鄭舒文+田有亮+白玉娥+何炎紅
摘要:以沙地云杉葉基因組DNA為材料,采用單因素試驗(yàn)方法對(duì)ISSR-PCR體系中的主要成分Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶、引物濃度、退火溫度進(jìn)行篩選,建立并優(yōu)化沙地ISSR-PCR反應(yīng)體系。結(jié)果表明,UBC835是最適引物,適宜退火溫度為50 ℃。沙地云杉ISSR-PCR分析的最適反應(yīng)體系(20 μL PCR反應(yīng)體系)為:2.0 mmol/L Mg2+、1.0 U/μL Taq DNA聚合酶、0.25 mmol/L dNTPs、0.25 μmol/L引物、50 ng/μL模板DNA。PCR擴(kuò)增程序:94 ℃預(yù)變性4 min;94 ℃變性45 s,50 ℃退火45 s,72 ℃延伸2 min,40個(gè)循環(huán);72 ℃延伸7 min,4 ℃保存。
關(guān)鍵詞:沙地云杉;葉基因組DNA;ISSR-PCR;優(yōu)化
中圖分類號(hào):S791.180.1 文獻(xiàn)標(biāo)志碼:A
文章編號(hào):1002-1302(2014)08-0048-03
沙地云杉(Picea mongolica)是中國稀有珍貴樹種,集中成片地分布在生態(tài)環(huán)境惡劣的內(nèi)蒙古自治區(qū)以克什克騰旗的白音敖包自然保護(hù)區(qū),形成了罕見的沙地森林。沙地云杉具有耐旱抗寒、防風(fēng)阻沙、調(diào)節(jié)氣候等特點(diǎn),并且生存年代久遠(yuǎn),所以被稱為沙漠上的“綠寶石”和“生物活化石”[1]。自引種到遼寧、北京、呼和浩特成功之后[2],沙地云杉不再是內(nèi)蒙古草原的特有樹種。目前,沙地云杉的研究仍停滯在生態(tài)學(xué)水平,對(duì)其遺傳多樣性的研究尚未見報(bào)道。
簡單重復(fù)序列間區(qū)標(biāo)記技術(shù)(inter-simple sequence repeat,ISSR)是由加拿大蒙特利爾大學(xué)的Zietkiewicz等于1994年發(fā)展起來的一種微衛(wèi)星的分子標(biāo)記[3]。ISSR標(biāo)記呈孟德爾式遺傳,大部分ISSR標(biāo)記為顯性標(biāo)記。它結(jié)合了SSR和RAPD的優(yōu)點(diǎn)[4],具有模板 DNA用量少、質(zhì)量要求低,擴(kuò)增產(chǎn)物特異性強(qiáng),重復(fù)性高,試驗(yàn)操作簡便,費(fèi)用較低等特點(diǎn),又比RFLP、RAPD、SSR能更多地提供遺傳信息,已被廣泛應(yīng)用于品種鑒定、遺傳多樣性、系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系、遺傳作圖、基因定位、標(biāo)記輔助選擇[5]等研究,通過遺傳多樣性手段對(duì)沙地云杉作進(jìn)一步研究。本試驗(yàn)以沙地云杉葉基因組為模板DNA,分析引物、dNTPs、Mg2+、Taq DNA聚合酶濃度、退火溫度對(duì)ISSR-PCR擴(kuò)增的影響,建立適合沙地云杉ISSR-PCR的反應(yīng)體系,為研究沙地云杉的系統(tǒng)進(jìn)化、物種鑒定和種間雜交育種提供理論依據(jù)。
1 材料與方法
1.1 材料與試劑
1.1.1 材料 試驗(yàn)材料來自內(nèi)蒙古渾善達(dá)克沙地,種子于40 ℃烘箱中烘干后取出,浸于75%甲醇中一段時(shí)間,然后放在培養(yǎng)箱中培養(yǎng)。將長出的嫩葉放入-80 ℃保存,以備取用。
1.1.2 試劑 提取基因組DNA:CTAB提取液,β-巰基乙醇,1×TE緩沖液。引物參照哥倫比亞大學(xué)(University of British Columbia,UBC)公布的ISSR引物序列,由北京華大基因有限公司合成。本試驗(yàn)反應(yīng)體系優(yōu)化試驗(yàn)固定引物UBC 835的序列為:AGAGAGAGAGAGAGAGC。用于ISSR-PCR的試劑:dNTPs、Mg2+、Taq DNA聚合酶、10×PCR buffer、DNA Marker(DL2000)購自天根(TIANGEN)生化科技有限公司。
1.2 方法
1.2.1 基因組DNA的提取 本試驗(yàn)采用CTAB法提取沙地云杉基因組DNA。
1.2.2 DNA濃度及純度檢測 用紫外分光光度計(jì)測定DNA樣品在260 nm和280 nm處的吸光度,檢測其濃度和純度。用1.2%瓊脂糖凝膠電泳檢測DNA質(zhì)量并進(jìn)行PCR擴(kuò)增,最后稀釋至50 ng/μL保存在-20 ℃中備用。
1.2.3 PCR單因素試驗(yàn) 單因素試驗(yàn)是其他因子保持不變,其中1個(gè)因子按照一定濃度梯度變化,從而篩選出各因子適合繼續(xù)優(yōu)化的最適濃度。本試驗(yàn)是為了篩選出適合于沙地云杉ISSR-PCR反應(yīng)體系的各因素最佳濃度。不同因素濃度水平見表1。
1.2.4 PCR反應(yīng)條件 94 ℃預(yù)變性4 min,94 ℃變性45 s,UBC 835的退火溫度是50 ℃,退火45 s,72 ℃延伸2 min,40個(gè)循環(huán),72 ℃延伸7 min,4 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>
1.2.5 擴(kuò)增產(chǎn)物檢測 1.2%的瓊脂糖凝膠在0.5 ×TBE緩沖液中電泳檢測,用UVP凝膠成像系統(tǒng)照相保存。
2 結(jié)果與分析
2.1 引物濃度的優(yōu)化
引物濃度是影響PCR結(jié)果的重要變量之一。濃度過低阻礙引物與模板DNA的結(jié)合,不能產(chǎn)生有效擴(kuò)增條帶。濃度過高會(huì)引起非特異性擴(kuò)增產(chǎn)物和引物二聚體等的形成[6],使目的DNA片段擴(kuò)增量下降,條帶不清晰。由圖1可見,濃度為0.15 μmol/L時(shí),擴(kuò)增條帶較弱,不清晰;0.20、0.30 μmol/L 條帶比0.15 μmol/L清晰,但有彌散現(xiàn)象,不是很穩(wěn)定,所以20 μL反應(yīng)體積中確定條帶穩(wěn)定的 0.25 μmol/L 為最適引物濃度。
2.2 Mg2+濃度的優(yōu)化
Mg2+濃度對(duì)PCR擴(kuò)增的特異性和產(chǎn)物有顯著的影響,Mg2+作為Taq DNA 聚合酶的依賴性因子,不僅影響Taq酶的活性,反應(yīng)體系中的dNTPs、模板DNA及引物都會(huì)與Mg2+結(jié)合[7]。Mg2+濃度過高反應(yīng)特異性降低,出現(xiàn)非特異擴(kuò)增;濃度過低會(huì)降低Taq DNA聚合酶的活性,使反應(yīng)產(chǎn)物減少。由圖2可知, 4個(gè)Mg2+濃度, 即2.0、1.0、1.5、2.5 mmol/L條件下均有擴(kuò)增產(chǎn)物,但是Mg2+濃度在1.0、1.5 mmol/L時(shí),條帶較少;濃度在2.5 mmol/L時(shí)出現(xiàn)非特異性擴(kuò)增,濃度在 2.0 mmol/L 時(shí)條帶清晰,穩(wěn)定性高。所以Mg2+用量為 2.0 mmol/L 是最佳濃度。
2.3 Taq DNA聚合酶的優(yōu)化
Taq DNA聚合酶的用量是影響擴(kuò)增的重要因素,濃度過低會(huì)使酶過早地消耗完造成合成效率下降,濃度過高容易產(chǎn)生非特異性擴(kuò)增且增加成本。從圖3可見,不同Taq DNA聚合酶濃度從0.5、1.0、1.5、2.0 U/μL均有擴(kuò)增產(chǎn)物,濃度在0.5 U/μL條帶相對(duì)較弱,1.0、1.5、2.0 U/μL時(shí)擴(kuò)增出的條帶無顯著差異,考慮穩(wěn)定性和成本,而且1.5 U/μL的條帶亮度高和穩(wěn)定性強(qiáng)。最終確定Taq DNA聚合酶用量為1.0 U/μL。
2.4 dNTPs濃度的優(yōu)化
dNTPs濃度與PCR擴(kuò)增效率有密切關(guān)系,dNTPs能與Mg2+結(jié)合,使游離的Mg2+濃度降低。濃度高會(huì)導(dǎo)致片段缺失,而濃度太低又會(huì)導(dǎo)致擴(kuò)增產(chǎn)率下降[4]。從圖4中可見,dNTPs濃度為0.15、0.20、 0.25、0.30 mmol/L均有擴(kuò)增條帶,dNTPs濃度為0.15、0.30 mmol/L時(shí),擴(kuò)增出的條帶較少;在0.20、0.25 mmol/L時(shí)擴(kuò)增條帶較多,但0.25 mmol/L比0.20 mmol/L 條帶清晰。因此確定dNTPs濃度為0.25 mmol/L。
2.5 退火溫度的優(yōu)化
為了確定引物的最適退火溫度,參照所選引物序列計(jì)算理論退火溫度Tm,Tm=4(G+C)+2(A+T)[8]。溫度低于Tm值,擴(kuò)增產(chǎn)物特異性降低,擴(kuò)增出來的條帶較弱;溫度過高不利于引物擴(kuò)增。在本試驗(yàn)中所用引物的Tm值為53 ℃, 從
3 結(jié)論與討論
試驗(yàn)結(jié)果表明,通過各個(gè)因素的綜合對(duì)比分析,得出反應(yīng)體系中4個(gè)因子的最佳濃度:0.25 μmol/L引物、2.0 mmol/L Mg2+、1.0 U/μL Taq DNA聚合酶、0.25 mmol/L dNTPs、50 ng/μL 模板DNA。PCR反應(yīng)條件:94℃預(yù)變性4min;94 ℃ 變性 45 s,UBC 835退火溫度是50 ℃,退火45 s,72 ℃延伸2 min,40個(gè)循環(huán);72 ℃延伸7 min,4 ℃保存。
ISSR-PCR具有高重復(fù)性的優(yōu)點(diǎn),但其擴(kuò)增仍受多種因素的影響,如Mg2+用量、引物濃度、Taq[KG*3]DNA聚合酶用量、退火溫度、模板DNA等。試驗(yàn)研究發(fā)現(xiàn),模板DNA對(duì)ISSR-PCR擴(kuò)增的影響不是很大,而Taq DNA聚合酶和Mg2+對(duì)其有很大的作用。Mg2+濃度控制Taq DNA聚合酶的活性,Taq DNA聚合酶的活性又是ISSR-PCR擴(kuò)增的關(guān)鍵。而dNTP是PCR反應(yīng)的原料,濃度過高時(shí)容易導(dǎo)致錯(cuò)配,同時(shí)dNTP會(huì)對(duì)Mg2+產(chǎn)生拮抗作用[9],退火溫度高低制約擴(kuò)增條帶的分辨率。上述因素相互依賴、相互抑制。為獲得重復(fù)性好、可靠性高的擴(kuò)增條帶[10-11],本試驗(yàn)采用單因素試驗(yàn)方法來確定各因素的最佳濃度。單因素試驗(yàn)設(shè)計(jì)可對(duì)每個(gè)影響因子不同水平進(jìn)行直觀的判斷。確定了沙地云杉ISSR-PCR各因素的最適濃度,試驗(yàn)結(jié)果對(duì)沙地云杉進(jìn)行遺傳多樣性分析等研究奠定了基礎(chǔ)。
參考文獻(xiàn):
[1]李銀科,劉世增,康才周,等. 溫度對(duì)樟子松和沙地云杉種子萌發(fā)特征的影響[J]. 水土保持通報(bào),2011,31(4):73-77.
[2]劉瑞芬.沙地云杉引種實(shí)驗(yàn)[J]. 內(nèi)蒙古林業(yè)調(diào)查設(shè)計(jì),2008,31(6):75-77,80.
[3]羅玥佶,伍賢進(jìn),彭 帥,等. 翻白草總DNA的提取與ISSR-PCR體系的建立與優(yōu)化[J]. 安徽農(nóng)業(yè)科學(xué),2008,36(3):895-897,901.
[4]桂騰琴,喬愛民,孫 敏,等. 果梅ISSR-PCR反應(yīng)體系的建立和優(yōu)化[J]. 西南大學(xué)學(xué)報(bào):自然科學(xué)版,2007,29(10):124-128.
[5]趙 謙,杜 虹,莊東紅. ISSR分子標(biāo)記及其在植物研究中的應(yīng)用[J]. 分子植物育種,2007,6(增刊1):123-129.
[6]劉 娜,王昌命,普曉蘭. 云南松胚乳DNA提取與ISSR-PCR反應(yīng)體系的建立[J]. 西南林學(xué)院學(xué)報(bào),2009,29(2):27-30.
[7]喬燕春,林順權(quán),楊向暉,等. 均勻設(shè)計(jì)在枇杷ISSR-PCR反應(yīng)體系優(yōu)化中的應(yīng)用[J]. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué),2009,28(1):123-126.
[8]盧圣棟. 現(xiàn)代分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)技術(shù)[M]. 2版.北京:中國協(xié)和醫(yī)科大學(xué)出版社,1999:57-58.
[9]王 亞,郭志強(qiáng),王宏偉,等. 單雌蓖麻ISSR-PCR反應(yīng)體系的建立和優(yōu)化[J]. 山西農(nóng)業(yè)科學(xué),2010,38(1):15-18.
[10]劉小溪,李枝林,賈文杰,等. 百合ISSR-PCR反應(yīng)體系的優(yōu)化[J]. 江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué),2012,40(1):30-33.
[11]張 蕾,嚴(yán) 萍,韓正洲,等. 兩面針I(yè)SSR-PCR反應(yīng)體系的建立及優(yōu)化[J]. 廣州中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報(bào),2012,29(1):70-74.
2.3 Taq DNA聚合酶的優(yōu)化
Taq DNA聚合酶的用量是影響擴(kuò)增的重要因素,濃度過低會(huì)使酶過早地消耗完造成合成效率下降,濃度過高容易產(chǎn)生非特異性擴(kuò)增且增加成本。從圖3可見,不同Taq DNA聚合酶濃度從0.5、1.0、1.5、2.0 U/μL均有擴(kuò)增產(chǎn)物,濃度在0.5 U/μL條帶相對(duì)較弱,1.0、1.5、2.0 U/μL時(shí)擴(kuò)增出的條帶無顯著差異,考慮穩(wěn)定性和成本,而且1.5 U/μL的條帶亮度高和穩(wěn)定性強(qiáng)。最終確定Taq DNA聚合酶用量為1.0 U/μL。
2.4 dNTPs濃度的優(yōu)化
dNTPs濃度與PCR擴(kuò)增效率有密切關(guān)系,dNTPs能與Mg2+結(jié)合,使游離的Mg2+濃度降低。濃度高會(huì)導(dǎo)致片段缺失,而濃度太低又會(huì)導(dǎo)致擴(kuò)增產(chǎn)率下降[4]。從圖4中可見,dNTPs濃度為0.15、0.20、 0.25、0.30 mmol/L均有擴(kuò)增條帶,dNTPs濃度為0.15、0.30 mmol/L時(shí),擴(kuò)增出的條帶較少;在0.20、0.25 mmol/L時(shí)擴(kuò)增條帶較多,但0.25 mmol/L比0.20 mmol/L 條帶清晰。因此確定dNTPs濃度為0.25 mmol/L。
2.5 退火溫度的優(yōu)化
為了確定引物的最適退火溫度,參照所選引物序列計(jì)算理論退火溫度Tm,Tm=4(G+C)+2(A+T)[8]。溫度低于Tm值,擴(kuò)增產(chǎn)物特異性降低,擴(kuò)增出來的條帶較弱;溫度過高不利于引物擴(kuò)增。在本試驗(yàn)中所用引物的Tm值為53 ℃, 從
3 結(jié)論與討論
試驗(yàn)結(jié)果表明,通過各個(gè)因素的綜合對(duì)比分析,得出反應(yīng)體系中4個(gè)因子的最佳濃度:0.25 μmol/L引物、2.0 mmol/L Mg2+、1.0 U/μL Taq DNA聚合酶、0.25 mmol/L dNTPs、50 ng/μL 模板DNA。PCR反應(yīng)條件:94℃預(yù)變性4min;94 ℃ 變性 45 s,UBC 835退火溫度是50 ℃,退火45 s,72 ℃延伸2 min,40個(gè)循環(huán);72 ℃延伸7 min,4 ℃保存。
ISSR-PCR具有高重復(fù)性的優(yōu)點(diǎn),但其擴(kuò)增仍受多種因素的影響,如Mg2+用量、引物濃度、Taq[KG*3]DNA聚合酶用量、退火溫度、模板DNA等。試驗(yàn)研究發(fā)現(xiàn),模板DNA對(duì)ISSR-PCR擴(kuò)增的影響不是很大,而Taq DNA聚合酶和Mg2+對(duì)其有很大的作用。Mg2+濃度控制Taq DNA聚合酶的活性,Taq DNA聚合酶的活性又是ISSR-PCR擴(kuò)增的關(guān)鍵。而dNTP是PCR反應(yīng)的原料,濃度過高時(shí)容易導(dǎo)致錯(cuò)配,同時(shí)dNTP會(huì)對(duì)Mg2+產(chǎn)生拮抗作用[9],退火溫度高低制約擴(kuò)增條帶的分辨率。上述因素相互依賴、相互抑制。為獲得重復(fù)性好、可靠性高的擴(kuò)增條帶[10-11],本試驗(yàn)采用單因素試驗(yàn)方法來確定各因素的最佳濃度。單因素試驗(yàn)設(shè)計(jì)可對(duì)每個(gè)影響因子不同水平進(jìn)行直觀的判斷。確定了沙地云杉ISSR-PCR各因素的最適濃度,試驗(yàn)結(jié)果對(duì)沙地云杉進(jìn)行遺傳多樣性分析等研究奠定了基礎(chǔ)。
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[5]趙 謙,杜 虹,莊東紅. ISSR分子標(biāo)記及其在植物研究中的應(yīng)用[J]. 分子植物育種,2007,6(增刊1):123-129.
[6]劉 娜,王昌命,普曉蘭. 云南松胚乳DNA提取與ISSR-PCR反應(yīng)體系的建立[J]. 西南林學(xué)院學(xué)報(bào),2009,29(2):27-30.
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[8]盧圣棟. 現(xiàn)代分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)技術(shù)[M]. 2版.北京:中國協(xié)和醫(yī)科大學(xué)出版社,1999:57-58.
[9]王 亞,郭志強(qiáng),王宏偉,等. 單雌蓖麻ISSR-PCR反應(yīng)體系的建立和優(yōu)化[J]. 山西農(nóng)業(yè)科學(xué),2010,38(1):15-18.
[10]劉小溪,李枝林,賈文杰,等. 百合ISSR-PCR反應(yīng)體系的優(yōu)化[J]. 江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué),2012,40(1):30-33.
[11]張 蕾,嚴(yán) 萍,韓正洲,等. 兩面針I(yè)SSR-PCR反應(yīng)體系的建立及優(yōu)化[J]. 廣州中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報(bào),2012,29(1):70-74.
2.3 Taq DNA聚合酶的優(yōu)化
Taq DNA聚合酶的用量是影響擴(kuò)增的重要因素,濃度過低會(huì)使酶過早地消耗完造成合成效率下降,濃度過高容易產(chǎn)生非特異性擴(kuò)增且增加成本。從圖3可見,不同Taq DNA聚合酶濃度從0.5、1.0、1.5、2.0 U/μL均有擴(kuò)增產(chǎn)物,濃度在0.5 U/μL條帶相對(duì)較弱,1.0、1.5、2.0 U/μL時(shí)擴(kuò)增出的條帶無顯著差異,考慮穩(wěn)定性和成本,而且1.5 U/μL的條帶亮度高和穩(wěn)定性強(qiáng)。最終確定Taq DNA聚合酶用量為1.0 U/μL。
2.4 dNTPs濃度的優(yōu)化
dNTPs濃度與PCR擴(kuò)增效率有密切關(guān)系,dNTPs能與Mg2+結(jié)合,使游離的Mg2+濃度降低。濃度高會(huì)導(dǎo)致片段缺失,而濃度太低又會(huì)導(dǎo)致擴(kuò)增產(chǎn)率下降[4]。從圖4中可見,dNTPs濃度為0.15、0.20、 0.25、0.30 mmol/L均有擴(kuò)增條帶,dNTPs濃度為0.15、0.30 mmol/L時(shí),擴(kuò)增出的條帶較少;在0.20、0.25 mmol/L時(shí)擴(kuò)增條帶較多,但0.25 mmol/L比0.20 mmol/L 條帶清晰。因此確定dNTPs濃度為0.25 mmol/L。
2.5 退火溫度的優(yōu)化
為了確定引物的最適退火溫度,參照所選引物序列計(jì)算理論退火溫度Tm,Tm=4(G+C)+2(A+T)[8]。溫度低于Tm值,擴(kuò)增產(chǎn)物特異性降低,擴(kuò)增出來的條帶較弱;溫度過高不利于引物擴(kuò)增。在本試驗(yàn)中所用引物的Tm值為53 ℃, 從
3 結(jié)論與討論
試驗(yàn)結(jié)果表明,通過各個(gè)因素的綜合對(duì)比分析,得出反應(yīng)體系中4個(gè)因子的最佳濃度:0.25 μmol/L引物、2.0 mmol/L Mg2+、1.0 U/μL Taq DNA聚合酶、0.25 mmol/L dNTPs、50 ng/μL 模板DNA。PCR反應(yīng)條件:94℃預(yù)變性4min;94 ℃ 變性 45 s,UBC 835退火溫度是50 ℃,退火45 s,72 ℃延伸2 min,40個(gè)循環(huán);72 ℃延伸7 min,4 ℃保存。
ISSR-PCR具有高重復(fù)性的優(yōu)點(diǎn),但其擴(kuò)增仍受多種因素的影響,如Mg2+用量、引物濃度、Taq[KG*3]DNA聚合酶用量、退火溫度、模板DNA等。試驗(yàn)研究發(fā)現(xiàn),模板DNA對(duì)ISSR-PCR擴(kuò)增的影響不是很大,而Taq DNA聚合酶和Mg2+對(duì)其有很大的作用。Mg2+濃度控制Taq DNA聚合酶的活性,Taq DNA聚合酶的活性又是ISSR-PCR擴(kuò)增的關(guān)鍵。而dNTP是PCR反應(yīng)的原料,濃度過高時(shí)容易導(dǎo)致錯(cuò)配,同時(shí)dNTP會(huì)對(duì)Mg2+產(chǎn)生拮抗作用[9],退火溫度高低制約擴(kuò)增條帶的分辨率。上述因素相互依賴、相互抑制。為獲得重復(fù)性好、可靠性高的擴(kuò)增條帶[10-11],本試驗(yàn)采用單因素試驗(yàn)方法來確定各因素的最佳濃度。單因素試驗(yàn)設(shè)計(jì)可對(duì)每個(gè)影響因子不同水平進(jìn)行直觀的判斷。確定了沙地云杉ISSR-PCR各因素的最適濃度,試驗(yàn)結(jié)果對(duì)沙地云杉進(jìn)行遺傳多樣性分析等研究奠定了基礎(chǔ)。
參考文獻(xiàn):
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