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      基于網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)探討真武湯治療糖尿病腎病的作用機(jī)制

      2021-10-16 10:58:46杜廣華
      關(guān)鍵詞:真武湯靶點(diǎn)通路

      劉 武,丁 寧,姜 赫,杜廣華,宋 雙,張 詔

      (山東中醫(yī)藥大學(xué)中醫(yī)學(xué)院,山東 濟(jì)南 250355)

      糖尿病腎病(diabetic kidney disease,DKD)的發(fā)病率約占糖尿病患者總發(fā)病人數(shù)的40%,是一種糖尿病微血管并發(fā)癥,是導(dǎo)致終末期腎病的最常見(jiàn)因素[1,2]。據(jù)統(tǒng)計(jì),在2015年,全球大約有4.15 億糖尿病患者,預(yù)計(jì)到2040年,糖尿病患者將上升至6.42 億人。1990~2012年,DKD導(dǎo)致的死亡率達(dá)到94%,是造成全球疾病負(fù)擔(dān)的重要原因之一,因此,對(duì)DKD的治療至關(guān)重要[1]。DKD發(fā)生機(jī)制已被證實(shí)與炎癥反應(yīng)、膜結(jié)合Toll樣受體、核苷酸結(jié)合寡聚域等有關(guān),受Wnt信號(hào)通路、TGF-beta信號(hào)通路以 及PI3K/AKT等 多 種 信 號(hào) 通 路 的 調(diào) 控[2,3]。目前,對(duì)DKD的治療尚無(wú)特效措施,主要是對(duì)癥治療,即控制血糖、血壓、血脂、蛋白尿等,至其發(fā)展到終末期腎衰竭則選擇腎臟替代。現(xiàn)已有大量臨床研究發(fā)現(xiàn),中醫(yī)中藥在治療DKD,延緩腎臟病理進(jìn)展方面起到了重要作用,具有較好的療效和安全性[4,5]。

      真武湯源自張仲景的《傷寒論》,其藥物組成為附子、茯苓、白術(shù)、白芍、生姜,整方具有溫陽(yáng)利水之效,現(xiàn)代醫(yī)學(xué)擴(kuò)展其應(yīng)用于臨床多種疾病的治療,其治療腎病綜合征、慢性腎小球腎炎、DKD等腎臟疾病的療效顯著[6]。臨床研究發(fā)現(xiàn),真武湯對(duì)于痰瘀互結(jié)證2型糖尿病腎病患者具有良好的臨床療效,且能夠改善血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子水平[7]。此外,動(dòng)物實(shí)驗(yàn)證明,真武湯能夠降低血清胰島素樣生長(zhǎng)因子1(insulin-like growth factor1,IGF-1)水平,使組織中IGF-1明顯下調(diào),以保護(hù)腎臟功能[8,9]。真武湯治療DKD療效顯著,但是真武湯由五種藥物組成,化學(xué)成分復(fù)雜,對(duì)于其治療DKD的靶點(diǎn)和作用機(jī)制尚未明確。而網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)能夠系統(tǒng)地反映藥物對(duì)疾病網(wǎng)絡(luò)的干預(yù)機(jī)制,體現(xiàn)中醫(yī)藥復(fù)方的多成分、多靶點(diǎn)、多途徑的作用特征,有利于揭示中醫(yī)藥復(fù)方的科學(xué)性[10]。因此,本文采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的方法,通過(guò)構(gòu)建“中藥-化學(xué)成分-疾病靶點(diǎn)”網(wǎng)絡(luò),以探究真武湯治療DKD的作用機(jī)制,為臨床應(yīng)用真武湯提供證據(jù)。

      1 資料與方法

      1.1 真武湯中藥物及其潛在靶點(diǎn)預(yù)測(cè)

      利用中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)(Traditional Chinese Medicine System Pharmacology,TCMSP)數(shù)據(jù)庫(kù)分別檢索真武湯中單味藥:茯苓、白芍、生姜、白術(shù)、附子的化學(xué)成分,以口服生物利用度(OB)≥30%,且類藥性(DL)≥0.18 為條件進(jìn)行篩選,得出相應(yīng)有效成分化合物信息。利用UniProt數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)所獲得的成分靶點(diǎn)信息進(jìn)行規(guī)范統(tǒng)一。

      1.2 DKD的疾病靶點(diǎn)收集

      在人類基因組注釋數(shù)據(jù)庫(kù)(Genecards)、人類孟德?tīng)栠z傳數(shù)據(jù)庫(kù)(OMIM)、Therapeutic Target Databas數(shù) 據(jù) 庫(kù)(TTD)中 以“diabetic nephropathy”、“diabetic kidney disease”為檢索詞,獲取DKD的疾病相關(guān)靶點(diǎn)。

      1.3 真武湯治療DKD靶點(diǎn)篩選

      利用生物信息學(xué)與進(jìn)化基因組學(xué)網(wǎng)(http://bioinformatics.psb.ugent.be/)將真武湯有效成分靶點(diǎn)與DKD疾病靶點(diǎn)進(jìn)行分析合并,繪制Venn圖,將其交集作為作用于方藥對(duì)疾病的直接作用靶點(diǎn)。

      1.4 蛋白相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建

      將交集所得到的靶點(diǎn)上傳至String數(shù)據(jù)庫(kù),物種選擇“Homo sapiens”,設(shè)置最低相互作用閾值為“medium confidence(0.400)”,余為默認(rèn)值,構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)圖。

      1.5 真武湯成分-DKD-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建

      將真武湯中各味中藥及其化學(xué)成分、作用靶點(diǎn)以及DKD疾病靶點(diǎn)上傳至Cytoscape3.7.2 軟件中,構(gòu)建中藥-化學(xué)成分-疾病靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖。

      1.6 GO富集分析與KEGG通路分析

      將交集所得到的靶點(diǎn)上傳至DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行GO富集分析,包括生物過(guò)程(biological process,BP)、細(xì)胞組分(cellular components,CC)、分子 功 能(molecular function,MF)及KEGG通 路分析。

      2 結(jié)果

      2.1 真武湯藥物活性化學(xué)成分及對(duì)應(yīng)靶點(diǎn)

      通過(guò)TCMP數(shù)據(jù)庫(kù)搜索真武湯中活性化學(xué)成分,根據(jù)所設(shè)置OB≥30%,DL≥0.18 為條件篩選,初步獲取白芍活性化學(xué)成分13個(gè),附子21個(gè),白術(shù)7個(gè),茯苓15個(gè),生姜5個(gè),去重后共得到59個(gè)化學(xué)成分。在TCMP數(shù)據(jù)庫(kù)中共搜索得到對(duì)應(yīng)靶點(diǎn)281個(gè),運(yùn)用Uniprot進(jìn)行蛋白標(biāo)準(zhǔn)化命名,最終去重后得到靶蛋白103個(gè)。見(jiàn)表1。

      表1 真武湯主要活性成分Tab1 Main active constituents of Zhenwu Tang

      2.2 DKD相關(guān)靶點(diǎn)的獲取

      通過(guò)Genecards數(shù)據(jù)庫(kù)搜索,收集到DKD相關(guān)靶點(diǎn)11247個(gè),DN相關(guān)靶點(diǎn)3082個(gè),設(shè)定Score大于中位數(shù)的目標(biāo)靶點(diǎn)為DKD潛在靶點(diǎn),最終篩選獲得DKD相關(guān)靶點(diǎn)1408個(gè),DN相關(guān)靶點(diǎn)1541個(gè);通過(guò)OMIM數(shù)據(jù)庫(kù)搜索收集到DKD相關(guān)靶點(diǎn)475個(gè),DN相關(guān) 靶 點(diǎn)252個(gè);通過(guò)TTD數(shù)據(jù) 庫(kù)搜索收 集到DN相 關(guān)靶點(diǎn)19個(gè),DKD相 關(guān)靶點(diǎn)1個(gè),合并去重后最終得到疾病相關(guān)靶點(diǎn)2569個(gè)。

      2.3 真武湯靶點(diǎn)與DKD靶點(diǎn)的篩選與PPI網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建

      將真武湯獲得的靶點(diǎn)基因與DKD潛在靶點(diǎn)取交集后,獲得共用靶點(diǎn)66個(gè),制作韋恩圖,見(jiàn)圖1。將獲得的靶點(diǎn)上傳至String數(shù)據(jù)庫(kù),獲得蛋白相互作用PPI網(wǎng)絡(luò),見(jiàn)圖2。在PPI網(wǎng)絡(luò)圖中共有66個(gè)節(jié)點(diǎn),505條邊,平均degree值為15.3 。通過(guò)Cytoscape3.7.2 中的cytoHubba插件以MCC算法對(duì)PPI網(wǎng)絡(luò)中各個(gè)節(jié)點(diǎn)進(jìn)行分析,篩選排名前10位的靶點(diǎn),如圖3。

      圖1 真武湯-DKD靶點(diǎn)韋恩圖Fig1 Venn diagram of Zhenwu Tang-DKD targets

      圖2 真武湯-DKD靶點(diǎn)PPI網(wǎng)絡(luò)Fig2 PPI network of Zhenwu Tang-DKD targets

      圖3 基于MCC算法的前十位Hub基因Fig3 Top10hub genes based on MCC algorithm

      2.4 真武湯成分-DKD-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

      利用Cytoscape3.7.2 構(gòu)建真武湯中中藥各化學(xué)成分-DKD-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖,如圖4所示。運(yùn)用Cytoscape3.7.2 中的NetworkAnalyzer分析得出各參數(shù)的degree值,degree值排名前5的化學(xué)成分是:β-谷甾 醇(β-sitosterol)、山 柰 酚(kaempferol)、豆 甾 醇(stigmasterol)、常春藤皂苷元(hederagenin)、3β-乙酰氧基蒼術(shù)酮(3β-acetoxyatractylone)。

      圖4 真武湯成分-DKD-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖Fig4 Network of Zhenwu Tang components-DKD-targets

      2.5 GO富集分析和KEGG通路分析

      將上述66個(gè)靶點(diǎn)導(dǎo)入至DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行GO富集分析和KEGG通路分析,真武湯參與的生物過(guò)程(BP)包括藥物反應(yīng)、雌二醇反應(yīng)、脂多糖反應(yīng)等,參與膜筏、細(xì)胞膜穴樣凹陷、質(zhì)膜、細(xì)胞外空隙等細(xì)胞組分(CC),參與酶結(jié)合、蛋白同源二聚化、血紅素結(jié)合、氧化還原酶活動(dòng)等分子功能(MF),對(duì)BP、CC、MF中排名前十的條目繪制氣泡圖,見(jiàn)圖5~7。KEGG通路分析最終獲得100條信號(hào)通路,主要涉及hepatitis B、TNF信號(hào)通路、腫瘤信號(hào)通路等,對(duì)排名前十的條目繪制氣泡圖,見(jiàn)圖8。

      圖5 GO生物過(guò)程富集分析Fig5 GO biological process enrichment analysis

      圖6 GO細(xì)胞組分富集分析Fig6 GO cellular component enrichment analysis

      圖8 KEGG通路分析Fig8 KEGG pathway analysis

      圖7 GO分子功能富集分析Fig7 GO molecular function enrichment analysis

      3 討論

      根據(jù)DKD的臨床表現(xiàn)特點(diǎn),中醫(yī)將其歸為“水腫”、“尿濁”等范疇,本病的發(fā)生多因飲食不節(jié)、情志失調(diào)、勞倦內(nèi)傷、先天稟賦不足等所致,由消渴病發(fā)展而來(lái)。如《圣濟(jì)總錄》所言:“消渴病久,腎氣受傷”、“此病久不愈,能為水腫癰疽之病”,消渴病日久傷及腎氣,腎氣受傷,精微不固,流失則成尿濁,水液代謝失常,犯溢肌膚又發(fā)為水腫,最終發(fā)展為消渴病腎病。本病與肺、脾、腎三臟相關(guān),而多從脾腎立論,為本虛標(biāo)實(shí)之癥,以脾腎虧虛為本,瘀血、痰濁、濕熱等邪氣稽留為標(biāo)?,F(xiàn)代醫(yī)家對(duì)DKD的認(rèn)識(shí)不斷發(fā)展,南征[11]認(rèn)為氣虛、陽(yáng)虛、痰凝、氣滯、瘀血等多種病理因素相互作用、互為標(biāo)本,導(dǎo)致臟腑氣機(jī)失調(diào),陰陽(yáng)失衡,其中毒邪寓于諸邪之中,為共性因素,最終提出毒損腎絡(luò)是消渴腎病的病機(jī)關(guān)鍵。高亞斌等[12]認(rèn)為內(nèi)熱為DKD的始動(dòng)因素,內(nèi)熱日久傷及血分,化瘀生痰,郁結(jié)腎絡(luò),形成癥瘕,DKD的核心病機(jī)即為“內(nèi)熱致癥”。

      真武湯可用于DKD脾腎陽(yáng)虛,水濕內(nèi)蘊(yùn)之證,以溫補(bǔ)脾腎之陽(yáng),化濁利水。方中以附子溫腎陽(yáng),暖脾土,用為君藥,使水濕得以運(yùn)化。以茯苓、白術(shù)為臣藥,行健脾燥濕、滲濕之功,使?jié)裥白孕”愣?。白芍為佐,《神農(nóng)本草經(jīng)》謂“利小便”,在此利小便以行水氣,且能夠制約君藥附子之燥烈,舒筋緩急止痛。生姜亦能溫陽(yáng)散寒,以助附子散水濕。本研究通過(guò)對(duì)真武湯中5味中藥活性化學(xué)成分進(jìn)行分析,構(gòu)建真武湯活性化學(xué)成分-疾病-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)圖,得到網(wǎng)絡(luò)中關(guān)鍵化學(xué)成分為β-谷甾醇(β-sitosterol)、山柰酚(kaempferol)、豆甾醇(stigmasterol)、常春藤皂苷元(hederagenin)、3β-乙酰氧基蒼術(shù)酮(3βacetoxyatractylone)。β-谷甾醇是一種植物固醇,與膽固醇結(jié)構(gòu)相似,能夠參與多種細(xì)胞信號(hào)通路進(jìn)程,包括細(xì)胞的凋亡、增殖、轉(zhuǎn)移、炎癥等[13],且具有抗糖尿病、降血脂、抗癌等多種作用[14]。Babu等[15]實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)β-谷甾醇與受體后胰島素信號(hào)分子β-arrestin-2,c-Src和IRS-1以及Akt蛋白具有高親和力,能夠減弱胰島素抵抗,減輕高脂飲食所引起的脂肪組織有害變化。豆甾醇與β-谷甾醇均為甾醇類提取物,在葡萄糖利用及肝糖原降解途徑方面起到重要作用,研究表明,豆甾醇與β-谷甾醇均能夠使糖異生酶及丙酮酸激酶恢復(fù)正常水平,使糖尿病大鼠的β細(xì)胞明顯再生[16]。山柰酚具有抗氧化、抗炎、抗病毒、抗菌以及心臟保護(hù)等功能,是一種常見(jiàn)的飲食類黃酮化合物[17],研究發(fā)現(xiàn)山柰酚能夠抑制高血糖環(huán)境下NRK-52E、RPTEC細(xì)胞中RhoA的活化并降低氧化應(yīng)激反應(yīng)、促炎性因子的表達(dá)以及延緩纖維化形成[18]。研究表明[19],常春藤皂苷元亦具有抗氧化、抗炎、抗血小板凝集、保肝等作用,常春藤皂苷元能夠抑制IL-6、TNF-α以及COX-2等促炎細(xì)胞因子的mRNA表達(dá),且能夠通過(guò)促進(jìn)AKT、ERK的激活以阻止p38MAPK的激活,參與抑制細(xì)胞凋亡進(jìn)程。

      根據(jù)PPI網(wǎng)絡(luò)結(jié)果顯示,本研究推測(cè)真武湯治療DKD的關(guān)鍵 靶點(diǎn)主 要包括TNF、AKT1、IL6、PTGS2、MAPK8等。既往研究發(fā)現(xiàn),DKD的發(fā)病機(jī)制與炎癥因子的介導(dǎo)關(guān)系密切[20],本研究所得到的關(guān)鍵靶點(diǎn)中,TNF-α、IL6是參與炎癥反應(yīng)的炎性細(xì)胞因子,可以由脂肪細(xì)胞分泌,能夠參與能量代謝、葡萄糖和脂質(zhì)代謝等,在生殖、心血管以及免疫系統(tǒng)的調(diào)節(jié)方面起到重要作用[21]。高血糖誘導(dǎo)的氧化應(yīng)激反應(yīng)能夠增加內(nèi)皮細(xì)胞的損傷,增加微血管通透性,并刺激炎性細(xì)胞因子TNF-α、IL6等的分泌以促進(jìn)加重炎癥反應(yīng)[22]。AKT1是一種絲氨酸/蘇氨酸激酶,能夠調(diào)節(jié)胰島素代謝。研究表明[23,24],AKT1是PI3K/AKT通 路 的重要因 子,PI3K/Akt細(xì)胞信號(hào)通路在調(diào)節(jié)葡萄糖穩(wěn)態(tài)、脂質(zhì)代謝、蛋白質(zhì)合成以及細(xì)胞存活等方面起到了重要作用,且胰島素能夠通過(guò)PI3K/AKT信號(hào)通路以調(diào)節(jié)胰島B細(xì)胞功能。PTGS2是花生四烯酸轉(zhuǎn)化為前列腺素的主要酶,PTGS2誘導(dǎo)的前列腺素合成能夠刺激細(xì)胞增殖,促進(jìn)血管生成,抑制細(xì)胞凋亡并且能夠增加轉(zhuǎn)移潛力[25]。

      KEGG通路富集分析顯示,真武湯調(diào)控DKD的主要通路有hepatitis B、TNF、腫瘤信號(hào)通路等,這些通路大多參與炎癥反應(yīng)過(guò)程。其中hepatitis B信號(hào)通路能夠參與調(diào)節(jié)細(xì)胞的分化、增殖、凋亡、細(xì)胞信號(hào)級(jí)聯(lián)等[26]。TNF信號(hào)通路中的TNF是一種促炎細(xì)胞因子,在調(diào)節(jié)炎癥反應(yīng)等方面起到了重要作用,從而影響DKD的發(fā)病機(jī)制[22]。

      綜上所述,本文通過(guò)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)方法,系統(tǒng)闡述了真武湯的活性化學(xué)成分以及其治療DKD多靶點(diǎn)、多通路的機(jī)制過(guò)程,為進(jìn)一步探究真武湯治療DKD的作用機(jī)制提供了理論依據(jù)。但本文仍然存在一定的局限性,本文僅依據(jù)生物信息學(xué)等數(shù)據(jù)挖掘OB≥30%,DL≥0.18 的活性化學(xué)成分,但仍有部分化學(xué)成分未納入數(shù)據(jù)處理,且部分化學(xué)成分未在數(shù)據(jù)庫(kù)中找到對(duì)應(yīng)靶點(diǎn)。本研究仍需進(jìn)行動(dòng)物或細(xì)胞實(shí)驗(yàn)研究,以期為真武湯治療DKD提供更為清晰的理論依據(jù)。

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