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      腫瘤臨床試驗中泳道圖的SAS實現(xiàn)

      2022-06-07 05:03:54穆懷倫
      智慧醫(yī)學 2022年4期
      關鍵詞:臨床試驗腫瘤

      穆懷倫

      「摘要」在I/II期的腫瘤臨床試驗中,出于安全性,有效性的考慮,受試者的服藥劑量會在試驗中變化。為更直觀的展示劑量變化對于藥物的影響,在統(tǒng)計圖表中繪制劑量變化圖形顯得至關重要。本文將演示如何使用PROC SGPLOT過程HIGHLOW語句,在腫瘤項目泳道圖中增加劑量變更的信息。展現(xiàn)HIGHLOW語句與常規(guī)泳道圖做法的優(yōu)勢。增加劑量變更的泳道圖,可以為研究人員提供更多的信息,以便對研究人員了解不同劑量對受試者的影響提供信息,同時可以為選出合適的服藥劑量作參考。

      「關鍵詞」SAS;泳道圖;臨床試驗;腫瘤

      一、引言

      近年來,隨著國內(nèi)腫瘤項目臨床試驗日漸增多。為了高效的開展臨床試驗,更多的適應性設計被廣泛應用到腫瘤I/II期臨床項目中。加之出于對受試者的安全性及有效性考慮。同一受試者在試驗中,出現(xiàn)試驗藥物劑量調(diào)整的情況普遍存在。如何將劑量調(diào)整的信息與原有圖表相結合,更清晰明了的展示結果,顯得至關重要。

      對于一般腫瘤項目中的泳道圖,瀑布圖,生存分析圖等,其目的是從不同角度展現(xiàn)受試者的腫瘤信息。在繪制此類圖表時,過程不近相同。但泳道圖的繪制過程相較于其它圖形更為復雜。泳道圖一般包含:藥物暴露時間,腫瘤評估時間,腫瘤評估信息,研究藥物暴露后的持續(xù)反應等信息。其可以很好的展示個體的趨勢。然而這些信息需要用不同的符號/顏色組合顯示。它在繪制中打破了常規(guī)的繪圖的方式,需要在一個圖中,繪制多個不同圖形,已達到最終的目的。在原有的泳道圖中加上劑量變化信息,將使得制圖過程更加復雜。

      PROC SGPLOT過程是SAS 中的重要繪圖語句之一,其簡潔,方便的語句被更多的人所青睞。隨著SAS版本的不斷更新,其增加了更多的編程選項與編程,可以更好的繪制復雜的圖形以及圖形中細節(jié)的修訂。PROC SGPLOT過程原理是創(chuàng)建各種各樣的圖,再并將圖疊加在一起以生成包含不同類型的圖。本文將通過實例,展示如何使用PROC SGPLOT過程HIGHLOW語句實現(xiàn)包含劑量變化信息的泳道圖。

      二、原理與方法

      1.泳道圖介紹

      在腫瘤學研究中,可以使用類似泳道的條形圖直觀地模擬受試者的時間-事件(Time-to-Event)數(shù)據(jù)。

      研究人員可以通過泳道圖快速檢查任何感興趣的受試者的腫瘤信息,并比較不同治療組的反應趨勢,以及劑量變化對結果的影響。

      2. 編碼思路

      泳道圖的繪制方法眾多,隨著近年來SAS版本不斷的更新升級,PROC SGPLOT模塊被廣泛應用。使用PROC SGPLOT模塊繪制泳道圖的常規(guī)思路,一般為使用HBARPARM先繪制底層柱狀圖,再使用SCATTER語句繪制圖中相應的標識圖。

      若想通過常規(guī)方法,我們是否可以將劑量變更的信息增加到圖中呢?實際上我們也可以應用HBARPARM和SCATTER的方法展現(xiàn)劑量變更的信息于圖中,但圖例中卻無法呈現(xiàn)對應的劑量顏色。這導致了,雖然我們可以呈現(xiàn)信息,但繪制的圖形,卻不嚴謹?shù)膯栴}。究其根本是HBARPARM語句所繪制的條形圖,只能規(guī)定條形圖的末尾參數(shù),并不能分段繪制。繪制出的劑量變化信息,只能疊加呈現(xiàn)。疊加出來的顏色將與實際賦值的顏色不一致。使得圖例不能很好的實現(xiàn)劑量變更的內(nèi)容。

      PROC SGPLOT模塊中HIGHLOW語句可以很好的解決這個問題,相較于HBARPARM只能在Y軸中設置一個參數(shù),HIGHLOW語句可以設置條形圖的開始位置與結束位置兩個參數(shù)。我們可以將受試者不同劑量的服藥時間信息,按劑量組分別繪制條形圖后疊加。從而達到按不同服藥劑量及服藥天數(shù)繪制條形圖。繼而使用HIGHLOW和SCATTER語句的組合,繪制包含多個與腫瘤反應相關信息的泳道圖。在下面的小節(jié)中,我們將詳細介紹輸入數(shù)據(jù)集,然后描述如何將圖的構造分為三個階段繪制:基本階段、自定義階段,并對每個步驟中使用的語句進行解釋。

      3. 輸入數(shù)據(jù)集結構

      在SAS繪圖中,輸入的數(shù)據(jù)集結構,直接影響作圖的質(zhì)量與速度。我們需要將涉及的全部數(shù)據(jù)點,以合適的方式呈現(xiàn)出來。對此我們需要對圖1進行拆分,分析圖1是如何構成的:

      1) 反應服藥信息的bar 圖

      2) 反應腫瘤評估的scatter圖

      3) 反應結束研究原因的scatter圖

      因此我們需要在數(shù)據(jù)集中體現(xiàn)的數(shù)據(jù)點為:

      SUBJID:受試者識別號;

      TRT01A:實際服藥劑量;

      TRTSDT:首次服藥天數(shù);

      TRTEDT:末次服藥天數(shù);

      CRDY:腫瘤評估首次被評為CR(Complete Response)的天數(shù);

      PRDY:腫瘤評估首次被評為PR(Partial Response)的天數(shù);

      SDDY:腫瘤評估首次被評為SD(Stable Disease)的天數(shù);

      PDDY:因受試者疾病進展退出的天數(shù);

      DDDY:因受試者死亡退出的天數(shù);

      ONGOING:是否持續(xù);

      POS:Y軸標簽參數(shù);

      之前提到,我們需將每個人的不同劑量信息分別繪制后想疊加。故我們的輸入數(shù)據(jù)集,應為每個受試者,每個服藥劑量一條記錄的訪視所呈現(xiàn)。對于腫瘤評估信息和結束研究原因的信息,我們只需在該受試者對應的記錄中呈現(xiàn)即可。這里需要說明的是結束研究原因。由于該信息可能與末次服藥信息想一致,為了美觀起見,我們可以將該信息的天數(shù)增加1-2天,使得結束研究原因信息與原條形圖相分離。

      創(chuàng)建數(shù)據(jù)集:

      data swimmer;

      input SUBJID $ TRT01A $ TRTSDT TRTEDT CRDY PRDY SDDY PDDY DDDY ONGOING POS;

      datalines;

      001 560QD ?1 ? 403 . 231 . . . . -10

      002 560QD ?1 ? 675 . 300 . . . . -10

      003 240BID 1 90 . . . . . . -10

      003 360BID 91 ?220 . 150 . . . . .

      004 360BID 1 ?55 . . 40 .55 . -10

      005 360BID 1 ?391 . . 60 391 . . -10

      006 360BID 1 ? 114 . 56 . . . ?116 -10

      007 240BID 1 ? 589 . . . . . . -10

      007 360BID 589 617 590 . . . . . . .

      ;

      run;

      基本階段:

      PROC SGPLOT過程可以將圖疊加在一起以生成許多不同類型的圖,疊加圖的前提條件是各圖的分組只能有一種。所以選好分組條件很關鍵,在泳道圖的繪制過程中,條形圖是泳道圖的基礎圖,在繪制條形圖時我們選用TRT01A(實際服藥劑量)變量作為分組變量,該分組變量也是泳道圖中的唯一分組變量。我們首先畫出泳道圖的基礎圖。其展現(xiàn)了關于受試者的三個信息點:

      1)服藥時間(以條形圖長度表示)。

      2)接受研究藥物的受試者數(shù)量(以條形條數(shù)表示)。

      3)服藥劑量信息(用顏色條表示)

      對應代碼:

      procsgplotdata=swimmer nocycleattrs;

      highlowy=subjidlow=TRTSDT high=TRTEDT / type=bar group=trt01a;

      yaxisreverse;

      run;

      HIGHLOW:

      創(chuàng)建表示高值和低值的浮動垂直或水平線條或條的顯示。分別用Y,LOW,HIGH,TYPE,GROUP 規(guī)定Y軸變量,起始值,終止值,條形圖類型,分組信息。

      根據(jù)數(shù)據(jù)集中的信息,SAS在后臺將根據(jù)TRT01A分組信息,分別繪制每條記錄的條形圖,并將其疊加呈現(xiàn)。

      自定義階段

      我們已經(jīng)通過基礎圖繪制了受試者的服藥信息,但顯然圖中缺乏泳道圖的主要信息點:腫瘤評估信息,以及受試者研究結束原因。這些信息需要通過繪制不同類型的散點圖,與基礎圖相結合來呈現(xiàn)。將不同的信息以不同的顏色,形狀繪制散點圖,并將繪制好的散點圖與條形圖相疊加。通過SCATTER語句已將腫瘤評估信息,以及受試者研究結束原因以散點圖的形式所呈現(xiàn)。不同顏色及圖形代表不同的信息。

      其展現(xiàn)了關于受試者的六個信息點:

      1)若受試者最佳腫瘤評估為CR,對應的日期。

      2)若受試者最佳腫瘤評估為PR,對應的日期。

      3)若受試者最佳腫瘤評估為SD,對應的日期。

      4)若受試者由于PD(疾病進展)退出試驗。

      5)若受試者由于死亡退出試驗。

      6)若受試者仍在試驗中。

      對應代碼:

      procsgplotdata=swimmer nocycleattrs;

      ……

      scattery=subjidx=CRDY / markerattrs=(symbol=starfilledsize=20pt color=orange);

      ……

      run;

      SCATTER:

      SCATTER創(chuàng)建散點圖。其分別用Y,X參數(shù)規(guī)定Y軸變量,X軸變量,決定繪制散點的位置。由于HIGHLOW語句我們已經(jīng)使用了TRT01A(實際服藥劑量)變量作為分組變量。故在繪制散點圖時我們不能使用分組變量繪圖。我們需將使用散點圖的信息,分別繪制散點圖,如例子中呈現(xiàn)的那樣,6個信息點我們使用了6個scatter語句。在SCATTER中使用markerattrs選項定義symbol,color, size語句來定義散點的形狀,顏色,大小信息。

      本例中最后一個SCATTER語句,是為了展現(xiàn)SCATTER語句的另一用途。即我們可以使用SCATTER語句,將想要呈現(xiàn)的文體信息放于圖中規(guī)定位置。上圖以subjid為例,通過定義Y,X參數(shù),規(guī)定subjid信息呈現(xiàn)的位置,并使用markerchar定義想要在圖中呈現(xiàn)的變量,用markercharattrs對呈現(xiàn)信息樣式進行編輯。

      三、總結

      通過演示我們使用PROC SGPLOT語句中HIGHLOW與SCATTER語句繪制了泳道圖。我們的編程思路同常規(guī)泳道圖做法相一致,但數(shù)據(jù)集結構與語句與常規(guī)做法稍有不同。使用HIGHLOW語句繪圖相比HBARPARM繪圖更加的靈活,他可以自由定義條形圖的位置。同時HIGHLOW語句可以更好的與SCATTER,SERIES,NEEDLE等圖相兼容。這使得我們可以根據(jù)試驗的需求,在原有的泳道圖上增加更多的信息,如腫瘤評估CR,PR的持續(xù)時間,腫瘤類型等信息。

      由包含劑量變化信息的泳道圖,我們可以從圖中清晰的看到,不同受試者的劑量變化信息,也能看到對于劑量變化導致的療效,安全性的結果。使得在研究腫瘤項目時,研究人員可以更好的分析劑量變化對于試驗的影響,從而為尋找合適劑量提供了更多的幫助。

      對于在臨床試驗中的圖,增加一個信息點,可能會導致數(shù)據(jù)集結構發(fā)生很大變化。但在I/II期臨床試驗中,研究人員在探索藥物信息時,往往需要跟多的信息作為參考。以圖的形式可以更直觀的展現(xiàn)出這些信息,從而幫助研究人員更好的做決策。所以在選擇繪圖語言時,我們應該選擇更靈活,更兼容,更全面的語句繪制圖形。這樣不僅可以更多的展現(xiàn)出所需要的信息,而且在試驗進行中也可以更方便的增加新的信息。

      四、結論

      隨著SAS的版本不斷更新,越來越多的強大繪圖工具被引入。

      本文通過演示,只需更改幾個簡單的PROC SGPLOT語句,可以使得在繪制泳道圖時,增加劑量變化信息。使得泳道圖的繪制更加靈活。在I/II期的腫瘤臨床試驗中,可以為研究者提供更多的安全性,有效性信息。

      參考文獻

      [1] Stacey D. Phillips, Inventiv Health Clinical, Princeton, NJ. “Swimmer Plot: Tell a Graphical Story of Your Time to Response Data Using PROC SGPLOT”

      [2] SAS? 9.4 ODS Graphics Procedures Guide

      [3] SAS? 9.4 Graph Template Language User’s Guide

      [4] SAS? 9.4 Graph Template Language Reference

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