登錄號(hào)
- 受棉鈴蟲誘導(dǎo)的棉花糖基轉(zhuǎn)移酶UGT基因家族的生物信息學(xué)及表達(dá)分析
物種來(lái)源及基因登錄號(hào)來(lái)自棉花的基因UGTG01(基因登錄號(hào),KX398934)、UGTG02(基因登錄號(hào),KX398935)、UGTGo4(基因登錄號(hào),MN701073)、UGTGo6(基因登錄號(hào),MN812721),UGTGo7(基因登錄號(hào),MN820705);來(lái)自山芥的基因BvUGT1(基因登錄號(hào),JQ29161)、BvUGT73C9(基因登錄號(hào),JQ291612)、BvUGT73C10(基因登錄號(hào),JQ291613)、BvUGT73C11(基因登錄號(hào)
新疆農(nóng)業(yè)科學(xué) 2023年10期2023-11-10
- 云南省怒江州獨(dú)龍牛內(nèi)阿米巴原蟲的感染情況調(diào)查
07/BEL(登錄號(hào):GU437825)、中國(guó)的牛源Entamoebasp.MG107/BEL(登錄號(hào):MT734309)、中國(guó)的牛源E.bovis(登錄號(hào):MT734187)、冰島的鹿源E.bovis(登錄號(hào):FN666252)、瑞典的羊源E.bovis(登錄號(hào):FN666250)、瑞典的牛源E.bovis(登錄號(hào):FN666249)、瑞典的鹿源Entamoebasp.RL1(登錄號(hào):FN666253)、瑞典的牛源Entamoebasp.RL2(登錄號(hào):
動(dòng)物醫(yī)學(xué)進(jìn)展 2023年10期2023-10-24
- 安徽省5株新型鵝星狀病毒的分離鑒定與遺傳進(jìn)化分析
GenBank登錄號(hào):MF772821),設(shè)計(jì)7對(duì)引物(表2),包含病毒的全基因組且相互重疊。引物委托南京擎科生物科技有限公司合成。表2 GAstV全基因測(cè)序引物的基本信息Table 2 Basic information of primers for genome sequencing of GAstV取上述分離到的GAstV各毒株的F3代病毒液進(jìn)行RNA提取與反轉(zhuǎn)錄,其中,反轉(zhuǎn)錄引物使用各段測(cè)序引物的下游引物。利用設(shè)計(jì)的引物對(duì)各毒株的全基因組序列分段擴(kuò)
浙江農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2023年5期2023-06-09
- 基于NCBI核酸數(shù)據(jù)庫(kù)的田頭菇屬Agrocybe真菌系統(tǒng)發(fā)育探析
致；其次，不同登錄號(hào)的濕粘田頭菇A.erebia 單獨(dú)聚為一類，系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系較為清晰，并與褐色田頭菇A.brunneola 一起歸為具幕田頭菇組Sect.Velatae；再次，平田頭菇A.pediades 與其環(huán)狀變種A.pediades Var.cinctula 和糞生變種A.pediades Var.fimicola 整體聚為一類，同歸為平田頭菇組（Sect.Pediades）；此外，硬田頭菇A.dura，沼生田頭菇A.paludosa 和模式種田頭菇
科技視界 2022年25期2022-12-30
- 腐生性鉤端螺旋體Potoc 菌株全基因組學(xué)分析
株（NCBI 登錄號(hào)：NC_010842.1、NC_010845.1和 NC_010846.1）進(jìn)行比較基因組學(xué)分析，并與已發(fā)表致病性鉤體問(wèn)號(hào)基因種 56601 菌株（NCBI 登錄號(hào)：NC_004342.2 和 NC_004343.2）、波氏基因種 56142 菌株（NCBI 登錄號(hào)：SRX673783）和中間型L.licerasiaeVAR010 菌株（NCBI 登錄號(hào)：NZ_AHOO00000000.2）基因組進(jìn)行共有與特有的基因比較分析。同時(shí)將上述
中國(guó)醫(yī)藥生物技術(shù) 2022年6期2022-12-09
- 太行雞CCNB2基因剪接異構(gòu)體的克隆鑒定及其在卵泡發(fā)育中的表達(dá)模式分析
GenBank登錄號(hào)：XM_015278893.2和XM_015278892.2)，利用Primer Premier 5.0軟件按照?qǐng)D1設(shè)計(jì)CCNB2基因剪接異構(gòu)體鑒定引物，引物序列為：CCNB2-F：5′-AAGATGAAAAGCAGTGGGA-3′；CCNB2-R：5′ -AAGACAGAGGACAGGGATAC-3′。引物由蘇州金唯智股份有限公司合成。圖1 CCNB2剪接異構(gòu)體鑒定模式圖Fig.1 Schematic diagram of CCNB2
中國(guó)畜牧獸醫(yī) 2022年10期2022-10-20
- 長(zhǎng)白豬Plin3、Plin5基因克隆及表達(dá)規(guī)律研究
apiens，登錄號(hào)：NP_001157661.1)、豬(Susscrofa，登錄號(hào)：NP_001026948.1)、家鼠(Musmusculus，登錄號(hào)：NP_080112.1)、斑馬魚(Daniorerio，登錄號(hào)：NP_001373243.1)、家犬(Canislupusfamiliaris，登錄號(hào)：XP_038284951.1)、家貓(Feliscatus，登錄號(hào)：XP_023106648.1)、山羊(Caprahircus，登錄號(hào)：NP_0012
核農(nóng)學(xué)報(bào) 2022年9期2022-09-21
- 牦牛源BVDV非結(jié)構(gòu)蛋白NS5A的原核表達(dá)及抗原表位分析
GenBank登錄號(hào)：KX170647)，利用Primer Premier 5.0軟件設(shè)計(jì)1對(duì)特異性檢測(cè)引物(BVDV NS5A-F:5′-CCCAAGCTTATGTCTGGGAA-3′，BVDV NS5A-R:5′-TATACAATGAAGCTAGGATCCGCG-3′)擴(kuò)增NS5A基因,預(yù)期擴(kuò)增片段大小為1 488 bp，下劃線部分分別為Hind Ⅲ和BamHⅠ的酶切位點(diǎn)。引物由金唯智生物有限公司合成。1.2.3 PCR擴(kuò)增BVDVNS5A基因 利用反
中國(guó)畜牧獸醫(yī) 2022年8期2022-08-23
- 新疆阿克蘇地區(qū)部分豬場(chǎng)流行性腹瀉病毒的檢測(cè)與分析
GenBank登錄號(hào)：MN692793）的PEDV序列信息，設(shè)計(jì)PEDV M基因特異性片段鑒定的引物，由生工生物工程（上海）股份有限公司合成。引物序列為：上游引物5'-GGCGAATTCCGGT TCTATTCCCGTTGATG-3'，下游引物5'-GGCCTCG AGATGAAGCACTTTCTCACTAT-3'，預(yù)計(jì)擴(kuò)增片段大小為663 bp。2.3 PCR擴(kuò)增目的基因在PCR管中，加入cDNA 1 μL，上游引物和下游引物各0.5 μL，EasyTa
養(yǎng)豬 2022年4期2022-08-17
- 低緯高原甘蔗銹病病原菌鑒定及系統(tǒng)進(jìn)化分析
GenBank登錄號(hào)見(jiàn)表1)提交NCBI網(wǎng)站進(jìn)行BLAST同源性比較分析。結(jié)果表明：云南勐海海引1號(hào)4份甘蔗銹病病原的核苷酸序列(GenBank登錄號(hào)：KP201840～KP201843)與已報(bào)道的屈恩柄銹菌核苷酸序列(GenBank登錄號(hào)：GU058021)同源性在99.9%以上，表明該病原是屈恩柄銹菌(表1)；云南保山、臨滄、勐海、孟連、西盟、瀾滄和文山其他甘蔗品種上的53份甘蔗銹病病原核苷酸序列(GenBank登錄號(hào)：KP201824～KP20183
西南農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2022年6期2022-08-06
- 芫荽NPR1-like家族全基因組鑒定及分析
NPR1～6的登錄號(hào)分別是At1g64280、At4g26120、At5g45110、At4g19660、At2g41370、At3g57130，水稻()OsNPR1～3和OsNPR5的登錄號(hào)分別是ABE11614、ABE11615、ABE11618、ABE11622，大麥()HvNPR1的登錄號(hào)是CAJ19095，二穗短柄草()BdNPR1的登錄號(hào)是XP_003564857，玉米()ZmNPR1的登錄號(hào)是NP_001354806，小麥()wNPR1的登錄
江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2022年13期2022-07-29
- 雞miR-10b-5p生物信息學(xué)及組織表達(dá)分析
taurus，登錄號(hào)：MIMAT0003839）、家犬（Canisfamiliaris，登錄號(hào)：MIMAT0009837）、山羊（Caprahircus，登錄號(hào)：MIMAT0035913）、豚鼠（Caviaporcellus，登錄號(hào)：MIMAT0046847）、錦龜（Chrysemyspicta，登錄號(hào)：MIMAT0037627）、原鴿（Columbalivia，登錄號(hào)：MIMAT0038406）、灰倉(cāng)鼠（Cricetulusgriseus，登錄號(hào)：MIM
中國(guó)畜牧獸醫(yī) 2022年4期2022-06-01
- LMTIA技術(shù)檢測(cè)HPV核酸的可行性研究
中HPV16(登錄號(hào)：FJ006723)、HPV18(登錄號(hào)：AY262282)、HPV35(登錄號(hào)：HQ537722)、HPV39(登錄號(hào)：KC470249)、HPV45(登錄號(hào)：EF202162)、HPV51(登錄號(hào)：KU298904)、HPV52(登錄號(hào)：AB819274)、HPV56(登錄號(hào)：EF177181)和HPV58(登錄號(hào)：AB819276)的基因組，通過(guò)BLAST在線比對(duì)軟件選取保守序列，并使用Oligo 7軟件(美國(guó)Molecular
許昌學(xué)院學(xué)報(bào) 2022年2期2022-04-15
- 烏藥matK基因的生物信息學(xué)及多樣性分析
nzoin），登錄號(hào)：MG220997.1；香葉樹（Lindera communis），登錄號(hào)：AF244405.1；綠葉甘植（Lindera fruticosa），登錄 號(hào)：AF244405.1；黑殼 楠（Lindera megaphylla），登錄號(hào)：AF244404.1；滇粵山胡椒（Lindera metcalfiana），登錄號(hào)：AF244403.1；三椏烏藥（Lindera obtusiloba），登錄號(hào)：AF244402.1；山橿（Linder
湖北農(nóng)業(yè)科學(xué) 2022年6期2022-04-13
- 甘肅玉米鐮孢莖腐病病原菌種群多樣性分析
發(fā)現(xiàn)TW30(登錄號(hào)：MT827971)和ZY13-2(登錄號(hào)：MT879692)與變紅鐮孢(登錄號(hào)：JF270223、JF270200和GU116584)聚為一支；YJ8-1(登錄號(hào)：MT879693)和ZY7-1(登錄號(hào)：MT879694)與木賊鐮孢(KT213320、KT213319和KT213315)聚為一支；HHXHZ15-7(登錄號(hào)：MT879684)與布氏鐮孢(MK896870、MH582231和KX269078)聚為一支；HCSZ4-9(登
核農(nóng)學(xué)報(bào) 2021年11期2022-01-04
- 基于傳統(tǒng)分類與ITS序列分析法對(duì)真菌的鑒定研究
Bank，獲得登錄號(hào)，選擇其中最短的擴(kuò)增序列，以此長(zhǎng)度為基本比對(duì)長(zhǎng)度，在NCBI(National Center for Biotechnology Information）數(shù)據(jù)庫(kù)尋找登記序列中含有與12種真菌樣品序列相似度高的片段，通過(guò)BLAST工具和DNAMAN軟件對(duì)序列進(jìn)行分析，截去兩側(cè)擴(kuò)增差異較大的堿基對(duì)，使比對(duì)的序列大小幾乎一致，重新用Clustalx軟件進(jìn)行完全比對(duì)，用MEGA7.0軟件采用鄰位相連法(N-J，neighbor-joining）
食用菌 2021年6期2021-12-30
- 俄藏西夏文獻(xiàn)《天盛改舊新定律令》未刊情況概述
盛律令》內(nèi)容的登錄號(hào)有：инв.№113、114、152—154、156—169、170c、171a、171г、173—180、180a、181—188、194—200、200a、201—204、219、710、713、785—787、789、2325—2332、2558、2569—2608、3810、4054、4180a、4180б、4181、4182、4184、4188、4429、4432、4542、4552、5040、5451、5793、6105、6
西夏研究 2021年4期2021-11-25
- 豬IGFBP3基因生物信息學(xué)分析
mRNA序列(登錄號(hào):NM001005156)及其編碼的蛋白質(zhì)序列(登錄號(hào):NP001005156)。同時(shí)，下載其它種屬黃牛(登錄號(hào):NP_776981)、水牛(登錄號(hào):XP_006051369)、綿羊(登錄號(hào):NP_001152748)、山羊(登錄號(hào):NP_001301148)、貓(登錄號(hào):XP_023105911)、狗(登錄號(hào):XP_003639605)、小鼠(登錄號(hào):NP_032369)、大鼠(登錄號(hào):NP_036720)、雞(登錄號(hào):NP_0010
安徽科技學(xué)院學(xué)報(bào) 2021年2期2021-08-24
- 云南新平蔗區(qū)發(fā)現(xiàn)甘蔗白條病
息：XP1S（登錄號(hào)MT625864）、XP2S（登錄號(hào)MT625865）、XP3S（登錄號(hào)MT625866）、XP4S（登錄號(hào)MT625867）、XP5S（登錄號(hào)MT625868）、XP6S（登錄號(hào)MT625869）、XP7S（登錄號(hào)MT625870）、XP8S（登錄號(hào)MT625871）。1.2 蔗汁總DNA提取將蔗莖表面用自來(lái)水清洗3 次去除表面污物，75%的酒精消毒20 s 后，用火將表面酒精燒盡，重復(fù)2 次進(jìn)行表面消毒。把蔗莖切成長(zhǎng)為5～8 cm
中國(guó)糖料 2021年3期2021-07-13
- 牛Bcl-2基因生物信息學(xué)功能預(yù)測(cè)分析
公布的抹香鯨（登錄號(hào)XM_007105114.3）、小鰛鯨（登錄號(hào)XM_007192009.1）、虎鯨（登錄號(hào)XM_004268067.2）、太平洋短吻海豚（登錄號(hào)XM_027118704.1）、長(zhǎng)肢領(lǐng)航鯨（登錄號(hào)XM_030868121.1）、非洲野驢（登錄號(hào)XM_014843802.1）、山羊（登錄號(hào)KJ782301.1）、牦牛（登錄號(hào)MK050976.1）、北美野牛（登錄號(hào)XM_010854740.1）、印度牛（登錄號(hào)XM_019986619.1）、
黑龍江動(dòng)物繁殖 2021年3期2021-07-12
- 重寄生擬盤多毛孢cr013菌株聚酮合酶基因的多樣性分析*
-1[17](登錄號(hào)：W3X7U2.1；A0A067XNI2.1)的PKS蛋白的KS保守結(jié)構(gòu)域蛋白質(zhì)序列為模板，對(duì)cr013菌株的基因組進(jìn)行搜索，挖掘cr013菌株基因組中潛在的PKS基因，并利用Conversed Domain Database數(shù)據(jù)庫(kù)分析挖掘到的PKS蛋白的結(jié)構(gòu)域。1.2.3 PKS蛋白的聚類分析從NCBI上下載已知功能的高度還原性PKS、部分還原PKS和非還原PKS的蛋白質(zhì)序列作為參考序列，以此構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹。通過(guò)Clustal W對(duì)挖
西部林業(yè)科學(xué) 2021年3期2021-06-24
- 參與調(diào)控意大利蜜蜂工蜂中腸基因表達(dá)的東方蜜蜂微孢子蟲miRNA的組學(xué)解析及其調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
GenBank登錄號(hào): XM_006564187.2, XM_006567501.2和XM_006558063.2等)；19條共有的顯著下調(diào)miRNA(novel-m0016-3p, let-7-x和miR-122-x等)靶向AmCK1vsAmT1和AmCK2vsAmT2中14條皆顯著上調(diào)的mRNA (GenBank登錄號(hào): XM_016912123.1, XM_006558673.2和XM_016916036.1等)。NcCKvsNcT1中共63條特有的
昆蟲學(xué)報(bào) 2021年2期2021-04-13
- 青頭菌(Russula virescens)聚酮合酶基因的克隆及碳源對(duì)該基因表達(dá)的影響
GenBank登錄號(hào)MW307354)、β-tubulin(GenBank登錄號(hào)MW307355)和elongation factor 1α(GenBank登錄號(hào)：MW307356)鑒定后，該菌種為青頭菌(R.virescens)，并將該菌株命名為Rv-yaf-001.1.2 試劑與儀器真菌RNA提取試劑盒(康為世紀(jì)公司)，高保真DNA聚合酶(TaKaRa公司)，NanoDropTM2000紫外分光光度計(jì)(賽默飛世爾科技公司)，真菌總RNA提取試劑盒(Ta
- 基于DNA條形碼進(jìn)行金花茶組種間鑒別
-tmH序列(登錄號(hào)：GQ 487336.1)、1個(gè)rpl 16序列(登錄號(hào)：GQ 487366.1)及2個(gè)trnl-trnF序列(登錄號(hào)：HQ 158589.1，GQ 487426.1)；金花茶： 1個(gè)psbA-tmH序列(登錄號(hào)：GQ 487354.1)、1個(gè)rpl 16序列(登錄號(hào)：GQ 487384.1)及1個(gè)trnl-trnF序列(登錄號(hào)：GQ 487444.1)；顯脈金花茶：1個(gè)psbA-tmH序列(登錄號(hào)：GQ 487339.1)、1個(gè)rpl
種子 2021年2期2021-03-31
- 20種中藥基原植物鯊烯合酶基因的生物信息學(xué)分析
Hoffm（登錄號(hào)AQV11962.1）、人參Panax ginsengC.A.Meyer（登錄號(hào) ACV88718.1）、三七Panax notoginseng(Burkill) F.H.Chen ex C.H.（登錄號(hào)AIK21786.1）、西洋參Panax quinquefoliumL.（登錄號(hào)（AED99863.1）、竹節(jié)參Panax japonicas(T.Nees)C.A.Mey.（登錄號(hào) ALB38664.1）、刺五加Acanthopana
中草藥 2021年3期2021-02-03
- 103個(gè)mcr質(zhì)粒的結(jié)構(gòu)與特征
0R(NCBI登錄號(hào)：KY689633)，達(dá)256 260 bp[20]；最小的是未命名的質(zhì)粒unamed1(NCBI登錄號(hào)：KX528699)，為15 998 bp[21]。這些質(zhì)粒至少可以劃分為7種不同的復(fù)制子類型，包括IncHI2、IncHI1A、IncN、IncFII、IncI2、IncX4、IncP1，與Wang等的報(bào)道一致[22]，其中IncI2占比最高，為50.5%；其次為IncX4，占比為24.3%。IncHI2類型的質(zhì)粒較大，通常在200
浙江農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2021年1期2021-01-28
- 棉花根際土壤真菌分離及黃萎病菌拮抗菌的篩選
99.83%（登錄號(hào)KX058045.1）、EF-1α序列與C.rosea菌株同源性為97.99%（登錄號(hào)MK752496.1）、β-tubulin序列與C.rosea菌株同源性為98.07%（登錄號(hào)KJ413352.1）、Actin序列與C.rosea菌株同源性為98.85%（登錄號(hào)MH102067.1）。分離獲得的B51菌，其ITS序列與粉紅粘帚霉C.rosea菌株的ITS序列同源性為99.82%（登錄號(hào)MT845995.1）、EF-1α序列與C.ro
塔里木大學(xué)學(xué)報(bào) 2020年4期2021-01-13
- 梅迪-維斯納病毒gag蛋白的原核表達(dá)及其交叉反應(yīng)原性
GenBank登錄號(hào)為KT749881)后的陽(yáng)性血清，均為本實(shí)驗(yàn)室保存。1.1.3 引物設(shè)計(jì)與合成 以GenBank上登錄的MVV基因組gag基因序列(登錄號(hào)：NC001452.1)為參考序列，利用Oligo 7.0軟件設(shè)計(jì)上游引物gag-F：5′-CATGCCATGGCGAAGCAAGGCTCAAAGGAGA-3′(斜體為NcoⅠ酶切位點(diǎn))、下游引物gag-R：5′-AAACTCGAGCAACATAGGGGGCGCGGACGGCA-3′(斜體為XhoⅠ酶
江蘇農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2020年4期2020-09-10
- 銅綠假單胞菌遺傳演化分析
自日本的Pa（登錄號(hào)為NR_113599）關(guān)系最為親近，他們聚在一個(gè)次級(jí)分支上；分離菌株與來(lái)自美國(guó)的兩株P(guān)a（登錄號(hào)為NR_117678與NR_114471）關(guān)系較親近，而與來(lái)自德國(guó)的Pa（登錄號(hào)為NR_026078）關(guān)系則較遠(yuǎn)。銅綠假單胞菌；遺傳演化；基因樹；親緣關(guān)系銅綠假單胞菌，又稱綠膿桿菌，為革蘭陰性桿菌，該菌在1882年首先由Gersard氏從傷口膿液中分離到[1]。銅綠假單胞菌在環(huán)境中普遍存在，常見(jiàn)于正常人與動(dòng)物腸道、皮膚上，也可在外傷、燒傷及尿
天津農(nóng)學(xué)院學(xué)報(bào) 2020年2期2020-07-13
- 甘薯等20種作物蔗糖轉(zhuǎn)化酶抑制子生物信息學(xué)分析
基酸序列，序列登錄號(hào)分別如下：煙草(Nicotianatabacum)，登錄號(hào)：XP_016474343；辣椒(Capsicumannuum)，登錄號(hào)：XP_016551458；番茄(Solanumlycopersicum),登錄號(hào)：AGC75063；南方菟絲子(Cuscutaaustralis)，登錄號(hào)：RAL38588；馬鈴薯(Solanumtuberosum)，登錄號(hào)：AYV96510；小果咖啡(Coffeaarabica)，登錄號(hào)：XP_02711
西南農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2020年4期2020-06-22
- 轉(zhuǎn)錄組分析揭示東方蜜蜂微孢子蟲侵染意大利蜜蜂的分子機(jī)制
GenBank登錄號(hào): 36320842)作為內(nèi)參基因，利用Primer Premier 5設(shè)計(jì)引物(表1)，委托福州擎科生物有限公司合成。利用RNA提取試劑盒(TaKaRa公司，大連)分別提取NcCK以及NcT1和NcT2中腸總RNA(熊翠玲等, 2019)，然后利用cDNA第1鏈合成試劑盒(Vazyme公司，南京)反轉(zhuǎn)錄成cDNA，作為模板進(jìn)行qPCR，反應(yīng)在QuantStudio 3(ThermoFisher公司，美國(guó))上進(jìn)行。qPCR反應(yīng)按照SYB
昆蟲學(xué)報(bào) 2020年3期2020-05-22
- 豬圓環(huán)病毒3型河北株全基因組序列特征和遺傳進(jìn)化分析
enBank(登錄號(hào)：MK105924).M：DL2000 DNA Marker；1：淋巴結(jié)組織；2：陰性對(duì)照.M：DL2000 DNA Marker；1：Lymph node tissue；2：Negative control.圖1 PCV3檢測(cè)結(jié)果Figure 1 PCV3 test resultsM：DL2000 DNA Marker；1： PCV3-1的PCR產(chǎn)物；2：陰性對(duì)照. M：DL2000 DNA Marker；1： PCR product
- 浙貝母黑斑病致病菌的分離鑒定及分子檢測(cè)
k中鏈格孢菌（登錄號(hào)：MG182428）、細(xì)極鏈格孢菌（登錄號(hào)：MF356594）、蕓苔鏈格孢菌（登錄號(hào)：MG733697）等16條序列的同源性均為100%；與蔥鏈格孢菌（登錄號(hào)：KU293590）、蘋果鏈格孢菌（登錄號(hào)：KU293580）同源性為99.82%；與長(zhǎng)柄鏈格孢菌（登錄號(hào)：MK675101）、鴨梨鏈格孢菌（登錄號(hào)：MK675102）、喬木交鏈孢菌 （登錄號(hào)：MK460966）、甘藍(lán)鏈格孢菌（登錄號(hào)：MK311298）同源性為99.64%。分離物
浙江中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報(bào) 2020年2期2020-04-01
- 基于28S rDNA部分序列的金沙江德澤段鯰寄生撒氏蟲屬(Thaparocleidus)單殖吸蟲的系統(tǒng)發(fā)育*
GenBank登錄號(hào).基于BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)選擇GenBank中同屬物種進(jìn)行序列分析，用MEGA7.0[33-34]計(jì)算序列間轉(zhuǎn)換/顛換值，并基于雙參數(shù)模計(jì)算遺傳距離，以偽錨盤蟲屬(Pseudancylodiscoides)單殖吸蟲作為外群，通過(guò)最大似然法(maximum likelihood，ML)、鄰接法(neighbor-joining，NJ)和最大簡(jiǎn)約法(maximum parsimon
- 含氟新農(nóng)藥的研究進(jìn)展
621，CAS登錄號(hào)為1360819-11-9，對(duì)霜霉病有著卓越的效果。Fluoxapiprolin為外消旋體，其R-體和S-體幾乎擁有同樣的生物活性。其分子結(jié)構(gòu)與科迪華的氟噻唑吡乙酮（Oxathiapiprolin）非常相似，僅在吡唑環(huán)和苯環(huán)上有少許區(qū)別。氟噻唑吡乙酮作為一種全新作用機(jī)制的殺菌劑，年峰值將超過(guò)1.5億美元，因而Fluoxapiprolin的加入將使得該類產(chǎn)品的市場(chǎng)競(jìng)爭(zhēng)變得逐漸激烈。1.2 IpflufenoquinIpflufenoqui
浙江化工 2019年5期2019-06-04
- 犬副流感病毒D121004株的分離鑒定及其F基因遺傳進(jìn)化分析
（2007年，登錄號(hào)EF546392.1）核苷酸同源性最高，為99.5%，與我國(guó)的FA毒株（2007年，登錄號(hào)EF487542.1）核苷酸同源性為99.3%，與韓國(guó)的毒（CDV）、犬細(xì)小病毒（CPV）、CPIV的多重PCR方法。這些方法的特異性、靈敏性和重復(fù)性均較好，為CPIV的分離鑒定及流行病學(xué)調(diào)查奠定了基礎(chǔ)。CPIV具有凝集雞紅細(xì)胞的能力，與其他具有血凝性的病毒不同，它需要在4 ℃條件下進(jìn)行。閆喜軍等[10]采用HA/HI試驗(yàn)進(jìn)行CPIV血清抗體流行病
中國(guó)動(dòng)物檢疫 2019年2期2019-02-22
- 山葡萄苯丙氨酸解氨酶基因(PAL)的克隆與表達(dá)分析
GenBank登錄號(hào)：JN858963)同源性達(dá)到100%，認(rèn)定該序列為山葡萄PAL基因的核苷酸序列。提交PAL的核苷酸序列，GenBank(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)登錄號(hào)是MH045991。運(yùn)用 DNAStar 軟件分析，該 DNA 序列具有完整的開放閱讀框 1 671 bp，3′-UTR 為 9 bp，5′-UTR 為85 bp，推斷它能編碼 556 個(gè)氨基酸。命名為VamPAL。圖2 VamPAL基因PCR電泳圖譜
華北農(nóng)學(xué)報(bào) 2018年6期2019-01-09
- 新報(bào)道的農(nóng)藥品種簡(jiǎn)介
ol}，CAS登錄號(hào)：1314008-27-9。該劑為廣譜殺菌劑，對(duì)多種病害有效，預(yù)計(jì)2021年上市，預(yù)期年銷售額40億日元。Ipflufenoquin具有新穎作用機(jī)制，可用于防治對(duì)現(xiàn)有藥劑產(chǎn)生抗性的病原菌。1.3 MetyltetraproleMetyltetraprole是日本住友株式會(huì)社開發(fā)的苯基吡唑類、四唑類殺菌劑，開發(fā)代號(hào)S-2367?；瘜W(xué)名稱：1-[2-[[[1-(4-氯苯基)-1H-吡唑-3-基]氧基]甲基]-3-甲基苯基]-1,4-二氫-4
世界農(nóng)藥 2018年6期2019-01-05
- 紅景天AG基因(RrAG)的電子克隆及生物信息學(xué)分析
南芥AG基因(登錄號(hào)：NP_001190766.1)序列作為參考序列，在中國(guó)國(guó)家基因數(shù)據(jù)庫(kù)的千種植物數(shù)據(jù)庫(kù)(https：//db.cngb.org/blast4onekp/blast)中通過(guò)選擇tBLASTn程序[Expectation Value(期望值，簡(jiǎn)稱E值)使用SeqBuilder軟件分析可知，ZJUL-2061267基因全長(zhǎng)為1 037 bp，含有789 bp的開放閱讀框，編碼262個(gè)氨基酸(圖1)。經(jīng)NCBI網(wǎng)站CCD在線預(yù)測(cè)表明，該基因包含
江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2018年21期2018-12-06
- 小反芻獸疫病毒F基因的序列分析
-F基因序列(登錄號(hào)：KF648287)，用Primer Premier 5軟件設(shè)計(jì)1對(duì)引物，其中上游引物(F-f)為：5′-ATGACACGGGTCGCAATCTTGA-3′；下游引物(F-r)為：5′-CTACAGTGATCTCACGTACGAC-3′。預(yù)期擴(kuò)增的片段大小1 641 bp，引物由英濰捷基(上海)貿(mào)易有限公司合成，用dd H2O按10 pmol/μL稀釋，置-20℃保存?zhèn)溆谩?.2.3 PPRV-F基因的RT-PCR擴(kuò)增 以PPRV總RN
動(dòng)物醫(yī)學(xué)進(jìn)展 2018年11期2018-12-05
- Ⅰ群禽腺病毒hexon基因分型與序列分析
GenBank登錄號(hào)Z67970，F(xiàn)AdV-1型；SR48，GenBank登錄號(hào)EU979368，F(xiàn)AdV-2型；SR49，GenBank登錄號(hào)EU979369，F(xiàn)AdV-3型；ON1，GenBank登錄號(hào)GU188428，F(xiàn)AdV-4型；340，GenBank登錄號(hào)AF508952，F(xiàn)AdV-5型；CR119，GenBank登錄號(hào)EU979372，F(xiàn)AdV-6型；YR36，GenBank登錄號(hào)EU979373，F(xiàn)AdV-7型；TR59，GenBank登錄
動(dòng)物醫(yī)學(xué)進(jìn)展 2018年10期2018-11-02
- 關(guān)嶺自治縣某牛場(chǎng)蜱蟲病分子診斷及驅(qū)蟲試驗(yàn)
rsicus，登錄號(hào)：KJ133607)，以微小牛蜱(Boophilus microplus，登錄號(hào)：BMU97713)、外翻扇頭蜱(Rhipicephalus evertsi，登錄號(hào)：DQ849265)、環(huán)形牛蜱(Boophilus annulatus，登錄號(hào)：JQ412126)、消色牛蜱(Boophilus decoloratus，登錄號(hào)：BDU97716)、囊形扇頭蜱(Rhipicephalus bursa，登錄號(hào)：KM986320)、血紅扇頭蜱(R
畜牧獸醫(yī)雜志 2018年5期2018-10-24
- 奧地利發(fā)現(xiàn)與仔豬先天性震顫相關(guān)的新型瘟病毒（Linda病毒）
enBank（登錄號(hào)KY436034），其長(zhǎng)度為12 614 bp，具有381 bp的5'-非翻譯區(qū)，11 772 bp的開放閱讀框和461 bp的3'-非翻譯區(qū)。利用CLC Workbench 7.6對(duì)LV進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育分析，發(fā)現(xiàn)LV與APPV之間的相似性僅有60%，與BV之間的相似性為68%。LV與BV氨基酸序列相似性為69%，與其他瘟病毒的氨基酸相似性＜54%。LV中含有所有已知的NS3蛋白酶裂解位點(diǎn)；位于典型豬瘟病毒的L/A、BV的L/S位點(diǎn)上的NS
豬業(yè)科學(xué) 2018年1期2018-03-07
- 口蹄疫病毒基因組3' 末端序列擴(kuò)增及分析
GenBank登錄號(hào)：EF552696)，在病毒全基因組3'端設(shè)計(jì)1對(duì)引物及3'RACE引物，由新疆昆泰銳生物技術(shù)有限公司合成。表1表1 3'端序列擴(kuò)增引物 Table 1 Primers for amplification of the 3'-end sequences引物Primer位置Position序列Sequence(5'→3')Poly(A)長(zhǎng)度The length of Poly(A)1F7 987TCTGGACCTGACGAGTACCG1R
新疆農(nóng)業(yè)科學(xué) 2018年11期2018-02-25
- 葡萄Actin基因家族的鑒定及進(jìn)化和表達(dá)分析
化范圍較小。除登錄號(hào)GSVIVG01008254001和GSVIVG01014035001的基因外，其他14個(gè)基因的GC含量均低于其CDS的GC含量。除登錄號(hào)GSVIVG01008254001的基因外，其他15個(gè)基因編碼的蛋白質(zhì)的理論相對(duì)分子質(zhì)量為12 534.54～82 612.33，理論等電點(diǎn)為pI 4.92～pI 9.13。16個(gè)基因編碼蛋白質(zhì)的消光系數(shù)為14 105～73 645，脂肪族氨基酸指數(shù)為65.54～92.06，其中9個(gè)為穩(wěn)定蛋白，7個(gè)為
植物資源與環(huán)境學(xué)報(bào) 2017年3期2017-10-12
- 電子版館藏?cái)?shù)據(jù)回溯中的交叉、重疊、阻滯問(wèn)題處理
明問(wèn)題下面將以登錄號(hào)為例）例：一批登錄號(hào)為五位“00100至00199”，另一批登錄號(hào)為六位“000100至000199”，五位字符和六位字符本身并不沖突；但由于集成管理系統(tǒng)中的“數(shù)據(jù)庫(kù)”在“館藏信息表”中，“登錄號(hào)”字段的屬性設(shè)定是“定長(zhǎng)”即固定位數(shù)（長(zhǎng)度一般為8或10）這樣導(dǎo)入的兩批“登錄號(hào)”就都變成了八位（以長(zhǎng)度8位為例）“00000100至00000199”這樣就由于不同位數(shù)“數(shù)據(jù)”的交叉而造成了數(shù)據(jù)的重疊沖突。二是期刊和圖書數(shù)據(jù)導(dǎo)入新數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)中
辦公室業(yè)務(wù) 2016年19期2016-11-25
- 卡拉干斯齒線蟲的形態(tài)及ITS和COⅠ序列分析
k數(shù)據(jù)庫(kù)，獲得登錄號(hào)為KT984870。ITS序列總長(zhǎng)853 bp，其中ITS1長(zhǎng)369 bp，5.8 S長(zhǎng)153 bp，ITS2長(zhǎng)331 bp； ITS1區(qū)的GC含量(47.2%)明顯高于ITS2區(qū)(40.7%)(圖2)。在GenBank檢索中，尚未發(fā)現(xiàn)卡拉干斯齒線蟲或斯齒屬內(nèi)其他蟲種的序列。經(jīng)過(guò)Blast同源比對(duì)，與伊氏雙齒口線蟲(Bidentostomumivashkini)(登錄號(hào)：KP693440)的同源性最高，達(dá)到94%；而與杯冠屬內(nèi)小杯杯冠線
動(dòng)物醫(yī)學(xué)進(jìn)展 2016年10期2016-10-20
- 花生長(zhǎng)鏈?；o酶A合成酶6基因(LACS6)的克隆、鑒定與組織表達(dá)
GenBank登錄號(hào)：KU301860)，分析該基因的結(jié)構(gòu)組成，預(yù)測(cè)編碼氨基酸與其他植物的同源性，采用Real-Time PCR技術(shù)對(duì)LACS6的組織表達(dá)進(jìn)行研究。結(jié)果顯示，花生LACS6基因全長(zhǎng)2 116 bp，包含2 088 bp的ORF，編碼695個(gè)氨基酸，有23個(gè)外顯子和22個(gè)內(nèi)含子。氨基酸序列比對(duì)顯示花生LACS6有真核生物?；o酶A合成酶保守結(jié)構(gòu)域，并含有保守的激活位點(diǎn)和綁定位點(diǎn)。同源性分析發(fā)現(xiàn)花生LACS6與鷹嘴豆、綠豆、大豆、梅等13種物種
福建農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào) 2016年11期2016-02-13
- 三葉青兩個(gè)肌動(dòng)蛋白基因片段的克隆及其分析
GenBank登錄號(hào)AM465189.1）、黃褐棉（GenBank登錄號(hào)JF722026.1）和陸地棉（GenBank登錄號(hào)JF722036.1）等的相似性分別為92%、85%和85%，其編碼的蛋白質(zhì)與刺兒菜（GenBank 登錄號(hào)AEY77415.1）、月季（GenBank 登錄號(hào)BAF36000.1）和覆盆子（GenBank登錄號(hào)AED89635.1）等的相似性均為87%.而Th Act2核苷酸序列與葡萄（GenBank登錄號(hào)XM＿002265440.
- 黃顙魚生長(zhǎng)抑素基因的克隆及表達(dá)譜分析
(瓦氏黃顙魚，登錄號(hào)HQ830200；斑點(diǎn)叉尾鮰，登錄號(hào)NM_001200330)的SS基因cDNA序列，在其保守區(qū)內(nèi)采用Primer 5.0設(shè)計(jì)引物S1，用于擴(kuò)增黃顙魚SS基因中間保守區(qū)序列。根據(jù)獲得的黃顙魚SS基因中間保守區(qū)序列，設(shè)計(jì) 5′ RACE 和3′ RACE特異性引物S2和S3，其中S2用于擴(kuò)增SS基因的5′端序列，S3用于擴(kuò)增SS基因的3′端序列。將擴(kuò)增的保守區(qū)序列、5′端和3′端序列進(jìn)行拼接得到黃顙魚SS基因的cDNA序列全長(zhǎng)。根據(jù)克隆的
西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào)（自然科學(xué)版） 2015年3期2015-02-24
- 安徽省豬流行性腹瀉病毒的ORF3基因序列分析
GenBank登錄號(hào)AF353511)的基因序列設(shè)計(jì)一對(duì)引物用于擴(kuò)增ORF3基因。引物由上海生物工程有限公司合成。上游引物：5′-TCCTAGACTTCAA-CCTTACG-3′，下游引物：5′-GGTGACAAGTGAA-GCACAGA-3′。預(yù)期擴(kuò)增的基因片段約為810 bp。1.4 ORF3基因的擴(kuò)增取一無(wú)菌離心管，加入冷凍保存?zhèn)溆玫牟《疽?00 μL，按總RNA提取試劑盒說(shuō)明書步驟提取RNA，用1.3的下游引物作為反轉(zhuǎn)錄的引物，將RNA反轉(zhuǎn)錄為cD
西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(bào)（自然科學(xué)版） 2015年2期2015-02-21
- 大黃魚cyclin B 1和cdc 2 cDNA序列特征及組織表達(dá)分析
en－Bank登錄號(hào)FJ195327），如圖1.其中，編碼區(qū)（ORF）長(zhǎng)度為1 194bp，可編碼397個(gè)氨基酸的蛋白.5′－非翻譯區(qū)（UTR）長(zhǎng)度為63bp；3′－UTR的長(zhǎng)度為580bp（去除poly A），含有2個(gè)加尾信號(hào)（AUUAAA），和4個(gè)多聚腺苷酸化元件（cytoplasmic polyadenylation elements，簡(jiǎn)稱為 CPEs；A／UUUUUAU／A）.推導(dǎo)的LC－CB1蛋白預(yù)測(cè)分子質(zhì)量約為44.56ku，等電點(diǎn)約為8.76
- 星星草PtGAPDH基因的克隆與表達(dá)分析
eneBank登錄號(hào)GW405820)，設(shè)計(jì)2條3′RACE上游引物GSP3′1和GSP3′2，然后以RACE cDNA庫(kù)為模板進(jìn)行巢式PCR擴(kuò)增。第一輪PCR反應(yīng)引物采用GSP3′1及AP1，反應(yīng)程序?yàn)?4℃ 2 min；94℃ 30 s，68℃ 30 s，72℃ 2 min，35個(gè)循環(huán)；72℃，7 min。第二輪PCR反應(yīng)引物采用GSP3′2及AP2，反應(yīng)程序?yàn)?4℃ 2 min；94℃ 30 s，57℃ 30 s，72℃ 1.5 min，35個(gè)循環(huán)；
草業(yè)學(xué)報(bào) 2014年2期2014-11-07
- 斑點(diǎn)叉尾源維氏氣單胞菌對(duì)四環(huán)素類抗生素的耐藥性及耐藥基因的檢測(cè)
GenBank登錄號(hào): 51492513)中的tetA基因, 大腸桿菌O69 (Escherichia coli serotype O69)質(zhì)粒介導(dǎo)的tetA基因(GeneBank登錄號(hào): 227434002)、大腸桿菌Q19中的tetA基因(GeneBank登錄號(hào): 393195318)、肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)pKPI-6質(zhì)粒(GenBank登錄號(hào):394557614)中的tetA基因、蠟樣芽胞桿菌(Bacillus
水生生物學(xué)報(bào) 2014年2期2014-11-05
- 泰勒焦蟲表面抗原TaSP、spag-1和Tams1基因片段克隆與序列分析
源性最高的蟲株登錄號(hào)分別為FJ895154和AF214797的泰勒焦蟲株，同源性分別高達(dá)100%與99.69%；與spag-1基因片段同源性最高的蟲株登錄號(hào)為X78188、XM949884和M63017，它們之間同源性為100%。泰勒焦蟲；TaSP；spag-1；Tams1；克??；序列分析泰勒焦蟲病是蜱傳性血液原蟲病。泰勒焦蟲（Thei1eria annu1ata，T.annu1ata）表面抗原有子孢子表面抗原 （The sporozoite antige
草食家畜 2014年2期2014-06-05
- 四種隱孢子蟲半胱氨酸蛋白酶Cryptopain-1基因的克隆和序列分析
及其前體序列（登錄號(hào)：AF091366）；2004年，Abrahamsen等[15]通過(guò)對(duì)微小隱孢子蟲Iowa Ⅱ分離株的全基因組序列進(jìn)行測(cè)定，報(bào)道了微小隱孢子蟲CP基因序列（GenBank登錄號(hào)：XM_627814）；2009年，Na等[16]設(shè)計(jì)引物，以微小隱孢子蟲DNA為模板成功擴(kuò)增了該基因，將其標(biāo)記為Cryptopain-1基因，并進(jìn)行了克隆表達(dá)，采用免疫熒光技術(shù)對(duì)其在微小隱孢子蟲子孢子上的定位進(jìn)行了分析，發(fā)現(xiàn)Cryptopain-1在微小隱孢子蟲
中國(guó)動(dòng)物傳染病學(xué)報(bào) 2014年5期2014-04-13
- 豬源附紅細(xì)胞體rnpB基因的克隆與序列比較
pB基因序列（登錄號(hào)：EF523602）進(jìn)行分析和比對(duì)，利用MEGA5.0軟件構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，并與16S rRNA判定結(jié)果進(jìn)行比較。結(jié)果共得到42條豬附紅細(xì)胞體rnpB基因和11條小附紅細(xì)胞體（M. parvum）rnpB基因序列。豬附紅細(xì)胞體上海分離株rnpB基因與GenBank登錄的豬附紅細(xì)胞體德國(guó)分離株rnpB基因之間的核苷酸序列相似性為98.1%～100.0%；小附紅細(xì)胞體上海分離株rnpB基因與豬附紅細(xì)胞體德國(guó)分離株rnpB基因序列的相似性為91
中國(guó)動(dòng)物傳染病學(xué)報(bào) 2014年3期2014-04-13
- 花生蘋果酸脫氫酶基因的克隆及其蛋白序列分析
Genbank登錄號(hào)為KF499119，該基因編碼區(qū)長(zhǎng)度為1071bp，編碼356個(gè)氨基酸。序列比對(duì)結(jié)果表明，AhMDH編碼蛋白與大豆、蒺藜苜蓿和豌豆等具有較高的相似性。花生；蘋果酸脫氫酶；克?。恍蛄蟹治? 引言蘋果酸脫氫酶（malate dehydrogenase，MDH，EC 1.1.1.37），廣泛存在于動(dòng)、植物和微生物中，可以催化草酰乙酸與蘋果酸之間的可逆轉(zhuǎn)換。MDH可催化草酰乙酸生成蘋果酸，使NAD+生成NADH，為硝酸還原過(guò)程提供還原力［1］；
臺(tái)州學(xué)院學(xué)報(bào) 2014年6期2014-02-24
- 新疆巴州牦牛種群線粒體DNA遺傳多樣性及其系統(tǒng)發(fā)育分析
GenBank登錄號(hào)NC＿006853）設(shè)計(jì)引物用于Cyt b基因全序列擴(kuò)增。上、下 游 引 物 分 別 為：P1 5′-CCATAAATAGGT GAAGGTTTGG-3＇和P2 5′-TTGATGGTGAGAC TGCAGTT-3′。引物委托上海生工生物工程有限公司合成。PCR擴(kuò)增體系為50μL體積，包括10×Buffer 5μL，25mmol／L MgCl24μL，2.5 mmol／L d NTPs 4μL，10 pmol／μL 上、下游引物各1μL
家畜生態(tài)學(xué)報(bào) 2013年8期2013-01-07
- 黃鱔IRF-1和IRF-2保守序列的克隆與表達(dá)
BI上的鱖 （登錄號(hào)為 AY647431.1）、大黃魚 （Larimichthyscrocea，登錄號(hào)為GU175707.2）、斜帶石斑魚 （Epinepheluscoioides，登錄號(hào)為 GU988700.1）和大西洋鮭 （Salmosalar，登錄號(hào)為CBL58209.1）IRF-1cDNA序列的保守部分設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物IRF-1-F1和IRF-1-R1，擴(kuò)增黃鱔IRF-1cDNA的中間序列 （登錄號(hào)為JN695589）（表1）；根據(jù)NCBI上的牙鲆 （