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      單一率Meta分析的Matlab軟件實現(xiàn)*

      2014-04-03 07:50:28吳桂云高月霞李奕辰陳德喜
      中國衛(wèi)生統(tǒng)計 2014年4期
      關鍵詞:循證異質性定義

      肖 靜 吳桂云 高月霞 沈 毅 李奕辰 陳德喜 蔡 輝△

      Meta分析是對以往的研究結果進行系統(tǒng)定量綜合的統(tǒng)計學方法[1]。近年來,隨著循證醫(yī)學的迅速興起,Meta分析研究的結論在有關疾病或醫(yī)學健康問題的防治、治療等方面越來越受到重視[2]。其中單一率資料的Meta分析是一種只提供人群總人數(shù)和事件發(fā)生人數(shù),不同于其它有對照人群的Meta分析,大多為患病率、檢出率、病死率和感染率等[3],屬于橫斷面研究,是揭示暴露與疾病關系不可或缺的,因此基于計算機的實現(xiàn)是很有必要的[4]。本文運用實例數(shù)據(jù)基于Matlab軟件編寫了Meta分析以及發(fā)表偏倚和異質性檢驗實現(xiàn)的相關程序,供讀者參考。

      實例分析

      數(shù)據(jù)來自英國萊切斯特大學Eaden等[5]對大腸潰瘍患者發(fā)生結直腸癌風險的Meta分析,摘錄年齡組為11~12歲,數(shù)據(jù)見表1。

      表1 患大腸潰瘍人群發(fā)生結直腸癌風險Meta分析數(shù)據(jù)(部分)

      1.Matlab程序實現(xiàn)過程:

      (1)建立數(shù)據(jù)集并計算各研究效應量:

      clear all;

      clc;

      s=[8 54

      12 2295

      9 429

      ……];%錄入數(shù)據(jù),第一列為各個研究事件發(fā)生例數(shù),第二列為各個研究總個體數(shù)。

      r=s(:,1)./s(:,2);%取出s矩陣中的第一列除以第二列,計算各個研究事件的發(fā)生率ri。

      a=s(:,1);%定義s矩陣中第一列為ai。

      n=s(:,2);%定義s矩陣中第二列數(shù)據(jù)為ni。

      Dr=exp(log(r)-1.96*se);%計算各個研究發(fā)生率95%的下限,注意Matlab軟件中l(wèi)og表示ln。

      Ur=exp(log(r)+1.96*se);%計算各個研究發(fā)生率95%的上限。

      w=1./se.^2;%各個研究的權重。

      Dhr=exp(log(hr)-1.96*sehr);

      Uhr=exp(log(hr)+1.96*sehr);

      Q=sum(w.*(log(r)-log(hr)).^2);%Q檢驗。

      k=size(s,1);

      Qp=1-chi2cdf(Q,k-1);%計算Q檢驗的p值。

      I2=(Q-(k-1))/Q*100;%計算I2統(tǒng)計量。

      If I2<0

      I2=0;

      楊琳說,以前朋友的老公。以前朋友是指歐陽橘紅。聽楊琳這一說,一種從來不曾有的溫暖,流入他的心中。老天爺不睜開眼睛看一看,這樣的好人,為什么偏偏得這種惡???為什么好人就命不長呢?

      end

      If I2>0

      I2=I2;

      end

      I2

      Z=abs(log(hr)/sehr);%I2檢驗統(tǒng)計量值的計算。

      Zp=2*(1-normcdf(Z,0,1));%I2檢驗統(tǒng)計量對應的P值。

      H=(Q/(k-1))^0.5;%H檢驗統(tǒng)計量的計算。

      HSE=0.5.*(log(Q)-log(k-1))./((2*Q)^0.5-(2*k-3)^0.5;%H檢驗統(tǒng)計量的標準誤。

      Hs=exp(log(H)+1.96*HSE);

      Hx=exp(log(H)-1.96*HSE);

      If Qp<=0.1;%當Q檢驗p<=0.1時進行隨機效應模型。

      If Q<=k-1

      tau=0;

      end

      If Q>k-1

      tau=(Q-(k-1))./(sum(w)-(sum(w.^2)./(sum(w))));%隨機效應模型中τ2的計算。

      end

      tau

      wj=1./((se).^2+tau);%w′的計算。

      Zj=abs(log(hrj)/sehrj);%z′的計算。

      Zpj=2*(1-normcdf(Zj,0,1));%z′對應的P值的計算。

      End

      (3)森林圖:此處由于森林圖的程序繁雜略去,感興趣的讀者可以聯(lián)系本文作者索取,結果見圖1所示。

      (4)發(fā)表偏倚的檢驗:繪制漏斗圖以及對漏斗圖進行檢驗(Egger′s檢驗),相關結果見圖2、圖3。

      Figure;%開始畫漏斗圖。

      y=se;%以精度的倒數(shù)為縱坐標。

      plot(x,y,′o′);%繪制圖。

      hold on

      plot([log(hrj)log(hrj)],[0 1.2],′k-′)

      plot([log(hrj)log(hrj)-1.96*1.2],[0 1.2],′k′)

      plot([log(hrj)log(hrj)+1.96*1.2],[0,1.2],′k:′)

      set(gca,′tickdir′,′out′,′ydir′,′reverse′,′fontsize′,15,′linewidth′,1.5,′xlim′,[-8-2],′ylim′,[0,1.2],′xtick′,[-8,-6,-4,-2],′xticklabel′,[{num2str(exp(-8))},{num2str(exp(-6))},{num2str(exp(-4))},{num2str(exp(-2))}]);%設置坐標軸。

      xlabel(′log(r)′,′fontsize′,16);%給X軸加標簽。

      ylabel(′se′,′fontsize′,16);%給Y軸加標簽。

      box off

      %漏斗圖開始檢驗。

      Y=log(r)./se;%定義Y數(shù)值。

      X=1./se;%定義X數(shù)值。

      b=sum((X-mean(X)).*(Y-mean(Y)))./sum((X-mean(X)).^2);%計算斜率b。

      a=mean(Y)-b.*mean(X);%計算截距a。

      figure

      plot(X,Y,′O′,′markersize′,5);

      hold on

      plot([0,max(X)],[a,a+b.*max(X)],′k-′);

      Yi=a+b.*X;%建立回歸方程。

      Syx=(sum((Y-Yi).^2)./(size(X,1)-2)).^0.5;

      Sa=Syx.*(sum((X).^2)./(size(X,1).*sum((X-mean(X)).^2))).^0.5;

      t=abs((a-0)/Sa;%對a進行t檢驗,此處計算t檢驗統(tǒng)計量。

      P=2*(1-tcdf(t,size(X,1)-2));%計算t檢驗統(tǒng)計量對應的自由度k-2下的P值。

      tinv(0.975,size(X,1)-2);

      ax=a-tinv(0.975,size(X,1)-2)*Sa;

      as=a+tinv(0.975,size(X,1)-2)*Sa;

      set(gca,′tickdir′,′out′,′fontsize′,15,′linewidth′,1.5,′xlim′,[-0.18],′ylim′,[-328],′xtick′,[1:2:8],′ytick′,[-32:4:8]);%定義坐標軸。

      xlabel(′1/se′,′fontsize′,16);

      ylabel(′log(r)/se′,′fontsize′,16);

      box off

      plot([0 0],[axas],′b-′,′linewidth′,1);%畫靠近y的線。

      plot(0,a,′rs′,′markersize′,6,′markerfacecolor′,′w′);%畫區(qū)間線中間的正方形框,為了直觀表現(xiàn)。

      plot([0-0.05 0+0.05],[axax],′k-′,′linewidth′,1);

      plot([0-0.05 0+0.05],[asas],′k-′,′linewidth′,1);

      (5)異質性檢驗:繪制Galbraith圖,結果見圖4。

      figure

      plot(X,Y,′.′,′markersize′,8);

      hold on

      plot([0,max(X)],[0,log(hr).*max(X)],′k-′);

      hold on

      plot([0,max(X)],[2,log(hr).*max(X)+2],′k-′);%在上兩個單位處畫等斜率直線。

      plot([0,max(X)],[-2,log(hr).*max(X)-2],′k-′);

      set(gca,′tickdir′,′out′,′fontsize′,15,′linewidth′,1.5,′xlim′,[0 6.5],′ylim′,[-35 2]);

      xlabel(′1/se′,′fontsize′,16);

      ylabel(′log(r)/se′,′fontsize′,16);

      box off

      for i=1:size(X,1)

      text(X(i)+0.02,Y(i),num2str(i));%此處為給每個點加名稱。

      end

      注:以上程序為通用程序,可以根據(jù)異質性檢驗結果自行選擇計算模型;程序中加冒號表示結果中隱藏不顯示,百分號后面的為注釋部分,在程序中不運行。

      圖1 森林圖

      圖2 漏斗圖

      圖3 Egger′s檢驗圖

      圖4 Galbraith圖

      討 論

      隨著循證醫(yī)學的發(fā)展,Meta分析已被公認為客觀評價和合成針對某一特定問題研究證據(jù)的最佳手段[3]。對于目前國內通用的Meta分析軟件RevMan不能進行Meta回歸分析、累積Meta分析和Egger′s檢驗等,Stata軟件雖為目前Meta分析最受推崇的軟件,但無單一率Meta分析的固定模塊。本文基于Matlab軟件編寫了單一率資料Meta分析的實現(xiàn)程序,非專業(yè)人員只需替換數(shù)據(jù)即可方便實現(xiàn)。Matlab人際交互性強,具有強大的數(shù)據(jù)處理功能[6],且分析結果的計算精度可以通過程序自由控制,同時Matlab具有強大的作圖功能,所作圖形比同類軟件更為美觀。本文通過實例分析驗證了利用Matlab程序實現(xiàn)單一率Meta分析結果的可行性和有效性,并完成了異質性和發(fā)表偏倚的檢驗。

      參 考 文 獻

      1.Egger M,Smith G D,Altman D G.Systematic reviews in health care.Meta-analysis in context.2nd edition.London:BMJ Publishing Group,2001.

      2.俞慧強,鄭輝烈,李悅,等.Meta分析發(fā)表偏倚診斷方法研究.中國衛(wèi)生統(tǒng)計,2011,28(4):402-405.

      3.曾憲濤,冷衛(wèi)東,李勝,等.如何正確理解及使用GRADE系統(tǒng).中國循證醫(yī)學雜志,2011,11(9):985-990.

      4.王佩鑫,李宏田,劉建蒙.無對照二分類資料的Meta分析方法及Stata實現(xiàn).循證醫(yī)學,2012,12(1):52-64.

      5.Eaden J A,Abrams K R,Mayberry J F.The risk of colorectal cancer in ulcerative colitis:a meta-analysis.Gut,2001,48(4):526-535.

      6.胡小剛,陳劍鴻,孫鳳軍,等.基于Matlab的Kruskalk-Wallis和Nemenyi檢驗的界面實現(xiàn).中國衛(wèi)生統(tǒng)計,2011,28(4):466-473.

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