水產(chǎn)動(dòng)物對(duì)氨氮脅迫響應(yīng)的轉(zhuǎn)錄組分析研究進(jìn)展

章瓊　蔣高中　李冰

摘要：氨氮脅迫是影響水產(chǎn)養(yǎng)殖和生態(tài)環(huán)境的重要非生物脅迫之一；而轉(zhuǎn)錄組學(xué)是一個(gè)新興的研究細(xì)胞表型和功能的重要手段，在研究基因結(jié)構(gòu)、表達(dá)和功能上開拓了一個(gè)新型的研究方向。簡述了水產(chǎn)養(yǎng)殖中氨氮的危害以及氨氮脅迫而引起的生理和生化反應(yīng)，同時(shí)介紹了常見的轉(zhuǎn)錄組學(xué)平臺(tái)技術(shù)及其在一些脅迫反應(yīng)代謝調(diào)控機(jī)制及分子機(jī)制研究中的應(yīng)用，認(rèn)為水產(chǎn)動(dòng)物氨氮脅迫的轉(zhuǎn)錄組分析將為水產(chǎn)動(dòng)物的毒理學(xué)效應(yīng)提供重要的理論依據(jù)和線索，也將在水產(chǎn)動(dòng)物分子育種中發(fā)揮重要作用。

關(guān)鍵詞：水產(chǎn)動(dòng)物；氨氮脅迫；代謝調(diào)控機(jī)制；轉(zhuǎn)錄組；轉(zhuǎn)錄組測序

中圖分類號(hào)： S917.4 文獻(xiàn)標(biāo)志碼： A

文章編號(hào)：1002-1302（2015）03-0227-04

氨氮是水產(chǎn)養(yǎng)殖中常見的脅迫因子，以2種形式存在于水體中，即非離子氨（NH3）和離子銨（NH+4），離子銨的存在對(duì)水產(chǎn)動(dòng)物是無毒的，對(duì)水產(chǎn)動(dòng)物產(chǎn)生危害的是非離子氨，主要影響它們的游泳行為、生長性能、呼吸及代謝的變化、滲透調(diào)節(jié)、免疫力等。

隨著轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)等的出現(xiàn)，標(biāo)志著生命科學(xué)的研究已經(jīng)跨入后基因組時(shí)代。轉(zhuǎn)錄組（transcriptome）概念最先是由Velcalescu和Kinzler等在1997年提出的，是指某一特定生物體在特定狀態(tài)下所有基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的總和，主要包括mRNA和非編碼RNA，其中 mRNA 較為引人關(guān)注，被研究得較多，因此狹義上的轉(zhuǎn)錄組一般指的是所有mRNA的總和。

目前，人們已經(jīng)對(duì)機(jī)體受氨氮脅迫時(shí)的生理和生化反應(yīng)做了大量深入的研究，然而對(duì)引起這些反應(yīng)的代謝調(diào)控機(jī)制、分子機(jī)制的相關(guān)研究報(bào)道甚少。本文主要通過綜述氨氮脅迫的危害及生理生化反應(yīng)，以及轉(zhuǎn)錄組平臺(tái)技術(shù)的應(yīng)用，以期為氨氮脅迫的代謝調(diào)控機(jī)制提供線索，并對(duì)其分子機(jī)制的研究提出展望。

1 水產(chǎn)養(yǎng)殖中氨氮的來源及其危害

1.1 氮素的循環(huán)及水體中氨氮的來源

自然界中的各種元素都是守恒的，都可以循環(huán)利用，在水體中也是如此，而影響水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)發(fā)展最大的因素是氮元素的循環(huán)。天然水體中溶解的有機(jī)氮主要來自動(dòng)物分泌物、動(dòng)植物尸體以及人類的排放等，這些有機(jī)氮首先在微生物的作用下分解為氨（NH3），如果水體中溶氧充足，總氨會(huì)迅速在亞硝化細(xì)菌和硝化細(xì)菌的聯(lián)合作用下氧化為NO-3；而在溶氧偏低的水體中，由于反硝化細(xì)菌的大量繁殖，不僅使總氨無法進(jìn)一步氧化，而且使原有的亞硝態(tài)氮和硝態(tài)氮被還原為總氨，總氨也被進(jìn)一步還原為氮，從而溢出水面。氮元素在自然界的循環(huán)過程如圖1[1]所示。

在養(yǎng)殖水體中，氨氮的來源主要有以下幾個(gè)方面：（1）動(dòng)物糞便殘餌等有機(jī)物經(jīng)過異養(yǎng)細(xì)菌的氨化作用產(chǎn)生；（2）養(yǎng)殖生物自身的轉(zhuǎn)氨和脫氨作用產(chǎn)生；（3）人類活動(dòng)如農(nóng)藥、肥料的過度利用，工業(yè)廢水等含氮化學(xué)試劑的排放；其中前2個(gè)方面是氨氮的主要來源。

1.2 水產(chǎn)養(yǎng)殖中的氨氮危害

氨氮是養(yǎng)殖水體中最重要的污染物之一，非離子氨進(jìn)入水產(chǎn)動(dòng)物體內(nèi)后，可以直接影響魚類的鰓組織，對(duì)機(jī)體酶水解反應(yīng)以及細(xì)胞膜穩(wěn)定性產(chǎn)生明顯的影響，表現(xiàn)出不攝食、呼吸困難、抵抗力減弱、驚厥、昏迷等現(xiàn)象，嚴(yán)重時(shí)可導(dǎo)致水產(chǎn)動(dòng)物大批死亡，造成嚴(yán)重的經(jīng)濟(jì)損失[2-3]。

2 水產(chǎn)動(dòng)物對(duì)氨氮脅迫的生理和生化響應(yīng)研究進(jìn)展

2.1 水產(chǎn)動(dòng)物受氨氮脅迫的癥狀

Wicks等研究表明，外界環(huán)境中高濃度氨氮引起的血氨積累會(huì)影響魚的游泳功能，使其表現(xiàn)出急躁不安、游動(dòng)遲緩等癥狀，并在對(duì)褐鱒（Salmo trutta）、虹鱒（Salmo gairdneri）、大馬哈魚（Oncorhynchus keta）的研究中發(fā)現(xiàn)，血氨濃度與最大游泳速度呈負(fù)線性關(guān)系[4]。在氨氮（0.05～2.50 mg/L）脅迫24 h內(nèi)，凡納濱對(duì)蝦血細(xì)胞數(shù)量明顯減少，抗菌溶菌活力顯著變?nèi)?，血清酚氧化酶活力明顯升高[5]。在高濃度氨氮作用下，魚鰓的結(jié)構(gòu)會(huì)發(fā)生改變，表現(xiàn)為鰓小片加厚、上皮細(xì)胞和黏液細(xì)胞增生，動(dòng)脈血管內(nèi)2層上皮細(xì)胞間的淋巴腺增多；此外鰓結(jié)構(gòu)的改變還會(huì)引起生理功能的改變，影響魚類氣體的交換效率[6]。養(yǎng)殖水體中氨氮含量過高除了會(huì)影響鰓組織外，還會(huì)導(dǎo)致肝組織變松軟、易碎、充血阻塞等，有的甚至出現(xiàn)空泡狀或者壞死腔[7-8]。王金葉等研究發(fā)現(xiàn)，在氨氮或亞硝酸鹽脅迫作用下，會(huì)導(dǎo)致鯉魚紅細(xì)胞膜上的過氧化脂質(zhì)含量增加，從而使得紅細(xì)胞膜通透性、滲透脆性增高、流動(dòng)性降低、變形性變差[9]；此外氨氮還會(huì)對(duì)紅細(xì)胞的胞核造成傷害，如泥鰍在氨氮含量超標(biāo)水質(zhì)中的紅細(xì)胞微核率較高[10]。即便是低濃度的氨氮，長期接觸也會(huì)損傷鰓組織，會(huì)出現(xiàn)鰓小片彎曲、粘連或融合的現(xiàn)象[11]。

2.2 水產(chǎn)動(dòng)物氨氮脅迫中毒機(jī)理

水體中的氨氮達(dá)到一定濃度后，非離子氨很容易通過細(xì)胞膜進(jìn)入水產(chǎn)動(dòng)物體內(nèi)，使得血液中的氨氮濃度升高，血液pH值隨之上調(diào)，從而導(dǎo)致水產(chǎn)動(dòng)物體內(nèi)多種酶的活性受到抑制，降低了血液的攜氧能力，超出水產(chǎn)動(dòng)物的自我調(diào)節(jié)能力即可導(dǎo)致缺氧，表現(xiàn)中毒癥狀。氨氮主要是侵襲黏膜，特別是鰓表皮黏膜和腸黏膜，其次是神經(jīng)系統(tǒng)，同時(shí)可使水產(chǎn)動(dòng)物的肝腎系統(tǒng)遭到破壞，引起體表及內(nèi)臟充血，嚴(yán)重時(shí)可導(dǎo)致昏迷甚至死亡。比較認(rèn)可的關(guān)于氨氮對(duì)水產(chǎn)動(dòng)物危害機(jī)理的解釋是認(rèn)為高濃度的氨氮會(huì)取代生物體內(nèi)的鉀離子，引起N-甲基-D-天冬氨酸（NMDA）受體結(jié)合活性的降低，導(dǎo)致中樞神經(jīng)系統(tǒng)中流入過量的鈣離子并引起細(xì)胞死亡[12]，具體的毒理機(jī)制還有待研究。

2.3 水產(chǎn)動(dòng)物氨氮脅迫下對(duì)自身免疫功能的影響

在氨氮脅迫的情況下，魚類機(jī)體的代謝被打亂，體內(nèi)的抗氧化防御性功能酶被激活，從而使機(jī)體的免疫功能受到影響。迄今為止，已有較多關(guān)于氨氮對(duì)水產(chǎn)動(dòng)物毒理與免疫功能影響的研究，研究得較為透徹的主要是蝦蟹類的氨氮脅迫。研究表明，蝦蟹類在氨氮脅迫作用下，其體內(nèi)與免疫相關(guān)酶如酚氧化酶（PO）、血清酸性磷酸酶（ACP）、溶菌酶（LSZ）、血清超氧化物歧化酶（SOD）等活性明顯變化，同時(shí)對(duì)病原體的易感性提高[13-17]；并且隨著脅迫時(shí)間的延長，魚類體質(zhì)明顯下降，死亡率明顯增加[18]，蝦蟹體內(nèi)抗氧化酶系統(tǒng)和細(xì)胞膜的穩(wěn)定性也會(huì)受到嚴(yán)重影響，進(jìn)而破壞其滲透平衡[19]。在斑馬魚的氨氮試驗(yàn)中[20]，ATP酶變化的總趨勢(shì)是受氨氮抑制的，并且隨氨氮濃度的增加，ATP酶受抑制的程度也增加，可能是由于隨著氨氮質(zhì)量濃度增加，使鰓部損傷，打破體內(nèi)離子平衡而加大補(bǔ)償性滲透調(diào)節(jié)影響所致。endprint

3 轉(zhuǎn)錄組分析研究進(jìn)展

相對(duì)于基因組而言，轉(zhuǎn)錄組更具有時(shí)間性和空間性，轉(zhuǎn)錄組反映的是特定條件下活躍表達(dá)的基因。轉(zhuǎn)錄組分析的主要目標(biāo)是：對(duì)所有的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物進(jìn)行分類，檢測新的轉(zhuǎn)錄本，包括未知轉(zhuǎn)錄本和稀有轉(zhuǎn)錄本；確定基因的轉(zhuǎn)錄結(jié)構(gòu)，如起始位點(diǎn)、轉(zhuǎn)錄后修飾，以及非編碼區(qū)功能研究等；量化各轉(zhuǎn)錄本在發(fā)育過程中以及在不同生理或病理?xiàng)l件下表達(dá)水平的變化；轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)變異的研究以及開發(fā)新的單核苷酸多態(tài)性（single nucleotide polymorphisms，SNPs）和簡單重復(fù)序列（simple sequence repeat，SSR）等[21-22]。

3.1 轉(zhuǎn)錄組研究的基本方法

研究轉(zhuǎn)錄組的方法主要有2大類：（1）基于雜交技術(shù)的cDNA芯片和寡聚核苷酸芯片；（2）基于測序技術(shù)的SAGE（serial analysis of gene expression）、MPSS（massively parallel signature sequencing）、全長cDNA文庫和EST文庫的測序分析。對(duì)3種主要的轉(zhuǎn)錄組研究方法的比較見表1。

現(xiàn)在通常將基于第2代測序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組測序分析稱為RNA-Seq。由表1可以明顯看出，RNA-Seq具有以下幾點(diǎn)優(yōu)勢(shì)：（1）通量高，能達(dá)到覆蓋整個(gè)基因組、轉(zhuǎn)錄組的要求；（2）靈敏度、分辨率很高，可以精確到少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本，同時(shí)不存在傳統(tǒng)熒光模擬信號(hào)帶來的交叉反應(yīng)和背景噪音的影響；（3）測序時(shí)間和成本顯著下降；（4）不受限制性，可以對(duì)任意物種進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組分析，同時(shí)能檢測未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本。

3.2 RNA-Seq常用的測序平臺(tái)及原理

RNA測序技術(shù)沿用了SAGE技術(shù)和MPSS技術(shù)的基本原理，該技術(shù)首先將細(xì)胞中的所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物反轉(zhuǎn)錄為cDNA 文庫，然后將 cDNA文庫中的DNA 隨機(jī)剪切為小片段，利用新一代高通量測序儀測序直到獲得足夠的序列，然后計(jì)算這些短序列的個(gè)數(shù)并分析其在整個(gè)基因組中的分布，可以計(jì)算出細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組表達(dá)水平[22]。高通量測序避免了在亞克隆過程中引入的偏差，且獲得的短序列長度增加了，從而提高了識(shí)別其對(duì)應(yīng)基因的準(zhǔn)確性。目前常用的高通量測序技術(shù)，主要是Roche公司的454技術(shù)、Illumina公司的Solexa技術(shù)、ABI公司的SOLiD技術(shù)以及Helicos Biosciences公司的單分子測序（single molecule sequencing，SMS）技術(shù)4種。各平臺(tái)測序原理、長度的不同決定了其不同的應(yīng)用側(cè)重，我們要在熟悉各種高通量測序技術(shù)特點(diǎn)的基礎(chǔ)上進(jìn)行正確的選擇，常見的4種RNA-Seq測序平臺(tái)的比較見表2[23]。

3.3 RNA-Seq測序后結(jié)合生物信息學(xué)的相關(guān)應(yīng)用

大量研究表明，RNA-Seq測序后，可選擇已經(jīng)公布的相同或者相近物種的基因組和基因信息為參考，進(jìn)行基因的結(jié)構(gòu)優(yōu)化分析，預(yù)測新的基因，差異表達(dá)基因分析，基因功能注釋，可變剪切分析以及SNPs、SSR分析等等[24]。當(dāng)沒有參考基因組時(shí)，則以GenBank中已公布的有關(guān)數(shù)據(jù)為參考，將測序數(shù)據(jù)經(jīng)過軟件拼接從頭組裝，獲得contigs（重疊群）和unigenes（拼接的非冗余基因），然后再進(jìn)行之后的分析。拼接組裝之后就可以進(jìn)行unigene功能注釋，與數(shù)據(jù)庫中已注釋功能的基因?qū)Ρ冗M(jìn)行GO（gene ontology，基因的分子功能、生物學(xué)過程和細(xì)胞組件）和KEGG（kyotoencyclopedia of genes and genomes，基因和基因產(chǎn)物、基因編碼產(chǎn)物、新陳代謝途徑等）分析；開發(fā)品種的SNP和SSR，從而為品種發(fā)育及疾病的判斷提供支持；比較不同樣品間表達(dá)差異基因，進(jìn)行基因差異表達(dá)分析，得出每個(gè)樣品中的上調(diào)或者下調(diào)基因等[24]。

4 轉(zhuǎn)錄組分析在動(dòng)植物研究中的應(yīng)用

4.1 轉(zhuǎn)錄組分析在植物抗逆性研究中的應(yīng)用

嚴(yán)東輝通過半干旱地區(qū)的胡楊對(duì)干旱適應(yīng)性響應(yīng)的轉(zhuǎn)錄組分析，獲得了277個(gè)在干旱處理中表現(xiàn)出一致變化的基因，有1 938個(gè)表達(dá)轉(zhuǎn)錄子表現(xiàn)出干旱強(qiáng)度的專化性，并說明了不同干旱程度激活相應(yīng)的響應(yīng)調(diào)解途徑[25]；霍達(dá)等整合分析了7種不同鹽生植物鹽脅迫應(yīng)答轉(zhuǎn)錄組學(xué)的研究結(jié)果，從整體上分析了植物在鹽脅迫應(yīng)答過程中所有mRNA的變化情況，建立了鹽堿脅迫相關(guān)的cDNA文庫和EST數(shù)據(jù)庫[26]，并利用反向Northern雜交分析技術(shù)[27-28]、5′cDNA末端快速擴(kuò)增（RACE）技術(shù)[28]、反轉(zhuǎn)錄PCR[29-30]、實(shí)時(shí)定量反轉(zhuǎn)錄PCR等輔助技術(shù)對(duì)脅迫相關(guān)基因進(jìn)行了功能分析[31]，為全面理解鹽生植物應(yīng)答鹽堿脅迫的代謝調(diào)控機(jī)制提供了線索；許長征通過低磷處理玉米根系的轉(zhuǎn)錄組分析，揭示了低磷脅迫對(duì)玉米轉(zhuǎn)錄的影響[32]，對(duì)挖掘作物磷高效分子育種有重要意義。

4.2 轉(zhuǎn)錄組分析在水產(chǎn)動(dòng)物分子生物學(xué)研究中的應(yīng)用

曾地剛等通過高通量測序，獲得了豐富的凡納濱對(duì)蝦轉(zhuǎn)錄組信息，為其新基因的克隆和基因組學(xué)研究提供了有價(jià)值的數(shù)據(jù)[33]；在感病草魚脾臟的比較轉(zhuǎn)錄組分析試驗(yàn)中，通過轉(zhuǎn)錄組技術(shù)篩選出了與抗病草魚出血病病毒相關(guān)的信號(hào)因子及信號(hào)通路[34]；董迎輝通過高通量454測序技術(shù)對(duì)泥蚶不同組織器官和不同發(fā)育階段樣品進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序，并進(jìn)行拼接組裝和基因注釋，發(fā)掘與生長、代謝、繁殖抗病等主要經(jīng)濟(jì)性狀相關(guān)的基因，為后續(xù)開展功能基因研究和分子育種等提供了有價(jià)值的信息[35]。

5 結(jié)論

迄今為止，已有100多篇關(guān)于植物在鹽脅迫或者干旱脅迫下的轉(zhuǎn)錄組學(xué)的研究報(bào)道[36]，關(guān)于水產(chǎn)動(dòng)物疾病等的轉(zhuǎn)錄組分析也有少量報(bào)道，但是關(guān)于水產(chǎn)動(dòng)物氨氮脅迫轉(zhuǎn)錄組分析的研究報(bào)道甚少，可以以已發(fā)表的動(dòng)植物相關(guān)脅迫轉(zhuǎn)錄組分析為借鑒和線索來開展轉(zhuǎn)錄組分析在水產(chǎn)動(dòng)物氨氮脅迫中的應(yīng)用研究?！爸袊茖W(xué)技術(shù)協(xié)會(huì)第264次青年科學(xué)家論壇水產(chǎn)動(dòng)物育種與生物技術(shù)的會(huì)議”中曾提到，高通量測序等遺傳工具的開發(fā)、尼羅羅非魚性腺發(fā)育轉(zhuǎn)錄組分析、高通量測序的SNP篩選及基因克隆等在水產(chǎn)動(dòng)物育種中轉(zhuǎn)錄組應(yīng)用的研究有越來越多的趨勢(shì)。endprint

氨氮脅迫的分子機(jī)制的研究依賴于技術(shù)的進(jìn)步，新興的RNA測序技術(shù)能產(chǎn)生海量的數(shù)據(jù)，RNA-Seq是基于直接測序的方法[22]，以定量的方式對(duì)全轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行深度測序，將給水產(chǎn)動(dòng)物氨氮脅迫的研究帶來新的契機(jī)。此外，逆境脅迫下的水產(chǎn)動(dòng)物轉(zhuǎn)錄組學(xué)與蛋白組學(xué)以及代謝組學(xué)的研究結(jié)果相結(jié)合將推動(dòng)抗逆分子機(jī)制的研究。

參考文獻(xiàn)：

[1]Herbert R A. Nitrogen cycling in coastal Marine ecosystems[J]. FEMS Microbiology Reviews，1999，23（5）：563-590.

[2]Koo J G，Kim S G，Jee J H，et al. Effects of ammonia and nitrite on survival，growth and moulting in juvenile tiger crab，Orithyia sinica （Linnaeus）[J]. Aquaculture Research，2005，36（1）：79-85.

[3]De Freitas R M，Rodriguez E M，Santos E A，et al. Histopathological changes in gills of the estuarine crab Chasmagnathus granulate （Crustacea-Decapoda） following acute exposure to ammonia[J]. Comparative Biochemistry and Physiology Part C Toxicology & Pharmacology，2000，125（2）：157-164.

[4]Wicks B J，Joensen R，Tang Q，et al. Swimming and ammonia toxicity in salmonids：the effect of sub lethal ammonia exposure on the swimming performance of coho salmon and the acute toxicity of ammonia in swimming and resting rainbow trout[J]. Aquatic Toxicology，2002，59（1/2）：55-69.

[5]姜令緒，潘魯青，肖國強(qiáng). 氨氮對(duì)凡納對(duì)蝦免疫指標(biāo)的影響[J]. 中國水產(chǎn)科學(xué)，2005，11（6）：537-541.

[6]Tietge J E，Johnson R D，Bergman H L. Morphometric changes in gill secondary lamellae of brook trou （Salvelinus fontinalis） after long-term exposure to acid and aluminum[J]. Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences，1988，45（9）：1643-1648.

[7]盧健民，盧 玲，藺玉華，等. 低pH水平對(duì)鯉魚生長及血糖濃度影響的研究[J]. 水產(chǎn)學(xué)雜志，2001，14（1）：51-53.

[8]Peyghan R，Takamy G A. Histopathological，serum enzyme，cholesterol and urea changes in experimental acute toxicity of ammonia in common carp Cyprinus carpio and use of natural zeolite for prevention[J]. Aquaculture International，2002，10（4）：317-325.

[9]王金葉，李 華，鞏 華，等. 氨氮、亞硝態(tài)氮亞急性毒性對(duì)鯉紅細(xì)胞膜流動(dòng)性和過氧化脂質(zhì)的影響[J]. 水產(chǎn)學(xué)報(bào)，2004，28（增刊1）：135-140.

[10]吳若菁，陳宜秋，林 霞，等. 利用泥鰍紅細(xì)胞核的遺傳損傷監(jiān)測福州市內(nèi)河水質(zhì)[J]. 應(yīng)用與環(huán)境生物學(xué)報(bào)，2005，11（1）：59-63.

[11]喬順風(fēng).水體氨氮轉(zhuǎn)化形式與調(diào)控利用的研究[J]. 飼料工業(yè)，2005，26（12）：44-46.

[12]Randall D J，Tsui T K N. Ammonia toxicity in fish[J]. Marine Pollution Bulletin，2002，45（1/2）：17-23.

[13]黃鶴忠，李 義，宋學(xué)宏，等. 氨氮脅迫對(duì)中華絨螯蟹（Eriocheir sinensis） 免疫功能的影響[J]. 海洋與湖沼，2006，37（3）：198-205.

[14]金 珊，程巖雄，楊玉姣，等. 銨氮脅迫對(duì)擬穴青蟹Scylla paramamosain免疫力的影響[J]. 浙江農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào)，2008，20（6）：402-407.

[15]張亞娟，劉存歧，王軍霞，等. 氨態(tài)氮和亞硝態(tài)氮對(duì)日本沼蝦血細(xì)胞數(shù)量及血藍(lán)蛋白含量的影響[J]. 四川動(dòng)物，2008，27（5）：853-854.

[16]Chantal M，Etienne Z，Cyrille G，et al. Combined effect of exposure to ammonia and hypoxia on the blue shrimp Litopenaeus stylirostris survival and physiological response in relation to molt stage[J]. Aquaculture，2008，274（2/4）：398-407.endprint

[17]邱德全，周鮮嬌，邱明生. 氨氮脅迫下凡納濱對(duì)蝦抗病力和副溶血弧菌噬菌體防病效果研究[J]. 水生生物學(xué)報(bào)，2008，32（4）：455-461.

[18]彭自然，臧維玲，高 楊，等. 氨和亞硝酸鹽對(duì)凡納濱對(duì)蝦幼蝦的毒性影響[J]. 上海水產(chǎn)大學(xué)學(xué)報(bào)，2004，13（3）：274-278.

[19]Racotta I S，Hernández-Herrera R. Metabolic responses of the white shrimp，Penaeus vannamei，to ambient ammonia[J]. Comparative Biochemistry and Physiology Part A：Molecular & Integrative Physiology，2000，125（4）：437-443.[HJ1.7mm]

[20]韓力強(qiáng)，康現(xiàn)江，李雙石，等. 氨氮對(duì)斑馬魚2種代謝酶類的影響[J]. 河北大學(xué)學(xué)報(bào)：自然科學(xué)版，2005，25（2）：179-184.

[21]Costa V，Angelini C，De Feis I，et al. Uncovering the complexity of transcriptomes with RNA-Seq[J]. Journal of Biomedicine and Biotechnology，2010：853916.

[22]Wang Z，Gerstein M，Snyder M. RNA-Seq：a revolutionary tool for transcriptomics[J]. Nature Reviews Genetics，2009，10（1）：57-63.

[23]祁云霞，劉永斌，榮威恒. 轉(zhuǎn)錄組研究新技術(shù)：RNA-Seq及其應(yīng)用[J]. 遺傳，2011，33（11）：1191-1202.

[24]張春蘭，秦孜娟，王桂芝，等. 轉(zhuǎn)錄組與RNA-Seq技術(shù)[J]. 生物技術(shù)通報(bào)，2012（12）：51-56.

[25]嚴(yán)東輝. 胡楊干旱響應(yīng)轉(zhuǎn)錄組及NF-YB基因表達(dá)譜[D]. 北京：北京林業(yè)大學(xué)，2013.

[26]霍 達(dá)，張 恒，戴紹軍. 鹽生植物鹽堿脅迫應(yīng)答轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析[J]. 現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技，2011（5）：11-12.

[27]Wang Y C，Yang C P，Liu G F，et al. Development of a cDNA microarray to identify gene expression of Puccinellia tenuiflora under saline-alkali stress[J]. Plant Physiology and Biochemistry，2007，45（8）：567-576.

[28]Jha B，Agarwal P K，Reddy P S，et al. Identification of salt-induced genes from Salicornia brachiata，an extreme halophyte through expressed sequence tags analysis[J]. Genes & Genetic Systems，2009，84（2）：111-120.

[29]Wong C E，Li Y，Labbe A，et al. Transcriptional profiling implicates novel interactions between abiotic stress and hormonal responses in Thellungiella，a close relative of Arabidopsis[J]. Plant Physiology，2006，140（4）：1437-1450.

[30]Diédhiou C J，Popova O V，Golldack D. Transcript profiling of the salt-tolerant Festuca rubra ssp. litoralis reveals a regulatory network controlling salt acclimatization[J]. Journal of Plant Physiology，2009，166（7）：697-711.

[31]Gao C Q，Wang Y C，Liu G F，et al. Expression profiling of salinity-alkali stress responses by large-scale expressed sequence tag analysis in Tamarix hispid[J]. Plant Molecular Biology，2008，66（3）：245-258.

[32]許長征. 玉米根系對(duì)低磷脅迫響應(yīng)的轉(zhuǎn)錄組分析[D]. 濟(jì)南：山東大學(xué)，2009.

[33]曾地剛，陳秀荔，謝達(dá)祥，等. 基于高通量測序的凡納濱對(duì)蝦的轉(zhuǎn)錄組分析[J]. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué)，2013，32（3）：308-313.

[34]許寶紅. 感病草魚脾臟的比較轉(zhuǎn)錄組分析[D]. 長沙：湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)，2012.

[35]董迎輝. 泥蚶高通量轉(zhuǎn)錄組分析及生長相關(guān)基因的克隆與表達(dá)研究[D]. 青島：中國海洋大學(xué)，2012.

[36]Deyholos M K. Making the most of drought and salinity transcriptomics[J]. Plant Cell and Environment，2010，33（4）：648-654.endprint