dNTPs 4 μL,20μmol/L的上下游引物各0.5μL,模板2μL,ddH2O 37.5μL。PCR反應(yīng)條件為:95℃5min;95℃45s,54℃1min,72℃1min,共30個循環(huán);最后72℃延伸8mim。PCR產(chǎn)物用10g/L瓊脂糖凝膠電泳,膠回收擴增產(chǎn)物,送Invitrogen(上海)有限公司測序。

      1.2.2 P35基因的克隆及測序 按照天根生化科技(北京)有限公司膠回收試劑盒說明書對PCR產(chǎn)物進行回收純化,回收產(chǎn)物與pEASY-T3克隆載體連接,轉(zhuǎn)化至感受態(tài)JM109宿主菌,篩選陽性重組菌。挑取單個菌落送Invitrogen(上海)有限公司進行測序。

      1.2.3 序列分析及系統(tǒng)發(fā)育樹繪制 將測序得到的P35基因核苷酸序列及其推導(dǎo)的氨基酸序列與GenBank登錄的序列進行比較,利用DNA Star軟件中的MegAlign進行P35基因核苷酸序列的同源性和變異分析,并構(gòu)建相應(yīng)的系統(tǒng)發(fā)育進化樹。

      2 結(jié)果

      2.1 病料的PCR擴增結(jié)果

      從55份疑似豬痘的豬皮膚痘痂中提取DNA,經(jīng)PCR擴增,電泳后可見部分病料(44/55)擴增出與預(yù)期大小一致的單一條帶,而正常豬皮膚(無痘斑)則未見擴增條帶(圖1)。結(jié)果表明以上7地區(qū)的部分豬群中存在豬痘病毒的感染。

      圖1 病料PCR擴增結(jié)果Fig.1 PCR results of skin vesicles

      2.2 P35基因序列分析結(jié)果

      對其中19份PCR產(chǎn)物進行測序、分析,結(jié)果表明所測序列與SWPV參考毒株(登錄號:AF410153.1)的P35序列核苷酸同源性為96.3%~98.4%,推導(dǎo)的氨基酸同源性為87.5%~88.5%;所測序列間的核苷酸同源性為97.7%~100%,推導(dǎo)的氨基酸序列同源性為98.2%~100%(圖2)。

      2.3 系統(tǒng)進化分析

      利用DNA Star軟件構(gòu)建P35基因序列的分子進化樹(圖3)。共分成兩個大的分支,其中SWPVJX03、SWPV-JX04和SWPV-01自成一個分支,與參考毒株(AF10153.1)親緣關(guān)系最遠(yuǎn);其他與參考毒株組成一個大的分支,其中與參考毒株親緣關(guān)系最近的是SWPV-JX07和SWPV-JX08;各陽性病料之間的同源性都很高。

      圖2 P35基因核苷酸序列同源性比較Fig.2 Nucleotide identity of nucleotides from SWPV-JX P35gene

      圖3 P35基因核苷酸序列分子進化樹Fig.3 Phylogenetic tree of nucleotides from SWPV-JX P35gene in Jiangxi province

      3 討論

      歐洲、北美和大洋洲均有暴發(fā)豬痘的報道,還有先天性感 染 SWPV 的 報 道[2,13-14]。2010年-2011年,巴西圣保羅的3個養(yǎng)豬場共3 460頭豬有850頭出現(xiàn)皮膚膿皰、丘疹癥狀,最后結(jié)痂,利用分子生物學(xué)方法確定該病原為SWPV[4]。國內(nèi)安徽、黑龍江等也有關(guān)于豬痘病例的報道,發(fā)病豬主要集中在保育到育肥階段[9-11],但僅限于臨床診斷,均未從分子生物學(xué)方面進行研究。

      SWPV的全基因組序列測定已完成,其基因組大小約為146kb,含有150個開放閱讀框(ORF)。其中P35基因編碼豬痘病毒胞內(nèi)成熟病毒粒子(IMV)囊膜表面的一個主要結(jié)構(gòu)蛋白P35,其同源基因也存在于其他痘病毒屬,且具有高度保守性[1],推測其在豬痘病毒中也具有保守性,可用于豬痘病毒的檢測和分析。國外Olivia等利用P35保守基因的同源基因進行痘病毒屬之間的親緣關(guān)系比較分析。

      近年來,在江西部分地區(qū)的規(guī)?;i場的保育仔豬常出現(xiàn)疑似SWPV感染的皮膚痘疹樣病變,為了解其病原和感染情況,本文利用PCR方法從收集的55份樣品中檢測到44份陽性病例,陽性率達80%,證實江西省部分地區(qū)豬群中存在豬痘病毒感染。隨機取19份PCR產(chǎn)物進行測序和序列分析,結(jié)果所測的序列與SWPV參考毒株的核苷酸同源性為96.3%~98.4%,推導(dǎo)的氨基酸同源性為87.5%~88.5%;所測的19條序列之間的核苷酸同源性為97.7%~100%,推導(dǎo)的氨基酸序列同源性為98.2%~100%。表明本次擴增的基因均為SWPV的P35基因序列,與參考毒株的相應(yīng)序列相比,變異度不大,保守性較強,可用于SWPV的分子流行病學(xué)調(diào)查和作為SWP診斷的靶標(biāo)。

      本試驗從江西部分規(guī)?;i場采集可疑豬痘病毒病料,進行PCR檢測,并對部分PCR產(chǎn)物進行序列測定和分析,并分析比較了地方毒之間、地方毒與國外分離毒之間P35基因變異情況,為江西省豬痘病毒的診斷、預(yù)防及流行病學(xué)研究積累了基礎(chǔ)資料。

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