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      基于SLIC和馬氏距離混合核函數(shù)聚類的腦腫瘤圖像分割算法

      2021-08-09 06:04:28王志剛馮云超
      關(guān)鍵詞:馬氏高斯濾波

      王志剛,馮云超,黃 灌

      (湖南師范大學(xué) 信息科學(xué)與工程學(xué)院,長沙 410081)

      近年來,腦腫瘤的發(fā)病率和死亡率正在逐年攀升,且患者多為惡性腫瘤,它對人類的生命健康造成了嚴(yán)重的危害[1].利用計(jì)算機(jī)技術(shù)準(zhǔn)確獲得腦腫瘤的尺寸和位置等信息,能夠幫助醫(yī)生作出準(zhǔn)確的診斷[2],同時(shí),在手術(shù)定位、創(chuàng)建病情檔案、建立腫瘤模型等方面也有重要作用[3].因此,將腦腫瘤圖像從MRI 影像中準(zhǔn)確地分割出來對腦部疾病的診斷具有重要的意義.

      在臨床中,通常由醫(yī)生手動繪制腦腫瘤邊界,這不僅需要醫(yī)生掌握較多的專業(yè)知識,還會耗費(fèi)大量的時(shí)間和精力,且分割結(jié)果易受主觀因素的影響,可能會因醫(yī)生水平的不同而出現(xiàn)明顯的差異.因此,實(shí)現(xiàn)腦腫瘤圖像的自動分割,一直是學(xué)者們研究的熱點(diǎn)問題.

      模糊C均值聚類(fuzzy c-means, FCM)算法是一種經(jīng)典的圖像分割算法,也是一種無監(jiān)督的聚類分析方法,已被廣泛應(yīng)用于醫(yī)學(xué)圖像分割領(lǐng)域[4].但是,該算法對噪聲較為敏感,且初始聚類中心隨機(jī)確定,容易陷入局部極值,當(dāng)不同類別樣本特征差異較小時(shí),聚類精度較差.為此,學(xué)者們進(jìn)行了大量的研究和改進(jìn),祖志文等[5]使用粒子群算法初始化聚類中心,提高了算法的穩(wěn)定性;Yang 等[6]提出一種基于核函數(shù)及空間鄰域信息的模糊聚類算法,擴(kuò)大了不同樣本間的特征差異,提高了算法的抗噪性;王燕等[7]將核函數(shù)與馬氏距離相結(jié)合,提出了KM-FCM 算法,增強(qiáng)了算法的噪聲魯棒性.

      針對傳統(tǒng)模糊C 均值聚類算法對噪聲敏感,初始聚類中心不確定,聚類精度不高以及無法對腦腫瘤MRI 圖像準(zhǔn)確分割的問題,本文將馬氏距離混合高斯核函數(shù)引入到模糊C 均值聚類算法中,結(jié)合SLIC 算法和粒子群算法,提出一種新的腦腫瘤圖像分割方法,研究其分割精度和有效性.

      1 各向異性濾波

      傳統(tǒng)消噪方法雖然能較好地去除噪聲,但卻損害了原信號的強(qiáng)度,模糊了圖像的邊緣,不能很好地滿足醫(yī)學(xué)圖像分割的需要.因此,本文采用各向異性濾波進(jìn)行圖像的預(yù)處理,在去除噪聲的同時(shí)還可以把圖像的邊緣較好地保留下來.

      各向異性濾波是把圖像看成物理學(xué)的力場或熱流場,圖像像素總是朝著跟其值差異不大的地方流動,那些差異大的地方(邊緣)得以保留.因此,各向異性濾波本質(zhì)上是圖像邊緣保留濾波器(EPF)[8],其在各方向上的擴(kuò)散可表示為

      2 算法描述

      2.1 線性迭代聚類預(yù)分割

      為避免殘留噪聲和散點(diǎn)對圖像分割造成干擾,

      本文首先采用SLIC 算法對圖像進(jìn)行預(yù)分割.簡單線性迭代聚類(simple linear iterative clustering,SLIC)算法是Achanta 等[9]提出的一種新的聚類算法,它能夠生成大量形狀規(guī)則、相對均勻的超像素塊,可以有效避免過分割和欠分割現(xiàn)象.SLIC算法的具體步驟[10]如下:

      1)初始化種子點(diǎn).假設(shè)圖像有N個(gè)像素點(diǎn),首先,將其分為K個(gè)超像素塊,則超像素塊尺寸約為N K,超像素塊間的距離可用S=N K來表示;其次,計(jì)算出所有像素點(diǎn)的梯度值,為避免影響后續(xù)的聚類結(jié)果,讓種子點(diǎn)在鄰域3×3 的窗口內(nèi)移動,并且保證其移動到梯度值最小的位置上,以防止種子點(diǎn)被分配到影像的邊緣位置或噪聲點(diǎn)的位置;最后,分配對應(yīng)標(biāo)簽到每個(gè)種子點(diǎn)上.

      2)相似性度量.對每個(gè)像素點(diǎn)進(jìn)行搜索,計(jì)算出像素點(diǎn)與種子點(diǎn)之間的相似程度(包括顏色距離和空間距離),不斷迭代直到算法收斂.其距離關(guān)系為

      2.2 粒子群算法確定聚類中心

      粒子群優(yōu)化(particle swarm optimization, PSO)算法是由Kennedy 和Eber-hart 提出的群智能優(yōu)化算法[11].其具體流程如下:

      其中,wmax表示w的最大值,通常取0.9;wmin表示w的最小值,通常取0.4;t表示當(dāng)前的迭代次數(shù);tmax表示最大迭代次數(shù).

      2.3 基于馬氏距離混合核函數(shù)的聚類算法

      2.3.1 混合核函數(shù)聚類

      由于單一高斯核函數(shù)只有唯一的可調(diào)參數(shù)σ,所以其具有很強(qiáng)的局部性,導(dǎo)致聚類算法的學(xué)習(xí)和泛化能力不強(qiáng)[12].本文采用混合高斯核函數(shù)替代單一高斯核函數(shù),這樣就可以通過調(diào)整多個(gè)σ參數(shù)來優(yōu)化樣本數(shù)據(jù)在核空間中的分布,從而提高核模糊聚類算法的性能.混合高斯核函數(shù)的定義為

      2.3.2 馬氏距離混合核函數(shù)聚類

      傳統(tǒng)高斯核函數(shù)雖具有很強(qiáng)的適應(yīng)性,但其對數(shù)據(jù)差異性的度量方式是歐氏距離,而歐氏距離并沒有考慮特征之間可能存在的耦合關(guān)系,因此它不能有效地描述2 個(gè)樣本點(diǎn)之間的全局性關(guān)系,往往不能取得令人滿意的效果.

      馬氏距離是由印度統(tǒng)計(jì)學(xué)家Mahalanobis 提出的[13],因其引入了協(xié)方差矩陣,所以可以更好地描述2 個(gè)樣本點(diǎn)之間的全局性關(guān)系,其定義為

      2.4 算法步驟

      本文所提算法的具體實(shí)現(xiàn)步驟如下:

      1)使用各向異性濾波對圖像進(jìn)行預(yù)處理,設(shè)定迭代次數(shù)t= 20,導(dǎo)熱系數(shù)k= 15,平滑系數(shù)λ= 0.15.

      2)用簡單線性迭代聚類算法對預(yù)處理后的圖像進(jìn)行分割,超像素塊大小設(shè)為15 個(gè)像素.

      3)設(shè)定粒子群算法的相關(guān)參數(shù),即粒子群規(guī)模N= 30,最大迭代次數(shù)tmax= 30和學(xué)習(xí)因子c1=c2= 2,并求得初始聚類中心v0.

      4)設(shè)定聚類數(shù)目c= 3,迭代終止條件ε= 10-5,最大迭代次數(shù)Tmax=100,高斯核數(shù)目g= 2,高斯核參數(shù)σ1=150,σ2= 20,約束系數(shù)λ=0.6.

      5)輸入由步驟3)獲得的初始聚類中心v0,再根據(jù)式(17)~式(18),不斷更新聚類中心vi和隸屬度矩陣U.如果J(i) -J(i- 1)≤ε或者達(dá)到最大迭代次數(shù),則停止迭代;若不滿足上述條件,則繼續(xù)執(zhí)行本步驟.

      6)迭代停止后,根據(jù)最終得到的隸屬度矩陣把目標(biāo)像素指定為相應(yīng)的最佳聚類中心的值,并輸出圖像.

      7)結(jié)合形態(tài)學(xué)對圖像進(jìn)行后處理,即平滑腦腫瘤圖像的邊緣.

      3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果及分析

      3.1 實(shí)驗(yàn)環(huán)境

      本次實(shí)驗(yàn)的腦腫瘤MRI 圖像來自BraTS2018數(shù)據(jù)庫,該數(shù)據(jù)庫的MRI 圖像提供了4 種圖像序列,分別是T1,T1c,T2 和FLAIR.由于FLAIR圖像序列在成像過程中水分子信號被抑制,故常被用于腫瘤診斷[14],本文亦選擇該圖像序列.實(shí)驗(yàn)環(huán)境為Windows10、AMD Ryzen 5 3500U 處理器、16 GB 內(nèi)存,以及Matlab 2018a.

      3.2 抗噪實(shí)驗(yàn)

      由于MRI 圖像在成像過程中經(jīng)常受到高斯噪聲的干擾,所以在圖像中分別添加方差為0.005,0.01,0.02 和0.03 的高斯噪聲,并用本文所提算法對MRI 圖像進(jìn)行分割,結(jié)果如表1 所示.

      表1 不同強(qiáng)度噪聲下的分割結(jié)果

      由表1 可知,當(dāng)噪聲方差為0.005~0.02 時(shí),分割結(jié)果相對穩(wěn)定,能較好地將腦腫瘤圖像分割出來,這說明算法具有良好的抗噪性;當(dāng)噪聲方差為0.03 時(shí),消噪后的圖像開始變得模糊,腦腫瘤圖像的邊緣部分開始出現(xiàn)誤分割的現(xiàn)象.

      3.3 腦腫瘤分割實(shí)驗(yàn)

      為了驗(yàn)證所提算法分割腦腫瘤圖像的有效性,從BraTS2018 數(shù)據(jù)庫中隨機(jī)挑選某位患者的腦腫瘤MRI 圖像,抽取3 個(gè)層面進(jìn)行圖像分割,并且分別與FCM 算法[15]和KFCM 算法[16]的分割效果進(jìn)行對比,結(jié)果如圖1~圖3 所示.

      從圖1~圖3 可看出,在FCM 和KFCM 算法的分割結(jié)果中,腦腫瘤圖像的邊緣部分出現(xiàn)了一定程度的誤分割現(xiàn)象,且有一定的散點(diǎn)存在;本文算法則能較好地處理腦腫瘤圖像細(xì)節(jié),且分割后無明顯散點(diǎn),其分割效果最接近于真值圖像.

      圖1 切片1 分割效果對比

      圖3 切片3 分割效果對比

      圖2 切片2 分割效果對比

      為了避免主觀評價(jià)因素的影響,本文選擇Dice,Jaccard,Sensitivity和Accuracy共4 個(gè)評價(jià)指標(biāo)對算法分割精度進(jìn)行評估,其定義分別為

      其中,TP為正確分割的目標(biāo)區(qū)域;FP為誤分割的目標(biāo)區(qū)域;FN為沒有檢測到的目標(biāo)區(qū)域;TN為一定的非目標(biāo)區(qū)域.

      仍以上述3 幅腦腫瘤MRI 圖像為例,將本文算法與FCM 算法和KFCM 算法的4 項(xiàng)評價(jià)指標(biāo)進(jìn)行比較,結(jié)果如表2 所示.

      表2 本文算法與其他算法的分割性能對比

      由表2 可以看出,本文算法相較傳統(tǒng)聚類算法在各指標(biāo)上均有一定提升:Dice平均值相較傳統(tǒng)算法高出2.21%~2.69%;Jaccard平均值相較傳統(tǒng)算法高出3.97%~4.78%;Sensitivity平均值相較傳統(tǒng)算法高出5.31%~6.39%;Accuracy平均值相較傳統(tǒng)算法高出0.22%~0.26%.在腦腫瘤圖像分割中,通常以Dice和Jaccard作為主要指標(biāo),其值越接近1,代表分割效果越好.本文所提算法從實(shí)驗(yàn)中得出的Dice平均值和Jaccard平均值均較高.

      4 結(jié)束語

      本文所提腦腫瘤圖像分割方法,利用各向異性濾波進(jìn)行圖像預(yù)處理,具有良好的抗噪性;通過粒子群算法確定初始聚類中心,提高了算法的穩(wěn)定性;利用多個(gè)馬氏距離高斯核函數(shù)進(jìn)行數(shù)據(jù)映射,可以優(yōu)化算法的分割性能.實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,與FCM 算法和KFCM 算法相比,所提算法具有較好的噪聲魯棒性,其分割精度更高,能將腦腫瘤圖像從腦MRI 影像中準(zhǔn)確地分割出來,是一種有效的腦腫瘤圖像分割算法.但本算法也存在一定缺陷,如高斯核的各參數(shù)和權(quán)重不能自動調(diào)節(jié),需要人為干預(yù),這將是下一步研究的重點(diǎn).

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