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      多溴聯(lián)苯醚與人血清白蛋白相互作用的表面等離子體共振及分子對(duì)接

      2020-09-21 02:12:28張愛芹申剛義
      關(guān)鍵詞:響應(yīng)值親和力復(fù)合物

      張愛芹,王 嫚,申剛義,金 軍

      (1.中央民族大學(xué)生命與環(huán)境科學(xué)學(xué)院,2.中央民族大學(xué)藥學(xué)院,北京100081)

      多溴聯(lián)苯醚(PBDEs)類溴代阻燃劑由于蒸汽壓低、親脂性強(qiáng),能通過遠(yuǎn)距離遷移和生物蓄積進(jìn)入人體產(chǎn)生多種毒副作用及致癌性,已成為威脅生態(tài)環(huán)境和人類健康的全球性環(huán)境污染物[1~3]. PBDEs主要通過皮膚接觸、呼吸、飲水和食物等多種途徑進(jìn)入生物體并產(chǎn)生對(duì)疾病相關(guān)通路的干擾,是其產(chǎn)生健康危害的起點(diǎn)[4]. 目前,對(duì)PBDEs與受體蛋白以及遺傳物質(zhì)等生物分子的交互作用機(jī)制的認(rèn)識(shí)仍不足,難以揭示其在生物體內(nèi)導(dǎo)致毒性效應(yīng)并與特定疾病表型相關(guān)聯(lián)的途徑及機(jī)制. 探明PBDEs在體內(nèi)暴露水平、分布及其對(duì)毒性作用通路的擾動(dòng)機(jī)制已成為探索環(huán)境暴露與健康危害因果聯(lián)系的關(guān)鍵問題.

      人血清白蛋白(HSA)作為血漿中含量最豐富的蛋白質(zhì),是污染物在人體血液中的主要轉(zhuǎn)運(yùn)媒介[5]. 污染物進(jìn)入人體后與HSA 形成復(fù)合物,繼而被轉(zhuǎn)運(yùn)到受體部位或靶器官而產(chǎn)生生理毒理作用.研究PBDEs 與HSA的相互作用對(duì)深入了解污染物的致毒機(jī)制具有重要意義[6,7]. 研究者們利用光譜和計(jì)算機(jī)模擬對(duì)PBDEs與HSA相互作用的熱力學(xué)機(jī)制進(jìn)行了研究[8~11]. 然而,在對(duì)于揭示污染物體內(nèi)蓄積、分布、代謝等過程中起關(guān)鍵作用的污染物-蛋白相互作用的動(dòng)力學(xué)速率、強(qiáng)弱等機(jī)制方面尚未明確,系統(tǒng)探究不同取代基個(gè)數(shù)和位置的PBDEs與HSA相互作用的差異及規(guī)律,對(duì)從分子結(jié)構(gòu)層次理解PBDEs的毒理學(xué)機(jī)制具有重要意義.

      表面等離子體共振技術(shù)(SPR)是一種免標(biāo)記型光學(xué)生物傳感方法,在研究生物分子相互作用方面具有獨(dú)特優(yōu)勢(shì)[12]. 其具有微量化、高靈敏、通用性好及實(shí)時(shí)快速等優(yōu)點(diǎn),還可同時(shí)獲得相互作用過程的動(dòng)力學(xué)和熱力學(xué)信息,便于在模擬生理?xiàng)l件下探究分子相互作用的整個(gè)過程[13,14]. 本文以HSA為受體模型,以8 種典型PBDEs 同族體(BDE28,BDE47,BDE99,BDE100,BDE153,BDE154,BDE183,BDE209)為分析對(duì)象,利用SPR技術(shù)在模擬生理?xiàng)l件下實(shí)時(shí)動(dòng)態(tài)研究了它們之間的相互作用;結(jié)合計(jì)算機(jī)輔助分子對(duì)接模擬,從理論角度探討了兩者的相互作用機(jī)制,并與實(shí)驗(yàn)結(jié)果相互驗(yàn)證. 基于HSA建立的研究方法和模型,將適用于PBDEs與脂蛋白或受體蛋白相互作用的研究.

      1 實(shí)驗(yàn)部分

      1.1 試劑與儀器

      GLH傳感芯片和偶聯(lián)試劑盒[N-羥基硫代琥珀酰亞胺(Sulfo-NHS)、N-乙基-N′-(二甲氨基丙基)碳二亞胺(EDC)和1.0 mol/L 鹽酸乙醇胺(pH=8.5)均為分析純]購(gòu)自美國(guó)BioRad 公司;HSA(純度≥96.0%)購(gòu)自美國(guó)Sigma 公司;8 種PBDEs 標(biāo)準(zhǔn)品(BDE28,BDE47,BDE99,BDE100,BDE153,BDE154,BDE183,BDE209)購(gòu)自美國(guó)Accustandard 公司;二甲基亞砜(DMSO)、吐溫20、Na3PO4、NaCl、HCl和醋酸均為分析純,購(gòu)自北京化學(xué)試劑公司.

      ProtenOn XPR36生物分子相互作用系統(tǒng)(美國(guó)BioRad公司);PB-10 型pH計(jì)(德國(guó)Sartorius公司);XP205型分析天平(瑞士Mettler Toledo公司);Milli-Q純水系統(tǒng)(美國(guó)Millipore公司);Mini離心機(jī)(北京昊諾斯公司).

      1.2 實(shí)驗(yàn)過程

      1.2.1 樣品的配制 固定蛋白運(yùn)行緩沖液(PBST)為含150 mmol/L NaCl 和0.005%(體積分?jǐn)?shù))吐溫20的10 mmol/L Na3PO4溶液(pH=7.4);相互作用運(yùn)行緩沖液(PBSTD)為含5%(體積分?jǐn)?shù))DMSO的PBST.

      將各分析物溶于DMSO中形成母液,用PBSTD稀釋至20 μmol/L(BDE-209為100 μmol/L),再依次按3倍倍比稀釋4次得5組濃度梯度(0.25,0.74,2.22,6.67,20 μmol/L),另設(shè)一個(gè)PBSTD作空白對(duì)照,組成6組梯度濃度. 所有溶液使用前均經(jīng)0.22 μm微孔濾膜過濾.

      1.2.2 HSA芯片的固定 蛋白固定采用氨基偶聯(lián)法:25 ℃下,將0.1 mol/L Sulfo-NHS和0.4 mol/L EDC 1∶1(體積比)混合并流過芯片通道,流速25 μL/min,時(shí)間360 s;將0.68 mg/mL 的HSA 醋酸緩沖溶液(pH=4.5)以相同流速流過芯片通道,與芯片上活化的羧基反應(yīng),時(shí)間360 s;鹽酸乙醇胺以相同流速流過芯片通道,時(shí)間360 s;通入PBST去除非特異性吸附. 同時(shí)設(shè)置第2個(gè)通道作為對(duì)照通道(只活化封閉而不固定蛋白).

      1.2.3 PBDEs與HSA相互作用的動(dòng)態(tài)測(cè)試 在25 ℃下,同一分析物的6組梯度濃度以25 μL/min流速垂直流過固定蛋白通道并與HSA作用,實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)采集信號(hào). 相互作用的結(jié)合時(shí)間為240 s,解離360 s.

      1.2.4 數(shù)據(jù)處理 采用雙參比和體積排除法,扣除空白通道和空白溶液的背景信號(hào)和溶劑效應(yīng). 利用ProtenOn Manager 2.1.2軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析處理.

      1.2.5 PBDEs 與HSA 的分子對(duì)接模擬 采用AutoDock[15,16]對(duì)PBDEs 與HSA 的對(duì)接進(jìn)行模擬,采用AutoDockTools[17]和PyMOL[18,19]進(jìn) 行 對(duì) 接 結(jié) 果 展 示 和 分 析. HSA 晶 體 結(jié) 構(gòu)(PDB ID:1AO6)取 自Brookhaven蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)[20],PBDEs取自小分子數(shù)據(jù)庫(kù)[21]. 每種PBDE與HSA隨機(jī)100次分子對(duì)接,對(duì)能量的優(yōu)化采用拉馬克遺傳算法(LGA),選取得分權(quán)重最高構(gòu)象作為最終對(duì)接結(jié)果. 通過結(jié)合自由能(ΔG)對(duì)PBDEs與HSA的作用進(jìn)行評(píng)價(jià).

      2 結(jié)果與討論

      2.1 PBDEs與HSA相互作用的動(dòng)力學(xué)分析

      將HSA作為受體,其固定量大小對(duì)相互作用有直接影響. 圖1給出了HSA在芯片表面實(shí)時(shí)固定的動(dòng)態(tài)過程,其結(jié)合速率很快,50 s內(nèi)即達(dá)到平衡,最終標(biāo)記量為22000 RU(22 kRU),表明HSA在芯片表面的固定量約為22 ng/mm2[22],適合與小分子相互作用研究.

      圖2為8種PBDEs與HSA實(shí)時(shí)相互作用的動(dòng)力學(xué)傳感圖,示出了結(jié)合和解離的整個(gè)動(dòng)態(tài)過程. 在結(jié)合起始階段,分析物濃度越高則復(fù)合物越多,當(dāng)反應(yīng)達(dá)到平衡時(shí)響應(yīng)值不再增加. 而在解離階段,復(fù)合物分解同時(shí)響應(yīng)值降低,復(fù)合物濃度越高解離越多.

      依據(jù)Langmuir模型,分析物與HSA的作用遵循準(zhǔn)一級(jí)反應(yīng):

      Fig.1 Immobilization of HSA on the surface of a sensor chip at 25 ℃

      Fig.2 Real?time sensorgrams of kinetic analysis of the interactions between PBDEs and HSA at 25 ℃

      式中:A為分析物;B為芯片上固定的HSA;A-B為芯片上生成的復(fù)合物;ka(L·mol?1·s?1)為結(jié)合速率常數(shù);kd(s?1)為解離速率常數(shù).

      結(jié)合階段動(dòng)力學(xué)方程為

      式中:[A-B](mol/L)為反應(yīng)時(shí)間t(s)時(shí)芯片上復(fù)合物的濃度,對(duì)應(yīng)于t時(shí)的響應(yīng)值;[A](mol/L)為分析物濃度;[B](mol/L)為反應(yīng)時(shí)間t時(shí)芯片表面未被結(jié)合蛋白的濃度,定義如下:

      式中:[A-B]max為芯片上A與B結(jié)合達(dá)到飽和時(shí)復(fù)合物的濃度,對(duì)應(yīng)最大響應(yīng)值Rmax.

      將式(3)帶入式(2)得:

      對(duì)動(dòng)力學(xué)曲線進(jìn)行平滑擬合(圖2平滑曲線)并結(jié)合上述公式,可計(jì)算相互作用過程的各動(dòng)力學(xué)參數(shù)(見表1).ka和kd反映了分析物與HSA 相互作用動(dòng)力學(xué)結(jié)合和解離速率的快慢.KD可反映結(jié)合力或親和力的大小,KD越小親和力越大.

      通過比較可見,BDE209與HSA相互作用的動(dòng)力學(xué)過程[圖2(H)]與其它PBDEs 有明顯差異. 在結(jié)合階段,ka(0.30×103)明顯小于其它化合物,生成的復(fù)合物量較少. 解離階段kd(0.98×10?2)也明顯減慢,復(fù)合物較難解離,解離時(shí)間結(jié)束時(shí)(360 s)尚未完全解離.受動(dòng)力學(xué)結(jié)合速率和解離速率共同影響,其親和力明顯小于除BDE28外的其它6種(表1).

      實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn),PBDEs中溴原子個(gè)數(shù)及取代位置的差異對(duì)相互作用有規(guī)律性的影響. 首先,隨溴原子個(gè)數(shù)增加(從BDE28,BDE47,BDE 99,BDE 153 到BDE 183,依次為三溴至七溴)相互作用的解離速率逐漸減慢,親和力依次增大. 表明溴原子個(gè)數(shù)增加有利于PBDEs 與HSA 的相互作用. 基于動(dòng)力學(xué)分析,顯示可能與溴原子個(gè)數(shù)增加減緩了復(fù)合物的解離速率有關(guān).

      其次,對(duì)溴原子不同取代位置的同分異構(gòu)體比較發(fā)現(xiàn),間位溴的BDE99與HSA的ka(5.77×103)明顯大于鄰位溴的BDE100(ka=1.14×103). 前者達(dá)到結(jié)合平衡所需時(shí)間[圖2(C),約30 s]遠(yuǎn)快于后者[圖2(D),約100 s]. 在解離階段,BDE99的kd(3.92×10?2)大于BDE100(kd=1.76×10?2). 由于結(jié)合速率差異更大,BDE99 與HSA 的親和力(KD=0.68×10?5)大于BDE100(KD=1.54×10?5)的. 同樣,PBDE153(間位溴)與HSA的親和力也大于BDE154(鄰位溴)的. 表明在PBDEs的同分異構(gòu)體中,間位溴比鄰位溴利于PBDEs與HSA的相互作用. 動(dòng)力學(xué)分析顯示這種差異可能源自結(jié)合速率快慢的影響.

      2.2 PBDEs與HSA相互作用的穩(wěn)態(tài)分析

      穩(wěn)態(tài)為結(jié)合反應(yīng)達(dá)到平衡時(shí)的狀態(tài),可根據(jù)反應(yīng)平衡分析PBDEs與HSA相互作用的親和力.

      根據(jù)式(1),穩(wěn)態(tài)時(shí)復(fù)合物形成與解離的速率相等:

      其中,[A]eq和[B]eq分別為平衡時(shí)分析物濃度和芯片表面未被結(jié)合的蛋白濃度;[A-B]eq為平衡時(shí)復(fù)合物的濃度,對(duì)應(yīng)平衡時(shí)的響應(yīng)值.

      將式(7)代入式(5)可得:

      Table 1 Kinetic parameters of interactions between PBDEs and HSA

      由于[B]eq=[A-B]max?[A-B]eq,代入式(8)可得:

      當(dāng)[A]eq=KD時(shí):

      即KD等于最大復(fù)合物濃度一半對(duì)應(yīng)的分析物濃度,等同米氏常數(shù)KM. 將每種分析物的6個(gè)濃度梯度與平衡時(shí)的響應(yīng)值作圖,擬合后計(jì)算結(jié)果列于表2. 其中,Rmax為最大響應(yīng)值,Chi2為評(píng)估曲線擬合的卡方值. 可見,穩(wěn)態(tài)分析的親和力數(shù)據(jù)和動(dòng)力學(xué)數(shù)據(jù)(表1)基本一致(線性相關(guān)系數(shù)R2=0.945),驗(yàn)證了該方法的可靠性.

      Table 2 Affinity parameters of interactions between PBDEs and HSA based on the steady state analysis

      2.3 PBDEs與HSA分子對(duì)接模擬

      利用分子對(duì)接技術(shù)從微觀角度分析了PBDEs 與HSA 的作用模式和結(jié)合位點(diǎn). 外源性物質(zhì)與HSA的結(jié)合位點(diǎn)主要位于Site I(IIA)和Site II(IIIA)[23,24]. 分子對(duì)接結(jié)果顯示,8 種PBDEs 均結(jié)合于HSA 的Site I處,與文獻(xiàn)[25]報(bào)道一致,并且它們主要位于由Leu,Trp,Ile,Phe,Val和Tyr等多種疏水性氨基酸殘基構(gòu)成的疏水空腔內(nèi). 圖3 顯示了3 種PBDEs(BDE28,BDE154 和BDE183)與HSA 的分子對(duì)接三維圖. 可見,PBDEs雖然都位于Site I處,但它們的最佳構(gòu)象不同,其在空腔中存在不同的平動(dòng)轉(zhuǎn)動(dòng)等方式,空腔功能區(qū)周邊的氨基酸活性位點(diǎn)存在差異,因此分子間疏水力、范德華力、氫鍵以及靜電力等相互作用力不同,綜合導(dǎo)致它們與HSA結(jié)合力不同.

      Fig.3 3D molecular docking images of BDE28(A),BDE154(B),BDE183(C)and HSA at 25 ℃

      進(jìn)一步分析了8種PBDEs與HSA分子對(duì)接最佳構(gòu)象的各種熱力學(xué)參數(shù)(表3),發(fā)現(xiàn)范德華力和氫鍵作用力對(duì)結(jié)合能的貢獻(xiàn)遠(yuǎn)大于靜電力. 比較可發(fā)現(xiàn),PBDEs結(jié)構(gòu)中溴原子的個(gè)數(shù)及取代位置的差異會(huì)使其與HSA的結(jié)合能有明顯差異. 除BDE209外,范德華力和氫鍵作用力及結(jié)合能均隨溴原子的增加依次增強(qiáng),與實(shí)驗(yàn)親和力(表1)和文獻(xiàn)[11]趨勢(shì)相同,這可能是由于溴原子的引入能促進(jìn)分子間作用力增強(qiáng). 而對(duì)于同分異構(gòu)體,間位溴取代的BDE99比鄰位溴取代的BDE100具有更大的范德華力和氫鍵作用力,同時(shí)靜電引力也要略大于鄰位,從而使間位溴取代的BDE99 與HSA 的結(jié)合能(?ΔG=33.23 kJ/mol)大于鄰位溴的BDE100(?ΔG=32.14 kJ/mol). 類似地,間位溴BDE153(?ΔG=35.53 kJ/mol)也大于鄰位溴BDE154(?ΔG=34.40 kJ/mol). 與實(shí)驗(yàn)結(jié)果趨勢(shì)相同. 這可能是位于醚鍵的鄰位溴取代相比于間位溴取代增強(qiáng)了分子的剛性而降低了其柔性,產(chǎn)生了更大的位阻效應(yīng),限制了其結(jié)合的最佳結(jié)合構(gòu)象,從而使其與周邊氨基酸殘基作用力減弱. 而對(duì)于BDE209,雖然溴原子的增加有利于與HSA結(jié)合,但其分子中圍繞著醚鍵共有4個(gè)鄰位溴,剛性大柔性小,空間位阻顯著增大,大大阻礙了與HSA的結(jié)合,致使親和力變小. 而BDE209與HSA的親和力大于BDE28可能是溴原子個(gè)數(shù)和取代位置綜合作用的結(jié)果. 分子對(duì)接結(jié)果與利用SPR測(cè)定PBDEs與HSA相互作用的實(shí)驗(yàn)結(jié)論一致.

      Table 3 Theoretical and experimental thermodynamic parameters of the interactions between PBDEs and HSA

      根據(jù)?RTlnKA=ΔG和KA=1/KD,可得實(shí)驗(yàn)中PBDEs和HSA相互作用的熱力學(xué)參數(shù)吉布斯自由能ΔG.從表3 可見,無(wú)論是實(shí)驗(yàn)還是理論計(jì)算結(jié)果,各PBDEs 和HSA 相互作用的ΔG均小于0,表明它們與HSA的反應(yīng)可自發(fā)進(jìn)行. 實(shí)驗(yàn)ΔG值小于理論值,數(shù)據(jù)間有較好的相關(guān)性(R2=0.784),顯示兩種方法具有較好的一致性.

      3 結(jié) 論

      采用SPR和分子對(duì)接技術(shù)分析了8種PBDEs與HSA 的相互作用. 利用SPR技術(shù)不僅可通過動(dòng)態(tài)曲線直觀揭示不同PBDEs與HSA的相互作用,還可獲得相互作用過程的動(dòng)力學(xué)和熱力學(xué)參數(shù). 實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,PBDEs中溴原子的個(gè)數(shù)和取代位置對(duì)PBDEs與HSA作用有規(guī)律性的影響. 動(dòng)力學(xué)分析顯示同分異構(gòu)體結(jié)合力的差異可能主要源自結(jié)合速率的快慢. 分子對(duì)接結(jié)果顯示,8種PBDEs在HSA結(jié)合位點(diǎn)Site I處周邊功能區(qū)的氨基酸殘基類型存在差異. 范德華力和氫鍵在結(jié)合能的貢獻(xiàn)大于靜電力. 實(shí)驗(yàn)熱力學(xué)參數(shù)和計(jì)算模擬相互印證. 本研究基于HSA建立的方法同樣適用于PBDEs 與脂蛋白或受體蛋白等,為探索污染物與人體內(nèi)生物大分子蛋白的相互作用提供了技術(shù)途徑.

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