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      基于DNA條形碼基因快速鑒定帕米爾高原南麓部分地區(qū)農田葉蟬

      2020-12-31 08:16:06張海燕陳光輝張秀英王玉濤
      新疆農業(yè)科學 2020年12期
      關鍵詞:葉蟬條形碼分子

      張海燕,陳光輝,張秀英,王玉濤

      (1.喀什大學生命與地理科學學院,新疆喀什,844000;2.新疆帕米爾高原生物資源與生態(tài)重點實驗室, 新疆喀什,844000;3.喀什海關技術中心,新疆喀什,844000)

      0 引 言

      【研究意義】葉蟬屬于半翅目,頭喙亞目(Auchenorrhyncha),角蟬總科(Membracoidea),葉蟬科(Cicadellidea)[1]。該科昆蟲分布廣泛,全世界約1 500屬,超過22 000種,中國約2 000種[2]。葉蟬屬持久型傳毒介體[3],是一類對農林業(yè)威脅較大的害蟲,可傳播植物病毒病,如稻普通矮縮病、小麥紅矮病、玉米線條病毒(由異沙葉蟬持久傳播[4])等。對有害昆蟲來說,種類鑒別、防控與監(jiān)測尤為重要[5],若不能及時準確鑒定而影響相應防治措施的采取,會對生態(tài)環(huán)境造成潛在的威脅[6]。葉蟬科昆蟲有些類群形態(tài)相似,體色相當,在農林業(yè)害蟲管治中,物種鑒定一直是制約生產的瓶頸[7];有些體型和體色等特征易隨發(fā)育階段或地理環(huán)境的改變而改變[8],遺傳結構也會改變[9],如額垠葉蟬屬Mukaria[10],增加了鑒定難度。葉蟬科昆蟲高齡若蟲較低齡若蟲傳病力強,成蟲較若蟲傳病力強[3],低齡葉蟬在若蟲期較易防治,但該蟲體型微小,幼蟲形態(tài)特征差異小,有些特征在不同發(fā)育時期不穩(wěn)定,對幼蟲、蛹及卵采取形態(tài)鑒定法很難確保其準確性[11]。形態(tài)分類法受蟲態(tài)、發(fā)育階段、地理環(huán)境等影響,非專業(yè)人員很難快速、準確鑒定。DNA條形碼技術能夠克服形態(tài)學分類的不足,實現不同發(fā)育歷期、不同形態(tài)、殘體昆蟲的快速準確鑒定。Hajibabaei 等[12]用DNA條形碼技術對哥斯達黎加的鱗翅目3個科幼蟲進行了有效識別,江亞杰等[13]用此技術對7種儲糧害蟲碎片進行了準確鑒定。研究選用線粒體基因對該區(qū)域的葉蟬進行分類鑒定,這對邊境生物安全具有重要的意義?!厩叭搜芯窟M展】1993年Fang[14]首次將16SrDNA運用于角頂葉蟬的系統發(fā)育研究中,日本昆蟲學家Kamitani[15]利用COI基因對日本45種葉蟬做了條形碼研究;Dietrich等[16]應用28SrDNA序列探討了角蟬總科的系統發(fā)育;美國國立生物技術信息中心共收錄了該科42種葉蟬線粒體基因組數據,其中27種測定了全序列。李虎等[17]用COI基因對廣頭葉蟬亞科進行研究,發(fā)現序列A+T含量明顯高于G+C。付建玉等[18]基于mtDNA COI,開展假眼小綠葉蟬研究,發(fā)現該種葉蟬種群間遺傳距離為0.5%~1.2%,遠小于2%的界限。楊金宏等[19]基于28SrDNAD2區(qū),開展陜南凹緣菱紋葉蟬分子系統學與遺傳多樣性研究,孟澤洪等[20]基于Cytb基因序列,探討大葉蟬亞科部分種類分子系統學,何宏力[21]開展了窗翅葉蟬分子系統學研究,詹洪平[22]通過分子技術和形態(tài)學結合的方法對圓痕葉蟬進行分析,確定了系統發(fā)育樹中各屬、種的地位。前人選擇這些基因研究葉蟬,提供了DNA條形碼,明確了葉蟬系統進化地位或分類地位,但是集中于COI基因,對Cytb、ITS2等基因的研究較少;我國目前對葉蟬的條形碼研究尚不夠全面,特別是帕米爾高原地區(qū)新的分類階元有待發(fā)現?!颈狙芯壳腥朦c】葉蟬科昆蟲種類豐富,數量龐大,可傳播植物病毒病,對農林業(yè)危害極大,有效防治較為困難,準確鑒定是有效防治的基礎。由于該科昆蟲體型小,種間形態(tài)相似,難以鑒定,帕米爾高原南麓山地區(qū)域葉蟬分布較多,已成為影響農林生產的害蟲之一,而此地區(qū)有關葉蟬研究報道較少,帕米爾高原與阿富汗、巴基斯坦等國接壤,外來物種入侵時有發(fā)生,區(qū)域內對昆蟲研究較少,葉蟬條形碼研究鮮有報道。通過傳統形態(tài)分類法,確定未知葉蟬的大致類群,選擇mtDNACOI、Cytb和ITS2基因,運用通用引物PCR擴增并直接測序,借助生物信息學分析軟件對比分析目的基因序列的相似性,構建系統進化樹,分析遺傳進化關系,獲取葉蟬DNA條形碼,實現不同種類葉蟬的快速鑒定?!緮M解決的關鍵問題】研究利用DNA條形碼技術,采用傳統分類和分子生物學相結合,建立葉蟬快速鑒定方法,以彌補形態(tài)學分類的不足,豐富邊境地區(qū)葉蟬基因數據庫。

      1 材料與方法

      1.1 材 料

      葉蟬樣本于2019年6~9月,用捕蟲網掃捕掃獲得。在實驗室進行形態(tài)學分類,獲取試驗標本7份,標記為A、B、C、D、E、F、G,將標本置于99%酒精離心管中,于4℃冰箱冷藏保存?zhèn)溆?。?

      體視顯微鏡(Motic Cam2506 SMZ168)、PCR儀(Biometra TProfessional standard Gradient Thermocycler)、高速低溫離心機(BECKMAN COULTERTM AllegraTM X-22R Centrifuge)、電泳儀(JY1600C)、水平電泳槽(美國Bio-Rad)、凝膠成像儀(Bio-Rad Molecular Imager Gel Doc XR+凝膠成像系統)、振蕩器(IKA MS3 digital)、恒溫水浴鍋等。

      1.2 方 法

      1.2.1 基因組 DNA 的提取

      DNA提取參照鄒志文等[23]Chelex改進方法,首先雙蒸水清洗樣品數次(期間漩渦振蕩),將清洗好的樣品置于潔凈濾紙上干燥,挑取單頭樣品置于1.5 mL的離心管中,用滅菌玻璃研磨棒充分研磨;加滅菌雙蒸水0.5 mL,渦漩混勻,置冰箱-20℃冷卻10 min,12 000 r/min離心5min,棄上清,重復3次;在沉淀中加入150 μL懸浮好的5%的Chelex-100溶液,56℃水浴2 h;渦旋5~10 s,100℃加熱10 min(封口),取出后渦旋溶液5~10 s,10 000 r/min離心5 min,取上清作為PCR反應的模板,-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>

      1.2.2 基因PCR 擴增

      引物由北京奧科生物技術公司合成。擴增體系總體積為25 μL,其中Taq酶1.5 U,dNTP 0.25 mmol/L,1×反應緩沖液2.0 mmol/L Mg2+,上下游引物各為0.3 μmol/L,DNA 模板50 ng。反應步驟為:95℃預變性5 min,95℃變性45 s,56℃退火35 s,72℃延伸1.5 min,循環(huán)40次,循環(huán)結束后72℃延伸7 min。PCR產物送蘇州金唯智生物科技有限公司測序。表2

      表1 葉蟬樣本采集信息Table1 Sample information collected in this study

      表2 PCR 擴增引物設計及其參考文獻Table 2 PCR primer design and its reference

      1.3 數據處理

      測序所獲得的基因序列用Dnastar Package中的Editseq軟件進行正反鏈拼接匹配校正,獲得有效序列。在NCBI網站運行BLAST程序進行序列同源性比較,確定為昆蟲的COI、Cytb、ITS2序列。利用GenBank中下載的36條同源序列,用ClustalX 1.83軟件進行比對。用MEGA7.0分析堿基組成、變異位點,各種間序列差異,計算核苷酸組成?;贙imura-2-Parameter模型,用NJ(Neighbour-Jioning)法構建分子系統樹,采用自展法重復檢測1 000次,循環(huán)估計系統樹中節(jié)點的自舉置信水平(bootstrap confidence level,BCL)。

      2 結果與分析

      2.1 采集標本所屬類群的鑒定

      研究表明,參照葉蟬科成蟲的形態(tài)特征進行鑒定,觀察外部形態(tài),采集樣品隸屬于半翅目葉蟬科,分別為A:條沙葉蟬(Psammotettixconfinis)、B:廣頭葉蟬(Pediopsoides)、C:條沙葉蟬(Psammotettixconfinis)、D:大青葉蟬(Cicadellaviridis)、E:片角葉蟬(IdiocerusurakawensisMatsumura)、F:桃一點葉蟬(Singaporashinshana)、G:擬菱紋葉蟬(Hishimonoidesrecurvatis)。表3

      表3 6種葉蟬樣本成蟲鑒定形態(tài)特征Table 3 Morphological characteristics for identification of 6 kinds of adult Cicadellidaes

      2.2 葉蟬的ITS2、Cytb、COI 序列

      研究表明,獲得葉蟬核酸序列共19條, 其中COI基因6條、Cytb基因7條、ITS2基因6條,上述19條核酸序列中12條序列為研究首次獲得。將所測序列進行拼接校對,在NCBI 網站上運行BLAST 程序,所測序列與昆蟲的COI、Cytb、ITS2基因有很高的相似性,測定序列為COI、Cytb、ITS2基因序列。與 GeneBank中的相關基因序列進行比較,結合 GeneBank 中下載的與該COI、Cytb、ITS2序列一致性較高的葉蟬的序列,用 ClustalX1.83 軟件進行比對,將非保守區(qū)域去除。

      7個樣品的Cytb序列AT含量分別為72%、73%、74%、74%、75%、73%、69%;6種樣品COI序列的AT含量分別為70%、69%、69%、70%、66%、70%,COI、Cytb基因的AT含量高于GC,表現出A+T堿基偏嗜,且A與T含量相當,契合昆蟲線粒體基因堿基組成特點。所得COI、Cytb基因序列均能在分子水平上進行監(jiān)測分析。表4

      2.3 葉蟬分子鑒定

      研究表明,ITS1、ITS2相似度大于97%、Cytb,COI相似度大于98%視為相似度達到物種鑒定標準或水平[42]。研究獲得7個COI基因序列中,有5個樣品與GenBank中相關序列相似度高達99%,大于或等于鑒定水平98%,可以鑒定為該類昆蟲,其中樣品A、C與KR564712.1條沙葉蟬PsammotettixconfinisCOI基因的相似度分別為99.67%、99.49%,為條沙葉蟬;樣品D與MF716879.1 大青葉蟬CicadellaviridisCOI基因的相似度為99.32%,為大青葉蟬;樣品F與KJ867504.1桃一點葉蟬SingaporashinshanaCOI基因的相似度為99.68%,為桃一點葉蟬;樣品G與KY364883.1擬菱紋葉蟬HishimonoidesrecurvatisCOI基因的相似度為99.38%,為擬菱紋葉蟬。樣品D與GenBank中HQ456379.1 大青葉蟬CicadellaviridisCytb基因的相似度為99.54%,確定為大青葉蟬;樣品F與NCBI中 KJ867509.1桃一點葉蟬SingaporashinshanaCytb基因的相似度為99.58%,為桃一點葉蟬;單個序列或多個序列的鑒定結果是一致的,每個樣品都進行了準確鑒定,與形態(tài)鑒定結果一致,樣品D與F 的Cytb基因序列進一步佐證了鑒定結果的準確性。樣品B與E與數據庫中相關條形碼的相似度存在一定差距,未達到鑒定標準,不能確定其種類,需要通過其他基因序列進一步鑒定。表5

      表4 mtDNA核苷酸組成統計Table 4 Nucleotide composition statistics

      表5 葉蟬鑒定依據和鑒定結果 Table 5 Identification basis and identification results

      2.4 葉蟬系統進化

      研究表明,每個基因最高得分的最高相似度分別為:COI(99.68%)、Cytb(99.58%)、ITS2(95.92%),結果顯示均和葉蟬相關序列的相似性最高。研究選擇了mtDNACOI、Cytb,核基因ITS2等3個基因片段研究葉蟬DNA 條形碼,但因數據庫中Cytb、ITS2基因序列數據較少,影響Cytb、ITS2相似度和遺傳距離分析,故只闡述COI基因序列。構建COI葉蟬部分屬種NJ分子系統樹,研究樣品的COI序列和葉蟬類昆蟲相關序列分為5個進化支,且和已知葉蟬S.zeamais相關序列以較高置信值聚在一起,其中樣品A、C與條沙葉蟬聚為1支,樣品D與大青葉蟬聚為1支,樣品F與桃一點葉蟬聚為1支,樣品G與擬菱紋葉蟬聚為1支,將5種葉蟬準確區(qū)分開來。圖1

      注:圖中數字表示置信度;樣本用實心菱形標出Note:Integer indicates bootstrap confidence values, and sample is marked in solid diamond圖1 與葉蟬相關的部分種類的 COI基因NJ 分子系統樹Fig.1 COI gene NJ phylogenetic tree of partial species related to Cicadellidaes

      3 討 論

      3.1 葉蟬DNA條形碼基因堿基組成特征

      研究7個樣品的COI、Cytb序列A+T含量明顯高于G+C,與田小娟對花蝽科昆蟲的COI序列的研究結果一致,花蝽科序列T+ A含量為66.07%,存在 A/T 偏倚性,符合昆蟲線粒體基因序列堿基組成特點[5];與陳壯志等[43]對蜚蠊的Cytb序列的研究結果一致,蜚蠊A+T含量為69.5%,高于G+C含量,為典型的動物線粒體基因序列特征;章旭日等[44]研究福建小貫小綠葉蟬ITS序列發(fā)現,該類葉蟬ITS2 A+T占65.1%,堿基組成呈AT偏好性,與親緣種的比較分析顯示ITS2更適用于近緣種的分子鑒定[44]。相關研究表明,ITS2基因A+T含量占60%以上時,存在AT堿基偏嗜。研究中ITS2基因A+T含量未達到60%,與前人研究結果不一致,可能與ITS2更適用于近緣種的分子鑒定,該研究中葉蟬樣品與數據親緣關系較近有關;有研究表明,G+C含量與核苷酸替代率成反比[45],研究中葉蟬ITS2 G+C含量較高,也可能與該區(qū)域核苷酸替代率較慢有關。但與李艷華[46]28S rDNA對槳角蚜小蜂和食蚧蚜小蜂的研究結果一致,兩者G+C含量分別為60.3%、58.8%,均高于A+T的含量[46],說明葉蟬rDNA基因較保守。Leo等用ITS2基因研究人體寄生虱序列時發(fā)現,ITS2不適合作為寄生虱的分子標記[47],因此,僅由單一序列得到的結論可能存在片面性,物種的鑒定應該從形態(tài)、生境、分子生物學等方面綜合分析[48]。

      3.2 葉蟬DNA條形碼基因的序列相似度

      Cytb,COI相似度大于98%視為相似度達到物種鑒定標準或水平[42]。ITS1、ITS2 基因在NCBI中的相似度為 96%~97%,相似度相對較低,但也能有效鑒定物種[49]。對達到鑒定標準的鑒定到種,未達到標準的認定為新序列。單個樣品COI、Cytb、ITS2序列均為單個同一樣品獲得,在COI獲得鑒定結果時,其他序列雖未達到鑒定標準,也應為該葉蟬序列。Cytb、ITS2序列相似度低于鑒定水平,數據庫中關于該種葉蟬的Cytb、ITS2序列不全面,研究獲得的序列可作為新序列,例如樣品ACOI(99.67%)=Cytb(79.75%)=ITS2(86.87%),COI已獲得鑒定,Cytb、ITS2序列作為樣品A的序列,未達到鑒定要求,認定為樣品A的新序列。同理,樣品C獲得Cytb、ITS2新序列各1條;樣品F獲得ITS2新序列1條;樣品G獲得ITS2、Cytb新序列各1條;樣品B獲得Cytb、ITS2新序列2條;樣品E獲得COI、Cytb、ITS2新序列3條。研究共獲得新序列12條,Cytb、ITS2新序列較多,COI新序列較少,獲得的新的序列有助于后續(xù)利用Cytb、ITS2序列快速鑒定,同時也說明Cytb、ITS2基因序列有待進一步補充完善。

      3.3 葉蟬DNA條形碼基因系統發(fā)育

      從NJ分子系統樹看出研究葉蟬樣品COI序列分為5支,和已知的葉蟬S.zeamais相關序列以較高置信值聚在一起。樣品A、C與條沙葉蟬親緣關系較近,樣品D與大青葉蟬有親緣關系較近,樣品F與桃一點葉蟬親緣關系較近,樣品G與彎莖擬菱紋葉蟬親緣關系較近。A、C位于NJ樹底端,與位于頂端的D親緣關系最遠,分別聚為1大支(D、F聚為1大支,G與A、C聚為1大支。)F與G位于NJ樹中端,親緣關系較近,但分別聚為一大支;D和F親緣關系最近,聚為一大支,NJ樹種間親緣關系與形態(tài)分類結果一致。樣品E與片角葉蟬親緣關系較近,但NJ樹置信度不高,可能受帕米爾高原區(qū)域生態(tài)環(huán)境、氣候條件影響,與已知數據庫中葉蟬種類分子結構有差異。

      在葉蟬分子鑒定過程中,可能存在偏差,推測一方面是因帕米爾高原南麓地區(qū)生態(tài)環(huán)境、氣候條件較特殊,區(qū)域內相關昆蟲研究較少,導致GenBank數據庫中葉蟬所屬種的序列不全,沒有足夠的、豐富的數據進行物種條碼比對[50],相似度低;另一方面部分未經分類學家鑒定,而存在形態(tài)鑒定不準的序列可能被提交到Gen Bank中,造成分類地位可能不準確[51],存在鑒定誤差,在這種情況下,僅依靠DNA序列比對進行分子鑒定存在風險[52]。形態(tài)鑒定和分子鑒定相結合,才能提高速率,若研究對象是未知物種,需權威專家對該物種進行形態(tài)鑒定,對標本鑒定后獲得的數據才會對物種的界定更有參考價值。關于形態(tài)鑒定,由于各種葉蟬成蟲形態(tài)特征差異不顯著,需從成蟲的翅膀、顏色、觸角、脛足、單復眼、生殖器等部位全面細致觀察,若無成蟲標本,則需捕捉成蟲制成標本。

      4 結 論

      確定了mtDNACOI、Cytb及ITS2基因序列可作為葉蟬的DNA條形碼,COI基因6條、Cytb基因7條、ITS2基因6條;其中1條COI序列,5條Cytb序列,6條ITS2序列。

      通過mtDNA序列對比、遺傳距離分析、系統發(fā)育樹構建,得出葉蟬的mtDNA基因序列符合昆蟲的mtDNA序列特征,確定了研究樣品的種類,與形態(tài)鑒定吻合,獲得的基因序列可作為葉蟬的DNA條形碼,確定該區(qū)域4種葉蟬快速鑒定的DNA條形碼。

      對7份葉蟬樣本進行了形態(tài)和分子鑒定,其中5分樣本準確鑒定,帕米爾高原南麓有至少4種葉蟬存在。

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