鹽脅迫下垂穗披堿草葉片轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)分析

梁書榮 趙政文

摘要：為探究垂穗披堿草在鹽脅迫下的分子響應(yīng)機(jī)制，將200 mmol/L NaCl處理0、6、12、24、36 h的垂穗披堿草葉片進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序。結(jié)果表明，共獲得轉(zhuǎn)錄本序列數(shù)量為462 235條，經(jīng)過注釋分析獲得單基因序列數(shù)量229 597條，這些差異基因涉及氨基酸的合成和代謝、淀粉和蔗糖代謝、類黃酮生物合成、碳代謝和植物激素信號(hào)傳導(dǎo)等途徑，可作為研究垂穗披堿草鹽脅迫響應(yīng)主要研究機(jī)制。熒光定量PCR（qRT-PCR）驗(yàn)證表明，挑選的7個(gè)差異表達(dá)基因的表達(dá)趨勢與測序結(jié)果相一致，說明測序結(jié)果準(zhǔn)確可靠。本研究測序結(jié)果為垂穗披堿草的基因功能分析、分子標(biāo)記開發(fā)和遺傳多樣性研究提供了理論參考。

關(guān)鍵詞：垂穗披堿草;鹽脅迫;轉(zhuǎn)錄組;基因差異表達(dá)

中圖分類號(hào)： S184? 文獻(xiàn)標(biāo)志碼： A

文章編號(hào)：1002-1302（2021）18-0065-07

收稿日期：2021-06-20

基金項(xiàng)目：國家現(xiàn)代牧草產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系建設(shè)專項(xiàng)（編號(hào)：CARS-34）。

作者簡介：梁書榮（1980—），女，河南鄭州人，碩士，講師，研究方向?yàn)橹参锷韺W(xué)。E-mail：lsrong2001@163.com。

我國北方大部分地區(qū)為干旱半干旱區(qū)，擁有著大面積不同程度的鹽堿地[1]，因此鹽分成為影響牧草在北方種植生長的主要因素之一。垂穗披堿草（Elymus nutans G.）屬于禾本科小麥族披堿草屬，為多年生叢生草本植物，具有一定的抗旱、耐寒能力，其野生類型廣泛分布于我國的東北、華北、西北和西南等地區(qū)[2-4]。垂穗披堿草草質(zhì)柔軟、適口性好，在生態(tài)保護(hù)、草場植被恢復(fù)和人工草地等方面也具有重要作用[5-6]。非生物因素鹽脅迫在一定程度上影響垂穗披堿草的推廣應(yīng)用，因此，本研究通過對(duì)鹽脅迫下垂穗披堿草不同時(shí)間段的轉(zhuǎn)錄組測序，闡述垂穗披堿草響應(yīng)鹽脅迫的分子過程，為垂穗披堿草耐鹽功能基因的挖掘、分子標(biāo)記開發(fā)以及培育耐鹽新品種提供借鑒。

鹽逆境條件下對(duì)植物產(chǎn)生的危害主要包括滲透脅迫、離子毒害和氧化脅迫等，嚴(yán)重時(shí)直接導(dǎo)致植物死亡[7-8]。植物在鹽脅迫環(huán)境下通過調(diào)節(jié)自身的基因表達(dá)、信號(hào)傳導(dǎo)、能量代謝及蛋白質(zhì)合成，響應(yīng)鹽脅迫帶來的危害以提高自身的耐鹽能力[9-10]。近幾年，眾多學(xué)者通過轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)（RNA-Seq）在分子生物學(xué)層面揭示基因表達(dá)調(diào)控，更好地闡釋植物的抗逆境能力。第2代測序技術(shù)已經(jīng)在黑麥草[11]、羊草[12]、狗牙根[13]以及金冕草[14]研究中得到應(yīng)用，通過獲得干旱、鹽脅迫下差異基因并進(jìn)行表達(dá)分析，闡述耐性響應(yīng)分子機(jī)制。目前，垂穗披堿草響應(yīng)鹽脅迫的研究主要在生理生化方面，而通過2代測序技術(shù)闡述脅迫下分子響應(yīng)機(jī)制少有報(bào)道。本研究采用第2代高通量測序技術(shù)分析鹽脅迫環(huán)境下垂穗披堿草葉片轉(zhuǎn)錄組信息，篩選獲得的差異基因進(jìn)行分析、驗(yàn)證，為深入研究垂穗披堿草對(duì)鹽脅迫的分子響應(yīng)機(jī)制和篩選耐鹽功能基因提供理論依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 材料與生長條件

以垂穗披堿草為試驗(yàn)材料，將籽粒飽滿種子消毒后放入培養(yǎng)皿中，并置于溫度26 ℃光照8 h和溫度16 ℃ 16 h黑暗的光照培養(yǎng)箱內(nèi)進(jìn)行種子萌發(fā)。當(dāng)種子萌發(fā)且幼苗長到7～8 cm時(shí)，移栽至裝有蛭石與珍珠巖按體積比3 ∶1混合帶有小孔的花盆（20 cm×16 cm×13 cm）中，每盆3～5株置于植物工廠溫室。用1/2 Hoagland 營養(yǎng)液澆灌，每3 d換1次，待幼苗長到4葉期時(shí)挑選長勢一致、大小均勻的幼苗小心移栽到裝有1/2 Hoagland營養(yǎng)液的三角瓶中恢復(fù)3 d，然后在含有200 mmol/L NaCl的 1/2 Hoagland 營養(yǎng)液處理下脅迫共設(shè)5個(gè)處理，分別為CK：0 h、A：6 h、B：12 h、C：24 h、D：36 h。各處理至少10株幼苗，3次重復(fù)，對(duì)脅迫0、6、12、24、36 h的垂穗披堿草葉片取樣，經(jīng)液氮處理后，放置于 -80 ℃ 超低溫冰箱保存?zhèn)溆谩?/p>

1.2 RNA-Seq樣品檢測和文庫構(gòu)建

使用全式金植物RNA提取試劑盒（ER301-01）來提取植物樣品的 RNA，分別提取垂穗披堿草對(duì)照組CK和處理組A、B、C、D葉片中的RNA。所提取的RNA使用NanoDropND2000分光光度計(jì)檢查總RNA的濃度和質(zhì)量。經(jīng)提取合格的RNA送至測序公司進(jìn)一步確認(rèn)質(zhì)量，通過檢測合格后的RNA使用帶有Oligo（dT）磁珠富集真核生物mRNA。富集完成后將mRNA打斷成短片段，以mRNA為模板進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄合成cDNA。通過AMPure XP beads對(duì)雙鏈cDNA進(jìn)行片段大小選擇，最后進(jìn)行PCR擴(kuò)增以構(gòu)建cDNA文庫。

1.3 Illumina測序及測序數(shù)據(jù)的分析

1.3.1 測序原始數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估與測序數(shù)據(jù)質(zhì)控

文庫質(zhì)檢合格后，高通量測序平臺(tái)上機(jī)測序。經(jīng) CASAVA 軟件通過序列堿基識(shí)別后轉(zhuǎn)換為原始序列（sequenced reads）即raw datas。為保證信息分析質(zhì)量，使用Trimmomatic軟件（v0.33）去除含有接頭（adapter）的reads;去除無法確定堿基信息且比例大于10%的reads;再去除低質(zhì)量reads（質(zhì)量值Q≤20的堿基數(shù)占整條read的50%以上的reads），最后得到整潔序列（clean datas），后期分析都基于clean datas，其結(jié)果以FASTQ文件格式存儲(chǔ)[15]。

1.3.2 轉(zhuǎn)錄本拼接

采用Trinity對(duì)clean reads進(jìn)行拼接[16]。使用Trinity常用軟件Corset進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本分析，根據(jù)轉(zhuǎn)錄本間shared reads將轉(zhuǎn)錄本聚合為許多cluster，在與不同樣本間的轉(zhuǎn)錄本表達(dá)水平及H-Cluster算法相結(jié)合，把樣本之間有差異表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本從原cluster分離，建立新的cluster，最終每個(gè)cluster被定義為“Gene”。

1.3.3 基因功能注釋及差異表達(dá)富集分析

為了獲取研究的垂穗披堿草基因序列與本物種基因的功能信息，進(jìn)行7個(gè)公共數(shù)據(jù)庫的基因功能注釋，包括Nr、Nt、SwissProt、InterPro、COG、GO和KEGG數(shù)據(jù)庫。使用RSEM軟件[17]以Trinity拼接得到的轉(zhuǎn)錄組作為參考序列（ref），將每個(gè)樣品的clean reads對(duì)ref做mapping。對(duì)于有生物學(xué)重復(fù)的樣品，采用DESeq進(jìn)行分析，篩選閾值為p-adjusted<0.05篩選差異基因。GO富集分析方法為GOseq[18]，此方法基于Wallenius non-central超幾何分布。生物體內(nèi)差異基因行使不同的生物學(xué)功能，通過Pathway富集分析能確定顯著差異表達(dá)基因參與的最主要代謝途徑和信號(hào)接受、傳導(dǎo)途徑。KEGG作為Pathway相關(guān)的主要公共數(shù)據(jù)庫，不僅提供了所有可能的代謝途徑，而且全面注解了相關(guān)酶催化反應(yīng)，是分析生物體內(nèi)代謝和代謝網(wǎng)絡(luò)研究主要工具。

1.4 PCR轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)驗(yàn)證

為驗(yàn)證垂穗披堿草測序結(jié)果的準(zhǔn)確性，隨機(jī)選擇7個(gè)差異表達(dá)基因進(jìn)行qRT-PCR 分析。采用TransScript One-Step gDNA Removal and cDNA Synthesis SuperMix反轉(zhuǎn)錄試劑盒，將提取對(duì)照組和鹽脅迫處理組葉片的總RNA反轉(zhuǎn)錄合成cDNA，采用Primer Premier 5 軟件設(shè)計(jì)熒光定量引物（表1），并進(jìn)行qRT-PCR 分析。具體方法參照TransStart Top Green qPCR SuperMix說明書，對(duì)每一樣品進(jìn)行3次重復(fù)，使用2-ΔΔCT相對(duì)定量法定量計(jì)算相對(duì)表達(dá)量。

2 結(jié)果與分析

2.1 測序數(shù)據(jù)分析

本研究通過第2代高通量測序技術(shù)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序，對(duì)15個(gè)樣本測序結(jié)果（表2），分為5個(gè)組，對(duì)照組CK和處理組A、B、C、D的Raw Reads分別在53 860 050、51 940 101、53 568 005、54 404 075和 50 415 361 條。經(jīng)過質(zhì)控，去除接頭、低質(zhì)量的序列后，得到clean reads都在52 466 408、50 294 809、51 932 305、52 480 019 和48 942 645條。各樣本得到的clean reads的量占raw reads的比例都大于96%，過濾后序列長度都在7.00 G左右，且Q20和Q30分別都在97%和93%，GC含量在55.32%～56.42%，說明測序質(zhì)量較高，達(dá)到建庫要求。數(shù)據(jù)經(jīng)Trinity拼接后，獲得轉(zhuǎn)錄本數(shù)量為462 235條（表3），總長度為629 125 904堿基（nt），N50、N75、N90分別是1 822、1 016、634 bp，>2 000 bp的轉(zhuǎn)錄本數(shù)量為91 035條，<300 bp的轉(zhuǎn)錄本數(shù)量為17 568條;Unigene共229 597條，總長度是215 965 102 nt，N50、N75和N90分別是1 138、702、412 bp，>2 000 bp的轉(zhuǎn)錄本數(shù)量為17 018條，<300 bp的轉(zhuǎn)錄本數(shù)量為 16 337 條，拼接組裝統(tǒng)計(jì)結(jié)果比較完整，測序結(jié)果較好。

2.2 差異基因功能注釋與表達(dá)分析

對(duì)預(yù)測的Unigene進(jìn)行基因注釋（圖1），將Unigene的序列分別與7個(gè)主要的生物信息數(shù)據(jù)庫，如NR、KO、NT等進(jìn)行基因信息注釋比對(duì)，獲得了229 597條注釋信息，其中，獲得最多的注釋信息是NR數(shù)據(jù)庫，占全部基因的58.36%;最少注釋信息是KO數(shù)據(jù)庫，占18.38%（圖1）。在濃度為 200 mmol/L NaCl脅迫下，垂穗披堿草經(jīng)6、12、24、36 h 脅迫后與對(duì)照CK的樣本unigene進(jìn)行差異表達(dá)基因分析。垂穗披堿草經(jīng)6 h脅迫后與對(duì)照CK相比，差異基因有7 865個(gè)（圖2-a），其中上調(diào)基因有4 808個(gè)，下調(diào)基因有3 057個(gè);12 h脅迫后與對(duì)照CK相比，有13 681個(gè)差異基因，其中有8 060個(gè)上調(diào)表達(dá)基因，有5 621個(gè)下調(diào)表達(dá)基因（圖2-b）;24 h脅迫后與對(duì)照CK相比有6 934個(gè)差異基因，其中上調(diào)表達(dá)基因有3 589個(gè)，下調(diào)表達(dá)基因有3 345個(gè)（圖2-c）;鹽脅迫36 h后與對(duì)照CK相比有6 633個(gè)差異表達(dá)基因，其中上調(diào)為3 485個(gè)基因，下調(diào)表達(dá)基因有3 148個(gè)（圖2-d）。

2.3 差異表達(dá)基因的GO功能注釋

GO（gene ontology，GO） 是基因功能注釋分類標(biāo)準(zhǔn)化體系，GO分為分子功能（molecular function）、生物過程（biological process）和細(xì)胞組成（cellular component）? 3個(gè)Ontology。基于GO數(shù)據(jù)庫將對(duì)照組與處理組的Unigenes進(jìn)行注釋和分析，分析結(jié)果前30個(gè)富集最顯著的GO term（圖3）。分類注釋結(jié)果表明，在生物過程分類中，注釋數(shù)量最多的是碳水化合物代謝過程，其次是響應(yīng)脅迫過程，最低的為糖蛋白分解代謝過程。在細(xì)胞組分分類注釋中，結(jié)果前30個(gè)富集最顯著共有6個(gè)，依次為葉綠體、質(zhì)、質(zhì)體基質(zhì)、葉綠體基質(zhì)、核糖核蛋白復(fù)合物和轉(zhuǎn)錄因子復(fù)合物。在分子功能中顯著性最高的為水解酶活性（水解O-糖基化合物），數(shù)量最低的為天冬酰胺酶活性。

2.4 差異表達(dá)基因的KEGG功能分析

KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）是系統(tǒng)分析基因信息的數(shù)據(jù)庫，是一個(gè)整體網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行研究基因功能。以對(duì)照組和處理組之間的差異基因進(jìn)行KEGG代謝通路分析，獲得5 191個(gè)差異基因，注釋到108個(gè)代謝通路。通過進(jìn)一步統(tǒng)計(jì)分析的代謝通路，篩選出鹽脅迫下垂穗披堿草前20條富集最顯著的pathway（圖4），主要有次生代謝物的生物合成、碳代謝、氨基酸的生物合成、淀粉和蔗糖代謝、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)中的蛋白質(zhì)加工、糖酵解/糖異生和氨基酸的代謝等。其中，差異基因注釋到pathway數(shù)量最多的是次生代謝物的生物合成，差異表達(dá)基因?yàn)?83個(gè);其次是碳代謝通路途徑，差異表達(dá)基因?yàn)?94個(gè)。從次生代謝物的生物合成、淀粉和蔗糖代謝、糖酵解/糖異生、泛醌和其他萜類化合物-醌生物合成、卟啉和葉綠素代謝、類黃酮生物合成、氨基酸的生物合成及植物激素信號(hào)傳導(dǎo)等代謝通路中篩選出與垂穗披堿草響應(yīng)鹽脅迫的候選基因。

2.5 差異基因及qRT-PCR驗(yàn)證

為了證實(shí)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的可靠性，選取7個(gè)差異表達(dá)基因，其中，包括上調(diào)4個(gè)基因和下調(diào)3個(gè)基因，利用qRT-PCR儀以Actin為內(nèi)參進(jìn)行對(duì)照組和處理組基因的表達(dá)量分析。通過與RNA-Seq數(shù)據(jù)結(jié)果比較分析，線性回歸分析得到正相關(guān)系數(shù)（r=0.852 5），表明這些選擇的7個(gè)差異基因在轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中的表達(dá)與qRT-PCR結(jié)果吻合良好（圖5）。

3 討論與結(jié)論

植物在整個(gè)生長發(fā)育過程中不斷受到外界環(huán)境因素的制約和影響，當(dāng)外界環(huán)境鹽分高于植物耐受閾值時(shí)，會(huì)對(duì)植物造成不良影響甚至死亡。高濃度鹽分對(duì)植物造成2種主要的脅迫影響：滲透脅迫（由水分利用效率低引起）和離子毒害（主要是Na+）（由細(xì)胞內(nèi)離子穩(wěn)態(tài)紊亂引起）[19]。植物為適應(yīng)鹽脅迫條件會(huì)響應(yīng)調(diào)節(jié)生理生化變化形成復(fù)雜的防御機(jī)制，包括維持細(xì)胞膜的完整性、清除活性氧 （ROS）、滲透調(diào)節(jié)和離子跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)，以及恢復(fù)細(xì)胞離子平衡，都是致力于降低鹽度造成的滲透性或離子損傷[9，19]。

鹽脅迫下植物體內(nèi)會(huì)發(fā)生一系列生化反應(yīng)，導(dǎo)致植物體內(nèi)積累大量的活性氧，這些活性氧大多具有高活性和強(qiáng)度性，會(huì)引起蛋白氧化、DNA損傷及脂類的過氧化，對(duì)細(xì)胞結(jié)構(gòu)產(chǎn)生巨大影響[20-22]。植物為了清除活性氧帶來的損傷，植物細(xì)胞或細(xì)胞器如葉綠體、線粒體和過氧化物酶體會(huì)啟動(dòng)活性氧清除抗氧化防御系統(tǒng)。該系統(tǒng)的主要成分包括一些能清除活性氧的酶類，如過氧化氫酶、超氧化物歧化酶、過氧化物酶、抗壞血酸過氧化物酶等[22-23]。植物體內(nèi)次生代謝物質(zhì)類黃酮是調(diào)控植物生長和抗逆性過程的主要物質(zhì)，具有抗氧化和ROS清除功能。研究表明，植物體內(nèi)類黃酮在3個(gè)關(guān)鍵酶苯丙氨酸解氨酶基因（PAL）、肉桂酸羥化酶基因（4CL）和4-4-香豆酰輔酶A連接酶基因（C4H）作用下由苯丙氨酸生成中間產(chǎn)物4-香豆酰CoA，再由查爾酮合成酶基因（CHS）催化生成查爾酮[24]。李爽等研究鹽脅迫下中亞濱藜通過提高類黃酮含量，降低根系中的丙二醛（MDA）和過氧化氫（H2O2）含量，緩解了鹽脅迫對(duì)幼苗的影響提高了耐鹽性[25]。在鹽脅迫下垂穗披堿草類黃酮生物合成途徑和苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸生物合成途徑及次生代謝物的生物合成途徑，在KEGG pathway富集分析中呈現(xiàn)顯著性，說明垂穗披堿草為抵御鹽脅迫危害時(shí)產(chǎn)生了次生代謝產(chǎn)物類黃酮。

脫落酸（abscisic acid，簡稱ABA）作為一種植物激素調(diào)控植物的生長而且在植物抵抗環(huán)境脅迫中起著重要的作用，具有調(diào)節(jié)植物細(xì)胞內(nèi)水分平衡和抗?jié)B透脅迫的功能[13，26]。研究表明，鹽脅迫下擬南芥在外源ABA處理下誘導(dǎo)激活大量的ABA合成基因，其抗?jié)B透脅迫能力增強(qiáng)，而ABA缺失突變體的耐鹽性顯著下降，其滲透能力比野生植株敏感[27]。在ABA響應(yīng)鹽脅迫調(diào)控途徑中，ABA將識(shí)別到的響應(yīng)鹽脅迫信號(hào)傳遞給下游轉(zhuǎn)錄因子（如MYB、WRKY、NAC、bZIP等），轉(zhuǎn)錄因子再與下游的響應(yīng)脅迫基因順式作用元件相結(jié)合識(shí)別，最終使得響應(yīng)鹽脅迫基因差異表達(dá)植株耐鹽性增強(qiáng)[28-29]。Wang等研究表明，鹽脅迫下擬南芥種子萌發(fā)過程中，響應(yīng)鹽脅迫的ABA合成和信號(hào)傳導(dǎo)相關(guān)基因直接負(fù)調(diào)控MYB1轉(zhuǎn)錄因子[30]。唐立酈等報(bào)道了在轉(zhuǎn)基因紫花苜蓿中過表達(dá)GsWRKY20能夠減少鹽對(duì)苜蓿細(xì)胞內(nèi)離子平衡的影響，從而提高苜蓿耐鹽性[31]。眾多研究也發(fā)現(xiàn)，鹽脅迫下紫花苜蓿、草地早熟禾、狗牙根等，植物體內(nèi)NAC轉(zhuǎn)錄因子受鹽脅迫的誘導(dǎo)顯著表達(dá)[32]。通過對(duì)鹽脅迫下垂穗披堿草差異表達(dá)基因進(jìn)行KEGG pathway富集分析中發(fā)現(xiàn)，與植物激素信號(hào)傳導(dǎo)相關(guān)的所有基因共104條。

在植物中，SOS途徑即關(guān)于調(diào)控植物體內(nèi)離子平衡和植物響應(yīng)鹽脅迫信號(hào)傳導(dǎo)途徑逐漸被重視。SOS信號(hào)傳導(dǎo)途徑包括3個(gè)SOS家族關(guān)鍵基因（如SOS1、SOS2、SOS3），SOS1、SOS2基因是植物耐鹽性的關(guān)鍵基因，研究發(fā)現(xiàn)擬南芥SOS1和SOS2突變體對(duì)高濃度的Na+和低濃度的K+敏感性較強(qiáng)[33-34]。SOS1功能的核心區(qū)域N端有12個(gè)膜轉(zhuǎn)運(yùn)的結(jié)構(gòu)域，具有高度的疏水性，核心區(qū)域與細(xì)菌、真菌的質(zhì)膜Na+/H+反轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白有相似性[35]。SOS2基因編碼一個(gè)絲氨酸/蘇氨酸型的蛋白激酶，N端的催化激活結(jié)構(gòu)域類似于AMPK激酶，植物正常情況下其表達(dá)量低，鹽脅迫處理后植物根系內(nèi)SOS2表達(dá)量迅速升高[36]。SOS3基因編碼一個(gè)具有EF手型結(jié)構(gòu)的與酵母鈣調(diào)磷酸酶B亞基的Ca2+結(jié)合蛋白，植物細(xì)胞受到高濃度的Na+脅迫時(shí)，細(xì)胞膜上的受體將信號(hào)傳遞給細(xì)胞內(nèi)，使得Ca2+濃度增加，SOS3活性激活與SOS2形成一種復(fù)合體（即SOS3/SOS2復(fù)合體），使得SOS2蛋白激酶激活。SOS3/SOS2復(fù)合體一方面通過磷酸化細(xì)胞膜上的Na+/H+反向轉(zhuǎn)運(yùn)體SOS1，將細(xì)胞內(nèi)過多的Na+排出細(xì)胞膜外;另一方面還可以激活液泡膜上的Na+/H+反向轉(zhuǎn)運(yùn)體AtNAX1使其將細(xì)胞內(nèi)過多的Na+區(qū)隔化儲(chǔ)存起來[33，35]。二者結(jié)合共同調(diào)節(jié)細(xì)胞質(zhì)內(nèi)的鹽濃度，使細(xì)胞內(nèi)離子穩(wěn)態(tài)平衡，SOS途徑在植物抗鹽脅迫方面起著重要的作用。垂穗披堿草在鹽脅迫下的差異基因KEGG pathway分析中，與甘氨酸、絲氨酸和蘇氨酸代謝途徑相關(guān)的共76條，在前20條KEGG代謝通路富集分析中呈顯著變化，并且注釋到8個(gè)上調(diào)基因參與了垂穗披堿草的鹽脅迫。

通過測序數(shù)據(jù)分析得到，Raw Reads經(jīng)質(zhì)控，分別得到7.86G（CK）、7.55G（A）、7.80G（B）、7.87G（C）、7.35G（D）的clean bases。通過差異基因篩選共得到，脅迫后6 h時(shí)差異基因有7 865個(gè)，上調(diào)基因有4 808個(gè)，下調(diào)基因有3 057個(gè);12 h脅迫后有13 681個(gè)差異基因，其中有8 060個(gè)上調(diào)表達(dá)基因，有5 621個(gè)下調(diào)表達(dá)基因;24 h脅迫后有6 934個(gè)差異基因，上調(diào)表達(dá)基因有3 589個(gè)，下調(diào)表達(dá)基因有3 345個(gè);鹽脅迫36 h后有6 633個(gè)差異表達(dá)基因，上調(diào)為3 485個(gè)基因，下調(diào)表達(dá)基因有3 148個(gè)。通過KEGG pathway分析，與葉綠素代謝、類黃酮生物合成、絲氨酸和蘇氨酸代謝、碳代謝和植物激素信號(hào)傳導(dǎo)等可以作為分析垂穗披堿草響應(yīng)鹽脅迫機(jī)制研究的主要內(nèi)容，揭示垂穗披堿草葉片響應(yīng)鹽脅迫的分子機(jī)制。

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