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      早勝牛CD36基因第9外顯子多態(tài)性及不同組織mRNA表達(dá)分析

      2022-08-25 09:25:14王燕燕徐建峰石福岳容維中張艷麗李振明
      家畜生態(tài)學(xué)報 2022年7期
      關(guān)鍵詞:肉用外顯子多態(tài)性

      王燕燕,徐建峰,高 博,董 和,石福岳,容維中*,張艷麗,李振明

      (1.甘肅省畜牧獸醫(yī)研究所,甘肅 平?jīng)?744000;2.平?jīng)鍪修r(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全檢測檢驗中心,甘肅 平?jīng)?744000;3.寧縣畜牧獸醫(yī)局,甘肅 寧縣 745200)

      早勝牛,又稱“早勝東牛”,主要生活在地處隴東黃土高原的慶陽市早勝塬上,是經(jīng)當(dāng)?shù)厝罕婇L期選育而成的地方品種,也是甘肅省僅有的大型黃牛品種,屬于我國五大黃牛品種之一。早勝牛體格大,體力強(qiáng),役用肉用性能好,是當(dāng)?shù)剞r(nóng)業(yè)生產(chǎn)的重要役畜,深受當(dāng)?shù)厝罕娤矏?。近年來,隨著人們生活水平的逐漸提高,對牛肉的需求與日俱增,2019年我國牛肉消費量約為833×10t,人均牛肉消費量達(dá)5.95 kg,因此如何提高早勝牛的肉用性能是當(dāng)前人們最關(guān)注的問題。

      脂肪酸轉(zhuǎn)位酶(CD36)是一糖基化程度較高的單鏈糖蛋白,也是一種多配體B類清道夫受體,主要介導(dǎo)細(xì)胞長鏈脂肪酸(LCFAS)的攝取。36具有多種功能,其主要功能是參與脂類代謝,主要與代謝綜合征、糖尿病、阿爾茲海默癥等多種脂類代謝疾病相關(guān),與動物的脂肪沉積也有關(guān)系。束剛等指出,性別和部位的不同會影響36對雞脂肪的調(diào)控。張松研究指出,36基因與秦川牛肌內(nèi)脂肪沉積(IMF)等肉用性狀顯著相關(guān)。本研究以早勝牛為對象,通過檢測36基因在不同組織中的mRNA相對表達(dá)量,分析肌肉組織與肌內(nèi)脂肪沉積(IMF)的關(guān)系;并利用PCR-SSCP法對早勝牛36基因第9外顯子進(jìn)行多態(tài)性檢測,分析其與肉用性狀的相關(guān)性,為早勝牛的肉質(zhì)選育提供理論依據(jù)。

      1 材料與方法

      1.1 試驗動物

      于寧縣某牧業(yè)有限責(zé)任公司和寧縣某早勝肉牛調(diào)運中心選取300頭健康的12月齡早勝牛,靜脈采血7 mL,加抗凝劑搖勻后-20 ℃保存?zhèn)溆?。根?jù)多態(tài)性分析結(jié)果,選擇與基因型對應(yīng)的1.5歲早勝牛進(jìn)行屠宰,每種基因型屠宰3頭,測定其宰前活重、胴體重、眼肌面積、背膘厚度、肌內(nèi)脂肪含量等肉用性能指標(biāo),并采集腿肌、背最長肌、心臟、肝臟四個部位的組織樣品,將組織表面用DEPC水配制的生理鹽水沖洗并剪成小塊放入無RNA酶的2 mL凍存管,迅速投入液氮中,帶回實驗室后于-80 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>

      1.2 基因組DNA提取、總RNA提取及反轉(zhuǎn)錄

      基因組DNA用D3392-01型全血DNA提取試劑盒提取,經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳檢測DNA完整性,使用紫外分光光度計檢測DNA的濃度。

      按照試劑盒操作說明,提取早勝牛上述不同組織總RNA,用核酸蛋白測定儀檢測RNA質(zhì)量,使用反轉(zhuǎn)錄試劑盒獲得cDNA,產(chǎn)物-20 ℃保存。

      1.3 引物設(shè)計與合成

      參考NCBI數(shù)據(jù)庫中牛的36基因(GenBank ID:NC_037331、NM_174010.3)和基因(登錄號:NM_001034034),采用Primer 5.0及Oligo 6.0軟件設(shè)計特異性引物,由北京天一輝遠(yuǎn)生物科技有限公司和大連TaKaRa公司合成,引物信息見表1。

      表1 引物信息Table 1 Primer information

      1.4 PCR擴(kuò)增

      以基因組DNA樣品為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增。PCR反應(yīng)體系為:總體積25 μL,2×Taq PCR Master Mix 12.5 μL、上下游引物各1 μL(10 pmol/μL)、DNA模版1 μL(100 ng/μL),ddHO 9.5 μL;PCR反應(yīng)程序見表2。PCR擴(kuò)增產(chǎn)物用1%瓊脂糖凝膠檢測。

      表2 PCR反應(yīng)程序Table 2 The protocol of PCR reaction

      1.5 PCR產(chǎn)物SSCP分型及測序

      取PCR擴(kuò)增產(chǎn)物2.0 μL與上樣緩沖液6.0 μL(V(6×buffer):V(98%甲酰胺)=1:3)混合,98 ℃變性10 min,迅速置于冰上冷卻10 min,然后于4 ℃下在100 g/L的聚丙烯酰胺凝膠(V(丙烯酰胺)∶V(亞甲雙丙烯酰胺)=29:1)上160 V 電泳15 h,參照徐建峰等的銀染法對凝膠進(jìn)行染色,根據(jù)銀染后條帶的位置和數(shù)量判定基因型,將不同基因型產(chǎn)物送至北京天一輝遠(yuǎn)生物科技有限公司進(jìn)行純化與測序。

      1.6 qPCR檢測

      RNA樣品進(jìn)行實時熒光定量PCR反應(yīng),擴(kuò)增體系(20 μL):2 × ChamQ Universal SYBR qPCR Master Mix 10 μL,Primer1 (10 μM) 0.4 μL,Primer2 (10 μM)0.4 μL,Template cDNA 1 ul,ddHO加至20 μL。

      qPCR反應(yīng)程序:95 ℃預(yù)變性30 s;95 ℃反應(yīng)10 s,51 ℃反應(yīng)30 s,40個循環(huán);融解曲線:95 ℃反應(yīng)60 s,60 ℃反應(yīng)60 s,95 ℃反應(yīng)15 s。

      1.7 數(shù)據(jù)統(tǒng)計處理

      用DNAStar 8.0軟件對DNA測序獲得的序列進(jìn)行分析,使用PopGene 32軟件計算基因型頻率、純合度(Ho)、雜合度(He)和多態(tài)信息含量(PIC),采用SPSS 19.0軟件分析不同SNPs位點基因型與肉用性能的相關(guān)性。

      qPCR得到的目的基因36和的Ct值,采用2法計算檢測基因的相對表達(dá)量,使用SPSS 19.0軟件,采用單因素方差分析和相關(guān)分析,統(tǒng)計分析mRNA表達(dá)量與IMF含量的相關(guān)性。

      2 結(jié) 果

      2.1 DNA與RNA質(zhì)量檢測

      經(jīng)分析,DNA的OD/OD在1.8~2.0之間,且純度較好。用核酸蛋白測定儀結(jié)果顯示,RNA的OD/OD在1.8~2.0之間,說明提取的RNA質(zhì)量較好。

      2.2 早勝牛CD36基因PCR擴(kuò)增

      以血液基因組DNA為模板,對36基因第9外顯子進(jìn)行PCR擴(kuò)增。將擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行SSCP分析。結(jié)果顯示(圖1),存在2種基因型,分別命名為TT、TC。經(jīng)測序分析發(fā)現(xiàn)36第9外顯子在83125 bp處發(fā)生T/C突變(圖2)。

      圖1 CD36基因PCR-SSCP分析圖Fig.1 PCR-SSCP detection of CD36

      圖2 CD36基因9外顯子PCR產(chǎn)物測序峰圖Fig.2 Sequencing peak of exon 9 in CD36 gene

      2.3 CD36基因遺傳特性分析

      本研究表明,T83125C位點,優(yōu)勢等位基因和優(yōu)勢基因型分別為T(0.96)和TT(0.92)。由表3可知,36基因T83125C位點的純合度大于0.9,且高于雜合度。PIC<0.25,屬低度多態(tài)。經(jīng)哈迪-溫伯格平衡(χ)檢驗,并對照卡方臨界值,該位點處于Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)(>0.05)。

      表3 CD36基因第9外顯子突變區(qū)域遺傳學(xué)參數(shù)Table 3 Genetic diversity parameters of the mutational region in CD36 gene

      2.4 早勝牛CD36基因第9外顯子多態(tài)性與肉用性能關(guān)聯(lián)分析

      將36基因第9外顯子多態(tài)性與早勝牛的肉用性能進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,由表4可知,T83125C位點,TC型的宰前活重、胴體重、肌內(nèi)脂肪都顯著高于TT型(<0.05),而兩種基因型的屠宰率、背膘厚度、眼肌面積無顯著差異(>0.05)。

      表4 早勝牛CD36基因第9外顯子不同基因型與肉用性能的關(guān)聯(lián)性分析Table 4 Correlation analysis between different genotypes of CD36 gene exon 9 and meat quality for Zaosheng cattle

      2.5 CD36基因不同組織mRNA表達(dá)分析

      由圖3可知,36基因在早勝牛的4個組織中均有表達(dá),以肝臟為對照,表達(dá)水平由高到低依次為心臟、腿肌和背最長肌和肝臟,心臟、腿肌和背最長肌中的mRNA表達(dá)量間無顯著性差異(>0.05),但心臟的mRNA表達(dá)量顯著高于肝臟(<0.05)。

      圖3 CD36基因在早勝牛不同組織中mRNA相對表達(dá)量Fig.3 Relative mRNA expression of CD36 gene in different tissues of Zaosheng cattle

      2.6 CD36基因在肌肉組織中的mRNA表達(dá)量與IMF含量相關(guān)分析

      由表5可知,早勝牛背最長肌中的36基因mRNA 表達(dá)量與IMF含量呈顯著相關(guān)(<0.05),相關(guān)系數(shù)為0.855;腿肌中36基因mRNA 表達(dá)量與IMF含量無顯著相關(guān)(>0.05),相關(guān)系數(shù)為0.635。

      表5 CD36基因mRNA表達(dá)量與IMF含量的相關(guān)分析Table 5 Correlation analysis of CD36 gene mRNA expression and IMF content

      3 討 論

      3.1 CD36基因多態(tài)性分析

      CD36作為脂肪酸轉(zhuǎn)運體,在肝臟、肌肉及脂肪組織中介導(dǎo)LCFA的攝取和轉(zhuǎn)運,并介導(dǎo)氧化ox-LDL在單核細(xì)胞/巨噬細(xì)胞、血小板、內(nèi)皮細(xì)胞的攝取。近年來,對36的研究多集中于人類的疾病上,36基因多態(tài)性與體內(nèi)脂代謝相關(guān),是胰島素抵抗、代謝綜合征、脂代謝紊亂、左心室肥大等疾病的重要風(fēng)險因素。丁法明等研究發(fā)現(xiàn),動脈硬化心臟病與36基因多態(tài)性存在相關(guān)性,是導(dǎo)致動脈硬化心臟病發(fā)病的遺傳因素。以上研究表明這些疾病的發(fā)生均與36相關(guān),是由于36調(diào)控的脂質(zhì)代謝發(fā)生了紊亂,從而導(dǎo)致了代謝疾病的發(fā)生。因而很多學(xué)者考慮36基因可能是這些代謝疾病的潛在治療靶點。李萬貴等研究發(fā)現(xiàn),櫻桃谷鴨36基因第九外顯子中存在1個SNP位點,該位點對優(yōu)質(zhì)低脂肪鴨品種的選育具有重要意義;張松研究發(fā)現(xiàn),36基因存在4個多態(tài)位點,并且這些位點和肉用性能具有很大的關(guān)聯(lián)性,尤其是對肌內(nèi)脂肪含量影響顯著。本研究發(fā)現(xiàn),36基因第9外顯子在83 125 bp處發(fā)生T/C突變,具有和2種基因型,其中優(yōu)勢等位基因和優(yōu)勢基因型分別為T(0.96)和TT(0.92)。通過2種基因型與早勝牛肉質(zhì)性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析發(fā)現(xiàn),基因型在宰前活重、胴體重、肌內(nèi)脂肪都顯著高于TT的基因型,說明在早勝牛36基因中,由突變產(chǎn)生的C等位基因是提高早勝牛宰前活重、胴體重、肌內(nèi)脂肪的優(yōu)勢基因,而基因型的肌內(nèi)脂肪含量顯著高于TT型,說明基因型有可能在早勝牛脂肪酸代謝調(diào)控中起關(guān)鍵作用。本次試驗只發(fā)現(xiàn)了和2種基因型,沒有發(fā)現(xiàn)基因型,可能與試驗樣本量有關(guān),下次試驗應(yīng)加大樣本量;基因型為優(yōu)勢基因型,但是為雜合子,在實踐選育時應(yīng)輔于后裔測定,綜合評價基因型早勝牛的生產(chǎn)性能是否存在穩(wěn)定性。肌內(nèi)脂肪是影響牛肉品質(zhì)的重要指標(biāo)之一,與肉的嫩度、系水力存在相關(guān)性,是影響肉品質(zhì)風(fēng)味的主要物質(zhì)。因此,36基因的多態(tài)性對早勝牛的肉品性狀存在顯著影響,T83125C位點可作為早勝牛肉用性狀分子標(biāo)記位點,36基因可作為早勝牛肌內(nèi)脂肪沉積和肉質(zhì)性狀的候選基因。

      3.2 CD36基因組織表達(dá)規(guī)律

      CD36作為一種膜蛋白,對細(xì)胞LCFAs的攝取有重要的作用,可以介導(dǎo)多種細(xì)胞類型(如單核細(xì)胞、微血管內(nèi)皮細(xì)胞、血小板、脂肪細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、肌肉細(xì)胞、腸上皮細(xì)胞和肝細(xì)胞)從細(xì)胞內(nèi)長鏈脂肪酸的循環(huán)和轉(zhuǎn)運中攝取游離脂肪酸(FFA)。研究發(fā)現(xiàn),缺乏36的小鼠其骨骼肌和脂肪組織對脂肪酸的攝取和利用存在缺陷。36介導(dǎo)的脂肪酸過量攝取在脂肪肝變性中起重要作用。36在正常肝組織中表達(dá)量很低,但在高脂飲食(HFD)誘導(dǎo)的脂肪肝小鼠和人非酒精性脂肪肝(NAFLD)的肝組織中表達(dá)量顯著升高。陳欣等研究指出,脂肪和膽固醇含量高的飼料能夠引起貴州小型豬的脂質(zhì)代謝紊亂,并且可使肝組織、胸主動脈和腎臟組織的36表達(dá)上調(diào)。36在存儲中性脂質(zhì)的脂肪組織以及以脂肪酸為能量生產(chǎn)底物的心臟和骨骼肌中高度表達(dá),而在肝臟中不表達(dá)或表達(dá)極低。廖紅海報道,36基因在山羊心臟中mRNA的表達(dá)量最低,背最長肌次之、肝臟較高;王單單對櫻桃谷鴨研究表明,36基因mRNA在脂代謝旺盛的組織皮脂、腹脂或肝臟中表達(dá)量較高,mRNA表達(dá)均對血清脂質(zhì)指標(biāo)有顯著效應(yīng),說明36基因可能調(diào)控肉鴨脂質(zhì)的沉積。以上研究顯示36基因在機(jī)體內(nèi)的表達(dá)會隨著脂肪水平的變化而不同,在脂肪含量高的組織其表達(dá)量會相對較高,說明其可能對機(jī)體的脂肪代謝起調(diào)節(jié)作用。有研究指出,劇烈運動時肌肉的收縮會引起36、FABP 和FATP 從內(nèi)體快速轉(zhuǎn)移到質(zhì)膜上,促進(jìn)脂肪酸的大量攝入以供能量代謝的需要,提高CD36的表達(dá)水平。Astorino等研究顯示,對機(jī)體進(jìn)行高強(qiáng)度間歇訓(xùn)練或增加訓(xùn)練量會提高36的蛋白表達(dá)水平。Rocha-Rodrigues等研究顯示耐力訓(xùn)練可以增加高脂飲食大鼠的36、線粒體復(fù)合物IV和V亞基的含量。由此可知,運動、鍛煉、電刺激等因素可以促進(jìn)機(jī)體脂肪酸的代謝,從而提高36的表達(dá)量。本研究結(jié)果顯示,36基因在早勝牛的4個組織中均有表達(dá),表達(dá)水平由高到低依次為心臟、腿肌、背最長肌和肝臟,心臟、腿肌和背最長肌中的mRNA表達(dá)量無顯著性差異(>0.05),但心臟的mRNA表達(dá)量顯著高于肝臟(<0.05),這與上述文獻(xiàn)所呈現(xiàn)規(guī)律基本一致。心臟、腿肌mRNA表達(dá)量高于背最長肌可能是由于在日常生活中,早勝牛腿部活動較多,使心臟和腿部肌肉受到刺激較大,從而使得脂肪酸大量攝入以供能量代謝需要,提高了36的表達(dá)量。通過相關(guān)性分析發(fā)現(xiàn)早勝牛背最長肌中的36基因mRNA 表達(dá)量與IMF含量呈顯著相關(guān)(<0.05),相關(guān)系數(shù)為0.855,說明36基因可能參與早勝牛的脂肪代謝,在不同組織部位其表達(dá)量存在差異,可作為肌內(nèi)脂肪沉積的候選基因。

      4 結(jié) 論

      早勝牛36基因第9外顯子g.83125處發(fā)生T/C突變,表現(xiàn)為和2種基因型,該位點與早勝牛的宰前活重、胴體重、肌內(nèi)脂肪含量顯著相關(guān)。36基因在不同組織中均有表達(dá),表達(dá)水平由高到低依次為心臟、腿肌、背最長肌和肝臟,背最長肌中的36基因mRNA 表達(dá)量與IMF含量呈顯著正相關(guān)(<0.05)。認(rèn)為36基因T83125C位點可作為早勝牛肉用性能分子標(biāo)記位點,36基因可作為早勝牛肌內(nèi)脂肪沉積和肉用性能的候選基因。

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