差異基因
- 宮頸癌輻射敏感性差異基因的篩選及免疫相關(guān)性分析
敏感性的相關(guān)差異基因并進(jìn)行表達(dá)驗(yàn)證以及免疫相關(guān)性分析，以期為宮頸癌的治療提供新思路。1 材料與方法1.1 宮頸癌輻射敏感性差異基因的篩選1.1.1 數(shù)據(jù)來源及處理 從Gene Expression Omnibus（GEO）數(shù)據(jù)庫（https：//www. ncbi. nlm. nih.gov/geo/）中下載基因表達(dá)數(shù)據(jù)集GSE6213、GSE166466、GSE6791、GSE64217，分別基于平臺(tái)GPL2895，GPL23126，GPL570 及GP
山東醫(yī)藥 2023年29期2023-11-23
- 基于GEO數(shù)據(jù)庫篩選膠質(zhì)母細(xì)胞瘤相關(guān)差異基因及信號(hào)通路*
生發(fā)展相關(guān)的差異基因,為疾病的機(jī)制研究尋找新的靶標(biāo)和研究思路[5-6]。膠質(zhì)母細(xì)胞瘤屬于多基因疾病,其發(fā)生和惡性進(jìn)展與遺傳因素密切相關(guān)[7]。因此,本研究擬通過基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫(GEO)篩選出膠質(zhì)母細(xì)胞瘤相關(guān)的差異表達(dá)基因,探討這些潛在致病基因與膠質(zhì)母細(xì)胞瘤患者診斷、預(yù)后的相關(guān)性,為尋找新的標(biāo)志物指明方向。1 資料與方法1.1資料來源 本研究對GEO數(shù)據(jù)庫進(jìn)行檢索,選擇“human”為物種類別,檢索關(guān)鍵詞設(shè)定為“Glioma”,分析對象為GSE31262基
國際檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)雜志 2023年20期2023-11-01
- 利用數(shù)據(jù)庫解析高原紅細(xì)胞增多癥與肺動(dòng)脈高壓基因表達(dá)差異的關(guān)聯(lián)性*
篩選出共同的差異基因和信號(hào)通路,但因目前數(shù)據(jù)庫中關(guān)于HAPH相關(guān)基因的數(shù)據(jù)太少,本文就HAPC與PH的基因差異進(jìn)行比較和分析,旨在為進(jìn)一步探討HAPC與PH之間發(fā)病機(jī)制的異同及關(guān)聯(lián)提供理論依據(jù)。1 材料與方法1.1數(shù)據(jù)來源 使用GEO數(shù)據(jù)庫(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)對以人類為研究樣本的HAPC與PH基因數(shù)據(jù)進(jìn)行檢索,獲取GSE29977[9]、GSE53408[10]、GSE703[11]、GSE113439[1
檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)與臨床 2023年13期2023-07-14
- 生信篩選肝癌患者TACE治療效果相關(guān)基因
E無反應(yīng)組的差異基因,富集分析出相關(guān)的基因功能和信號(hào)通路,尋找可能作為預(yù)后基因的關(guān)鍵基因,為肝癌TACE治療提供新的思路。資料與方法1．?dāng)?shù)據(jù)來源和差異基因的篩選:GSE104580微陣列表達(dá)數(shù)據(jù)集包含來自GEO數(shù)據(jù)庫,包括81例TACE有反應(yīng)患者和66例TACE無反應(yīng)肝癌患者肝癌組織的數(shù)據(jù),命名為為TACE反應(yīng)組和TACE無反應(yīng)組。下載數(shù)據(jù)格式為MINiML。使用R軟件的Limma軟件包(版本:3.40.2)研究mRNA的差異表達(dá)。AdjustedP1或l
醫(yī)學(xué)研究雜志 2023年5期2023-06-09
- 基于生物信息學(xué)方法分析銀屑病病理機(jī)制中的調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)
差異分析；對差異基因進(jìn)行富集分析了解差異基因的生物學(xué)功能與途徑；利用數(shù)據(jù)庫預(yù)測差異基因靶向的TF群與miRNA群并構(gòu)建TF-miRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)圖來識(shí)別銀屑病相關(guān)基因的關(guān)鍵基因、miRNA和TF。1.1 數(shù)據(jù)來源 從GEO上下載銀屑病表達(dá)譜數(shù)據(jù)集(GSE41662與GSE166388)。GSE41662數(shù)據(jù)集包含24名銀屑病患者的病變皮膚和非病變皮膚樣品，該數(shù)據(jù)集對每名患者進(jìn)行2次活檢，分別進(jìn)行病變皮膚樣品與非病變皮膚樣品的收集，將獲得的48個(gè)皮膚樣品
遵義醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào) 2023年2期2023-03-02
- 基于生物信息學(xué)方法篩選頸動(dòng)脈粥樣硬化進(jìn)展的Hub基因及相關(guān)通路的研究
出相關(guān)疾病的差異基因。然而，獨(dú)立的微陣列分析常導(dǎo)致假陽性率。本研究從基因表達(dá)公共數(shù)據(jù)庫(GEO)中下載關(guān)于研究早期和晚期頸動(dòng)脈粥樣硬化的2個(gè)微陣列數(shù)據(jù)集(GSE43292[5]、GSE28829[6])，再將原始數(shù)據(jù)進(jìn)行一系列預(yù)處理后，篩選出與頸動(dòng)脈粥樣硬化進(jìn)展相關(guān)的差異基因。再對差異基因進(jìn)行基因本體論(GO)功能注釋和京都基因與基因組百科全書(KEGG)信號(hào)通路富集分析以尋找潛在的信號(hào)通路。然后，利用蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(STRIN
中國臨床保健雜志 2022年5期2022-11-23
- 基于生物信息學(xué)篩選WT關(guān)鍵基因
數(shù)據(jù)預(yù)處理與差異基因的篩選GEO2R是GEO數(shù)據(jù)庫自帶的在線分析工具。GEO2R提供了一個(gè)簡單的界面，允許用戶執(zhí)行復(fù)雜的基于r的GEO數(shù)據(jù)分析，以幫助識(shí)別和可視化差異基因表達(dá)[5]。利用geo2r對WT組織樣本和非癌組織樣本中的表達(dá)基因進(jìn)行差異分析并制作火山圖。下載geo2r分析后的數(shù)據(jù)，設(shè)置adj.p.Val2為截取值篩選出差異基因。1.3 基因本體論(Gene Ontology，GO)分析和信號(hào)通路(Pathway)分析DAVID(The Databa
云南醫(yī)藥 2022年5期2022-11-01
- 多殺性巴氏桿菌脂多糖刺激羊支氣管上皮細(xì)胞后的轉(zhuǎn)錄組測序與分析
析獲得的轉(zhuǎn)錄差異基因，并對轉(zhuǎn)錄差異基因進(jìn)行GO功能注釋和KEGG富集分析，為Pm LPS與宿主相互作用及其致病機(jī)制和疫苗的研發(fā)提供參考依據(jù)。1 材料與方法1.1 主要實(shí)驗(yàn)材料D 型Pm HN01 株（cp037861）和A 型Pm HN02 株（cp037865.1）由本實(shí)驗(yàn)室分離；LPS Extraction Kit 購自iNtRON 公司；羊支氣管上皮細(xì)胞SHP-iCell-a008、雙抗（青霉素/鏈霉素）和胰酶均購自賽百慷（上海）生物技術(shù)股份有限公司
中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報(bào) 2022年7期2022-10-06
- 雞皮膚毛囊生長差異基因的生物信息學(xué)分析
e和E9me差異基因，以及E7ep/E9ep、E7me/E9me差異基因中共同上下調(diào)基因分別導(dǎo)入STRING version 11.5在線軟件(https:∥string-db.org/)，得到蛋白互作(protein-protein interaction，PPI)網(wǎng)絡(luò)，同時(shí)將PPI網(wǎng)絡(luò)導(dǎo)入Cytoscape 3.8.2軟件進(jìn)行可視化。運(yùn)用STRINGAPP插件計(jì)算PPI網(wǎng)絡(luò)中各節(jié)點(diǎn)的拓?fù)鋮?shù)，基于Degree選擇PPI網(wǎng)絡(luò)排名前十的關(guān)鍵基因，找出網(wǎng)絡(luò)中
中國畜牧獸醫(yī) 2022年9期2022-09-22
- 早發(fā)冠心病血瘀證DNA羥甲基化相關(guān)差異基因研究
羥甲基化相關(guān)差異基因表達(dá)，以期尋找PCHD血瘀證診斷和治療的新靶點(diǎn)。方法 病例來自湖南中醫(yī)藥大學(xué)第二附屬醫(yī)院PCHD患者，分為PCHD血瘀證組（A組）和PCHD非血瘀證組（B組），各6例，采用DNA羥甲基化免疫共沉淀芯片技術(shù)分析兩組的相關(guān)羥甲基化差異基因表達(dá)情況，并對其進(jìn)行聚類分析、KEGG通路富集分析及GO功能富集分析。結(jié)果 A組與B組相比，高CpG密度啟動(dòng)子差異羥甲基化基因數(shù)目343個(gè)，低CpG密度啟動(dòng)子差異羥甲基化基因數(shù)目144個(gè)，通路富集分析得出P
湖南中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報(bào) 2022年4期2022-04-28
- Smad3與乳腺癌免疫相關(guān)基因關(guān)系研究
1.4 篩選差異基因并繪制熱圖和韋恩圖差異基因分析主要采用R語言Limma 包實(shí)現(xiàn)。免疫細(xì)胞與基質(zhì)細(xì)胞高低分組基因表達(dá)值分別進(jìn)行比較分析,選擇差異倍數(shù)大于1.0,顯著性小于0.05為差異基因,繪制基因熱圖。另外,對免疫細(xì)胞上調(diào)與基質(zhì)細(xì)胞上調(diào)取交集基因,免疫基因下調(diào)與基質(zhì)細(xì)胞下調(diào)取交集基因,R語言Ven包繪制韋恩圖,即獲得一個(gè)上調(diào)及下調(diào)的交集差異基因列表。1.5 Smad3基因高低組差異基因1 109例腫瘤樣本轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),按照Smad3基因表達(dá)的中位數(shù),將樣
甘肅科學(xué)學(xué)報(bào) 2022年2期2022-04-26
- 膿毒癥心肌功能障礙關(guān)鍵基因的篩選及生物信息學(xué)分析
據(jù)集1.2 差異基因篩選人體以膿毒癥患者及健康受試者分組，小鼠以CLP 及假手術(shù)分組。使用R 軟件對各組數(shù)據(jù)集進(jìn)行分析，采用P-Value＜0.05、Log2FC ＞1 為顯著性篩選條件，對小鼠共同差異基因進(jìn)行同源轉(zhuǎn)換，提取膿毒癥患者與動(dòng)物模型共同差異基因。見圖1。圖1 膿毒癥心肌功能障礙差異基因篩選流程1.3 差異基因生物功能分析對膿毒癥外周血及SIMD 差異基因進(jìn)行基因本體（gene ontology，GO）及京都基因和基因組數(shù)據(jù)庫（Kyoto enc
中國醫(yī)藥導(dǎo)報(bào) 2022年3期2022-02-16
- 基于生物信息學(xué)分析阿米巴痢疾基因表達(dá)譜的潛在生物靶標(biāo)
得。1.2 差異基因的篩選差異基因篩選數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化后，通過R軟件的limma包（Version 4.0.2）進(jìn)行差異基因的分析，以P＜0.05和|log2 fold change|＞1為截?cái)鄻?biāo)準(zhǔn)的基因?yàn)?span id="j5i0abt0b" class="hl">差異基因（Differentially Expressed Genes，DEPs）；使用Hiplot （https://hiplot.com.cn/online）在線分析工具繪制DEPs火山圖。1.3 差異蛋白的功能富集分析利用Hiplot對DGEs進(jìn)行富集分
生物化工 2021年6期2022-01-27
- 基于基因芯片的結(jié)直腸癌差異表達(dá)基因分析
;結(jié)直腸癌;差異基因;非編碼RNA結(jié)直腸癌（Colorectal?cancer）是全球范圍內(nèi)發(fā)病率最高的三種癌癥之一，因其較高的侵襲和轉(zhuǎn)移特性，結(jié)直腸癌導(dǎo)致死亡在癌癥相關(guān)的死亡中占據(jù)第二位[1]。結(jié)直腸癌的發(fā)生和進(jìn)展涉及基因調(diào)控的巨大變化，包括mRNA、miRNA和IncRNA。提供早期診斷和預(yù)后信息的生物標(biāo)志物在結(jié)直腸癌治療中具有重要意義。競爭性內(nèi)源RNA（competing?endogenous?RNA，ceRNA）假說認(rèn)為mRNA、lncRNA等轉(zhuǎn)錄
科學(xué)與生活 2021年24期2021-12-06
- 基于公共數(shù)據(jù)庫構(gòu)建甲狀腺癌差異基因Cox比例風(fēng)險(xiǎn)回歸模型對患者預(yù)后評估價(jià)值
與預(yù)后相關(guān)的差異基因;最后通過多因素Cox回歸分析成功構(gòu)建5個(gè)差異基因預(yù)測甲狀腺癌患者預(yù)后的模型，并結(jié)合患者臨床資料對模型進(jìn)行驗(yàn)證，用于判斷甲狀腺癌患者預(yù)后，現(xiàn)報(bào)告如下。1 資料與方法1.1資料收集和差異分析 在GEO數(shù)據(jù)庫中以“Thyroid cancer”為關(guān)鍵詞，選取人甲狀腺癌組織樣本轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)集GSE138198和GSE50901，使用R軟件及Sva功能包校正批次，利用Limma包分析差異基因，認(rèn)為符合|log2(Fold Change)|>0.5
臨床誤診誤治 2021年11期2021-11-24
- 基于基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫與中醫(yī)傳承輔助系統(tǒng)分析氣虛血瘀型腦梗死的中醫(yī)藥防治策略
瘀型腦梗死的差異基因及中醫(yī)藥防治方劑，并分析其作用機(jī)制，為氣虛血瘀型腦梗死的中醫(yī)藥防治策略提供理論依據(jù)。方法：采用生物信息學(xué)、數(shù)據(jù)挖掘、網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)等多學(xué)科交叉方法，對氣虛血瘀型腦梗死的中醫(yī)藥防治策略進(jìn)行探討。整合基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫（GEO）、中醫(yī)藥整合藥理學(xué)研究平臺(tái)（TCMIP）、GeneCards、PubChem、中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫與分析平臺(tái)（TCMSP）、STRING、WebGestalt、DAVID多數(shù)據(jù)庫資源及Cytoscape、R語言軟件工具，
世界中醫(yī)藥 2021年17期2021-09-28
- 臍帶間充質(zhì)干細(xì)胞治療乳腺癌核心靶點(diǎn)的預(yù)測
取治療疾病的差異基因，還能給出與疾病相關(guān)的生物學(xué)通路等信息。基于此種背景，本研究將通過采用GEO 數(shù)據(jù)庫利用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)和生物信息學(xué)的方法對所選臨床實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，研究UC-MSCs 治療BC 的核心靶點(diǎn)及差異基因，初步探索它們的作用與功能，希望能為治療BC 提供新的方向。1 UC-MSCs 治療BC 的材料與方法1.1 材料進(jìn)入NCBI（www.ncbi.com.cn）選擇GEO 數(shù)據(jù)庫以“Human umbilical cord”、“Homo sapi
神經(jīng)藥理學(xué)報(bào) 2021年6期2021-08-08
- 基于RNA測序?qū)Ψ蜗侔┖喜⒎嗡ㄈ磉_(dá)譜的生物信息學(xué)分析
并PE相關(guān)的差異基因，探討其發(fā)生的分子機(jī)制，為其早期診斷和治療奠定基礎(chǔ)。1 對象與方法1.1 研究對象 前瞻性研究。選取新疆醫(yī)科大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院2019年1～12月住院的肺腺癌合并肺栓塞患者4例為肺腺癌合并肺栓塞組，男3例，女1例；年齡范圍為31～62歲，年齡(48.5±12.9)歲，中位年齡50.5歲。選取同期入院的單純肺腺癌患者4例為肺腺癌組，男2例，女2例；年齡范圍為40～75歲，年齡(58.5±15.3)歲，中位年齡59.5歲。選取同期入院的單純肺
國際呼吸雜志 2021年11期2021-07-06
- 利用生物信息學(xué)分析方法研究糖酵解相關(guān)基因在宮頸癌組織中的表達(dá)譜
包對識(shí)別出的差異基因進(jìn)行GO 功能和KEGG 通路富集分析?；谠诰€網(wǎng)站String（https://string-db.org/）構(gòu)建的糖酵解相關(guān)差異基因蛋白互作網(wǎng)，利用cytoscape 軟件中的cytohubba 插件對這些差異基因進(jìn)行蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析。按照degree 大于10 的標(biāo)準(zhǔn)，識(shí)別蛋白互作網(wǎng)絡(luò)中的核心基因。2 結(jié)果2.1 篩選差異基因的結(jié)果本次研究中共篩選出76 個(gè)差異基因。其中包括54 個(gè)基于正常宮頸組織基因上調(diào)的差異基因，22 個(gè)基于
當(dāng)代醫(yī)藥論叢 2021年9期2021-05-19
- 基于生物信息學(xué)篩選、分析和驗(yàn)證骨肉瘤差異基因*
數(shù)據(jù)從而找出差異基因，并通過Gene Ontology(GO)富集分析、Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)通路分析和蛋白互作(protein-protein interactions,PPI)網(wǎng)絡(luò)圖找出最具有意義的基因，為新的治療方案提供參考或線索。1 材料和方法1.1 基因芯片的檢索和選取登錄GEO數(shù)據(jù)庫(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)，輸入檢索目標(biāo)“osteos
腫瘤預(yù)防與治療 2021年3期2021-04-02
- 基于生物信息學(xué)途徑探究卵巢癌關(guān)鍵預(yù)后基因
法1. 共同差異基因的篩選：將GSE14407、GSE18520、GSE54388和GSE66957芯片數(shù)據(jù)導(dǎo)入R語言(https://www.r-project.org/)軟件中，使用affy包對上述數(shù)據(jù)集的原始數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化處理，并運(yùn)用Limma包(http：//www.bioconductor.org/package/release/bioc/html/limma.html/)對GEO芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行差異計(jì)算，篩選閾值設(shè)為校正后P2.共同差異基因的功能富
中國生育健康雜志 2021年1期2021-02-03
- 急性心肌梗死不同類型標(biāo)本的共同差異基因
本中識(shí)別共同差異基因，更具普遍性意義，同時(shí)應(yīng)用定量準(zhǔn)確、重現(xiàn)性非常好的實(shí)時(shí)熒光定量PCR驗(yàn)證基因表達(dá)，更加可靠，并探討這些基因表達(dá)差異的生物信息學(xué)意義，從而進(jìn)一步擴(kuò)充AMI分子致病機(jī)制基因方向的研究，為預(yù)防及診治AMI提供新的依據(jù)。1 材料與方法1.1芯片生物分析1.1.1獲取基因表達(dá)譜數(shù)據(jù) 搜索美國國立生物技術(shù)信息中心(NCBI)GEO數(shù)據(jù)庫，關(guān)鍵詞為 “Acute myocardial infarction”,“AMI”,and “Gene expre
中國老年學(xué)雜志 2021年1期2021-01-06
- 基于生信分析探討吸煙肺腺癌患者自噬相關(guān)基因及其機(jī)制
的樣本之間的差異基因。差異基因篩選標(biāo)準(zhǔn)為調(diào)整后的P2。選擇數(shù)據(jù)集相交處的差異基因(GSE32863、GSE75037 和TCGA)進(jìn)行后續(xù)研究。R 軟件繪制熱圖。1.3 差異基因的富集分析 使用在線數(shù)據(jù)庫DAVID 6.8 (https：//david.ncifcrf.gov)進(jìn) 行 吸煙肺腺癌患者的差異基因富集分析。以人源基因?yàn)楸尘斑M(jìn)行GO 基因注釋和京都基因和基因組百科全書 (Kyoto Encyclopedia of Genes and Geno m
國際呼吸雜志 2020年22期2020-11-30
- 干燥綜合征基因差異譜的生物信息學(xué)分析
干燥綜合征的差異基因，為干燥綜合征的治療提供新靶點(diǎn)。方法：在GEO數(shù)據(jù)庫中下載并篩選干燥綜合征相關(guān)的差異表達(dá)基因，利用STRING在線數(shù)據(jù)庫構(gòu)建蛋白與蛋白相互作用關(guān)系網(wǎng)絡(luò)，運(yùn)用Cytoscape軟件篩選出關(guān)鍵基因，通過DAVID數(shù)據(jù)平臺(tái)對差異基因進(jìn)行基因本體論（GO）和京都基因與基因組百科全書（KEGG）富集分析。結(jié)果：通過分析基因芯片GSE127952后獲得406個(gè)差異基因，篩選出STAT1、MX1、IFIT1、IFIT3、ISG15等10個(gè)關(guān)鍵基因;G
風(fēng)濕病與關(guān)節(jié)炎 2020年9期2020-11-17
- 基于高通量測序的都勻地區(qū)福鼎大白種茶樹根莖葉分析
因。葉與莖的差異基因有5 595個(gè)，其中2 769個(gè)在莖中上調(diào)，2 826個(gè)下調(diào)，葉與根有9 650個(gè)差異基因，5 056個(gè)上調(diào)，4 594個(gè)下調(diào)，莖與根中有5 644個(gè)差異基因，2 938個(gè)上調(diào)，2 706個(gè)下調(diào)，并通過GO和KEGG分析，將差異基因進(jìn)行功能注釋和富集分析。上述結(jié)果為揭示都勻地區(qū)福鼎大白種茶參與類黃酮、茶氨酸和咖啡堿等代謝途徑相關(guān)的基因提供了參考，為選育優(yōu)良品種等提供了理論依據(jù)。關(guān)鍵詞：都勻地區(qū)，福鼎大白種，根莖葉，高通量測序，差異基因中
廣西植物 2020年9期2020-11-02
- 膿毒血癥患者急性肺損傷的差異基因表達(dá)分析
合并ALI的差異基因進(jìn)行探討。1 材料與方法1.1 一般資料 本文患者資料來源為美國國立生物技術(shù)信息中心公共數(shù)據(jù)庫,患者為匹茲堡大學(xué)醫(yī)學(xué)中心ICU 中的13 例膿毒血癥合并ALI患者和21例單純膿毒血癥患者。每例患者入院后48 h內(nèi)取全血,提取RNA 進(jìn)行基因表達(dá)譜分析和比較分析。1.2 基因芯片GSE10474數(shù)據(jù)集的下載 本研究首先從美國國立生物技術(shù)信息中心公共數(shù)據(jù)平臺(tái)GEO 下載基因芯片GSE10474 數(shù)據(jù)集,其中包括13例膿毒血癥合并ALI患者和
國際呼吸雜志 2020年18期2020-10-12
- 基于生物信息學(xué)分析對膠質(zhì)母細(xì)胞瘤特異性生物標(biāo)志物的篩查
。1.2篩選差異基因 使用在線軟件GEO2R篩選GSE 116520數(shù)據(jù)集中TC、PT和Control組織兩兩之間的差異基因。以adj.P值2為標(biāo)準(zhǔn)來篩選差異表達(dá)基因。利用Venn圖網(wǎng)站分析上述三組之間的差異表達(dá)基因的交叉。1.3分析轉(zhuǎn)錄因子和調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 使用在線網(wǎng)站X2K(Expression2Kinases)查找轉(zhuǎn)錄因子(Transcription factor，TF)與其靶基因之間的調(diào)控關(guān)系。選取TC vs Control與PT vs TC差異基因的交
- 多發(fā)性骨髓瘤患者與健康人脂肪基質(zhì)細(xì)胞差異的關(guān)鍵基因測定及分析
.gov)對差異基因進(jìn)行基因聚類分析(GO聚類分析和KEGG通路分析)。腫瘤關(guān)鍵基因的生存預(yù)后分析由癌癥數(shù)據(jù)在線分析、挖掘網(wǎng)站(UALCAN http：//www.ualcan.path.edu/index.html)在線分析而得。2 健康和MM患者脂肪基質(zhì)細(xì)胞差異基因的篩選下載GSE133346微陣列芯片數(shù)據(jù)包，通過R語言軟件對芯片進(jìn)行質(zhì)量監(jiān)控，在確認(rèn)芯片質(zhì)量的情況下對芯片數(shù)據(jù)RMA法矯正。平臺(tái)文件GPL570-55999對矯正后數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換基因ID至國際通
解放軍醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào) 2020年4期2020-07-08
- 帕金森病關(guān)鍵基因及通路的篩選及其生物信息學(xué)分析
片數(shù)據(jù)，尋找差異基因及其關(guān)鍵通路。 方法 利用GEO數(shù)據(jù)庫中高通量基因芯片數(shù)據(jù)庫篩選出帕金森病患者與健康對照的芯片。采用GO基因功能注釋和KEGG通路富集分析，篩選出帕金森病的特征基因簇和通路，并進(jìn)行蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)可視化分析。 結(jié)果 篩選出15個(gè)差異基因及7個(gè)關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)蛋白。經(jīng)差異基因分析后，發(fā)現(xiàn)神經(jīng)絲、網(wǎng)格蛋白包被組裝及多巴胺受體信號(hào)通路富集程度最高。 結(jié)論 本研究利用生物信息學(xué)方法，從不同的角度研究帕金森病的遺傳學(xué)背景，在基因?qū)用鏋榕两鹕〉脑\斷學(xué)標(biāo)
中國現(xiàn)代醫(yī)生 2020年12期2020-07-04
- 原發(fā)性干燥綜合征差異基因及潛在治療藥物的生物信息分析
照組織之間的差異基因，分析與pSS相關(guān)基因和信號(hào)通路，探討pSS可能的發(fā)生機(jī)制，并利用pSS相關(guān)基因篩選潛在治療藥物，為pSS的的進(jìn)一步研究提供線索。1 材料與方法1.1GEO數(shù)據(jù)集獲取 基因表達(dá)綜合系統(tǒng)(GEO)下載GSE7451[6]、GSE40611[7]、GSE127952 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE127952) 3個(gè)原發(fā)性干燥綜合征基因表達(dá)數(shù)據(jù)作為分析數(shù)據(jù)集，同
臨床薈萃 2020年6期2020-05-21
- 3種糖尿病腎病動(dòng)物模型的共同差異基因篩選
鼠的腎小球的差異基因。篩選標(biāo)準(zhǔn)為P1.5，即|logFC|>0.585。對3種鼠模型取交集，找到共同差異表達(dá)基因。1.4富集分析為了確定共同差異基因富集的生物過程、細(xì)胞組分、分子功能以及生物途徑，進(jìn)行基因本體論(Gene Ontology, GO)富集和京都基因和基因組百科全書(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes , KEGG)途徑分析[9]，使用生物學(xué)信息注釋數(shù)據(jù)庫(the database for annot
醫(yī)學(xué)研究生學(xué)報(bào) 2020年2期2020-03-27
- 心肌梗死后心力衰竭大鼠左心室心肌基因組學(xué)特征的生物信息學(xué)研究
）。1.2 差異基因分析 應(yīng)用GEO2R 在線軟件（www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/）篩選兩組差異基因，并選取上調(diào)、下調(diào)倍數(shù)最顯著的基因各20 個(gè)進(jìn)行分析。1.3 功能及信號(hào)通路富集分析 將40 個(gè)差異基因提交至DAVID 6.8 數(shù)據(jù)庫（www.david.abcc.ncifcrf.gov）進(jìn)行GO 功能富集分析及KEGG Pathway 富集分析，并通過在線工具webgestalt（www.webgestalt.org）進(jìn)
實(shí)用心腦肺血管病雜志 2020年1期2020-03-09
- 利用生物信息學(xué)分析鑒定鼻咽癌轉(zhuǎn)移的信號(hào)通路及核心基因
細(xì)胞對比芯片差異基因進(jìn)行比對獲得共同差異基因。利用基因本體論（GO）和京都百科全書基因和基因組數(shù)據(jù)庫（KEGG）對共同差異基因進(jìn)行富集并利用 DAVIDE 在線進(jìn)行分析。共同差異基因的蛋白質(zhì)互作（PPI）網(wǎng)絡(luò)由 STRING 數(shù)據(jù)庫構(gòu)建。Hub 基因分析通過 Cytoscape 軟件中的 cytoHubba 插件制作。關(guān)鍵基因的生存分析通過 Kaplan Meier-plotter 數(shù)據(jù)庫分析獲得。GSE103611 數(shù)據(jù)集中共鑒定出差異基因共 3301
中國醫(yī)藥生物技術(shù) 2019年6期2019-12-23
- 基于GEO數(shù)據(jù)庫分析類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎的關(guān)鍵差異基因
風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎的差異基因，為類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎的治療提供新的靶點(diǎn)。方法：檢索GEO數(shù)據(jù)庫中關(guān)于類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎的相關(guān)芯片，借助R語言分析差異基因，構(gòu)建差異基因蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用關(guān)系（PPI），拓?fù)浜Y選關(guān)鍵差異基因，利用DAVID數(shù)據(jù)庫對關(guān)鍵差異基因進(jìn)行GO富集分析和KEGG通路分析。結(jié)果：①檢索GEO數(shù)據(jù)庫確定序列號(hào)為GSE55457的芯片，利用R語言分析篩選出300個(gè)差異基因，通過String數(shù)據(jù)庫構(gòu)建PPI，運(yùn)用自由度拓?fù)浜Y選出197個(gè)關(guān)鍵差異基因;②通過DAV
風(fēng)濕病與關(guān)節(jié)炎 2019年10期2019-12-02
- 轉(zhuǎn)錄組測序研究蘭州百合抗凍關(guān)鍵基因及途徑
2.3.1 差異基因GO富集分析 將所有差異表達(dá)基因映射到Gene Ontology 數(shù)據(jù)庫的各個(gè)功能分類中，計(jì)算每個(gè)分類的基因數(shù)目，與整體基因組背景相比，找出在差異表達(dá)基因中顯著富集的功能分類。對上調(diào)的差異基因進(jìn)行富集分析，結(jié)果（圖4）發(fā)現(xiàn)，在細(xì)胞成分中，差異基因富集效果較明顯的有細(xì)胞核，基因占比13.81%；細(xì)胞內(nèi)細(xì)胞器，基因占比16.06%；面上細(xì)胞器，基因占比16.06%。分子功能中差異基因富集效果較明顯的功能有鈣離子結(jié)合，基因占比3.52%；離子
廣東農(nóng)業(yè)科學(xué) 2019年8期2019-10-10
- 棉鈴蟲Bt抗感品系的轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)分析
果顯示，Bt差異基因主要富集在氨肽酶、蛋白酶通路，可能對抗性產(chǎn)生影響。該研究為解釋棉鈴蟲Bt抗性機(jī)理、挖掘新的抗性基因提供了重要依據(jù)。關(guān)鍵詞：棉鈴蟲;Bt抗性;轉(zhuǎn)錄組測序;差異基因中圖分類號(hào)：S435.622+.3：Q786文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)號(hào)：A文章編號(hào)：1001-4942（2019）07-0005-05Abstract Cotton bollworm （Helicoverpa armigera） is a global agricultural pest tha
山東農(nóng)業(yè)科學(xué) 2019年7期2019-09-03
- 基于GEO和TCGA數(shù)據(jù)庫分析促癌基因INHBA和抑癌基因CLCA4、CA4在結(jié)直腸癌中表達(dá)*
篩選結(jié)直腸癌差異基因，分析生存曲線，為早期診斷結(jié)直腸癌提供新的標(biāo)志物及其治療提供理論依據(jù)。1 材料與方法1.1 GEO數(shù)據(jù)庫芯片篩選本研究通過檢索NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/),選擇GEO Datasets，檢索Colorectal cancer，選擇Homo sapiens ，共檢索出27723芯片。選擇GSE21510，包含104例樣本；GSE25071，包含50例樣本；GSE32323，包含10例樣本。3組共納
中國應(yīng)用生理學(xué)雜志 2019年3期2019-07-03
- 肥胖大鼠經(jīng)Roux-en-Y胃旁路術(shù)減重后脂肪組織差異基因表達(dá)的生物信息學(xué)分析
1.2.1 差異基因的篩選 利用R語言中“l(fā)imma”包篩選差異基因[3],篩選標(biāo)準(zhǔn)為P1。1.2.2 差異基因的GO功能和KEGG Pathway富集分析 采用DAVID在線數(shù)據(jù)庫(https://david.ncifcrf.gov/)對差異基因進(jìn)行Gene Ontology(GO)和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)Pathway富集分析,以P1.2.3 差異基因所編碼蛋白質(zhì)相互作用(protei
山西醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào) 2019年4期2019-04-25
- 基于GEO數(shù)據(jù)庫對骨關(guān)節(jié)炎滑膜差異基因的篩選及生物信息學(xué)分析
常關(guān)節(jié)滑膜間差異基因進(jìn)行分析，探索骨關(guān)節(jié)炎的發(fā)病機(jī)制。方法：從GEO數(shù)據(jù)庫下載關(guān)節(jié)滑膜基因芯片數(shù)據(jù)庫，利用GEO2R篩選出差異基因，DAVID 6.7數(shù)據(jù)庫對差異基因進(jìn)行功能GO分析及KEGG信號(hào)通路分析，String-db數(shù)據(jù)庫構(gòu)建蛋白之間的相互作用網(wǎng)絡(luò)圖（PPI），并采用Cytoscape 3.6.1軟件獲取關(guān)鍵靶基因。結(jié)果：GEO2R共篩選出差異基因490個(gè)，包含上調(diào)基因61個(gè)，下調(diào)基因429個(gè)，其主要涉及細(xì)胞分化、細(xì)胞生長、骨骼肌器官發(fā)育、cAMP
風(fēng)濕病與關(guān)節(jié)炎 2019年2期2019-04-15
- 順鉑耐藥相關(guān)基因的篩選、驗(yàn)證及生物信息學(xué)分析?
方法分析共同差異基因并運(yùn)用實(shí)時(shí)熒光定量PCR(qRT-PCR)進(jìn)行驗(yàn)證，同時(shí)分析差異基因表達(dá)對患者預(yù)后的影響，旨在篩選出在不同腫瘤細(xì)胞順鉑耐藥形成中共同起作用的關(guān)鍵基因，為臨床尋找逆轉(zhuǎn)順鉑耐藥和改善患者預(yù)后的新靶標(biāo)提供理論基礎(chǔ)，現(xiàn)報(bào)道如下。1 材料與方法1.1基因芯片數(shù)據(jù)收集 從基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫GEO(www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)中下載得到ID號(hào)為GSE33482的卵巢上皮癌mRNA芯片數(shù)據(jù)及ID號(hào)為GSE108214的肺腺癌mRNA芯
重慶醫(yī)學(xué) 2019年1期2019-02-16
- 巨噬細(xì)胞極化相關(guān)差異基因的篩選及其在膿毒癥中的潛在治療價(jià)值
巨噬細(xì)胞極化差異基因，尋找調(diào)節(jié)膿毒癥炎癥反應(yīng)的潛在治療靶點(diǎn)，提高膿毒癥患者的生存率，改善預(yù)后。1 資料與方法1.1數(shù)據(jù)來源從綜合性基因表達(dá)(gene expression omnibus，GEO)數(shù)據(jù)庫選取GSE5099和GSE57614 2套基因芯片數(shù)據(jù)集，其中GSE5099種屬為人，芯片平臺(tái)為GPL96[HG-U133A] Affymetrix Human Genome U133A Array、GPL97[HG-U133B] Affymetrix Hu
- 干旱脅迫下谷子的轉(zhuǎn)錄組分析
，對篩選出的差異基因進(jìn)行分析及歸類。2 結(jié)果與分析2.1 不同時(shí)間處理后差異基因分析在 RNA-seq 技術(shù)中，F(xiàn)PKM (expected number of Fragments Per Kilobase of transcript sequence per Millions base pairs sequenced) 是每百萬測序堿基中來自某一基因每千堿基長度的fragments數(shù)目，其同時(shí)考慮了測序深度和基因長度對fragments計(jì)數(shù)的影響，是目前
山東農(nóng)業(yè)科學(xué) 2018年10期2018-11-05
- 腎透明細(xì)胞癌基因表達(dá)譜芯片的生物信息學(xué)分析
序數(shù)據(jù)進(jìn)行了差異基因篩選，并進(jìn)行了生物信息學(xué)分析，包括通路富集、蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(protein-protein interaction, PPI)網(wǎng)絡(luò)分析和生存分析，旨在為ccRCC分子機(jī)制研究提供基礎(chǔ)。對象與方法一、數(shù)據(jù)下載本文從GEO(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)下載ccRCC mRNA表達(dá)譜芯片GSE53757，該數(shù)據(jù)集有144個(gè)樣本，其中包括72例ccRCC及72例正常腎臟組織。同時(shí)從TCGA(http
現(xiàn)代泌尿生殖腫瘤雜志 2018年4期2018-10-10
- 基因芯片技術(shù)檢測NOB1對骨肉瘤細(xì)胞相關(guān)基因的調(diào)控作用
的基因，并對差異基因進(jìn)行相關(guān)分析，為進(jìn)一步研究NOB1在骨肉瘤中的功能奠定分子基礎(chǔ)。1 材料與方法1.1 細(xì)胞株、主要試劑和儀器 Lv-shNOB1-U2OS細(xì)胞株及其相應(yīng)的對照細(xì)胞Lv-shCon-U2OS細(xì)胞株由本課題組建立。RNA LabChip○Rkits、RNA 6000 nano marker、表達(dá)譜芯片配套試劑盒、Gene Expression Hybridization Kit和Gene Expression Wash Buffer Kit
- 胃腺癌預(yù)后基因的篩選和分析
息。1.2 差異基因的篩選方法本研究中數(shù)據(jù)主要采用R語言edgeR包進(jìn)行數(shù)據(jù)分析,edgeR包是bioconductor中專門用于處理RNA-seq數(shù)據(jù)的基于R語言的軟件包,可對基因數(shù)據(jù)進(jìn)行處理、分析。差異基因的篩選條件為差異倍數(shù)FC>1,P1.3 GO和Pathway富集方法使用DAVID(https://david.ncifcrf.gov/)在線基因注釋軟件對差異基因進(jìn)行Gene Ontology(GO)功能和Pathway生物通路富集分析,FDR1.
山西醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào) 2018年5期2018-06-06
- 妊娠期乳腺癌相關(guān)基因的生物信息學(xué)分析
理數(shù)據(jù)和分析差異基因：主要是按照統(tǒng)計(jì)學(xué)分析方式對芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，首先需要將數(shù)據(jù)上傳至專業(yè)軟件中，通過該軟件處理數(shù)據(jù)，并且使用t檢驗(yàn)對兩組數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。按照腫瘤上皮組織和正常上皮組織進(jìn)行分組，之后對比分析兩組樣本的數(shù)據(jù)。過濾數(shù)據(jù)信息，篩選差異基因。（2）差異基因的基因本體論通路分析和富集分析：首先就是生物學(xué)信息注視數(shù)據(jù)庫，在大規(guī)?；蛄斜懋?dāng)中找尋生物功能注釋信息，此次篩選的差異基因上傳DAVID在線軟件，在其中選擇基因功能注釋指令，需要全面分析以上基因的細(xì)
實(shí)用婦科內(nèi)分泌雜志(電子版) 2018年2期2018-01-29
- 基于高通量測序的藥用植物“鳳丹”根皮的轉(zhuǎn)錄組分析
次生代謝； 差異基因； 簡單重復(fù)序列Next generation sequencing and transcriptome analysis ofroot bark from Paeonia suffruticosa cv Feng DanXIE Dongmei1，2， YU Nianjun1*， HUANG Luqi2*， PENG Daiyin1， LIU Congbin1， ZHU Yuejian3， HUANG Hao4（1 Institute
中國中藥雜志 2017年15期2017-08-30
- 基于高通量測序的藥用植物“鳳丹”根皮的轉(zhuǎn)錄組分析
次生代謝； 差異基因； 簡單重復(fù)序列Next generation sequencing and transcriptome analysis ofroot bark from Paeonia suffruticosa cv Feng DanXIE Dongmei1，2， YU Nianjun1*， HUANG Luqi2*， PENG Daiyin1， LIU Congbin1， ZHU Yuejian3， HUANG Hao4（1 Institute
中國中藥雜志 2017年15期2017-08-30
- 紫檀芪處理對釀酒酵母基因組表達(dá)變化的影響
；釀酒酵母；差異基因；基因表達(dá)中圖分類號(hào)：Q786文獻(xiàn)標(biāo)志碼：A文章編號(hào)：1002-1302（2017）05-0044-02紫檀芪（3，5-二甲氧基-4′-羥基二苯乙烯）廣泛存在于葡萄、廣西血竭和蜂膠中，是目前研究較多的白藜蘆醇天然衍生物[1-3]。紫檀芪的體外抗真菌特性比白藜蘆醇高5～10倍[4]，然而對其抗菌分子機(jī)制的相關(guān)研究相對較少。本研究分析紫檀芪作用釀酒酵母基因芯片數(shù)據(jù)，為了解白藜蘆醇處理對真菌基因表達(dá)變化的影響，以及為其抗真菌的分子機(jī)制提供理論
江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2017年5期2017-04-15
- 紫檀芪處理對釀酒酵母基因組表達(dá)變化的影響
；釀酒酵母；差異基因；基因表達(dá)中圖分類號(hào)：Q786文獻(xiàn)標(biāo)志碼：A文章編號(hào)：1002-1302（2017）05-0044-02紫檀芪（3，5-二甲氧基-4′-羥基二苯乙烯）廣泛存在于葡萄、廣西血竭和蜂膠中，是目前研究較多的白藜蘆醇天然衍生物[1-3]。紫檀芪的體外抗真菌特性比白藜蘆醇高5～10倍[4]，然而對其抗菌分子機(jī)制的相關(guān)研究相對較少。本研究分析紫檀芪作用釀酒酵母基因芯片數(shù)據(jù)，為了解白藜蘆醇處理對真菌基因表達(dá)變化的影響，以及為其抗真菌的分子機(jī)制提供理論
江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2017年5期2017-04-15
- 利用生物信息學(xué)發(fā)現(xiàn)基因HADH與SRC為卵巢癌潛在治療靶基因
據(jù)分析，獲得差異基因。利用Cluego[2]對所有差異表達(dá)基因進(jìn)行基因本體論（Gene Ontology，GO）富集分析和信號(hào)通路的富集分析（KyotoEncyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）。最后利用Cytoscape[3]對所有差異基因的編碼蛋白構(gòu)建蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)（PPI）。2 結(jié) 果2.1 芯片數(shù)據(jù)經(jīng)過檢索與整理，將卵巢癌基因芯片GSE105437數(shù)據(jù)納入研究。2.2 差異基因選擇利用在線工具GEO2R 進(jìn)行芯
臨床醫(yī)藥文獻(xiàn)雜志(電子版) 2017年97期2017-03-20
- 兩個(gè)品種馬骨髓基因表達(dá)譜分析
髓；表達(dá)譜；差異基因蒙古馬（Mongolian horse）是我國乃至世界著名的地方品種之一，具有抗病力強(qiáng)，持久力好，抗嚴(yán)寒、耐粗飼等優(yōu)點(diǎn)，能夠適應(yīng)惡劣的氣候及粗放的飼養(yǎng)條件，可以識(shí)別毒草而不中毒，除寄生蟲病和外傷，很少發(fā)生內(nèi)科疾?。?］。蒙古馬具有的這些優(yōu)良性狀與其長期生活的環(huán)境和遺傳因素有著直接的關(guān)系。對于某一性狀的研究，可以通過與此性狀相關(guān)的組織器官入手，研究與該性狀相關(guān)的候選基因或者篩選出與該性狀相關(guān)的基因［2－3］。骨髓（Bone marrow）
畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào) 2016年5期2016-07-16
- 利用cDNA陣列初步發(fā)掘橡膠樹抗寒相關(guān)基因
種質(zhì)材料間的差異基因有21個(gè)，其中在93-114中上調(diào)的有12個(gè)，下調(diào)的有9個(gè)。進(jìn)一步對這些基因進(jìn)行了功能注釋。關(guān)鍵詞 橡膠樹；cDNA文庫；cDNA陣列；抗寒；差異基因中圖分類號(hào) Q78；S794.1 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼 AAbstract The rubber tree cDNA arrays containing 11 708 unigenes were constructed using a cold inducing cDNA library. The
熱帶作物學(xué)報(bào) 2016年6期2016-05-30
- 杜仲葉片不同發(fā)育時(shí)期數(shù)字基因表達(dá)譜分析
分析,共獲得差異基因3 002個(gè),其中1 764個(gè)表達(dá)量上調(diào),1 238個(gè)下調(diào),這些差異表達(dá)基因主要行使催化、氧化還原等功能,參與代謝過程和生物過程等;進(jìn)一步Pathway富集分析發(fā)現(xiàn),苯丙素類生物合成途徑相關(guān)基因被富集,其中調(diào)控綠原酸合成的6個(gè)基因差異表達(dá)顯著;對這些基因表達(dá)模式進(jìn)行分析顯示,4月中旬和9月中旬基因的表達(dá)量較高,暗示這兩個(gè)時(shí)期對于綠原酸的合成具有重要作用。熒光定量RT-PCR檢測6個(gè)綠原酸合成相關(guān)基因和12個(gè)隨機(jī)選擇的差異表達(dá)基因,驗(yàn)證結(jié)
西北植物學(xué)報(bào) 2016年2期2016-03-24
- 利用基因芯片技術(shù)篩選食管癌細(xì)胞侵襲轉(zhuǎn)移的相關(guān)分子靶標(biāo)
109-T4差異基因有80個(gè)：與母系比較，在Eca109-T4中上調(diào)表達(dá)的基因有34個(gè)，下調(diào)表達(dá)的基因有46個(gè)。經(jīng)qRT-PCR驗(yàn)證：CXCR7在Eca109-T4中的mRNA表達(dá)量(9.86±1.38)顯著高于Eca109(6.04±1.88，P0.05)無明顯差異。結(jié)論基因芯片技術(shù)是一高效篩選食管癌侵襲轉(zhuǎn)移相關(guān)基因的方法，CXCR7、SDC2、HSP90α1等基因可能與食管癌侵襲轉(zhuǎn)移機(jī)制相關(guān)。關(guān)鍵詞〔〕食管癌；轉(zhuǎn)移；基因芯片；差異基因中圖分類號(hào)〔〕R7
中國老年學(xué)雜志 2015年8期2015-12-30
- 基于文獻(xiàn)挖掘的前列腺癌蛋白組學(xué)與基因組學(xué)差異基因的生物信息學(xué)分析
學(xué)與基因組學(xué)差異基因的生物信息學(xué)分析陳晨，曹笑歌，張立國，么安亮，劉健，康紹叁，高偉興，韓會(huì)，曹鳳宏，李治國目的通過前列腺癌(PCa)蛋白組學(xué)與基因組學(xué)文獻(xiàn)，挖掘與PCa存在相關(guān)性并缺乏具體研究的差異基因，并分析其參與的生物過程與通路。方法計(jì)算機(jī)檢索PubMed數(shù)據(jù)庫，檢索策略:“(prostate cancer［Title］) AND Proteomics”“(prostate cancer［Title］)AND Genomics”，時(shí)間限定為建庫至20
中國全科醫(yī)學(xué) 2015年32期2015-09-14
- 肥胖患者性別差異的基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)分析
1.2.1 差異基因分析:使用qlucore omics explorer 3.0(http://www.qlucore.com/)，對數(shù)據(jù)集GDS3602進(jìn)行差異基因分析，將數(shù)據(jù)集中樣本按肥胖女性O(shè)F組(obese female)、肥胖男性O(shè)M組(obese male)、正常女性LF組(lean female)、正常男性LM組(lean male)進(jìn)行分組，以性別分類對其進(jìn)行兩組比較(two group comparison)，方差過濾取值0.001，P
基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)與臨床 2015年6期2015-05-11
- SSH技術(shù)在絲狀真菌功能基因篩選中的應(yīng)用
SH）技術(shù)；差異基因；絲狀真菌；篩選中圖分類號(hào)：Q949.32；Q78 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼：A 文章編號(hào)：0439-8114（2014）03-0500-05近年來隨著分子生物學(xué)的不斷發(fā)展，差異表達(dá)基因已逐漸成為功能基因組學(xué)研究的熱點(diǎn)，分離、克隆、敲除某些具有特定功能的差異表達(dá)基因可為進(jìn)一步揭示生物性狀的調(diào)控機(jī)制奠定基礎(chǔ)。目前，用于差異表達(dá)基因研究的技術(shù)主要有差異顯示PCR （Differential display PCR，DDRT-PCR）、代表性差異分析PCR
湖北農(nóng)業(yè)科學(xué) 2014年3期2014-07-21