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      高通量測序診斷鸚鵡熱衣原體肺炎六例并文獻復習

      2022-12-15 10:55:58任陽沈一丹王梅王雷李鋒
      結(jié)核與肺部疾病雜志 2022年6期
      關鍵詞:鸚鵡熱衣原體胸部

      任陽 沈一丹 王梅 王雷 李鋒,2

      鸚鵡熱衣原體是一種胞內(nèi)寄生的革蘭陰性病原體,生物學特性介于細菌與病毒之間,也是一種動物傳染性細菌,具有宿主廣泛和傳播途徑復雜等特點[1]。其在全球許多國家和地區(qū)都有發(fā)現(xiàn),鳥類、家禽、家畜及野生動物均可感染,經(jīng)氣溶膠吸入或密切接觸可發(fā)生人畜傳染,具有很強致病性,臨床癥狀多樣,不具有特異性。病原菌經(jīng)肺吸入后,首先入血在肝脾單核巨噬細胞系統(tǒng)內(nèi)增殖,再血行播散至全身器官,表現(xiàn)為肺、肝、脾、腎臟及中樞神經(jīng)系統(tǒng)累及,可引起非典型性肺炎、敗血癥、心內(nèi)膜炎和腦膜炎等[2],臨床癥狀變異較大,可以長期無癥狀,或以肺部受累為主要表現(xiàn)。肺部受累有時也可僅表現(xiàn)為不明原因發(fā)熱,更甚者出現(xiàn)呼吸窘迫和呼吸衰竭,因而臨床快速確診對指導治療具有重要意義。

      目前,鸚鵡熱衣原體檢測方法有以下幾種:病原分離鑒定、免疫熒光法、間接血凝抑制試驗、補體結(jié)合試驗、酶聯(lián)免疫吸附試驗、常規(guī)PCR,以及熒光定量PCR等[3]。高通量測序(high-throughput sequencing)又名下一代測序(next generation sequencing,NGS),是一種新型的微生物檢測技術,具有通量高和成本低的特點。其通過序列比對能夠快速、準確地鑒定出微生物種屬特點,廣泛應用于宏基因組檢測未知病原的研究領域[4]。筆者對6例鸚鵡熱衣原體肺炎患者肺泡灌洗液送檢NGS,以快速診斷,并為臨床抗感染治療提供了明確方向,最終患者均獲得良好轉(zhuǎn)歸,現(xiàn)報道如下。

      臨床資料

      一、病史資料

      例1患者,男,60歲,因“間斷發(fā)熱3 d”于2020年12月30日收治入院?;颊? d前受涼后出現(xiàn)咳嗽、咳痰,病程初期主要表現(xiàn)為白痰,體溫最高38.5 ℃。外院予以對癥治療(具體用藥不詳),癥狀不能緩解,進一步加重,表現(xiàn)為咳黃痰,量多,伴活動耐量下降、喘息、氣短,體溫達39 ℃,發(fā)熱時伴肌肉酸痛,遂于我院門診就診。胸部CT掃描提示右肺大片滲出斑片影,白細胞計數(shù)、C反應蛋白(C-reactive protein,CRP)、降鈣素原(procalcitonin,PCT)明顯升高。起病以來,患者精神略差,胃納略差。入院后積極完善支氣管鏡檢查,肺泡灌洗液行宏基因組二代測序(mNGS),先后使用利奈唑胺、莫西沙星、替加環(huán)素、多西環(huán)素抗感染治療2周,癥狀緩解;復查胸部CT掃描,顯示肺部病灶較前吸收好轉(zhuǎn)。

      例2患者,男,42歲,因“反復發(fā)熱1周,咳嗽咳痰4 d”于2021年1月11日收治入院。患者1周前無明顯誘因出現(xiàn)發(fā)熱,體溫最高39.8 ℃,伴畏寒,4 d前出現(xiàn)咳嗽、咳痰,黃色黏痰,伴頭痛、流涕,無明顯胸悶氣急。于外院予莫西沙星聯(lián)合頭孢米諾抗感染,奧司他韋抗病毒及化痰等對癥治療?;颊哂?021年1月11日凌晨3時出現(xiàn)頭痛,后出現(xiàn)煩躁,意識障礙,急行頭顱MRI未見明顯異常。后患者意識轉(zhuǎn)清,對答切題。復查炎癥指標較前降低,胸部CT掃描顯示左下肺炎癥較前加重,左側(cè)胸腔積液較前增多;入院后征得家屬及患者本人同意排除禁忌后積極完善支氣管鏡檢查,肺泡灌洗液行mNGS,繼續(xù)予以莫西沙星抗感染治療10 d,癥狀緩解;復查胸部CT掃描,顯示肺部病灶較前吸收好轉(zhuǎn)。

      例3患者,男,69歲,因“發(fā)熱、咳嗽1周”于2020年12月 2日收治入院?;颊?周前無明確誘因出現(xiàn)畏寒、發(fā)熱,體溫高達39.8 ℃,伴有咳嗽,咳痰,痰少不易咳出;有惡心,嘔吐胃內(nèi)容物。于外院行胸部CT掃描,提示左肺炎癥,給予莫西沙星抗感染治療后仍有反復發(fā)熱,出現(xiàn)痰中帶血。2020年12月2日于我院復查胸部CT掃描,提示左肺病灶較前增大。起病以來,患者精神略差,胃納略差,不易入睡,入院后積極完善支氣管鏡檢查,肺泡灌洗液行mNGS,先后予以莫西沙星、比阿培南、阿奇霉素抗感染治療,癥狀好轉(zhuǎn);復查胸部CT掃描,顯示肺部病灶較前吸收好轉(zhuǎn)。

      例4患者,女,69歲,因“間斷發(fā)熱6 d”于2022年1月9日收治入院?;颊? d前無明顯誘因出現(xiàn)發(fā)熱,伴食欲下降、惡心、厭油,畏寒、寒顫、出汗,伴有乏力,未監(jiān)測體溫,無腹痛腹瀉,無明顯咳嗽咳痰,未予以重視。病程中患者納差、乏力癥狀加重,遂于外院就診。經(jīng)查血生化指標存在肝功能異常,遂于我院肝病科進一步診治。起病以來,患者急性病面容,精神萎靡,呼吸急促,左肺可聞及濕啰音,入院后監(jiān)測體溫達39.5~40.2 ℃,伴畏寒寒顫,炎癥指標升高,胸部CT掃描提示肺部感染性病變,遂轉(zhuǎn)至呼吸科繼續(xù)住院治療。經(jīng)積極完善支氣管鏡檢查,肺泡灌洗液行mNGS,先后予以美羅培南、莫西沙星、多西環(huán)素抗感染治療,癥狀好轉(zhuǎn);復查胸部CT掃描,顯示肺部病灶較前吸收好轉(zhuǎn)。

      例5患者,女,56歲,因“反復高熱伴咳嗽咳痰2周余”于2021年12月29日收治入院?;颊?周前無明顯誘因出現(xiàn)發(fā)熱,體溫最高40 ℃,伴咳嗽,咳黃痰,偶有胸悶氣促,無胸痛、咯血,無腹痛、腹瀉。外院查血常規(guī)顯示白細胞計數(shù)為12.7×109/L、中性粒細胞百分比為86%、CRP為79.4 mg/L;新型冠狀病毒核酸檢測陰性;胸部CT掃描顯示右肺下葉團片狀影;考慮肺部感染,予頭孢噻肟抗感染及對癥支持治療。2021年12月14日復查胸部CT,顯示右肺下葉病灶較前明顯增大。2021年12月15日行支氣管鏡檢查,見右下葉氣管黏膜炎性改變;肺泡灌洗液mNGS檢出鸚鵡熱衣原體;改予莫西沙星抗感染治療。2021年12月24日復查胸部CT,顯示左肺上葉及右肺多發(fā)感染,較前部分吸收,部分新發(fā)。住院期間患者反復高熱伴咳嗽,咳黃痰,無明顯緩解。2021年12月27日加用亞胺培南-西司他丁抗感染治療,效果欠佳,遂于我院進一步診治。起病以來,患者精神萎靡,納差,乏力,入院經(jīng)積極完善支氣管鏡檢查,肺泡灌洗液行mNGS,先后予以高流量吸氧,以及美羅培南、莫西沙星、多西環(huán)素、伏立康唑抗感染治療,癥狀好轉(zhuǎn);復查胸部CT掃描,顯示肺部病灶較前吸收好轉(zhuǎn)。

      例6患者,男,63歲,因“反應遲鈍伴行走不穩(wěn)4 d余”于2021年12月27日收治入院。患者4 d前無明顯誘因出現(xiàn)反應遲鈍,答非所問,伴行走不穩(wěn),持物不穩(wěn),肢體無力;偶有發(fā)熱,體溫39.2 ℃,肢體抖動,頭暈不適;言語較少,不愛活動,食欲較差,夜間睡眠較差,夢魘明顯;無黑蒙暈厥,無言語含糊,無飲水嗆咳,無肢體麻木,癥狀持續(xù)未見好轉(zhuǎn),遂于我院神經(jīng)內(nèi)科門診就診。起病以來,患者精神萎靡,呼吸急促,嗜睡。入院后患者仍有發(fā)熱,體溫高達40.2 ℃,心率波動在110~120次/min,呼吸頻率為20~28次/min;血氣分析提示氧合指數(shù)下降達急性呼吸窘迫綜合征,符合全身炎癥反應綜合征表現(xiàn);完善胸部CT掃描,提示肺部感染性病變;遂轉(zhuǎn)至呼吸科進一步治療。經(jīng)完善支氣管鏡檢查,肺泡灌洗液行mNGS,先后予高流量吸氧,西維來司他鈉抗炎,美羅培南和莫西沙星抗感染治療3周,癥狀好轉(zhuǎn);復查胸部CT掃描,顯示肺部病灶較前吸收好轉(zhuǎn)。

      上述6例患者入院時情況、流行病學史及既往史具體見表1。

      表1 六例患者臨床特征及治療轉(zhuǎn)歸情況

      二、臨床檢查結(jié)果

      6例患者中有4例于我院就診時均已在院外進行廣譜抗生素治療,其中,病例2和病例3癥狀反復已超過1周,病例5癥狀反復外院已治療2周,但仍存在癥狀緩解不明顯、胸部CT掃描顯示肺部病灶進展。入院完善流感病毒抗原檢測、隱球菌抗原檢測、自身抗體譜檢測、抗核抗體譜檢測、體液免疫檢測、結(jié)核分枝桿菌涂片及培養(yǎng)、結(jié)核感染T細胞檢測、血培養(yǎng)、尿培養(yǎng),均未見明顯異常;完善腹部及心臟彩色多普勒超聲檢查,未見膿腫及心臟贅生物等。6例患者血常規(guī)、凝血功能、肝腎功能等檢查部分指標結(jié)果見表2。5例患者白細胞計數(shù)正常,1例患者白細胞計數(shù)稍升高,中性粒細胞計數(shù)、CRP、PCT、Fg、D-二聚體等指標均有升高,CD4細胞計數(shù)有輕度下降。病例1、病例5和病例6氣短癥狀明顯,據(jù)血氣分析計算氧合指數(shù)有所下降,遂予以高流量改善氧合指數(shù)。

      表2 六例患者實驗室相關檢查結(jié)果

      三、肺泡灌洗液mNGS結(jié)果

      6例患者行支氣管鏡檢查,肺泡灌洗液(送至南京諾微因生物)行mNGS,結(jié)果回報均為鸚鵡熱衣原體(表3)。病例1、病例2和病例3雖然序列數(shù)不高,考慮到NGS對于胞內(nèi)菌和后壁微生物檢出率低,以及NGS檢測存在較高敏感度及特異度,同時結(jié)合臨床癥狀及影像學表現(xiàn),需要考慮其為致病病原體可能。

      表3 六例患者肺泡灌洗液行宏基因組二代測序結(jié)果

      四、胸部CT影像學表現(xiàn)

      鸚鵡熱衣原體肺炎與衣原體肺炎影像學有相似之處,胸部CT掃描常表現(xiàn)為單側(cè)病變,輕者以磨玻璃影為主,重者可出現(xiàn)大片實變,多葉段表現(xiàn);可見支氣管充氣征及囊性改變,也可合并少許胸腔積液;有部分病例出現(xiàn)粟粒樣播散灶及引流區(qū)域淋巴結(jié)腫大等表現(xiàn);病灶恢復期可出現(xiàn)纖維條索影等。鸚鵡熱衣原體肺炎影像學表現(xiàn)雖無明顯特異性,但仍有一些特點,比如:實變趨向于肺野外側(cè)(靠近胸膜)更嚴重;胸腔積液量一般較少;即使是危重癥也極少出現(xiàn)空洞。典型影像學表現(xiàn)見圖1~6。

      圖1~6 鸚鵡熱衣原體肺炎患者發(fā)病時及治療2周后胸部CT掃描影像學表現(xiàn)。圖1為60歲男性患者,因“間斷發(fā)熱3 d”收治入院,胸部CT掃描可見右肺大片滲出斑片影。圖2為56歲女性患者,因“反復高熱伴咳嗽咳痰2周余”收治入院,胸部CT掃描可見左肺上葉及右肺多發(fā)感染。 圖3為63歲男性患者,因“反應遲鈍伴行走不穩(wěn)4 d余”收治入院,胸部CT掃描可見兩肺上葉及左肺下葉彌漫感染, 雙側(cè)少量新發(fā)胸腔積液。 圖4為圖1患者,經(jīng)治療2周后,胸部CT掃描可見右肺多發(fā)炎癥,雙側(cè)少量胸腔積液,較前稍好轉(zhuǎn)。圖5為圖2患者,經(jīng)治療2周后,胸部CT掃描可見兩肺多發(fā)感染,縱隔多發(fā)稍大淋巴結(jié),對比前片病灶部分吸收。圖6為圖3患者,經(jīng)治療2周后,胸部CT掃描可見兩肺上葉及左肺下葉彌漫感染,雙側(cè)少量胸腔積液,較前好轉(zhuǎn)

      五、治療轉(zhuǎn)歸及隨訪

      6例患者起病后先后使用多種廣譜抗生素抗感染治療,患者在mNGS結(jié)果回報后均調(diào)整使用大環(huán)內(nèi)酯類抗生素繼續(xù)抗感染治療。治療14 d后復查胸部CT掃描,均顯示肺部病灶明顯好轉(zhuǎn),轉(zhuǎn)歸良好。后期隨訪過程中未出現(xiàn)復發(fā)病例。病例4、病例5、病例6針對肺部病變,行肺組織穿刺活檢術,病理檢查提示慢性炎癥,為均一的間質(zhì)性纖維化,符合慢性非特異性間質(zhì)性肺炎,其中,病例6后續(xù)繼續(xù)予以糖皮質(zhì)激素治療,其他患者復查胸部CT掃描,顯示好轉(zhuǎn)后終止相關治療。

      討 論

      鸚鵡熱衣原體肺炎屬于社區(qū)獲得性肺炎的一種,通過呼吸道衣原體感染主要侵入上皮細胞、分泌多種細胞因子和趨化因子誘導中性粒細胞、單核細胞、樹突狀細胞聚集參與免疫應答[5]。其原體在細胞外,有感染性而無代謝活性,在宿主細胞外只能短時存活,網(wǎng)狀體在細胞內(nèi)有代謝活性而無感染性。衣原體可通過原體與網(wǎng)狀體間的相互轉(zhuǎn)化延續(xù)感染周期,并長期寄生于宿主體內(nèi),引起持續(xù)性感染。臨床表現(xiàn)缺乏特異性,與其他非典型肺炎不易區(qū)分,了解患者是否接觸過鳥類、家禽也是至關重要的一點。多數(shù)患者起病表現(xiàn)為高熱、寒顫、干咳,隨著病情進展出現(xiàn)活動耐量下降,呼吸困難,常規(guī)抗感染治療效果欠佳。由于衣原體培養(yǎng)要求高,一般實驗室難以做到,因此,常規(guī)不開展相關檢測[6];同時,又因為常用診斷方法敏感度和特異度的不同,所以鸚鵡熱準確的發(fā)病率和患病率難以確定。通常發(fā)現(xiàn)時患者胸部CT掃描已出現(xiàn)磨玻璃影,更甚者表現(xiàn)為大片實性改變。結(jié)合既往大量臨床數(shù)據(jù)研究發(fā)現(xiàn),肺部影像學多數(shù)可出現(xiàn)氣腔實變、磨玻璃影、網(wǎng)格狀影、大片實變、多葉段表現(xiàn),可見支氣管充氣征及囊性改變,也可合并少量胸腔積液。有部分病例出現(xiàn)粟粒樣播散病灶及引流區(qū)域淋巴結(jié)腫大等表現(xiàn),有時多種形態(tài)并存,提示本病從細支氣管逐步發(fā)展到周圍肺小葉互相重疊的病理過程;病灶恢復期可出現(xiàn)纖維條索影等。

      近年來,鸚鵡熱衣原體的診斷需要依靠以下至少1種檢測:(1)呼吸道標本分離到鸚鵡熱衣原體[7];(2)補體結(jié)合實驗或微量免疫熒光法(micro-immunofluorescence,MIF)檢測雙份血清抗體滴度增加4倍或以上;MIF法檢測到鸚鵡熱衣原體的IgM≥1∶16[8];(3)mNGS不依賴傳統(tǒng)的微生物培養(yǎng),直接對臨床樣本中核酸進行高通量測序[9],再與數(shù)據(jù)庫鸚鵡熱衣原體常見15種基因型,包括A-G、WC、E/B、M56、MatⅠ16、CPX0308、6N、1V、Daruma-1981和R54型等,進行比對分析,能更快速、客觀檢測樣本的病原微生物,且無須特異性擴增,尤其適用于急危重癥和疑難感染的診斷??紤]到NGS對于胞內(nèi)菌和厚壁微生物檢出率低,因此,NGS中該類微生物即使序列數(shù)不高,也要考慮為致病病原體的可能,尤其是當樣本類型為外周血和支氣管肺泡灌洗液等無菌體液時[10]。鸚鵡熱衣原體肺炎存在一定的檢測局限性,臨床表現(xiàn)各異、無明顯特異性,早期治療效果通常較差;若能在疾病早期明確病原學依據(jù),對早期治療提供有意義的治療策略,對改善患者疾病預后及縮短病程有一定的意義。近年來,依靠NGS明確病原學為臨床診斷及治療提供依據(jù)尤為重要。

      鸚鵡熱衣原體感染治療主要基于細胞內(nèi)活性、藥代動力學及臨床試驗的證據(jù)。目前認為鸚鵡熱衣原體肺炎治療的一線藥物選擇為四環(huán)素類藥物,國內(nèi)尚無關于鸚鵡熱衣原體體外藥物敏感性試驗的數(shù)據(jù),根據(jù)臨床分離出的沙眼衣原體及肺炎衣原體的相關數(shù)據(jù),提示目前從生殖系統(tǒng)樣本分離出的沙眼衣原體對四環(huán)素類藥物耐藥率較高,從呼吸道樣本分離出的肺炎衣原體對大環(huán)內(nèi)酯類藥物耐藥率較高[11]。因此,臨床多選用氟喹諾酮類藥物。臨床上藥物治療起效較慢,發(fā)熱等癥狀一般需48~72 h方可控制,重癥患者的療程可延長至10~14 d,短于該療程可能導致復發(fā)。

      鸚鵡熱衣原體肺炎為鸚鵡熱衣原體引起的急性傳染性疾病,臨床不常見,有接觸鳥類病史和廣譜抗生素治療肺部病灶不吸收的特點,在新型冠狀病毒肺炎大流行期間如出現(xiàn)聚集病例,也應與其進行鑒別。首先,鸚鵡熱可能會在人與人之間傳播,但很少見,大多為環(huán)境致病,其許多檢查結(jié)果與新型冠狀病毒肺炎患者相似,存在肺部磨玻璃影、短期可出現(xiàn)大量滲出、肺部實性改變,均可進展為重癥肺炎。值得注意的是,有研究報道鸚鵡熱衣原體肺炎患者的外周血淋巴細胞計數(shù)和百分比始終在參考范圍內(nèi),沒有低淋巴細胞血癥,不同于新型冠狀病毒肺炎常見的下降,這在臨床鑒別診斷中具有重要價值[12]。

      本次報道的6例患者均出現(xiàn)非特異性癥狀(如高熱、咳嗽、不同程度的氣促),外院廣譜抗生素治療癥狀不緩解,影像學表現(xiàn)進一步進展;臨床生化指標中基本都有白細胞計數(shù)及PCT大致正常,淋巴細胞和CD4+T淋巴細胞計數(shù)下降,患者的免疫受損狀態(tài)進一步加速了病情進展,CRP明顯升高,同時存在半數(shù)以上患者有肝功能損傷,以及低鈉、低鉀、低鈣等電解質(zhì)紊亂情況,需要注意有些病例有肺外臟器受損表現(xiàn)。其中,病例2及病例3均有鳥類接觸史,病例2種植果園,地面有大量的鳥類糞便,病例3家中飼養(yǎng)鴿子。鸚鵡熱衣原體的天然宿主主要是鳥類,尤其是鸚鵡和鴿子等,結(jié)合患者的白細胞計數(shù)不高及CRP明顯升高,影像學的實變等特點,需要高度懷疑鸚鵡熱衣原體肺炎可能,最終通過肺泡灌洗液行mNGS明確病原微生物而得以確診。同時,6例患者均使用過莫西沙星。病例1當體溫及癥狀出現(xiàn)好轉(zhuǎn)后,影像學表現(xiàn)反而出現(xiàn)明顯進展,為安全起見,更換了抗感染藥物。病例2及病例3于院外均已使用過莫西沙星,療效不好前來就診,當通過mNGS確診后再次使用莫西沙星治療。病例2和病例6以神經(jīng)系統(tǒng)表現(xiàn)為首發(fā)癥狀,病原體直接侵犯中樞神經(jīng)系統(tǒng),自身免疫功能紊亂,其自身免疫功能紊亂可能參與了中樞神經(jīng)系統(tǒng)病變過程,目前發(fā)病機制不明確[13];經(jīng)抗感染治療有效后神經(jīng)系統(tǒng)癥狀得到可逆性改善。病例1、病例5及病例6在此次感染過程中出現(xiàn)重癥肺炎表現(xiàn),氧合指數(shù)下降,予以高流量吸氧改善氧合指數(shù),在予以莫西沙星抗感染治療的同時,血PCT升高,需警惕合并其他病原體感染的可能,遂經(jīng)驗性加用碳青霉烯類藥物治療,待肺泡灌洗液mNGS結(jié)果回報明確診斷為鸚鵡熱衣原體肺炎后停用碳青霉烯類,但繼續(xù)多西環(huán)素聯(lián)合莫西沙星抗感染治療。病例5為院外廣譜抗感染治療2周,但癥狀緩解不明顯再次于我院就診。起初予以莫西沙星等廣譜抗生素抗感染治療效果欠佳,疾病發(fā)展至重癥肺炎,氧合指數(shù)下降,病程中復查患者胸部CT,發(fā)現(xiàn)患者存在兩側(cè)肺部感染性病變,這一點與常見鸚鵡熱衣原體肺炎肺部影像學表現(xiàn)有所不同,但經(jīng)多西環(huán)素聯(lián)合莫西沙星繼續(xù)抗感染治療后肺部病灶均較前吸收。在診治過程中,病例4、病例5及病例6分別行CT引導下肺穿刺活檢術,病理結(jié)果回報考慮非特異性間質(zhì)性肺炎,遂考慮感染后機化性肺炎。病例6肺部影像學顯示吸收不理想,遂院外繼續(xù)予以糖皮質(zhì)激素口服治療;病例4和病例5未做特殊干預治療。本次報道的6例患者最終均取得了較好的治療效果,但如何評價病程中的影像學變化及藥物治療的作用需進一步探索,同時,需警惕疾病進展為重癥及多臟器功能障礙者。早期、及時、足療程干預非常重要,在患者臨床癥狀改善,但影像學檢查顯示病灶吸收不理想時可考慮行肺穿刺活檢術,以進一步明確病理變化,為下一步治療提供依據(jù),并對于預后轉(zhuǎn)歸判斷給出提示。

      利益沖突所有作者均聲明不存在利益沖突

      作者貢獻任陽:采集數(shù)據(jù)、起草文章;沈一丹:采集數(shù)據(jù)、分析/解釋數(shù)據(jù)、指導;王梅:分析/解釋數(shù)據(jù)、對文章的知識性內(nèi)容作批評性審閱;王雷:實施研究、采集數(shù)據(jù);李鋒:醞釀和設計實驗、分析/解釋數(shù)據(jù)、對文章的知識性內(nèi)容作批評性審閱、獲取研究經(jīng)費、指導、支持性貢獻

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