成福春+劉華+房敏
摘要:充分利用系統(tǒng)化醫(yī)學(xué)術(shù)語集-臨床術(shù)語(Systematized Nomenclature of Medicine-Clinical Terms,SNOMED CT術(shù)語)發(fā)展已有的先進(jìn)成果,對(duì)其體系架構(gòu)進(jìn)行深入研究。對(duì)SNOMED術(shù)語兩節(jié)點(diǎn)之間可能存在的多條路徑,利用回溯算法,自動(dòng)查找并輸出。對(duì)于開發(fā)醫(yī)學(xué)術(shù)語檢索引擎,構(gòu)建具有中醫(yī)自身特點(diǎn)的術(shù)語體系等均具有重要意義。
關(guān)鍵詞:SNOMED CT;中醫(yī)術(shù)語;回溯算法;多路徑;編碼化;本地化
doi: 10.3969/j.issn.2095-5707.2014.01.004
Implementation of Multi-Path Algorithm Between Two Nodes of SNOMED CT and Its Significance for the Coding of Traditonal Chinese Medicine Terminology
Cheng Fuchun, Liu Hua, Fang Min
(Yueyang Hospital of Integrated Traditional Chinese and Western Medicine, Shanghai University of Traditional Chinese Medicine, Shanghai 200437, China)
Abstract: The SNOMED CT terminologies have been fruitful. This paper study its architecture deeply. By using backtracking algorithm to find automatically and output the multiple paths between two SNOMED CT nodes. It is important for the development of medical terminology searching engine and the construction of the Traditional Chinese Medicine (TCM) terminology coding system.
Key words: SNOMED CT; TCM terms; back-tracking algorithm; multi-path; coding; localization
1 SNOMED CT簡(jiǎn)介
醫(yī)學(xué)術(shù)語及其編碼化,對(duì)于規(guī)范臨床數(shù)據(jù)采集、數(shù)據(jù)分析檢索利用、提升醫(yī)療質(zhì)量以及研究的深度,具有重要意義。醫(yī)學(xué)術(shù)語文字本身存在多樣性,首先是語種、語言的多樣性,如英語、阿拉伯語、中文等;其次是符號(hào)的多樣性,如各種各樣的符號(hào)都有可能出現(xiàn)在術(shù)語中。因此,通過統(tǒng)一編碼,既可以提高計(jì)算機(jī)處理效率,又可以規(guī)范數(shù)據(jù)錄入,更可以方便使用人員檢索分析等,還可以進(jìn)行世界范圍內(nèi)的術(shù)語交流。由于利用了邏輯描述、關(guān)系型數(shù)據(jù)庫結(jié)構(gòu)等計(jì)算機(jī)技術(shù),SNOMED CT是一個(gè)能夠滿足記錄衛(wèi)生保健、疾病分期、病理生理學(xué)研究、治療及治療結(jié)果所需要的語義學(xué)上統(tǒng)一的臨床術(shù)語與醫(yī)學(xué)信息編碼系統(tǒng),向全世界提供了電子醫(yī)學(xué)記錄(電子病歷)的底層框架支持。SNOMED CT集基礎(chǔ)科學(xué)、實(shí)驗(yàn)室醫(yī)學(xué)和特種醫(yī)學(xué)在內(nèi)的優(yōu)勢(shì)及CTV3術(shù)語有關(guān)初級(jí)護(hù)理的豐富工作成果為一體,成為多語種的、包含內(nèi)容最廣泛的臨床參考術(shù)語與信息編碼系統(tǒng)[1]。
然而,SNOMED CT要在我國應(yīng)用,必須解決以下幾個(gè)問題:①SNOMED CT術(shù)語的漢化問題,以及如何進(jìn)行同步;漢化本身并不存在技術(shù)上的難點(diǎn),但是如何保證其準(zhǔn)確性與統(tǒng)一性;幾十萬條術(shù)語,工作量巨大,何時(shí)能完成;SNOMED CT每半年發(fā)布一次新的版本,如何進(jìn)行更新與同步;②中醫(yī)術(shù)語如何既能獨(dú)立應(yīng)用,又能與SNOMED CT進(jìn)行整合;我國存在的中醫(yī)醫(yī)療體系、中醫(yī)術(shù)語如何加入其中;加哪些內(nèi)容;層次結(jié)構(gòu)如何;術(shù)語之間的關(guān)系如何表示;中醫(yī)術(shù)語目前已有幾個(gè)國家標(biāo)準(zhǔn),如1997版的GB/T 16751.1-1997《中醫(yī)臨床診療術(shù)語 疾病部分》,GB/T 16751.2-1997《中醫(yī)臨床診療術(shù)語 證候部分》,GB/T 16751.3-1997《中醫(yī)臨床診療術(shù)語 治法部分》,以及2006版的GB/T 20348-2006《中醫(yī)基礎(chǔ)理論術(shù)語》。目前發(fā)布的中醫(yī)術(shù)語標(biāo)準(zhǔn),存在以下問題:紙質(zhì)版本,難以進(jìn)行數(shù)據(jù)導(dǎo)入;編碼較為簡(jiǎn)單,層次結(jié)構(gòu)不清晰;未能充分整合,尚缺較多內(nèi)容;長(zhǎng)時(shí)間無更新。中醫(yī)目前尚無一套既具有信息技術(shù)特征,又具有中醫(yī)醫(yī)學(xué)本身特征的術(shù)語編碼體系。③技術(shù)問題。如查詢檢索的效率與準(zhǔn)確性。 對(duì)以上問題進(jìn)行分析與拆解,圍繞著術(shù)語的產(chǎn)生、術(shù)語版本的變遷、術(shù)語的映射、術(shù)語整個(gè)生命周期管理,可以將以上問題分為三類,一是技術(shù)方面的問題,如編碼、索引等,需開發(fā)出相關(guān)算法,解決高效準(zhǔn)確查詢檢索等問題。二是業(yè)務(wù)方面的問題,如術(shù)語分類,層次結(jié)構(gòu),同一概念術(shù)語的多種表達(dá)方式等。需對(duì)核心概念進(jìn)行提取與界定,術(shù)語之間的關(guān)系進(jìn)行定義。三是管理方面的問題,如及時(shí)解決術(shù)語維護(hù)機(jī)制、機(jī)構(gòu)、人員等方面的問題。
2 SNOMED CT術(shù)語本地化需要解決的關(guān)鍵技術(shù)問題
SNOMED CT是基于代碼化的,每一個(gè)術(shù)語都用一個(gè)代碼來表示,在編碼過程中,考慮到了該術(shù)語所處的位置及分類,還考慮到了維護(hù)機(jī)構(gòu)、順序碼、校驗(yàn)碼等。由于存在著常用術(shù)語、同義術(shù)語、近義術(shù)語等,其三張核心表為主概念術(shù)語表、術(shù)語定義表、術(shù)語關(guān)系表。
在SNOMED CT的技術(shù)實(shí)現(xiàn)文檔中,提出兩種服務(wù),一是術(shù)語服務(wù)(Terminology Service),主要功能包括:術(shù)語的分類、術(shù)語的維護(hù)、術(shù)語的查找、術(shù)語的檢索(文本檢索、層次導(dǎo)航、表達(dá)式檢索與范式等),創(chuàng)建和維護(hù)參考集等。提出創(chuàng)建術(shù)語服務(wù)器,開發(fā)相關(guān)的術(shù)語服務(wù)API(應(yīng)用程序接口)等。術(shù)語的版本維護(hù)以及術(shù)語的映射,包括SNOMED CT不同版本之間的映射,以及與其他術(shù)語體系的映射,如SNOMED CT與ICD(國際疾病分類編碼)的映射,SNOMED CT與觀測(cè)指標(biāo)標(biāo)識(shí)符邏輯命名與編碼系統(tǒng)(Logical Observation Identifiers Names and Codes, LOINC)之間的映射等。術(shù)語服務(wù)的核心在于提供術(shù)語查詢及檢索服務(wù),是術(shù)語本身的維護(hù),是站在術(shù)語自身維護(hù)的角度。二是記錄服務(wù)(Record Service),主要功能包括:擴(kuò)展查找與限制重復(fù),實(shí)時(shí)檢索,后臺(tái)編碼,自動(dòng)以及半自動(dòng)編碼。為實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)的高效錄入,可增加相關(guān)條件限制,如子集的應(yīng)用,術(shù)語的排序、前組合表達(dá)式與后組合表達(dá)式的使用,檢索與聚合分析,數(shù)據(jù)交換表達(dá)方式,以及編碼化存儲(chǔ)。記錄服務(wù)的核心在于快捷準(zhǔn)確地進(jìn)行術(shù)語數(shù)據(jù)查找、錄入、編碼、存儲(chǔ)等,在于術(shù)語的實(shí)際應(yīng)用,及站在使用者、應(yīng)用者的角度開展服務(wù)。
然而,不管其角度如何,技術(shù)上的核心問題主要有以下兩個(gè)方面:
2.1 術(shù)語檢索的效率問題
通過索引技術(shù),將不同的詞語,按照相應(yīng)的規(guī)則,重新組合,形成索引表,提高檢索效率,如單關(guān)鍵詞算法、多關(guān)鍵詞算法。其核心是利用英語詞匯的特點(diǎn),將術(shù)語分詞后,對(duì)關(guān)鍵詞進(jìn)行標(biāo)注,并取其關(guān)鍵詞的前三個(gè)首字母進(jìn)行組合,再按照相應(yīng)的規(guī)則排序,構(gòu)建索引表。查詢時(shí),通過索引表,找到相關(guān)術(shù)語代碼,再通過代碼,找到相應(yīng)的術(shù)語內(nèi)容。由于中醫(yī)術(shù)語是以字符為單位的,因此,將相關(guān)虛字符剔除后,亦可用單關(guān)鍵詞算法、多關(guān)鍵詞算法,構(gòu)建適用于中醫(yī)術(shù)語檢索的索引,從而提高檢索效率。
2.2 術(shù)語之間關(guān)系的應(yīng)用
建立關(guān)系表,將術(shù)語層次結(jié)構(gòu)與硬編碼脫離開來,是SNOMED CT區(qū)別于其他術(shù)語集的一大改進(jìn)與創(chuàng)新。2002年2月31日發(fā)布的SNOMED CT 1.0版本由概念表、描述表、關(guān)系表以及一份歷史表、映射表和相關(guān)的技術(shù)性文件組成[2]。以往的編碼方式,大多具有位置特征屬性,如1979年版的SNOMED Ⅱ,以英文字符打頭,如T代表解剖軸。由于編碼的唯一性,一旦使用這個(gè)編碼,就可能存在于各種記錄當(dāng)中。隨著認(rèn)識(shí)的深入與改變,術(shù)語的結(jié)構(gòu)、位置可能會(huì)發(fā)生變化。而一旦這個(gè)術(shù)語代碼本身的位置發(fā)生了改變,使用老的程序與算法,不容易將此類編碼區(qū)分出來,容易造成錯(cuò)誤。因此,將術(shù)語之間的關(guān)系分離出來,專門進(jìn)行維護(hù),從而使之更加靈活地適應(yīng)實(shí)際情況的需要,是SNOMED CT關(guān)系表的重要意義所在。
而對(duì)關(guān)系的處理,是通過尋找出特定的關(guān)系代碼,進(jìn)行相關(guān)數(shù)據(jù)的查詢檢索。如IS-A關(guān)系,代表了術(shù)語之間的上下位關(guān)系,也可以認(rèn)為是概念從粗到細(xì)的一個(gè)過程。通過IS-A尋找路徑,若兩點(diǎn)之間無路徑,則可認(rèn)為無直接關(guān)系;若兩點(diǎn)之間只有一條路徑,則說明了概念由粗到細(xì)的衍生關(guān)系;若兩點(diǎn)之間有多條路徑,則說明了對(duì)該概念有著不同的理解。而路徑長(zhǎng)短問題體現(xiàn)了術(shù)語之間關(guān)聯(lián)的緊密程度,也代表了術(shù)語之間的親疏關(guān)系。
術(shù)語節(jié)點(diǎn)之間的路徑,既是SNOMED本身的特殊性,又是其他應(yīng)用程序得以實(shí)際應(yīng)用的基礎(chǔ)。是現(xiàn)實(shí)生活中對(duì)于同一個(gè)概念,從不同角度、不同層次去理解的實(shí)際情況的反映。因此,開發(fā)設(shè)計(jì)出SNOMED術(shù)語兩節(jié)點(diǎn)之間多路徑算法,既是術(shù)語檢索引擎本身的需要,也是術(shù)語檢索引擎是否成功的一個(gè)核心標(biāo)志。
3 SNOMED術(shù)語兩節(jié)點(diǎn)之間多路徑算法的實(shí)現(xiàn)
SNOMED術(shù)語的核心在于層次結(jié)構(gòu),以及術(shù)語與術(shù)語之間的關(guān)系。SNOMED基于IS-A關(guān)系,可形成樹(圖)狀結(jié)構(gòu),可利用TreeView等樹型展示控件,進(jìn)行術(shù)語的樹狀瀏覽與展現(xiàn)。如2013年1月版的SNOMED術(shù)語頂級(jí)分類,通過SQL語句查詢,“select CONCEPTID1 from sct1_Relationships_Core_INT_ 20130131 where RELATIONSHIPTYPE='116680003' and CONCEPTID2='138875005'”,得到19條記錄[123037004,Body structure (body structure)身體結(jié)構(gòu);……;373873005,Pharmaceutical/biologic product (product)藥物/生化產(chǎn)品],說明2013年1月版的SNOMED CT仍分為19個(gè)大軸。
某一個(gè)術(shù)語,可能存在多個(gè)位置關(guān)系,如7895008,Poisoning by drug AND/OR medicinal substance (disorder),藥物和/或醫(yī)學(xué)物質(zhì)中毒(癥);既是87858002,Drug-related disorder (disorder),藥物相關(guān)癥(癥)的子節(jié)點(diǎn);又是75478009,Poisoning (disorder),中毒(癥)的子節(jié)點(diǎn);因此,它底下的某一個(gè)術(shù)語,其向上尋找上級(jí)節(jié)點(diǎn)(父節(jié)點(diǎn))路徑的過程中,就存在著多條路徑的可能。而如何將這些多條路徑自動(dòng)準(zhǔn)確找出,需要有相應(yīng)的算法來實(shí)現(xiàn)。如(51862005,138875005)兩節(jié)點(diǎn)之間的路徑關(guān)系如圖1所示。其中51862005,Poisoning by diiodohydroxyquin (disorder),二碘喹啉中毒(癥);111762003,Poisoning by antirheumatic (disorder),抗風(fēng)濕藥物中毒(癥);10070005,Poisoning by quinoline AND/OR hydroxyquinoline derivative (disorder),喹啉 和/或羥基喹啉衍生物中毒(癥);441952005,Poisoning due to chemical substance (disorder),化學(xué)物質(zhì)中毒(癥);46878002, Poisoning by antimalarial drug (disorder),抗瘧疾藥物中毒(癥);49450009,Poisoning by antiprotozoal drug (disorder),抗原蟲藥中毒(癥);419639006,Poisoning by anti-infective agent (disorder),抗感染劑中毒(癥);7895008,Poisoning by drug AND/OR medicinal substance (disorder),藥物和/或醫(yī)學(xué)物質(zhì)中毒(癥);87858002,Drug-related disorder (disorder),藥物相關(guān)癥(癥);75478009,Poisoning (disorder),中毒(癥);64572001,Disease (disorder),?。òY);404684003,Clinical finding (finding),臨床發(fā)現(xiàn)(發(fā)現(xiàn));138875005,SNOMED CT Concept (SNOMED RT+CTV3),SNOMED CT概念(SNOMED RT+CTV3)。
簡(jiǎn)要算法如下:①定義方法名及傳入?yún)?shù)、結(jié)果類型,定義數(shù)組列表獲取得到的路徑。②定義一個(gè)棧來存放已訪問節(jié)點(diǎn)信息。③利用IS-A關(guān)系,獲取某一節(jié)點(diǎn)的上級(jí)父節(jié)點(diǎn);將訪問過的節(jié)點(diǎn)壓入棧中,判斷是否到達(dá)目標(biāo)節(jié)點(diǎn),若未到達(dá),查找當(dāng)前節(jié)點(diǎn)父節(jié)點(diǎn),并將其父節(jié)點(diǎn)壓入棧中。④不斷重復(fù)③,若找到目標(biāo)節(jié)點(diǎn),則將此條路徑記錄入數(shù)組列表中。⑤利用棧的性質(zhì),用回溯算法,繼續(xù)尋找有無其他路徑。⑥若尋找到根節(jié)點(diǎn),或者棧中已無元素,完成循環(huán),輸出獲得的路徑。
圖1 兩節(jié)點(diǎn)之間多路徑示意圖
本研究利用C#,以及SQL Server的存儲(chǔ)過程,函數(shù),定義棧、字符串?dāng)?shù)組列表,利用回溯算法,將每一條路徑進(jìn)行找出并記錄,實(shí)現(xiàn)了將多條路徑自動(dòng)找出的功能。如圖1,利用回溯算法,共輸出7條路徑:
①138875005 404684003 64572001 75478009 7895008 111762003 51862005;
②138875005 404684003 6457200187858002 789500811176200351862005;
③138875005 404684003 64572001 75478009 441952005 51862005;
④138875005 404684003 64572001 75478009 7895008 10070005 51862005;
⑤138875005 404684003 64572001 87858002 7895008 10070005 51862005;
⑥138875005 404684003 64572001 75478009 7895008 419639006 49450009 46878002 51862005;
⑦138875005 404684003 64572001 87858002 7895008 419639006 49450009 46878002 51862005。
4 對(duì)于中醫(yī)術(shù)語編碼體系的意義
4.1 逐步將中醫(yī)術(shù)語加入到SNOMED CT統(tǒng)一體系架構(gòu)中
SNOMED CT要在我國應(yīng)用,第一步需克服的障礙是術(shù)語翻譯問題。由于術(shù)語數(shù)量龐大,概念術(shù)語已近40萬條,且每半年會(huì)有相應(yīng)的更新,其工作量可想而知。筆者采取了一個(gè)相對(duì)簡(jiǎn)單的方法,利用google翻譯,已將2011-07-31版的約40萬條術(shù)語翻譯成中文。由于是醫(yī)學(xué)術(shù)語翻譯,準(zhǔn)確率相對(duì)較高,約80%左右,可以在此基礎(chǔ)上,在實(shí)際應(yīng)用中,進(jìn)行術(shù)語準(zhǔn)確性的提高。
目前的首要問題是中醫(yī)術(shù)語的體系結(jié)構(gòu)如何通過編碼及關(guān)系的添加加入與統(tǒng)一到SNOMED CT術(shù)語集中[3]。目前已經(jīng)將四個(gè)國標(biāo),1997版的GB/T 16751.1- 1997《中醫(yī)臨床診療術(shù)語 疾病部分》,GB/T 16751.2- 1997《中醫(yī)臨床診療術(shù)語 證候部分》,GB/T 16751.3- 1997《中醫(yī)臨床診療術(shù)語 治法部分》,以及2006版的GB/T 20348-2006《中醫(yī)基礎(chǔ)理論術(shù)語》,作為SNOMED CT的四個(gè)概念頂軸,按照其原有的層次結(jié)構(gòu),將相應(yīng)術(shù)語加入到其概念表、定義表、關(guān)系表中。接下來將考慮對(duì)癥狀與體征術(shù)語、中藥術(shù)語、方劑術(shù)語、針灸、推拿、穴位、手法等相關(guān)術(shù)語進(jìn)行整理添加。
應(yīng)用是一個(gè)逐步深入的過程,受需求驅(qū)動(dòng),因此,具體的應(yīng)用是隨著醫(yī)學(xué)本身的發(fā)展而逐步發(fā)展起來的。如某一專病??疲缒骋会t(yī)家,有其自身的術(shù)語添加及維護(hù)的需求,需要對(duì)中醫(yī)術(shù)語體系進(jìn)行擴(kuò)展。
4.2 開發(fā)術(shù)語檢索引擎,提供相關(guān)服務(wù),打造中醫(yī)知識(shí)庫系統(tǒng)
SNOMED定義了術(shù)語之間的相互關(guān)系,最主要的關(guān)系是IS-A關(guān)系,但是還有著其他關(guān)系。如2011-07-31版本中,通過“select distinct RELATIONSHIPTYPE from dbo.sct1_Relationships_ Core_INT_20110731”,可得到65種關(guān)系,如149016008,MAY BE A (attribute),可能是(屬性);363698007,F(xiàn)inding site (attribute),發(fā)現(xiàn)部位(屬性);418775008,F(xiàn)inding method (attribute),發(fā)現(xiàn)方法(屬性)等。
而在中醫(yī)術(shù)語中,關(guān)系則更為多見。臨床知識(shí)庫的建設(shè),更多體現(xiàn)的是關(guān)系的應(yīng)用。在知識(shí)庫的構(gòu)建方面,通過代碼與代碼之間的組合,如肺結(jié)核,可能同時(shí)出現(xiàn)四個(gè)主要癥狀,發(fā)熱、咳嗽、潮熱、盜汗等。在實(shí)際應(yīng)用中,就可根據(jù)這些癥狀,判斷可能會(huì)是某種疾病或病證。
中醫(yī)醫(yī)學(xué)本身,可體現(xiàn)為術(shù)語及其相關(guān)關(guān)系的集合,如陰陽五行的相生、相克、相乘、相侮關(guān)系。關(guān)系在某種程度上可以體現(xiàn)為屬性。如中藥的性、味、歸經(jīng),由于每一味中藥都有著性、味、歸經(jīng)等屬性,而且每一味中藥都有可能存在著多種性、味、歸經(jīng)等。因此,為了更好地利用中醫(yī)屬性,可通過在術(shù)語關(guān)系表中,添加相應(yīng)的關(guān)系條目,來反映中醫(yī)中藥屬性本身。如同義關(guān)系、反義關(guān)系、配伍禁忌、相生關(guān)系、相克關(guān)系、相佐關(guān)系、母子關(guān)系、母病及子、子病及母等關(guān)系。以及一些古醫(yī)籍中的內(nèi)容,如醫(yī)家學(xué)術(shù)思想、病因病機(jī),治則治法等相關(guān)的屬性維度[4]。關(guān)系需要進(jìn)行抽象來獲取,并給每一個(gè)關(guān)系以一個(gè)特定概念與編碼。
在此基礎(chǔ)上,開發(fā)術(shù)語檢索引擎,提供相關(guān)術(shù)語服務(wù),如近義詞檢索、反義詞檢索、以及相生、相克關(guān)系檢索,性味歸經(jīng)等檢索功能。更高層面上,通過在關(guān)系表中定義相關(guān)規(guī)則,實(shí)現(xiàn)某些疾病、病證的判斷、鑒別等。
4.3 在醫(yī)生工作站、護(hù)士工作站、專病??乒ぷ髡镜葘?shí)際應(yīng)用術(shù)語服務(wù)系統(tǒng)
醫(yī)學(xué)術(shù)語的應(yīng)用最終體現(xiàn)在醫(yī)生工作站、護(hù)士工作站中。目前的電子醫(yī)囑已經(jīng)基本實(shí)現(xiàn)中藥編碼化。但是醫(yī)學(xué)術(shù)語的本地化,如專病???、癥狀與體征、診斷術(shù)語,以及其他的中醫(yī)基礎(chǔ)理論術(shù)語等,并未完全體現(xiàn)在目前的醫(yī)生護(hù)士工作站中。
本地化過程,可根據(jù)需要進(jìn)行定制,而不必拘泥于某一固定的樣式。在實(shí)際數(shù)據(jù)錄入中,應(yīng)滿足錄入數(shù)據(jù)的粒度需求,如精細(xì)化錄入,以及普通文本錄入,以及后期分析與聚合統(tǒng)計(jì)等。如某一醫(yī)院為中醫(yī)??漆t(yī)院,其側(cè)重點(diǎn)在針灸、推拿等傳統(tǒng)療法上,經(jīng)絡(luò)穴位的術(shù)語就應(yīng)更加豐富。而某一醫(yī)院以骨傷科為主,關(guān)于骨傷科的許多術(shù)語內(nèi)容則會(huì)得到較為全面的展現(xiàn)??赏ㄟ^對(duì)相關(guān)子集進(jìn)行定義等方式,對(duì)術(shù)語進(jìn)行擴(kuò)展。
在實(shí)際數(shù)據(jù)錄入中,可充分利用單選框、復(fù)選框、組合列表框等控件,方便用戶點(diǎn)選,提高用戶的輸入速度與準(zhǔn)確性。通過術(shù)語服務(wù)的方式,為醫(yī)生工作站、護(hù)士工作站的記錄服務(wù)提供支撐。
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(收稿日期:2013-08-27,編輯:魏民)