二代測(cè)序技術(shù)（NGS）在下呼吸道感染診治中的應(yīng)用

譚 菲

（徐州醫(yī)科大學(xué)附屬醫(yī)院 江蘇徐州 221000）

下呼吸道感染在呼吸系統(tǒng)中屬于常見(jiàn)病變，疾病類(lèi)型主要體現(xiàn)在肺炎、氣管炎、支氣管炎等方面。發(fā)病原因主要是指患者下呼吸道入侵病原微生物，臨床主要以體溫升高、呼吸異常、咳痰、胸部疼痛等癥狀表現(xiàn)為主。若病情不能得到及時(shí)的處理，會(huì)導(dǎo)致患者病情發(fā)展，危害患者的身心健康，所以當(dāng)前需要對(duì)下呼吸道感染患者進(jìn)行及時(shí)診治，從而有效控制患者的病情發(fā)展。以往臨床在病原學(xué)診斷的過(guò)程中，主要采用微生物培養(yǎng)、血清學(xué)檢查方法，但是采用該方法在病原學(xué)方面的診斷效果有限，所以當(dāng)前提倡選擇二代測(cè)序技術(shù)，在標(biāo)本中對(duì)基因片段進(jìn)行高通量測(cè)序，從而精準(zhǔn)獲得病原微生物的遺傳信息，提高診斷準(zhǔn)確率以及敏感度[1]。本文采用對(duì)比研究實(shí)驗(yàn)，將常規(guī)病原體檢測(cè)方法作為對(duì)照，探究二代測(cè)序技術(shù)應(yīng)用在下呼吸道感染患者中的臨床效果。

1 資料與方法

1.1 一般資料

本文研究時(shí)間開(kāi)展于2020 年7 月～2021 年7月，樣本數(shù)據(jù)為時(shí)間段內(nèi)收錄的116 例下呼吸道感染患者，將其隨機(jī)分為實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組，均為58 例。

對(duì)照組男性30 例，女性28 例，年齡39 歲～70歲，平均（55.36±4.35）歲。

實(shí)驗(yàn)組男性31 例，女性27 例，年齡38 歲-70歲，平均（55.24±4.75）歲。

兩組一般資料比較差異不明顯，P＞0.05。

納入標(biāo)準(zhǔn)：入選患者經(jīng)體格檢查、血常規(guī)檢查、病原學(xué)檢查進(jìn)行疾病確診，患者主動(dòng)于知情同意書(shū)簽字。

排除標(biāo)準(zhǔn)：上呼吸道感染者；其它部位感染者；有重大器質(zhì)性病變者。

1.2 方法

對(duì)照組患者選用免疫熒光法、酶聯(lián)免疫吸附法、病毒血清學(xué)檢查法等常規(guī)病原學(xué)檢查方案來(lái)分析患者感染的病毒類(lèi)型。

實(shí)驗(yàn)組所選用的是二代測(cè)序技術(shù)，檢測(cè)的過(guò)程中應(yīng)該提前告知患者主動(dòng)簽署二代測(cè)序技術(shù)（NGS）的知情同意書(shū)，將收集的標(biāo)本在4℃環(huán)境中進(jìn)行冷藏處理，在24 小時(shí)之內(nèi)將標(biāo)本送往測(cè)序中心進(jìn)行檢測(cè)[2]。在開(kāi)展二代測(cè)序診斷的過(guò)程中應(yīng)該注意標(biāo)本、取樣的整個(gè)過(guò)程中樹(shù)立無(wú)菌操作理念，并且要制定規(guī)范性的質(zhì)量控制標(biāo)準(zhǔn)，從而有效提高診斷精準(zhǔn)度。收集兩組患者的資料數(shù)據(jù)，回顧性研究患者基礎(chǔ)病變、治療措施、癥狀體征、預(yù)后水平、mNGS 檢測(cè)結(jié)果、疾病轉(zhuǎn)歸等資料數(shù)據(jù)。與此同時(shí)，分析患者是否為混合感染，混合感染為患者同時(shí)被檢測(cè)出多種細(xì)菌、真菌、病毒等感染。

1.3 觀察指標(biāo)

（1）病原微生物檢出種類(lèi)對(duì)比。（2）不同病原微生物檢出率比較。

1.4 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法

SPSS.23 統(tǒng)計(jì)學(xué)軟件開(kāi)展本文資料處理，觀察指標(biāo)在臨床上用計(jì)數(shù)資料表示，以卡方檢驗(yàn)的形式開(kāi)展，結(jié)果表現(xiàn)為%，組間數(shù)據(jù)是否存在統(tǒng)計(jì)學(xué)意義用P 值進(jìn)行判定，P＜0.05 證明組間存在明顯的差異。

2 結(jié)果

2.1 兩組病原微生物檢出種類(lèi)及總陽(yáng)性率對(duì)比

NGS 檢測(cè)病原微生物檢出陽(yáng)性率顯著高于對(duì)照組（P＜0.05）。見(jiàn)表1。

表1 兩組病原微生物檢出種類(lèi)及總陽(yáng)性率對(duì)比（n/%）

2.2 兩組對(duì)不同病原微生物的檢出率對(duì)比

NGS 檢測(cè)方法在病原、細(xì)菌、真菌等方面的檢出率明顯優(yōu)于對(duì)照組（P＜0.05）。見(jiàn)表2。

表2 兩組對(duì)不同病原微生物的檢出率對(duì)比（n/%）

3 討論

下呼吸道感染在臨床具有較高的發(fā)病率，且發(fā)病群體廣泛。依據(jù)感染的病原菌，可以將下呼吸道感染分為細(xì)菌性、病毒性?xún)煞N類(lèi)型。支氣管炎、支氣管擴(kuò)張屬于常見(jiàn)病變，下呼吸道感染不僅會(huì)危害患者的身心健康，同時(shí)還具有一定的傳染性，如可經(jīng)飛沫、密切接觸等進(jìn)行疾病傳播。所以在患者出現(xiàn)發(fā)熱、咳嗽、呼吸異常、胸部疼痛等癥狀表現(xiàn)時(shí)，需要立即開(kāi)展疾病診斷，病情確診后，依據(jù)患者的病毒感染情況，合理開(kāi)展治療方案的制定[3]。

病原學(xué)檢查是確診患者病情的主要方法，但是傳統(tǒng)微生物檢測(cè)所耗費(fèi)的時(shí)間較長(zhǎng)，整體診斷陽(yáng)性率低，且在診斷前期可能會(huì)受到抗生素的感染。然而核酸檢測(cè)、抗體與抗原檢測(cè)所針對(duì)的病原體具有單一性，需要醫(yī)生借助自身的經(jīng)驗(yàn)分析患者感染病原菌種類(lèi)，之后采用相應(yīng)檢測(cè)方案予以論證處理。臨床為了突破常規(guī)病原學(xué)檢查的局限性，提倡采取二代測(cè)序技術(shù)（NGS），二代測(cè)序技術(shù)在臨床也被稱(chēng)之為高通量策略，可同時(shí)對(duì)幾十條、幾百條的DNA 分子進(jìn)行處理，可以有效避免檢測(cè)細(xì)菌、病毒、真菌、寄生蟲(chóng)時(shí)出現(xiàn)偏移的情況[4]。二代測(cè)序技術(shù)（NGS）具有快速性、覆蓋廣泛性的特點(diǎn)，且不容易受到醫(yī)生主觀意識(shí)以及抗生素使用情況等外界因素的干擾，所以在臨床應(yīng)用具有廣泛性。

分子生物學(xué)研究領(lǐng)域中一直將DNA 測(cè)序技術(shù)作為主要的技術(shù)手段，第二代測(cè)序技術(shù)是在第一代測(cè)序基礎(chǔ)上發(fā)展。該測(cè)序技術(shù)的應(yīng)用可以有效將測(cè)序成本降低，實(shí)現(xiàn)測(cè)序效率的提升，相較于第一代DNA 測(cè)序技術(shù)，具有高通量性、高安全性。將第二代測(cè)序技術(shù)應(yīng)用在下呼吸道感染診斷中，可以將一些難以確定病原體的病原體診斷出來(lái)，于病毒、細(xì)菌、真菌等病原體檢測(cè)方面均具有良好的效果。雖然NGS 整體的檢測(cè)陽(yáng)性率較高，但是受到病原體載量有限、標(biāo)本質(zhì)量差等因素的影響，NGS 檢測(cè)存在假陰性。所以若發(fā)現(xiàn)患者所呈現(xiàn)的癥狀表現(xiàn)與下呼吸道感染高度相似，然而檢測(cè)結(jié)果為陰性，這時(shí)就可以重復(fù)開(kāi)展NGS 檢測(cè)[5]。第二代測(cè)序技術(shù)（NGS）在下呼吸道感染中可以快速將病原體識(shí)別出來(lái)，在難治性支原體感染治療方案制定中，NGS 檢測(cè)技術(shù)的應(yīng)用也可為其提供理論方向以及相關(guān)支持。難治性支原體感染患者的C 反應(yīng)蛋白數(shù)值會(huì)顯著升高，但是臨床難以確定C 反應(yīng)蛋白升高的原因，免疫反應(yīng)、感染都可導(dǎo)致C 反應(yīng)蛋白水平升高，在對(duì)支氣管肺泡灌洗液進(jìn)行檢測(cè)時(shí)，采用NGS 檢測(cè)法可發(fā)現(xiàn)部分患者感染支原體，且這一結(jié)果與培養(yǎng)結(jié)果具有一致性。這說(shuō)明患者C 反應(yīng)蛋白升高與免疫反應(yīng)過(guò)強(qiáng)有關(guān)，真菌感染會(huì)危害患者的生命安全，而通過(guò)NGS 檢測(cè)可以將患者真菌感染狀況檢測(cè)出來(lái)，采用針對(duì)性的抗真菌治療方案來(lái)改善患者的疾病癥狀[6]。

臨床針對(duì)疑似下呼吸道感染患者進(jìn)行早期的病原學(xué)診斷，對(duì)于治療方案的選擇具有指導(dǎo)性作用，尤其是診斷伴發(fā)癌癥病變以及免疫功能障礙的患者，出現(xiàn)下呼吸道感染的感率更高，且容易伴發(fā)細(xì)菌、病毒、真菌等混合型感染，所以依據(jù)致病菌類(lèi)型進(jìn)行抗感染治療至關(guān)重要[7]。本文在對(duì)下呼吸道感染患者進(jìn)行診斷時(shí)，開(kāi)展傳統(tǒng)病原學(xué)診斷以及二代測(cè)序技術(shù)的對(duì)比研究實(shí)驗(yàn)，最終研究結(jié)果中，采用二代測(cè)序技術(shù)的實(shí)驗(yàn)組，病原微生物檢出種類(lèi)、總陽(yáng)性率、不同病原微生物檢出率的數(shù)值更高，組間存在明顯的統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（P＜0.05）。上述研究結(jié)論的出現(xiàn)，主要是因?yàn)榕R床上一些病原微生物較為特殊，其與非感染性疾病相似，鑒別難度大，僅采用傳統(tǒng)的病原體檢測(cè)方法難以進(jìn)行準(zhǔn)確診斷，在混合型感染方面的檢出率低，無(wú)法有效消滅患者機(jī)體感染的病原菌，延誤患者的疾病治療，使得患者病情發(fā)展，降低患者預(yù)后水平，且整體而言傳統(tǒng)檢測(cè)方法的效能差，可能會(huì)受到標(biāo)本種類(lèi)、患者疾病種類(lèi)、抗生素治療等多種因素影響。然而二代測(cè)序技術(shù)的整體通量高，病原體可進(jìn)行大范圍覆蓋，在病原微生物檢測(cè)時(shí)的范圍廣，且整體耗時(shí)短，可以有效提高診斷陽(yáng)性率以及靈敏度。上呼吸道感染與下呼吸道感染相比癥狀較為相似，所以臨床需要將下呼吸道感染與上呼吸道感染鑒別開(kāi)來(lái)。

綜上所述，在對(duì)上呼吸道感染診斷過(guò)程中，采用二代測(cè)序技術(shù)（NGS）在病原微生物檢測(cè)方面的陽(yáng)性率明顯在傳統(tǒng)檢測(cè)方法之上，整體檢測(cè)陽(yáng)性率以及病毒、真菌、細(xì)菌的診斷準(zhǔn)確率顯著高于對(duì)照組，表明二代測(cè)序技術(shù)（NGS）在下呼吸道感染診治中的應(yīng)用效果明顯。雖然此次研究的檢驗(yàn)結(jié)果與預(yù)期相符，但是樣本量較少，且選擇的標(biāo)本主要來(lái)源于肺泡灌洗液，很少選擇血液、痰液、肺組織等作為標(biāo)本，這就導(dǎo)致最終的診斷結(jié)果出現(xiàn)偏倚情況，所以期待后續(xù)開(kāi)展大樣本、長(zhǎng)時(shí)間的研究。