常染色體D2S1338基因座被檢父稀有等位基因分析

萬靜 鄧小娟 唐澤英

常染色體短串聯(lián)重復序列STR基因座，是目前廣泛運用于親子鑒定的遺傳標記；而在DNA親子鑒定中，隨著鑒定案件的增多，發(fā)現(xiàn)稀有等位基因的機率也在增大，這給親子鑒定結(jié)果分析帶來困擾。

一、材料與方法

某委托人為明確孩子身份，特委托西南政法大學司法鑒定中心對某被檢父、被檢子進行單親親子鑒定。經(jīng)現(xiàn)場提取被鑒定人血樣2份，應用北京基點認知技術(shù)有限公司GoldeneyeTMDNA身份鑒定系統(tǒng)20A（免提?。┰?700擴增儀上進行復合擴增，擴增產(chǎn)物在ABI3500型遺傳分析儀上進行DNA電泳，得結(jié)果后再經(jīng)GeneMapperID-X軟件判讀，得到各等位基因的基因型。檢驗結(jié)果，被檢父在D2S1338基因座為雜合子OL/18；增加寧波海爾思基因科技有限公司STRtyper-21G_PLUS復合擴增系統(tǒng)進行復核檢測，其結(jié)果仍然相同（詳見圖1、圖2）。

圖1 GoldeneyeTMDNA身份鑒定系統(tǒng)20A被檢父血樣

圖2 STRtyper-21G_PLUS被檢父血樣

圖3 GoldeneyeTMDNA身份鑒定系統(tǒng)20A Ladder

二、檢驗結(jié)果

應用GoldeneyeTMDNA身份鑒定系統(tǒng)20A復合擴增，共檢出19個常染色體STR基因座且均符合遺傳規(guī)律,被檢父D2S1338基因座發(fā)現(xiàn)OL峰。OL峰又稱“off-ladder峰”，一般位于與Ladder上相應等位基因0.5bp范圍之外，可分析其前后已自動化正確命名的片段相對與Ladder等位基因的漂移偏離情況，對OL峰進行漂移校正，人工修正命名[1]。

依據(jù)相關(guān)文獻[2]鑒定標準，對OL峰進行分析計算。被檢父D2S1338基因座OL峰顯示size為203.20（詳見圖1）；為準確判斷OL峰的等位基因，依據(jù)檢材樣本等位基因18與同時電泳Ladder等位基因18的bp值分別為223.84（詳見圖1）和223.82（詳見圖3），參照文獻[3]對OL峰bp值計算，得：223.84-223.82=0.02，表明樣本等位基因18相對于Ladder漂移了0.02bp；OL峰bp值扣除漂移，即被Ladder等位基因18的bp值相減，得223.82-（203.20-0.02）=20.64 bp，OL峰實際長度比Ladder等位基因18小20.64bp。由于D2S1338基因座是位于人類二號染色體上的短串聯(lián)重復序列，其核心序列為(TGCC/TTCC）[4],重復單位為4個堿基對，故該被檢父OL峰分型比Ladder等位基因18少5個重復單位，因而該被檢父D2S1338基因座OL峰可判斷為稀有等位基因13。

三、分析與討論

筆者查閱了相關(guān)文獻，在其中袁麗等、李莉等、曹林枝等、劉長暉等、郝宏蕾等、肖莉等、趙芳芳等、霍振義等、于嘉源等、袁亮等、王曉勛等、白雪等、張旋等、劉勝等、朱巍等的16篇報道中，均未發(fā)現(xiàn)基因座D2S1338等位基因13。[5]

而徐志成等調(diào)研，在11250個日常檢案無關(guān)個體中發(fā)現(xiàn)1例[6]；李天光等調(diào)研，在黑龍江綏化地區(qū)漢族2627例無關(guān)個體中該稀有等位基因的基因頻率為0.0002[7]；張檸等調(diào)研，在云南苗族人群747例無關(guān)個體中，基因頻率為0.0013[8]，可計算出該群體中僅有1例檢出該等位基因：這三篇文獻所涉人群中檢出該等位基因的例數(shù)和基因頻率都極低（詳見下表）。

林子清等的調(diào)研，在6788個新疆維吾爾族無關(guān)個體中，發(fā)現(xiàn)13例[9]；馮春梅等的調(diào)研，在牡丹江市朝鮮族500例無關(guān)個體中基因頻率為0.0210[10]；劉新勝等佛山漢族570例無關(guān)個體中，基因頻率為0.054386[11]。能看出來基因座D2S1338等位基因13分布相對集中（詳見下表）。

分析結(jié)果顯示，基因座D2S1338等位基因13雖屬稀有基因，但在基因頻率調(diào)查中，顯示出其相對集中地分布在新疆維吾爾族、牡丹江朝鮮族、佛山漢族中，具有明顯的地區(qū)和人群特異性，有利于地域、種族的確認；特別是在刑事案件法醫(yī)物證鑒定中，其對個體識別與嫌疑人的認定具有重要價值和意義。

目前，基因座D2S1338是親緣關(guān)系鑒定中常用的STR基因座之一，也是常規(guī)親緣關(guān)系鑒定規(guī)范所推薦的基因座。稀有等位基因的存在，對DNA檢驗的應用會產(chǎn)生一定的影響；同時,其對提高基因座的個體識別能力、非父排除率有重要的應用價值。但是，若由其產(chǎn)生誤判，會影響數(shù)據(jù)庫的應用及各實驗室間的數(shù)據(jù)交流，所以建議在遇到稀有等位基因時,最好采用不同試劑系統(tǒng)進行復核檢驗。本案被檢父的稀有等位基因雖對鑒定結(jié)果分析影響不大，但隨著案件量的不斷增加，鑒定風險會逐步加大，因此在司法鑒定實務中遇此類案件應準確把握，以避免發(fā)生錯誤判斷。

表 國內(nèi)部分地區(qū)STR基因座D2S1338等位基因13頻率統(tǒng)計