古菌
- 上海交通大學(xué)團隊揭示深古菌與早期地球協(xié)同演化歷史
訂更新了現(xiàn)有的深古菌物種分類體系，探究了不同深古菌類群的生態(tài)地理分布和代謝潛能的差異，并通過分子鐘定年方法揭示了深古菌與早期地球的協(xié)同演化歷史，相關(guān)研究成果于2023年7月5日發(fā)表在《科學(xué)進展》（Science Advances）上。深古菌（Bathyarchaeia）是現(xiàn)代地球上豐度最高的微生物類群之一，然而由于難以培養(yǎng)等問題，目前對于深古菌的系統(tǒng)分類仍然較為混亂，對其生態(tài)地理分布、代謝功能、起源和演化歷史尚缺乏系統(tǒng)研究。該團隊通過構(gòu)建迄今為止最為全面的
科學(xué) 2023年4期2023-08-17
- 古菌群落視角評估某退役鈾尾礦庫的治理效果
壩土壤中的細菌和古菌群落結(jié)構(gòu)進行考察，篩選出了5種耐鈾菌屬。Yan 等[12]使用變性梯度凝膠電泳法（DGGE）分析了我國東南某鈾廠尾礦的土壤微生物多樣性，發(fā)現(xiàn)鈾尾礦中土壤的放射性核素分布規(guī)律對微生物多樣性有深遠的影響。Sánchez-Castro等[13]從位于法國的Bessines-sur-Gartempe 鈾尾礦庫分離出2 種耐鈾菌株，并評估了它們在鈾生物修復(fù)中的潛能。此外，Radeva 等[14]調(diào)查了位于保加利亞的“Sliven”鈾礦廢料堆和“B
- 河流原位自生古菌對四醚脂類古溫度代用指標的影響
650500)古菌膜脂類化合物（isoprenoid GDGTs，isoGDGTs）廣布于海洋和陸地環(huán)境，其碳鏈具有獨特的類異戊烯烴結(jié)構(gòu)，且與甘油分子以醚鍵形式相連，常被認為來源于氨氧化奇古菌膜脂[1-2].IsoGDGTs 包含多種化合物，主要是依次含有0～3個五元環(huán)的GDGT-0、GDGT-1、GDGT-2、GDGT-3，及具有4 個五元環(huán)和1 個六元環(huán)的泉古菌醇（Crenarchaeol，Cren）及其異構(gòu)體（Crenarchael′，Cren′）
云南大學(xué)學(xué)報（自然科學(xué)版） 2023年3期2023-06-14
- 互花米草定植的養(yǎng)殖尾水處理人工濕地中古菌群落的組成與分布
水處理人工濕地中古菌群落的組成與分布譚 瑩1, 胡越航1, 錢云霞1, 郭安南2,3*（1.寧波大學(xué) 海洋學(xué)院, 浙江 寧波 315832; 2.寧波大學(xué) 食品與藥學(xué)學(xué)院, 浙江 寧波 315832; 3.浙江省動物蛋白食品精深加工技術(shù)重點實驗室, 浙江 寧波 315832）為探究凡納濱對蝦養(yǎng)殖尾水處理過程中互花米草濕地的凈化效果和沉積物古菌群落的組成與分布, 基于16S rRNA基因的高通量測序技術(shù), 從沉積物環(huán)境因子、古菌群落結(jié)構(gòu)和多樣性、環(huán)境因子與古
寧波大學(xué)學(xué)報（理工版） 2023年3期2023-05-26
- 腌制鹽中可培養(yǎng)嗜鹽古菌多樣性研究
海地區(qū)鹽場中嗜鹽古菌的多樣性得到了系統(tǒng)而深入的研究[4-8]。雖然有研究表明食用鹽中含有豐富的嗜鹽古菌[9-11]，但是只有少量的研究報道涉及食用鹽中嗜鹽古菌的多樣性[12-13]。我國是食用鹽生產(chǎn)大國，原料來源多樣，包括海水、地下鹽礦和內(nèi)陸鹽湖。在鹽的生產(chǎn)過程中，原料中的大部分嗜鹽古菌被捕獲在鹽晶體中并且能夠長期存活。本研究以我國不同產(chǎn)地、不同來源的腌制鹽為研究對象，采用高鹽培養(yǎng)基進行分離純化，基于16S rRNA基因序列判斷菌株分類學(xué)地位，并對不同腌制
江蘇調(diào)味副食品 2022年3期2022-11-03
- 呼倫貝爾草甸草原土壤古菌群落多樣性高通量分析
究的熱點[3]。古菌域是不同于細菌域與真核生物域的獨立生命域，也是微生物的重要組成部分。土壤細菌和土壤真菌的群落結(jié)構(gòu)、多樣性以及在維持土壤肥力和可持續(xù)發(fā)展方面的研究已開展多年，但是古菌在土壤中的生物多樣性及功能近些年才被關(guān)注。目前國內(nèi)古菌群落研究可見于水生態(tài)系統(tǒng)[4]、農(nóng)田土壤[5-6]等，關(guān)于草甸草原土壤古菌研究尚未有報道。本研究采用高通量測序技術(shù)（High-throughput sequencing，HTS），分析了不同利用方式下呼倫貝爾草甸草原土壤古
飼料博覽 2022年5期2022-10-28
- 變油為氣，“榨干”廢棄油田
代謝為甲烷氣體的古菌。油田中的油藏分布是不均勻的，以現(xiàn)有的開采手段，無法以較低成本完全開采出油田中所有的油藏。不過，如果借助古菌將石油轉(zhuǎn)化成甲烷，就可以盡可能地利用廢棄油田的油藏。不過，古菌靠自己是無法代謝長鏈烷烴的，要代謝這些復(fù)雜有機物，古菌還需要某些細菌的幫助。這種相互合作的代謝模式被稱為互營代謝。
大自然探索 2022年5期2022-07-11
- 海洋古菌
潤月 李猛走近古菌地球的生命多姿多彩，以前人們主要根據(jù)細胞核的有無把生命分為真核生物（由真核細胞構(gòu)成，有細胞核）和原核生物（由原核細胞構(gòu)成，無細胞核，但有擬核）。我們?nèi)祟愐约皠游?、植物都是真核生?而細菌因為沒有細胞核，所以屬于原核生物。近年來，科學(xué)家們發(fā)現(xiàn)地球上還生活著一群神奇的微生物，它們既有和細菌類似的細胞結(jié)構(gòu)和代謝方式，也有與真核生物類似的遺傳轉(zhuǎn)錄系統(tǒng)。1977年，美國科學(xué)家卡爾·烏斯（CarlWoese）首次將這類微生物定義為古菌，區(qū)別于細菌和
知識就是力量 2022年6期2022-06-16
- 這項成果登上了《自然》雜志
現(xiàn)一種新型產(chǎn)甲烷古菌。三年前的某一天，勝利油田石油工程技術(shù)研究院微生物所專家林軍章從孤島油田帶回一瓶地下水采樣，里面含有各種微生物、古菌。這很平常，微生物所的科研人員經(jīng)常收集、培養(yǎng)、研究這些菌樣，從中發(fā)現(xiàn)一些有益于石油開采的細菌，加以培養(yǎng)放大，為微生物采油做貢獻?！暗菦]有想到，這里面竟然含有一種從未發(fā)現(xiàn)過的全新古菌，完全打破了傳統(tǒng)認知，有望讓一些瀕臨枯竭的老油田起死回生?！绷周娬抡f。這一最新研究成果，近日登上了世界著名的《自然》雜志。最新發(fā)現(xiàn)這種來自油藏
中國石油石化 2022年4期2022-03-22
- 神秘古菌有望“復(fù)活”老油田
含有各種微生物、古菌之類的。這很平常，微生物所的科研人員經(jīng)常收集、培養(yǎng)、研究這些菌樣，從中發(fā)現(xiàn)一些有益于石油開采的細菌之類的，加以培養(yǎng)放大，為微生物采油做貢獻。“真的沒有想到，這里面竟然含有一種從未發(fā)現(xiàn)過的全新古菌，完全打破了傳統(tǒng)認知，有望讓一些瀕臨枯竭的老油田起死回生?！绷周娬抡f。中國科學(xué)家發(fā)現(xiàn)古菌生產(chǎn)甲烷全新途徑北京時間2021年12月23日凌晨0時，世界著名《自然》雜志在線發(fā)表中國科學(xué)家團隊的最新研究成果。由農(nóng)業(yè)部沼氣科學(xué)研究所、中石化微生物采油重點
中國科技縱橫 2022年1期2022-03-10
- 鹽漬海帶鹽中可培養(yǎng)嗜鹽古菌多樣性、胞外酶活及拮抗作用探究
41000)嗜鹽古菌是一類需要高鹽維持生長的古菌，是古菌的一個重要類群，屬于古菌域(Archaea)的廣古菌門(Euryarchaeota)嗜鹽菌綱(Halobacteria)[1]。嗜鹽古菌的分布廣泛，主要生活在鹽湖、鹽堿地、鹽礦、海水、曬鹽池、鹽井和高鹽食品等高鹽環(huán)境中[2-3]。作為極端微生物，嗜鹽古菌在生命適應(yīng)極限條件的理論研究和特殊生物活性物質(zhì)應(yīng)用領(lǐng)域具有重要的研究價值。1880 年，F(xiàn)arlow 在研究腌制鱈魚夏季變紅現(xiàn)象時，發(fā)現(xiàn)變紅部位有球狀
微生物學(xué)雜志 2022年5期2022-03-09
- 微生物驅(qū)動釩還原機制研究獲新進展
P 的結(jié)果發(fā)現(xiàn)，古菌Methanosarcina 與細菌Anaeromyxobacter 和Geobacter 是驅(qū)動系統(tǒng)中釩還原的關(guān)鍵微生物，其中Anaeromyxobacter 是首次被發(fā)現(xiàn)具有釩還原能力。宏基因組分析結(jié)果表明，釩還原細菌和釩還原古菌通過不同的釩還原機制介導(dǎo)釩還原過程。Anaeromyxobacter 和Geobacter 主要利用硝酸鹽還原酶NarG 和NapA進行呼吸還原釩，而Methanosarcina 則通過耦合厭氧甲烷氧化進行
鋼鐵釩鈦 2022年6期2022-02-09
- 注射350萬年前的細菌，他真能長生不老？
種350萬年前的古菌沒什么副作用，而且可能具有長生不老之效。于是，他將這種古菌注射到自己的身體里，竟然沒事。這種古菌真的是長生不老之藥？給自己注射350萬年前的細菌，竟然沒事俄羅斯科學(xué)家布羅奇科夫是一個講話輕聲細語、總是面帶笑容的老教授，也是莫斯科國立大學(xué)永凍土學(xué)系的主任。但他其實是一名瘋狂的科學(xué)家。2009年，科考人員在西伯利亞北部一處地方發(fā)現(xiàn)了一頭被深埋的猛犸象。布羅奇科夫在其頭部發(fā)現(xiàn)了一種至今已有350萬年且仍然存活的古菌。他被這一發(fā)現(xiàn)所吸引，從此便
新傳奇 2021年43期2021-11-21
- 渤海S油田油藏硫酸鹽還原古菌分析
出來的硫酸鹽還原古菌只有屬于廣古菌門的極端嗜熱菌——古球菌(Archaeoglobus)，它能以硫酸鹽和硫代硫酸鹽為電子受體而利用脂肪酸(C4～C8)[16-17]。盡管古菌在地下生物圈的占比很小[18]，但其所具備的硫酸鹽還原功能可追溯至生命起源的早期，亦不可忽視。本研究通過高通量測序技術(shù)，對渤海S油田油藏內(nèi)源古菌的群落組成和多樣性進行分析，構(gòu)建硫酸鹽還原功能基因的分子進化樹，并且比較油田H2S治理井與非治理井之間古菌群落組成的差異，以期證實古菌對油藏環(huán)
生物加工過程 2021年5期2021-11-05
- 泥炭發(fā)酵產(chǎn)甲烷過程中古菌群落結(jié)構(gòu)演替
影響，發(fā)現(xiàn)產(chǎn)甲烷古菌主要為甲烷桿菌屬(Methanobacterium)和甲烷八疊球菌屬(Methanosarcina)，其中甲烷八疊球菌屬相對豐度達60%，為褐煤厭氧發(fā)酵體系優(yōu)勢古菌菌屬。賈璇等[5]研究了蘆葦厭氧聯(lián)產(chǎn)氫氣-甲烷過程中古菌群落結(jié)構(gòu)特征，發(fā)現(xiàn)產(chǎn)氫階段優(yōu)勢古菌為unculturedMethanosarcinalesarchaeon，產(chǎn)甲烷階段優(yōu)勢古菌為Methanoculleusbourgensis。Han等[6]研究了青海高原沼氣池微生物群
化學(xué)與生物工程 2021年8期2021-08-26
- 玻利維亞進口鹽中可培養(yǎng)嗜鹽古菌組成分析
生物域、細菌域和古菌域三大域，并正式提出古菌(Archaea)的概念[1]。早期發(fā)現(xiàn)的古菌通常生活在極端環(huán)境中，地球最古老的生命可能是這些極端微生物，因此研究極端微生物對認識生命的起源及進化機制具有重要意義。嗜鹽古菌是極端微生物的一大類群，廣泛存在于鹽礦、鹽湖、海洋以及鹽腌制品表面等高鹽環(huán)境[2-4]。它們經(jīng)過長期進化，形成了獨特的細胞結(jié)構(gòu)和生理代謝系統(tǒng)，這在環(huán)境治理、食品開發(fā)、工業(yè)和農(nóng)業(yè)生產(chǎn)等領(lǐng)域有著重要的應(yīng)用價值[5-8]。玻利維亞安第斯山脈地區(qū)分布有
安徽師范大學(xué)學(xué)報（自然科學(xué)版） 2021年3期2021-06-26
- 會仙巖溶濕地古菌和細菌群落的共現(xiàn)性
重要作用[1]。古菌和細菌均為土壤中廣泛分布的兩大微生物類群, 二者的群落結(jié)構(gòu)均受到多種因素的影響, 其中, 土地利用變化帶來植被、管理和土壤理化因子等的變化，都會影響到二者的群落結(jié)構(gòu), 進而對土壤中的物質(zhì)循環(huán)產(chǎn)生影響[2]。在濕地生態(tài)系統(tǒng)中, 古菌、細菌群落以及古菌細菌之間存在復(fù)雜的相互作用, 在決定生態(tài)系統(tǒng)功能方面起著至關(guān)重要的作用。高通量測序技術(shù)結(jié)合共現(xiàn)網(wǎng)絡(luò)分析方法能夠為研究生態(tài)系統(tǒng)內(nèi)部微生物之間的相互作用提供新的思路。目前, 對濕地微生物之間共現(xiàn)網(wǎng)
桂林理工大學(xué)學(xué)報 2021年1期2021-06-05
- 荒漠孑遺植物四合木對土壤古菌群落的影響
[12-14]。古菌過去一直被認為僅存在于極端條件下。隨著在沼澤、稻田、農(nóng)田等陸地生態(tài)系統(tǒng)中發(fā)現(xiàn)大量古菌的存在,其在陸地生態(tài)系統(tǒng)中的地位引發(fā)了重視。土壤古菌與細菌一樣,在碳、氮、硫、鐵等元素的生物地球化學(xué)循環(huán)中發(fā)揮重要作用[15-17]。有研究表明,植物的根和根際可以提供無氧或缺氧的微生態(tài)位,是產(chǎn)甲烷菌和氨氧化古菌的特殊棲息地,貢獻產(chǎn)生溫室氣體甲烷以及參與基于互生的氮循環(huán)。而自然生態(tài)系統(tǒng)中植物定居對土壤古菌群落影響鮮有報道[17]。西鄂爾多斯地處亞非荒漠東
生態(tài)學(xué)報 2021年9期2021-06-03
- 棉花根際土壤古菌實時熒光定量PCR技術(shù)的建立及時空分布特征
言【研究意義】古菌(Archaea)作為生物領(lǐng)域的一類具有特殊性質(zhì)，其細胞核無核膜包裹，細胞核和細胞質(zhì)難區(qū)分，和細菌都屬于原核生物，但是在進化樹上與其有親緣關(guān)系的卻是真核生物。古菌不僅耐高溫、高鹽、低氧、強酸、強堿，還廣泛存在湖泊、土壤等普通環(huán)境中而且含量非常高[1]。棉花連作導(dǎo)致棉花黃萎病等土傳病害發(fā)生，影響棉花產(chǎn)量及品質(zhì)。實時熒光定量PCR技術(shù)檢測不同生育時期與地區(qū)棉花根際土壤古菌數(shù)量，有利于探索根際土壤古菌與黃萎病之間的聯(lián)系以及防治棉花黃萎病?！厩?/div>
新疆農(nóng)業(yè)科學(xué) 2021年3期2021-04-01
- 崔恒林：嗜鹽古菌的追尋者
溫才妃嗜鹽古菌通常生活在不毛之地。高鹽、極寒、強光，非常極端的環(huán)境下它都能堅強地存活。江蘇大學(xué)食品與生物工程學(xué)院崔恒林教授和嗜鹽古菌打交道20多年了，哪里有嗜鹽古菌，他就趕往哪里。寂寞堅守崔恒林的實驗室擺放著各種“瓶瓶罐罐”，里面裝著的液體顏色深淺不一，有深粉、淺粉、水粉，有正紅、深紅、淡橙……“這些都是嗜鹽古菌，到我的實驗室里看到的全是鹽?！笔塞}古菌生活在高鹽環(huán)境中，這些樣品都是他從全國各地的鹽湖、鹽礦、鹽田、鹽堿地收集而來。2018年7月，他去西藏多地科學(xué)導(dǎo)報 2021年2期2021-02-22
- 古菌新種“吃掉”石油“吐出”甲烷
吐出”甲烷氣體的古菌Ca. Methanoliparum近日被中國科學(xué)家發(fā)現(xiàn)，有望讓枯竭油藏重獲“生機”。北京時間12月23日凌晨，相關(guān)成果在線發(fā)表于《自然》雜志。 眾所周知，漫長歲月里，動植物遺體等復(fù)雜有機物在地下特殊環(huán)境和各類微生物的共同作用下，形成了石油和天然氣等“自然的饋贈”。而在生成天然氣的過程中，一類具有產(chǎn)甲烷功能的古菌功不可沒。 古菌可能是地球上第一批生物居民。它們藏于深海、高溫等極端環(huán)境，個頭小到肉眼看不見，卻有著不可估量的“大本領(lǐng)”，近年文萃報·周二版 2021年52期2021-01-22
- 古菌新種“吃掉”石油“吐出”甲烷
吐出”甲烷氣體的古菌Ca. Methanoliparum近日被中國科學(xué)家發(fā)現(xiàn)，有望讓枯竭油藏重獲“生機”。北京時間12月23日凌晨，相關(guān)成果在線發(fā)表于《自然》雜志。眾所周知，漫長歲月里，動植物遺體等復(fù)雜有機物在地下特殊環(huán)境和各類微生物的共同作用下，形成了石油和天然氣等“自然的饋贈”。而在生成天然氣的過程中，一類具有產(chǎn)甲烷功能的古菌功不可沒。古菌可能是地球上第一批生物居民。它們藏于深海、高溫等極端環(huán)境，個頭小到肉眼看不見，卻有著不可估量的“大本領(lǐng)”，近年來相文萃報·周二版 2021年51期2021-01-02
- 日本培養(yǎng)出神秘單細胞微生物
對其進行了表征。古菌構(gòu)成了一個單細胞原核生物域，新近發(fā)現(xiàn)的阿斯加德古菌，據(jù)信為更加復(fù)雜的真核生物的祖先。但是迄今為止，學(xué)界對阿斯加德古菌生物學(xué)的理解一直局限于DNA研究，其顯示存在真核細胞樣基因。此次，日本海洋研究開發(fā)機構(gòu)科學(xué)家井町寬之等人，經(jīng)過十年的努力，分離并培養(yǎng)了一種阿斯加德古菌。研究小組從日本海岸的大峰脊深處收集了淤泥，之后將樣本放入充滿甲烷的特制生物反應(yīng)器里培養(yǎng)。2000天后，他們分離出了包含多種微生物的混合物，再經(jīng)過多年進一步地富集，得到了阿斯發(fā)明與創(chuàng)新 2020年5期2020-12-20
- 日本培養(yǎng)出神秘單細胞微生物
真核生物的起源。古菌構(gòu)成了一個單細胞原核生物域，新近發(fā)現(xiàn)的阿斯加德古菌，據(jù)信為更加復(fù)雜的真核生物的祖先。但是迄今為止，我們對阿斯加德古菌生物學(xué)的理解一直局限于DNA 研究，其顯示存在真核細胞樣基因。此次，日本海洋研究開發(fā)機構(gòu)科學(xué)家井町寬之，以及日本產(chǎn)業(yè)技術(shù)綜合研究所科學(xué)家延優(yōu)等人，經(jīng)過十年的努力，分離并培養(yǎng)了一種阿斯加德古菌。研究小組從日本海岸的大峰脊深處收集了淤泥，之后將樣本放入充滿甲烷的特制生物反應(yīng)器里培養(yǎng)。2000 天后，他們分離出了包含多種微生物的醫(yī)藥前沿 2020年15期2020-12-04
- 湛江灣表層水體海洋類群II古菌的基因組分析
水體海洋類群II古菌的基因組分析張家偉1，董宏坡2，毛鐵墻1，歐亞飛2（1. 廣東海洋大學(xué)化學(xué)與環(huán)境學(xué)院，廣東 湛江 425088；2. 華東師范大學(xué)河口海岸學(xué)國家重點實驗室，上海 200062）【】分析湛江灣表層水體海洋類群II古菌的基因組。通過宏基因組和比較基因組的方法，對湛江灣和其他海域的MGII古菌進化和生理代謝進行研究。湛江灣兩株古菌為海洋類群II a亞型，基因組中含有多種碳水化合物酶和蛋白水解酶以及參與磷酸戊糖途徑和三羧酸循環(huán)相關(guān)基因，同時具有廣東海洋大學(xué)學(xué)報 2020年6期2020-10-27
- 海洋氨氧化古菌及其驅(qū)動的碳氮生物地球化學(xué)循環(huán)過程研究進展*
nammox)、古菌氨氧化(archaea ammonia-oxidation)、硝酸鹽異化還原到銨(dissimilatory nitrate reduction to ammonium, DNRA)以及全程氨氧化(complete ammonia-oxidation, comammox)的發(fā)現(xiàn)，改變了人們對微生物氮循環(huán)過程的傳統(tǒng)認知，構(gòu)建了新的氮循環(huán)網(wǎng)絡(luò)體系[2-5]。本文主要針對氨氧化古菌(ammonia-oxidizing archaea,AOA)中國科學(xué)院大學(xué)學(xué)報 2020年4期2020-07-13
- 丹江口水庫上下游古菌優(yōu)勢菌群落結(jié)構(gòu)特征分析
丹江口水庫上下游古菌優(yōu)勢菌群落結(jié)構(gòu)特征分析林亞萱 黨晨原 鐘思寧 王佳文 鄭彤 倪晉仁?教育部水沙科學(xué)重點實驗室, 北京大學(xué)環(huán)境工程系, 北京 100871; ?通信作者, E-mail:nijinren@iee.pku.edu.cn采用 16S rRNA Illumina Miseq 高通量測序技術(shù), 分析丹江口水庫庫區(qū)及漢江下游古菌物種組成, 并對大壩上、下游水體與沉積物中占優(yōu)勢的氨氧化古菌(Ammonia-oxidizing archaea, AOA北京大學(xué)學(xué)報（自然科學(xué)版） 2020年3期2020-06-07
- 基于高通量測序的不同窖齡窖泥微生物結(jié)構(gòu)與多樣性分析
同窖齡窖泥細菌和古菌的微生物的組成和微生物多樣性變化。1 材料與方法1.1 材料與試劑材料(只標注主要的)：四川成都某酒廠不同窖齡窖泥樣品(5年、25年、70年)；QIAGEN PowerSoil?DNA Isolation Kit，German；無水乙醇，化學(xué)純，國藥；Na2HPO4,KH2PO4,NaCl,KCl，SIGMA-ALDRICH。1.2 儀器與設(shè)備HVE-50高壓滅菌鍋：Hirayama；Centrifuge 5418 臺式離心機：eppe中國沼氣 2019年3期2019-12-06
- 三峽消落帶土壤古菌群落組成與代謝功能預(yù)測
14）長期以來，古菌被認為僅存在于強堿、強酸或者高鹽等極端環(huán)境中。當與極端環(huán)境古菌高度相似的“泉古菌”在海洋浮游生物中被發(fā)現(xiàn)后[1-2]，一系列后續(xù)研究無不證明古菌是地球生物圈中一類豐富且多樣的微生物，廣泛地分布于地球的各類環(huán)境中，改變了人們對古菌的傳統(tǒng)認識[3-7]。數(shù)量龐大的古菌在生物地球化學(xué)過程中的重要作用遠超預(yù)期。在碳循環(huán)中，產(chǎn)甲烷古菌產(chǎn)生的甲烷占全球甲烷排放量的70%[8]。除此之外，古菌還積極參與硫循環(huán)，能將二硫化碳（CS2）快速轉(zhuǎn)化為硫化氫（三峽生態(tài)環(huán)境監(jiān)測 2019年3期2019-09-10
- 棉花長期連作對新疆農(nóng)田土壤古菌群落演替的影響
齊 830054古菌（Archaea）也叫古細菌（Archaebacteria），是自然界三大生物類群之一（Martin，2005）。古菌可能是最古老的生命體，早先常被發(fā)現(xiàn)生活于各種極端自然環(huán)境下，如大洋底部的高壓熱溢口、熱泉、鹽堿湖等地（Martin，2005）。近年的研究表明，土壤中氨氧化是氮素轉(zhuǎn)化過程的第一步也是限速環(huán)節(jié)，而氨氧化古菌在農(nóng)田氨氧化過程中起著重要促進作用（Hatzenpichler，2012）。由于大多數(shù)古菌都難以被培養(yǎng)和分離，有關(guān)其在生態(tài)環(huán)境學(xué)報 2019年4期2019-05-31
- 長江口潮灘沉積物古菌群落結(jié)構(gòu)與多樣性
長江口潮灘沉積物古菌群落結(jié)構(gòu)與多樣性李小飛1,侯立軍2,劉 敏3*(1.福建師范大學(xué),濕潤亞熱帶生態(tài)地理過程教育部重點實驗室,福建 福州 350007；2.華東師范大學(xué),河口海岸學(xué)國家重點實驗室,上海 200241；3.華東師范大學(xué)地理科學(xué)學(xué)院,地理信息科學(xué)教育部重點實驗室,上海 200241)以長江口潮灘為研究對象,采用高通量測序技術(shù),研究了潮灘沉積物古菌群落結(jié)構(gòu)與多樣性及其影響因素.結(jié)果表明,沉積物中古菌群落OTUs數(shù)量為900~1417,Shanno中國環(huán)境科學(xué) 2019年4期2019-04-28
- 稻田土壤古菌群落組成對秸稈還田的響應(yīng)
影響[6-7]。古菌是土壤微生物的重要組成部分，直接影響土壤物質(zhì)循環(huán)和養(yǎng)分轉(zhuǎn)化等[8-10]。然而由于土壤中大部分古菌很難分離培養(yǎng)，采用傳統(tǒng)的土壤微生物研究方法如微生物平板培養(yǎng)法、變性梯度凝膠電泳（DGGE）等往往無法詳細描述出土壤微生物的群落多樣性和組成方面的信息[11-13]，使得對于土壤古菌生物多樣性的研究仍然匱乏，有關(guān)其演替規(guī)律仍不明了。近年來興起的現(xiàn)代分子生物學(xué)技術(shù)如高通量測序技術(shù)等[14-16]，為深入探究土壤古菌群落組成、功能及其適應(yīng)機制提供- 遼河口蘆葦濕地細菌和古菌群落周期日變化特征
口蘆葦濕地細菌和古菌群落周期日變化特征李明月1,2,3,米鐵柱1,2,3*,甄 毓1,2,3,王勛功2,3(1.青島海洋科學(xué)技術(shù)國家實驗室海洋生態(tài)與環(huán)境科學(xué)功能實驗室,山東 青島 266071；2.海洋環(huán)境與生態(tài)教育部重點實驗室,山東 青島 266100；3.中國海洋大學(xué)環(huán)境科學(xué)與工程學(xué)院,山東 青島 266100)采用實時熒光定量PCR和Illumina高通量測序技術(shù)對秋季遼河口蘆葦濕地水體中一晝夜細菌和古菌群落特征進行了研究.測序共獲得52802條細菌中國環(huán)境科學(xué) 2019年2期2019-02-27
- 不同高程消落帶古菌群落組成與分布特征
80年代提出了由古菌、細菌和真核生物組成的三域系統(tǒng)[1]。古菌是地球生物圈中一類豐富且多樣的微生物，廣泛地分布于地球的各類環(huán)境中[2-5]。據(jù)估算，土壤中古菌數(shù)量占所有微生物的比例高達12%～38%[6]。數(shù)量龐大的古菌在生物地球化學(xué)過程中起著十分重要的作用。在碳循環(huán)中，產(chǎn)甲烷古菌產(chǎn)生的甲烷占全球甲烷排放量的70%[7]。除此之外，古菌還積極參與硫循環(huán)，能將二硫化碳（CS2）快速轉(zhuǎn)化為硫化氫（H2S）和CO2[8]。進行化能自養(yǎng)的氨氧化古菌（AOA）能將N三峽生態(tài)環(huán)境監(jiān)測 2018年3期2018-10-11
- 無所不在 活出極限 古菌：生命的第三種形式
積物樣品中尋找到古菌群落，進行深入分析和研究。第三種生命形式儼然是個“四不像”與細菌和真核生物相比，大多數(shù)人可能對古菌比較陌生，古菌（Archaea）是與細菌和真核生物并列的第三種生命形式，又稱古細菌、太古菌或太古生物，是原核生物中的一大類。之所以稱其為“古”菌，與其在地球上的出現(xiàn)時間有關(guān)。“如果將地球約46億年的年齡比作一天的話，古菌早在凌晨5點多鐘就出現(xiàn)了，而人類則是在深夜23點58分才誕生，因此古菌的‘古，從某種意義上講就是這類生物在地球上出現(xiàn)時間很科學(xué)導(dǎo)報 2018年14期2018-05-14
- 古菌研究進展
鄧霏摘要從古菌的發(fā)現(xiàn)出發(fā)，綜述古菌的分類、分布、系統(tǒng)進化關(guān)系、研究方法及現(xiàn)狀，分析古菌發(fā)展存在的一些問題，對今后古菌發(fā)展的方向進行展望。關(guān)鍵詞古菌；分類；研究方法中圖分類號X172文獻標識碼A文章編號0517-6611（2018）28-0011-04Research Progress of ArchaeaDENG Fei（College of Bioengineering and Technology，Tianshui Normal University，安徽農(nóng)業(yè)科學(xué) 2018年28期2018-05-14
- 金華豬和長白豬糞便微生物移植小鼠的腸道古菌結(jié)構(gòu)分析
物移植小鼠的腸道古菌結(jié)構(gòu)分析肖英平1王軍軍2,3李天天2,3唐 標1何祥祥1李開鋒1楊 華1*(1.浙江農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量標準研究所，杭州310021；2.北京食品營養(yǎng)與人類健康高精尖創(chuàng)新中心，北京100193；3. 中國農(nóng)業(yè)大學(xué)動物科技學(xué)院，北京100193)本試驗旨在比較肥胖型的金華豬和瘦肉型的長白豬腸道古菌結(jié)構(gòu)的差異，分析菌群移植小鼠腸道古菌結(jié)構(gòu)。采集金華豬和長白豬的新鮮糞便，通過灌胃移植到經(jīng)廣譜抗生素處理過的小鼠腸道中，提取2種豬糞便及其移植小鼠動物營養(yǎng)學(xué)報 2017年6期2017-06-24
- 瘤胃古菌C 簇研究進展
屬甲烷菌，即瘤胃古菌C簇（Rumen Cluster C,RCC），為第二優(yōu)勢菌。目前對瘤胃Methanobrevibacter屬和Methanomicrobiums屬甲烷菌進行了大量研究，相比較而言，對Rumen Cluster C的研究還少，其原因在于該屬甲烷菌難以采用傳統(tǒng)的方法進行分離培養(yǎng)。因此，綜合運用傳統(tǒng)微生物學(xué)，不依賴于培養(yǎng)的分子生物學(xué)、宏基因組學(xué)和生物信息學(xué)等工具研究該類甲烷菌的生理代謝特點對調(diào)控反芻動物瘤胃發(fā)酵，抑制甲烷生成具有重要意義。本飼料工業(yè) 2017年11期2017-04-05
- 模擬干濕交替對水稻土古菌群落結(jié)構(gòu)的影響*
干濕交替對水稻土古菌群落結(jié)構(gòu)的影響*包麗君1，2賈仲君1?（1 中國科學(xué)院南京土壤研究所，南京 210008）（2 中國科學(xué)院大學(xué)，北京 100049）干濕交替是自然界普遍存在的現(xiàn)象，但長期以來由于技術(shù)的限制，復(fù)雜土壤中微生物對水分變化的響應(yīng)規(guī)律仍不清楚。針對我國江蘇常熟湖泊底泥發(fā)育的典型水稻土，在室內(nèi)開展?jié)駶?風干以及風干-濕潤各三次循環(huán)，每次循環(huán)中濕潤、風干狀態(tài)各維持7d，利用微生物核糖體rRNA的通用引物進行PCR擴增，通過高通量測序分析土壤古菌多樣土壤學(xué)報 2017年1期2017-02-23
- 生物有機肥對新整理煙田古菌群落組成的影響
機肥對新整理煙田古菌群落組成的影響蘇婷婷1，徐宸2，周鑫斌1,2，謝德體11 西南大學(xué)資源環(huán)境學(xué)院，重慶市北碚區(qū)天生路2號 400716；2 中國煙草總公司重慶市公司煙草科學(xué)研究所，重慶市北碚區(qū)天生路2號 400716適宜的土壤微生物環(huán)境是煙草優(yōu)質(zhì)適產(chǎn)的必要條件，古菌對土壤生態(tài)系統(tǒng)碳氮循環(huán)起著非常重要作用。本研究采用定點田間試驗的方法，研究了磷肥和生物有機肥連續(xù)三年配施對新整理黃壤煙田烤煙產(chǎn)質(zhì)量與煙田古菌群落結(jié)構(gòu)的影響。結(jié)果表明，新整理黃壤煙田土壤古菌群落中國煙草學(xué)報 2016年6期2016-11-16
- 濃香型白酒窖泥變質(zhì)前后古菌群落差異分析
白酒窖泥變質(zhì)前后古菌群落差異分析于春濤1，項明1，王蕾1，許鄭林1，劉振江2（1.滄州醫(yī)學(xué)高等?？茖W(xué)校，河北滄州061001； 2.河北省寧晉縣泥坑酒業(yè)有限責任公司，河北石家莊054000）窖泥是濃香型白酒的生命線，窖泥變質(zhì)則為酒廠帶來巨大損失。采用Illumina Miseq高通量測序DNA技術(shù)對窖泥變質(zhì)前后古菌群落結(jié)構(gòu)進行分析。通過構(gòu)建古菌16S rDNA基因文庫，結(jié)果表明，變質(zhì)后窖泥共擴增出52876條序列，變質(zhì)前窖泥擴增出11703條序列，古菌豐度釀酒科技 2016年8期2016-09-09
- 黃河三角洲土壤古菌群落結(jié)構(gòu)對鹽生植被演替的響應(yīng)
?黃河三角洲土壤古菌群落結(jié)構(gòu)對鹽生植被演替的響應(yīng)張 玥1,孔 強1,郭篤發(fā)1*,金建玲2,姜愛霞1,郭 健3(1.山東師范大學(xué)地理與環(huán)境學(xué)院,山東 濟南 250014；2.山東大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,山東 濟南 250100；3.山東農(nóng)業(yè)工程學(xué)院食品科學(xué)與工程系,山東 濟南 250100)采用高通量測序技術(shù),探究黃河三角洲光板地和4種典型鹽生植被類型(翅堿蓬、獐茅、白茅和羅布麻)下土壤古菌群落組成和數(shù)量分布特征,揭示其對鹽生植被演替的響應(yīng).結(jié)果表明,植被覆蓋有利中國環(huán)境科學(xué) 2016年7期2016-08-25
- 在深海古菌中尋找生命起源
黑暗生物圈的眾多古菌，有可能與地球上復(fù)雜生命的起源有關(guān)。南方周末特約撰稿 張淼“人們一定還記得1866年海上發(fā)生的一件離奇的、神秘的、無法解釋的怪事。不久以前，好些大船在海上碰見了一個‘龐然大物，一個很長的物體，形狀很像紡錘，有時發(fā)出磷光，它的體積比鯨魚大得多，行動起來也比鯨魚快得多?！薄逗５變扇f里》一開篇，凡爾納描寫一種想象出來的海底怪物形象。對于深海，黑暗環(huán)境、巨大壓力和奇怪生物，總讓人充滿了想象力。而深海的未知環(huán)境，激發(fā)了科學(xué)家極大的好奇心。自上世紀南方周末 2016-06-162016-06-16
- 海洋嗜鹽古菌功能物質(zhì)利用的遺傳工程技術(shù)研究報告
摘 要：極端嗜鹽古菌是古菌域的一個重要生理類群，可以產(chǎn)生具有重要價值的產(chǎn)品，如生物可降解塑料PHBV和生物納米材料紫膜等，但相關(guān)基礎(chǔ)研究及生物技術(shù)亟待加強。該研究以重要海洋嗜鹽古菌為材料，在基因組水平開展了其重要功能物質(zhì)生物可降解塑料PHBV合成關(guān)鍵基因和途徑的解析，以及其遺傳、代謝及生物工程利用技術(shù)的研究，已取得如下研究成果：（1）完成了兩株產(chǎn)PHA的極端嗜鹽古菌的基因組注釋和分析工作，通過基因敲除等手段，鑒定100多個與PHA代謝、碳源利用及調(diào)控相關(guān)的科技資訊 2016年3期2016-05-30
- 現(xiàn)代海洋極端環(huán)境微生物的地質(zhì)作用及其分子和同位素響應(yīng)年度報告
深部生物圈MCG古菌的研究上取得了重要進展。MCG是迄今為止發(fā)現(xiàn)分布最為廣泛的一類未培養(yǎng)古菌，被認為是海底深部生物圈中最豐富，并且最活躍的類群之一，很可能在全球物質(zhì)和能量循環(huán)過程中發(fā)揮了重要的作用。課題組發(fā)現(xiàn)MCG古菌在系統(tǒng)發(fā)育上處于一個深的分支，代表了一類自然界較古老的古菌，顯著不同于目前分類已確定的所有古菌門類，并提議將MCG古菌歸類于一個全新的門類，命名為深古菌門（Bathyarchaeota）。這是目前首個由中國學(xué)者提議的古菌門的分類，是古菌和生命科技資訊 2016年21期2016-05-30
- 高通量測序分析人工養(yǎng)殖成年林麝糞便古菌菌群多樣性
養(yǎng)殖成年林麝糞便古菌菌群多樣性王立志1徐誼英1蔡永華2(1.四川農(nóng)業(yè)大學(xué)動物營養(yǎng)研究所，動物抗病營養(yǎng)教育部重點實驗室，雅安625014；2.四川養(yǎng)麝研究所，都江堰611845)摘要：本試驗的目的是采用高通量測序技術(shù)研究人工養(yǎng)殖成年林麝糞便中古菌的結(jié)構(gòu)和組成，并對比不同性別之間的差異。選取12只3歲健康的林麝依據(jù)性別分為雄性組(M組)和雌性組(F組)，每組各6只。采集其新鮮糞便，提取DNA，用古菌通用引物PCR擴增古菌16S rRNA的V4～V5區(qū)，用MiS動物營養(yǎng)學(xué)報 2016年2期2016-05-14
- 蘆葦厭氧聯(lián)產(chǎn)氫氣-甲烷過程中古菌群落特征解析*
菌是一類極端厭氧古菌，位于厭氧消化食物鏈的最末端，是厭氧生物處理工藝中最重要的限速步驟，其群落的組成和數(shù)量的變化直接影響厭氧發(fā)酵速率和產(chǎn)氣量[9-10]。以聚合酶鏈式反應(yīng)(PCR)擴增為主的非培養(yǎng)技術(shù)的發(fā)展揭示了環(huán)境中龐大的微生物多樣性[11]。PCR—變性梯度凝膠電泳(DGGE)技術(shù)不僅可以研究古菌群落在時間和空間上的動態(tài)變化，還可以通過序列分析或探針雜交確定其中的種群組成[12-13]，對闡明厭氧聯(lián)產(chǎn)過程的微生物作用機制具有重要意義。KEYSER等[1環(huán)境污染與防治 2016年7期2016-03-13
- 雷竹林土壤氨氧化微生物對不同肥料的響應(yīng)
AOB），氨氧化古菌（ammonia oxidizing archaea，AOA）和亞硝酸鹽氧化菌催化進行，其中由銨鹽氧化成亞硝酸鹽的第1步過程是硝化作用的限速步驟，與土壤氮素循環(huán)密切相關(guān)，硝化細菌將氨或者銨鹽氧化為硝酸鹽，增加了土壤中氮元素移動性，對喜硝酸鹽植物有利，但同時也增加了土壤中氮素淋失、反硝化作用還原成氮氣，從而增加了土壤中氮素損失的風險，對農(nóng)業(yè)生產(chǎn)不利[4－6]。有研究認為，基于氨氧化細菌和氨氧化古菌生態(tài)位的不同和它們在土壤生態(tài)系統(tǒng)大尺度范圍浙江農(nóng)林大學(xué)學(xué)報 2014年3期2014-05-29
- 新疆富蘊地震斷裂帶植被恢復(fù)對土壤古菌群落的影響
子生物學(xué)的發(fā)展，古菌的分布與研究范圍已從狹隘的極端環(huán)境，發(fā)展到海洋、湖泊、土壤等非極端環(huán)境，同時由古菌介導(dǎo)的有機碳降解轉(zhuǎn)化，甲烷生成氧化，氨氧化等對全球碳、氮循環(huán)起重要作用［10］。為此本文利用末端限制性片段長度多態(tài)性(Terminal restriction fragment length polymorphism，T-RFLP)技術(shù)，對新疆富蘊地震斷裂帶次生植物根際土壤的古菌群落進行分析，為探究震后植被恢復(fù)與土壤微生物的關(guān)系提供科學(xué)參考。1 材料與方法生態(tài)學(xué)報 2013年2期2013-09-11
- 黃河三角洲泥質(zhì)沉積區(qū)表層沉積物古菌分布特征
90年代海洋浮游古菌的發(fā)現(xiàn)與確認改寫了早期認為古菌只存在于極端環(huán)境的論斷, 對于古菌的認識和研究, 都被大大地拓寬了。這三大發(fā)現(xiàn)更是被稱為新近海洋生態(tài)學(xué)發(fā)展的三大里程碑[2-3]。古菌(Archaea)于1977年被首次當作一種生命形態(tài)來看待, 當時它們只是作為細菌中一個獨特的子分支(subset), 因而被稱作為古細菌(Archaebacteria)。古菌與細菌雖同屬于原核生物, 但因它們之間有明確的區(qū)別, 所以兩者均有獨立的世系——域(Domain)—海洋科學(xué) 2012年10期2012-10-13
- 印度尼西亞PadangCermin熱泉古菌多樣性分析
單細胞生物，稱為古菌（以前叫古細菌）。古菌和細菌的不同之處在于其細胞膜脂類的化學(xué)結(jié)構(gòu)、細胞壁和核糖體的結(jié)構(gòu)及其對抗生素的生長敏感性［1，3］。古菌域分為廣古菌門（Euryarchaeota）、泉古菌門（Crenarchaeota）、初古菌門（Korarchaeota）和納古菌門（Nanoarchaeota）。古菌研究起步較晚，由于缺乏足夠的純培養(yǎng)物和16SrRNA基因的序列信息，目前初古菌門和納古菌門的分類地位還不能完全確定，研究相對普遍的是泉古菌門和廣古海洋科學(xué)進展 2012年4期2012-10-08
- 嗜鹽古菌噬菌體研究進展
各種環(huán)境中;而對古菌噬菌體的研究至今知之甚少，目前僅有50多株古菌噬菌體被報道，這些古菌噬菌體絕大多數(shù)來源于嗜熱或極端嗜鹽的環(huán)境中［2］。對于嗜鹽古菌噬菌體的研究起源于上世紀70年代，Hs1是第1株被報道的嗜鹽古菌噬菌體，隨后Zillig及其同事對嗜鹽古菌噬菌體ΦH進行了深入的研究，Dyall-Smith及Bamford領(lǐng)導(dǎo)的課題組在嗜鹽古菌噬菌體研究方面也作出了巨大的貢獻。然而，與細菌噬菌體研究相比較，對嗜鹽古菌噬菌體的研究尚處在起步階段，表1列出了部分微生物學(xué)雜志 2012年2期2012-01-12
- 利用小亞基核糖體RNA技術(shù)分析溫室黃瓜近根土壤古菌和真菌多樣性
溫室黃瓜近根土壤古菌和真菌多樣性趙志祥1,2，蘆曉飛1，陳國華1，茆振川1，楊宇紅1，劉二明2，謝丙炎11 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院蔬菜花卉研究所，北京 1000812 湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)生物安全科技學(xué)院，長沙 410128土壤古菌和真菌在溫室生態(tài)系統(tǒng)是僅次于細菌的微生物，具有類似于細菌的重要生態(tài)功能。通過構(gòu)建古菌16S rRNA和真菌18S rRNA基因克隆文庫，分析溫室黃瓜近根土壤古菌和真菌群落結(jié)構(gòu)組成，為開發(fā)利用溫室這一特殊的生態(tài)環(huán)境中豐富的微生物資源以及理解微生物生物工程學(xué)報 2011年1期2011-09-29
- 海南島東部501站位沉積物古細菌多樣性研究
站位沉積物中擴增古菌16S rRNA基因構(gòu)建文庫, 并對得到的OTU（Operation taxonomic units）進行系統(tǒng)發(fā)育學(xué)分析。古菌文庫由泉古生菌（Crenarchaeota）和廣古生菌（Euryarchaeota）構(gòu)成, 其中泉古生菌占總克隆文庫的 96.8%, 由Ⅰ型海洋泉古生菌（Mraine crenarchaeotic groupⅠ,MGⅠ, 74.6%）、GROUP A（14.9%）和GROUP B（7.2%）三簇組成。廣古生菌GR海洋科學(xué) 2011年2期2011-09-24
- 西菲律賓海比科爾陸架深海沉積物古菌多樣性研究
爾陸架深海沉積物古菌多樣性研究格根塔娜1, 薩仁高娃2, 于心科2, 李鐵剛2, 周偉光1(1．內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 動物科學(xué)與醫(yī)學(xué)學(xué)院, 內(nèi)蒙古 呼和浩特 010018; 2．中國科學(xué)院 海洋研究所, 海洋地質(zhì)與環(huán)境重點實驗室, 山東 青島 266071)通過構(gòu)建16S rRNA基因文庫, 對西太平洋西菲律賓海東板比科爾陸架5個不同層位沉積物樣品中的古菌的多樣性進行了研究, 并獲得了465個有效克隆63個OTUs (Operational Taxonomic海洋科學(xué) 2011年11期2011-01-12
- 崔恒林：嗜鹽古菌的追尋者