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      ASIP 基因第3 外顯子349 位點(diǎn)多態(tài)性與中國(guó)家驢毛色表型相關(guān)研究

      2019-07-17 03:42:14蘇詠梅朱文進(jìn)張同玉李祥龍吳建華
      中國(guó)畜牧雜志 2019年7期
      關(guān)鍵詞:毛色德州外顯子

      蘇詠梅,朱文進(jìn),周 曉,張同玉,李祥龍,吳建華

      (河北科技師范學(xué)院動(dòng)物科技學(xué)院,河北秦皇島 066600)

      毛色是家畜品種的主要特征,是識(shí)別家畜品種和個(gè)體的重要依據(jù)和主要標(biāo)志,毛色做為家畜生物學(xué)性狀其經(jīng)濟(jì)價(jià)值在不同家畜及其類型中差異很大[1]。中國(guó)家驢的毛色沒有馬的復(fù)雜,但也多種多樣,且各地命名不一。中國(guó)家驢的毛色基本可分為單色毛和混合色毛兩大類,其中單色毛主要有純黑色和白色2 種,這類毛沒有雜色,且終生不變;混合色毛主要有粉黑色、皂角黑色、灰色、青色、蒼色、栗色、銀河毛和花毛等,這類毛色由不同毛色混雜或毛色隨年齡的增長(zhǎng)深淺有變化[2]。

      驢是傳統(tǒng)的役用動(dòng)物,對(duì)其毛色的選育和研究較少[3-11]。ASIP 基因是家畜毛色性狀的主要候選基因之一。Abitbol 等[3]在對(duì)法國(guó)驢毛色的研究中發(fā)現(xiàn),純黑色驢 ASIP 基因編碼區(qū)第3 外顯子有1 處隱性錯(cuò)義突變(c.349 T>C),使該位點(diǎn)編碼的氨基酸發(fā)生變異(由半胱氨酸變?yōu)榫彼幔?,進(jìn)而使黑色素合成累積,被毛呈黑色。驢ASIP 基因的錯(cuò)義突變(c.349 T>C)可以形成CC 型、TC 型與TT 基因型,其中CC 基因型驢被毛為純黑色,TC 與TT 基因型驢被毛為非純黑色。為了解中國(guó)家驢毛色是否與ASIP 基因的該錯(cuò)義突變(c.349 T>C)有關(guān),本研究對(duì)中國(guó)家驢16 個(gè)品種 680 個(gè)體的ASIP 基因進(jìn)行分析,為中國(guó)家驢毛色性狀的研究提供科學(xué)依據(jù)。

      1 材料與方法

      1.1 樣品采集 實(shí)驗(yàn)用16 個(gè)驢品種血樣采自河北、山西、山東、內(nèi)蒙古、甘肅、陜西、新疆、寧夏、河南9個(gè)省的16 個(gè)地區(qū),共計(jì)680 頭驢的血樣。驢的品種、數(shù)量、采樣地及其毛色特征見表1。血樣采自前腔靜脈,ACD 抗凝,低溫帶回實(shí)驗(yàn)室,分裝出3 mL 的一小份,4℃保存?zhèn)溆?,其余置?70℃凍存。

      1.2 總基因組DNA 的提取與PCR 擴(kuò)增 總DNA 的提取采用常規(guī)酚-氯仿抽提法[12],特異性引物是參考文獻(xiàn)[3]的序列,由北京賽百盛基因技術(shù)有限公司合成,引物的上游序列為5'-GGCCTCCATAGTCCAAAGAGC-3';下游序列為5'-TTGCAGAAGGGACCTCAGGGT-3'。PCR 反應(yīng)體系為25 μL:2×Es Taq Master Mix 12.5 μL,上下游混合引物1.5 μL(10 pmol/μL),DNA 模板2 μL(10 ng/μL),去 離 子 水9 μL,2×Es Taq Master Mix購(gòu)自世紀(jì)康為公司(CWBIO)。PCR 反應(yīng)條件:94℃預(yù)變性6 min;94℃變性40 s,58℃退火40 s,72℃延伸40 s,32 個(gè)循環(huán);72℃修復(fù)延伸10 min。

      PCR 產(chǎn)物用1.5%的瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),將符合要求的PCR 產(chǎn)物進(jìn)行下一步實(shí)驗(yàn)酶切或直接送北京諾賽基因組研究中心有限公司測(cè)序,PCR 產(chǎn)物膠純化試劑盒購(gòu)自天根生化科技(北京)有限公司。

      1.3 PCR-RLFP 分析 酶切體系為20 μL:10×NE Buffer 2 μL,限制性內(nèi)切酶Brs Ⅰ(10 U/μL,NEB 公司)0.4 μL,PCR產(chǎn)物10 μL,dd H2O 7.6 μL。65℃酶切20 min,80℃失活20 min,冷卻后用2%的瓊脂糖凝膠電泳(電壓120 V 電泳1.5~2 h)。Bio-RAD 凝膠成像系統(tǒng)成像觀察酶切效果,并記錄分型。

      1.4 統(tǒng)計(jì)分析 根據(jù)PCR-RLFP 分析結(jié)果,記錄所有樣品檢測(cè)位點(diǎn)基因型,根據(jù)參考文獻(xiàn)[13]計(jì)算公式,采用Excel 計(jì)算、統(tǒng)計(jì)基因型和基因頻率。

      2 結(jié)果與分析

      2.1 中國(guó)家驢毛色特征 從表1 看出,中國(guó)家驢毛色以粉黑色、灰色和皂角黑色為主,另外還有少量純黑色、青色和栗色,蒼色、銀河色和白色很少見,在采樣過程中沒有見到花色驢。大型驢和中型驢的毛色以粉黑色為主,小型驢的毛色以灰色為主;皂角黑為過度毛色,在大、中和小型驢中均有分布,每個(gè)驢品種的毛色有5 種以上,盡管有些毛色在一些品種中很少,這說明中國(guó)家驢選育程度較低。

      2.2 中國(guó)家驢ASIP 基因的變異位點(diǎn) 選擇有毛色性狀記錄個(gè)體的烏頭黑驢6 頭、粉黑驢6 頭、皂角黑6 頭灰色驢6 頭、青色驢 6 頭、栗色6 頭、蒼色5 頭、銀河4 頭和白驢 2 頭,共計(jì)47 頭,對(duì)其ASIP 基因 PCR擴(kuò)增產(chǎn)物測(cè)序(圖1)表明,在中國(guó)家驢品種中存在ASIP 基因第3 外顯子 c.349 T>C 的突變。

      圖1 中國(guó)家驢ASIP 基因第3 外顯子的突變位點(diǎn)

      表1 實(shí)驗(yàn)用驢種、數(shù)量、采樣地及毛色特征

      2.3 中國(guó)家驢ASIP 基因的SNP 多態(tài)性 從圖2 可以看出,ASIP 基因的PCR 產(chǎn)物在340 bp 位置與目的片段一致,而且條帶清晰,特異性好;純黑色驢的基因型以CC 為主,其酶切帶型為340 bp 1 條帶,表明不能被BsrⅠ內(nèi)切酶切開;非純黑色驢的基因型為TT型或TC 型,未檢測(cè)到CC 基因型;TT 型純合子酶切帶型為209 bp 和131 bp 2 條,TC 型雜合子帶型為340、209、131 bp 3 條,均表明能被Bsr Ⅰ內(nèi)切酶切開。中國(guó)家驢ASIP 基因第3 外顯子PCR-RFLP 表現(xiàn)出明顯的多態(tài)性。

      在純黑色驢中,CC 基因型的檢出率為89.29%(25/28),純黑色德州驢、廣靈驢、渤海驢和慶陽(yáng)驢的基因型都是CC 型,檢出率100%,而純黑色晉南驢、陽(yáng)原驢和新疆驢各有1 個(gè)純黑色驢的個(gè)體不是CC 型。在非純黑色驢(包括粉黑、皂角黑、灰色、青色、蒼色、栗色、銀河毛和白色)中,TT 或TC 基因型檢出率為99.54%(677/680)。

      圖2 驢ASIP 基因的PCR 產(chǎn)物酶切多態(tài)性

      2.4 中國(guó)家驢ASIP 基因的基因型頻率與基因頻率 從表2 可以看出,中國(guó)驢CC 型的頻率很低(0.037),TT 型的頻率最高(0.731),C 等位基因的頻率很低(0.153),T 等位基因的頻率很高(0.847)。

      3 討 論

      關(guān)于家驢毛色調(diào)控的分子機(jī)制研究很少,主要集中在MC1R、ASIP、KTI 和STX17 等基因。Abitbol 等[3]選擇法國(guó)登記注冊(cè)的6 個(gè)品種127 頭驢進(jìn)行毛色對(duì)比試驗(yàn),并將這127 頭驢按照毛色分為兩大類,即黑驢(9頭)和三粉驢(118 頭),發(fā)現(xiàn)黑驢的ASIP 基因上存在1 處隱性錯(cuò)義突變(c.349T>C),導(dǎo)致編碼區(qū)第117 位氨基酸由半胱氨酸突變?yōu)榫彼?,從而影響黑色素的形成過程,最終產(chǎn)生黑色被毛。Sun 等[8]和李詩(shī)穎[11]研究了中國(guó)13 個(gè)家驢品種590 個(gè)體ASIP 基因多態(tài)性與家驢毛色的關(guān)系,發(fā)現(xiàn)中國(guó)家驢ASIP 基因同樣存在突變位點(diǎn)c.349T>C,與Abitbol 等[3]研究結(jié)果一致,且突變位點(diǎn)c.349T>C 可以將中國(guó)驢分為純黑色驢(CC 型)和非黑色驢(TT 型或TC 型)。本研究同樣證明,中國(guó)家驢ASIP 基因存在突變位點(diǎn)c.349T>C,但與Abitbol 等[3]和Sun 等[8]研究不同的是在28 個(gè)純黑色被檢驢中有3個(gè)體不屬于CC 基因型。非純黑色驢中沒有檢測(cè)出CC基因型,只檢測(cè)出TT 和TC 基因型,且TT 或TC 基因型的分布在不同品種和不同毛色中沒有規(guī)律性,這與Sun 等[8]和李詩(shī)穎[11]的研究結(jié)果一致。

      表2 中國(guó)16 個(gè)地方驢品種ASIP 基因的基因型頻率與基因頻率

      在中國(guó)家驢品種中,純黑色的個(gè)體較少,主要分布在德州驢及其周邊驢種——渤海驢中。純黑色驢在德州驢中占樣本量的15.39%,渤海驢占14.82%。這與李詩(shī)穎[11]報(bào)道的德州驢純黑色個(gè)體占樣本量的比例為48.89%出入較大,這可能與采樣對(duì)象或目的不同有關(guān),本研究樣品采自山東寧津的自然群體,而李詩(shī)穎[11]采自山東德州、東阿集團(tuán)養(yǎng)殖場(chǎng)的驢群,可能經(jīng)過有目的的選擇或是為了專門研究純黑色驢而采集純黑色驢較多。Abitbol 等[3]發(fā)現(xiàn),影響家驢毛色的ASIP 基因從三粉驢到黑色驢為隱性遺傳,這解釋了家驢中純黑色個(gè)體少的原因。

      純黑色德州驢體型偏重,動(dòng)作較遲鈍,為中國(guó)驢種中的“重型驢”[14];另外,德州驢皮是熬制阿膠的道地藥材,特別是其中的純黑色驢皮,被認(rèn)為是極品阿膠的原料[15],這也可能是德州驢中純黑色驢多的原因。本研究中純黑色驢個(gè)體基因型全部是CC 型。由此可見,利用ASIP 基因第3 外顯子PCR-RFLP 標(biāo)記對(duì)培育純黑色的肉皮兼用的驢新品系或品種具有重要的指導(dǎo)意義。

      4 結(jié) 論

      中國(guó)家驢ASIP 基因第3 外顯子存在c.349 T>C 突變,PCR-RFLP 標(biāo)記可以區(qū)分中國(guó)家驢純黑色與非純黑色,可以作為純黑色家驢選育的分子標(biāo)記。

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